биомаркер для отбора пациентов и соответствующие способы

Формула изобретения

1. Ex-vivo способ для исследования, будет ли пациент отвечать терапевтически на способ лечения, включающий введение иммуногенной композиции, или для прогнозирования, является ли пациент или не является ли он чувствительным к выживанию в течение более длительного периода времени после введения иммуногенной композиции, где способ исследования включает этапы:

- получения образца крови от пациента;

- измерения уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток указывают на то, что пациент будет развивать профилактический или терапевтический иммунный ответ на иммуногенную композицию или что пациент будет иметь более высокий индекс выживаемости с низкими уровнями активированных NK клеток, которые составляют менее чем приблизительно 5% лимфоцитов периферической крови, которые экспрессируют CD16, CD56 и CD96 антигены поверхности клеток.

2. Способ по п.1, где указанный способ лечения представляет собой способ лечения рака.

3. Способ по п.1 или 2, где указанные активированные NK клетки не экспрессируют CD3 поверхностного антигена.

4. Способ по п.1, где указанные уровни активированных NK клеток измеряются с помощью проточной цитометрии.

5. Способ по п.1, где указанные уровни активированных NK клеток определяются при использовании антител, специфических для CD16, CD56 и CD69 антигенов поверхности клеток.

6. Способ по п.1, где указанный образец крови является выбранным из группы, которая состоит из цельной периферической крови и изолированных мононуклеарных клеток периферической крови.

7. Способ по п.1, где указанная иммуногенная композиция содержит, по крайней мере, один рекомбинантный вектор, экспрессирующий in vivo всю или часть, по крайней мере, одной гетерологичной нуклеотидной последовательности.

8. Способ по п.7, где указанный рекомбинантный вектор представляет собой вирусный вектор.

9. Способ по п.8, где указанный вирусный вектор представляет собой репликативно компетентный вектор.

10. Способ по п.8, где указанный вирусный вектор является дефектным по репликации.

11. Способ по любому из пп.8-10, где указанный вирусный вектор представляет собой рекомбинантный вирусный вектор.

12. Способ по любому из пп.8-10, где указанный вирусный вектор представляет собой рекомбинантный вектор на основе осповакцины.

13. Способ по п.12, где указанный рекомбинантный вектор на основе осповакцины представляет собой MVA вектор.

14. Способ по п.1, где указанная иммуногенная композиция содержит весь или часть, по крайней мере, одного целевого антигена.

15. Способ по п.2, где указанный пациент представляет собой пациента, которого подвергают лечению с помощью химиотерапевтического агента.

16. Применение уровней активированных NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования, является ли пациент или не является ли он чувствительным к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа путем введения иммуногенной композиции, или для прогнозирования, является ли пациент или не является ли он чувствительным к выживанию в течение более длительного периода времени после введения иммуногенной композиции.

17. Комплект для прогнозирования, является ли пациент способным отвечать терапевтически на способ лечения, который включает введение иммуногенной композиции, где указанный комплект включает

- антитела для определения уровня активированных NK клеток в образце крови, полученном от пациента; и

- инструкции для интерпретации полученных данных, которые говорят о том, что низкий уровень активированных NK клеток указывает на то, что пациент будет развивать профилактический или терапевтический иммунный ответ на иммуногенную композицию или что пациент будет способным к выживанию в течение более длительного периода времени после введения иммуногенной композиции, где низкие уровни активированных NK клеток представляют собой уровни менее чем 5% лимфоцитов периферической крови, которые экспрессируют CD16, CD56 и CD96 антигены поверхности клеток.

18. Комплект по п.17, где указанные антитела являются специфическими для CD16, CD56 и/или CD69 антигенов поверхности клеток.

Описание изобретения к патенту

Настоящее изобретение относится к области иммунологии и, в частности, к иммунотерапии пациента, направленной против заболеваний, вызванных, например, инфекцией или различными видами рака. В частности, изобретение относится к способам для прогнозирования является ли пациент или не является ли он чувствительным к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа после такой иммунотерапии. Настоящее изобретение относится к способам и композициям для повышения индекса выживаемости пациентов, которые подвергаются лечению с помощью иммуногенной композиции, в частности, вакцины.

Традиционные методики вакцинации, вовлекающие введение в животную систему антигена (например, пептидов, белков), которые могут индуцировать иммунный ответ, и таким образом, например, защищать указанное животное от инфекции, являются известными давно. Такие методики дополнительно включают разработку как живых, так и инактивированных вакцин. Живые вакцины представляют собой аттенуированные непатогенные варианты инфекционного агента, которые являются способными к примированию иммунного ответа, направленного против патогенного варианта инфекционного агента.

Многочисленные группы исследователей изучали также применение вакцин в качестве потенциального терапевтического способа лечения рака различных типов. Такой специфический тип вакцинной стратегии в общем случае называется иммунотерапией.

В последние годы был достигнут прогресс в разработке рекомбинантных вакцин, в частности, рекомбинантных живых вакцин, в которых чужеродные антигены, представляющие интерес, кодируются и экспрессируются с помощью вектора. Среди них векторы на основе рекомбинантных вирусов были продемонстрированы как многообещающие и такие, которые играют важную роль в разработке новых вакцин. Множество векторов были исследованы на их способность экспрессировать белки из чужеродных патогенов или опухолевой ткани, а также индуцировать специфические иммунные ответы против этих антигенов in vivo. В общем случае, эти основанные на генах вакцины могут стимулировать мощные гуморальные и клеточные иммунные ответы, вирусные векторы могут также представлять собой эффективную стратегию как для доставки генов, кодирующих антиген, так и для способствования и усиления презентации антигена. Для того чтобы использоваться в качестве носителей вакцин идеальные вирусные векторы должны быть безопасными и способными к эффективной презентации необходимых специфических для патогена антигенов иммунной системе. Кроме того, векторная система должна соответствовать критериям, которые позволяют осуществлять ее получение на промышленной основе. Некоторые вирусные вакцинные векторы являются известными на сегодняшний день, все они обладают относительными преимуществами и ограничениями в зависимости от предлагаемого применения (для обзора рекомбинантных вирусных вакцин смотри, например, Harrop и Carroll, 2006, Front Biosci., 11, 804-817; Yokoyama и др., 1997, J Vet Med Sci.,59, 311-322).

После наблюдения, сделанного в начале 1990-ых, что векторы на основе плазмидной ДНК могут непосредственно трансфецировать клетки животных in vivo, были предприняты значительные усилия ученых для разработки методик вакцинации на основе применения ДНК плазмид для индукции иммунного ответа, путем непосредственного введения в животных ДНК, которая кодирует антигены. Такие методики, которые, как правило, именуются ДНК вакцинацией использовались в настоящее время для индукции протективных иммунных ответов в большом количестве моделей заболевания. Для обзора ДНК вакцин смотри Reyes-Sandoval и Ert, 2001 (Current Molecular Medicine, 1, 217-243).

Однако общая проблема в области вакцин заключается в идентификации средств индукции достаточного сильного иммунного ответа у вакцинированных индивидуумов для защиты и/или лечения инфекции и заболевания и, таким образом, в продлении выживания пациента, имеющего заболевание, например, рак.

Так, например, основные усилия в последние годы были направлены на открытие новых лекарственных средств, которые действуют путем стимуляции определенных ключевых аспектов иммунной системы, которые будут служить для повышения иммунного ответа, индуцированного с помощью вакцин. Большинство из этих соединений, которые называются модификаторами иммунного ответа (IRM) или адъювантами, как выяснилось, действуют с помощью основных механизмов иммунной системы через Toll-подобные рецепторы (TLR) для индукции биосинтеза различных важных цитокинов (например, интерферонов, интерлейкинов, фактора некроза опухоли, и т.д., смотри, например, Schiller и др., 2006, Exp Dermatol., 15, 331-341). Такие соединения были продемонстрированы как такие, которые стимулируют быстрое высвобождение определенных дендритных клеток, цитокинов, имеющих происхождение от моноцитов/макрофагов, а также являются способными к стимулированию В клеток для секреции антител, которые играют важную роль в противовирусной и противоопухолевой активности IRM соединений.

Альтернативно, были предложены стратегии вакцинации, большинство из которых основываются на режиме вакцинации примирования - бустер-инъекции, В соответствии с этими протоколами "примирования - бустер-инъекции" иммунная система сначала индуцируется путем введения пациенту примирующей композиции, а потом активизируется путем введения второй композиции для стимуляции (смотри, например, ЕР 1411974 или US 20030191076).

Было показано, что функциональная активация и понижающая регуляция цитотоксичности клеток естественных киллеров (NK) может играть основную роль в репродуктивном выходе (Nitrivalas и др., 2001, Human Reproduction, 16, 855-861). В частности, Thum и др, 2004, Human Reproduction, 19, 2395-2400, оценивали влияние абсолютного количества специфического маркера экспрессии, находящегося на клетках естественных киллеров периферической крови (NK), на значения имплантации и самопроизвольного аборта после лечения на основе in vitro оплодотворения (IVF). Авторы определили, что повышение абсолютного количества активированных клеток NK в периферической крови ассоциируется со сниженным значением имплантации эмбриона при IVF лечении. Кроме того, женщины с высоким абсолютным значением клеток NK в периферической крови, которые являлись способными достигать беременности, имели более высокое значение самопроизвольных абортов.

В настоящее время заявителем было идентифицировано новое средство и стратегия вакцинации. В соответствии с первым воплощением настоящее изобретение относится к способу лечения пациента от заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, включающей, по крайней мере, один антиген, где указанный пациент является выбранным из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток.

Настоящее изобретение, таким образом, относится к способу лечения пациента с заболеванием человека путем введения иммуногенной композиции, включающей, по крайней мере, один антиген, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор одного пациента из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток,

- введение указанному выбранному пациенту указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, где указанный пациент является выбранным из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа), по крайней мере, на один антиген у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, где указанный пациент является выбранным из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, где указанный пациент является выбранным из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток и где указанный повышенный иммунный ответ является врожденным иммунным ответом. Врожденный иммунный ответ представляет собой начальную иммунную защиту организма от патогенов и вызывается разнообразными клетками, включая клетки, презентирующие антиген или "АРС". Эти клетки экспрессируют поверхностные и цитоплазматические рецепторы, которые узнают молекулы чужеродного происхождения (например, бактериальные и вирусные нуклеиновые кислоты, белки, углеводы). При определении этих сигналов дендритные клетки и макрофаги вызывают защитную реакцию, которая включает высвобождение цитокинов (включая интерфероны, TNF-.альфа., и IL-12) и хемокинов, которые привлекают клетки, такие, как незрелые дендритные клетки, макрофаги, NK клетки и гранулоциты, к сайту антигенного стимула. Врожденный иммунный ответ, таким образом, обеспечивает неспецифическую защиту, в то время, как организм генерирует адаптивный ответ.

Настоящее изобретение, таким образом, относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор одного пациента из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток,

- введение указанному выбранному пациенту указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа, по крайней мере, на один антиген (то есть, усиленного иммунного ответа), у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор пациента из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток,

- введение указанному выбранному пациенту указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, где указанный повышенный иммунный ответ является врожденным иммунным ответом, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор пациента из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток,

- введение указанному выбранному пациенту указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа на, по крайней мере, один антиген (то есть, усиленного иммунного ответа), у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека путем введения иммуногенной композиции, где указанный повышенный иммунный ответ является врожденным иммунным ответом, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу прогнозирования, является ли пациент или не является ли он чувствительным к развитию терапевтического или профилактического иммунного ответа путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент предполагается как такой, который обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу отбора пациента, чувствительного к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу прогнозирования, является ли пациент или не является ли он способным отвечать позитивно на лечение, включающее введение иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент предполагается как такой, который обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к способу отбора пациентов, способных отвечать позитивно на лечение, включающее введение иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к ех-vivo способу для определения, будет ли пациент терапевтически отвечать на способ лечения, включающий введение иммуногенной композиции, где способ определения включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент будет развивать профилактический или терапевтический иммунный ответ на иммуногенную композицию.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к ех-vivo способу для определения будет ли пациент терапевтически отвечать на способ лечения рака путем введения иммуногенной композиции, где способ тестирования включает этапы:

- получения образца крови от пациента; и

- измерение уровней активированных NK клеток, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент будет отвечать терапевтически на способ лечения рака.

Как используется в данной заявке во всем описании, неопределенные артикли используются в том смысле, что они означают "по крайней мере, одно", "по крайней мере, первое", "одно или более" или "множество" указанных соединений или этапов, если в контексте не указано иное. Например, термин "клетка" включает множество клеток, включая их смеси. В частности, "по крайней мере, один" и "один или более" означает число, которое равно одному или более, чем одному, с особым предпочтением для одного, двух или трех.

Термин "и/или" при использовании где-либо в данной заявке включает значения "и", "или" и "все" или любую другую комбинацию элементов, связанную указанными терминами.

Термин "около" или "приблизительно", как используется в данной заявке, означает величину в пределах 20%, предпочтительно в пределах 10%, и более предпочтительно в пределах 5%.

Термины "пациент", "субъект" относятся к позвоночному, в частности, к представителям видов млекопитающих и включают, но без ограничения таковыми, домашних животных, спортивных животных, приматов, включая людей.

Как используется в данной заявке, термин "лечение" или "осуществление лечения" охватывает профилактику и/или терапию. В соответствии с этим иммуногенные композиции или способы в соответствии с настоящим изобретением не являются ограниченными терапевтическими применениями и могут использоваться с профилактическими целями. Таковое охватывается в данной заявке термином "для развития профилактического или терапевтического иммунного ответа". "Профилактика" не ограничивается предотвращением непосредственных заболеваний (например, инфекционных заболеваний), он дополнительно охватывает предотвращение долгосрочных последствий этих инфекций, таких, как цирроз или рак.

"Эффективное количество" или "достаточное количество" активного соединения представляет собой количество, достаточное для того, чтобы вызвать выгодные или желательные результаты, включая клинические результаты. Эффективное количество может вводиться при использовании одного или более введений. "Терапевтически эффективное количество" представляет собой количество для достижения выгодных клинических результатов, включая, но без ограничения, ослабление одного или более симптомов, ассоциированных с вирусной инфекцией, а также предотвращение заболевания (например, предотвращение одного или более симптомов инфекции).

Термины "пациент, выбранный из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, обладающих низкими уровнями активированных NK клеток" будут применяться для обозначения пациента, для которого уровень активированных NK клеток является измеренным так, как представлено в данной заявке, и который обладает низкими уровнями активированных NK клеток. Когда количество исследуемых пациентов является большим, чем 1, то указанные пациенты образуют популяцию пациентов.

Как используется в данной заявке, термины "активированные NK клетки" означает клетки лимфоцитов, которые экспрессируют CD 16, CD56 и CD69 антигены поверхности клеток. В соответствии с предпочтительным воплощением указанные активированные NK клетки также не экспрессируют поверхностного CD3 антигена. Для обзора, пожалуйста, обратитесь к Vivier и др., 2008, Nature Immunology, 9, 503-510. Альтернативно, активированные NK клетки могут быть дополнительно определены на основе экспрессии и/или продукции IL27 (Villarino и др, 2005, J ImmunoL, 174, 7684-91), Lyl08 (Zhong и Veilette, 2008, JBC, 283(28), 19255-64), перворина (Morissette и др., 2007. Respir Res., 8, 62), гранзима В (Ida и др, 2003, Eur J ImmunoL, 33, 3284-92), IL21/21R (Frederiksen и др, 2008, Cancer Immunol Immunother., 57, 1439-49; Dodds и др., 2008. Cancer Immunol Immunother., октябрь), CXCR1 (Inngjerdingen и др., 2001, Blood., 97, 367-75), CD244 (Gao и др., J Immunol. 2006 Mar 1; 176(5): 2758-64), IL15R и/или гранулизина. Эти термины широко используются в области техники.

В соответствии со специальными воплощениями термины "пациент будет отвечать терапевтически" означают, что указанный пациент обладает повышением коэффициента выживаемости (смотри для примера раздел примеров).

В соответствии с данным изобретением уровни активированных NK клеток могут определяться, например, с помощью проточной цитометрии (например, с помощью проточной цитофлуориметрии), анализа лизиса клеток-мишеней, и, в частности, с помощью проточной цитометрии на основе 3 или более цветов (например, Beckton Dickinson, Beckman Coulter). Смотри, например, Ntrivalas и др, 2001, Human Reproduction, 16, 855-861; Borrego и др, 1993, Eur. J. ImmunoL, 23, 1039-1043.

В соответствии с изобретением уровни активированных NK клеток могут быть определены на образцах общей крови или на изолированных мононуклеарных клетках периферической крови (РВМС) [например, с помощью очистки мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС) с использованием фиколла и гипака (Bennett & Breit 1994, J Leukoc BioL, 56(3), 236-40), или при использовании Sigma Accuspin системы (Sigma-Aldrich Ltd.) в соответствии с инструкциями производителя, и других подобных методик].

В соответствии с одним воплощением изобретения уровень активированных NK клеток определяется при использовании антител.

В соответствии с одним специфическим воплощением изобретения указанные антитела представляют собой моноклональные антитела.

В соответствии с одним специфическим воплощением изобретения указанные антитела являются меченными, например, с помощью флуоресцентной, радиоактивной метки, фермента, биотина или с помощью любых других способов, предназначенных для того, чтобы обеспечить клетки, меченные с помощью указанных антител, способные к определению. Такие методики широко используются и являются известными в области техники.

В соответствии с одним предпочтительным воплщением изобретения уровни активированных NK клеток определяют при использовании антител, специфических для CD16, CD56 и/или CD69, предпочтительно с помощью антител, специфических для CD16, CD56 и CD69. Альтернативно, указанные уровни активированных NK клеток дополнительно определяют при использовании антител, специфических для CD3.

Таким образом, например, уровни активированных NK клеток определяются путем забора периферической крови и инкубации клеток с моноклональными антителами (например, с анти-CD3, анти-CD4, анти-CD8, анти-CD19, анти-CD56, анти-CD69 и/или анти-CD16). Потом уровни активированных NK клеток определяют с помощью прибора, который производится Instrumentation Laboratory-Beckman Coulter, с He-Ne пучком лазерного излучения, который распознает длины волн четырех различных флуорохромов (флуоресцеин изотиоцианат FITC, фикоэритрин PE/RD1, ECD, PC5/PE).

Уровни активированных NK клеток могут выражаться либо в (i) процентах (%) лимфоцитов периферической крови, которые экспрессируют CD16, CD56 и CD69 поврехностные антигены клеток, либо в (ii) абсолютном количестве активированных NK клеток на микролитр цельной периферической крови. В соответствии с одним воплощением указанные лимфоциты периферической крови были изолированы из цельной крови и хранились в замороженном состоянии до анализа.

Как используется в данной заявке, термины "низкие уровни активированных NK клеток" означают либо (i) уровни активированных NK клеток, составляющие менее, чем приблизительно 5%, преимущественно менее, чем приблизительно 4,5%, предпочтительно менее, чем приблизительно 4% и даже более предпочтительно менее, чем приблизительно 3,5%, и даже более предпочтительно менее, чем приблизительно 3,45% или (ii) менее, чем приблизительно 75, предпочтительно менее, чем приблизительно 60, и более предпочтительно менее, чем приблизительно 50 активированных NK клеток, в частности, менее, чем приблизительно 35 активированных NK клеток, предпочтительно тех, которые присутствуют в популяции мононуклеарных клеток, на микролитр цельной периферической крови.

Как используется в данной заявке, термины "иммуногенная композиция" "вакцинная композиция", "вакцины" или подобные термины могут использоваться попеременно и означают агент, приемлемый для стимулирования/индукции/повышения иммунной системы человека для ослабления настоящего состояния или для защиты от, или для снижения настоящего или будущего вреда или инфекций (включая вирусные, бактериальные и паразитарные инфекции), например, сниженную пролиферацию опухолевых клеток или выживание, сниженную репликацию патогена или распространение у пациента, или способное к определению снижение нежелательного(ых) симптома(ов), ассоциированного(ых) с состоянием, продление выживания пациента. Указанные иммуногенные композиции могут содержать (i) весь или часть, по крайней мере, одного меченного антигена и/или (ii) по крайней мере, один рекомбинантный вектор, экспрессирующий in vivo всю или часть, по крайней мере, одной гетерологичной нуклеотидной последовательности, в частности гетерологичной нуклеотидной последовательности, кодирующей весь или часть, по крайней мере, одного меченного антигена. В соответствии с альтернативным воплощением иммуногенная композиция в соответствии с изобретением включает (iii) по крайней мере, один модификатор иммунного ответа, один или в комбинации с (i) и/или (ii). Примеры таких модификаторов иммунного ответа (IRM) включают CpG олигонуклеотиды (смотри US 6,194,388; US 2006094683; WO 2004039829, для примера), липополисахариды, комплексы полиинозиновой:полицитидиловой кислоты (Kadowaki, и др., 2001, J. Immunol. 166, 2291-2295), а также полипептиды и белки, известные как такие, которые индуцируют продукцию цитокинов дендритными клетками и/или моноцитами/макрофагами. Другие примеры таких модификаторов иммунного ответа (IRM) представляют собой малые органические молекулы, такие, как имидазохинолинамины, имидазопиридинамины, 6,7-конденсированные циклоалкилимидазопиридинамины, имидазонафтиридинамины, оксазолхинолинамины, тиазолхинолинамины и 1,2-соединенные мостиковой связью имидхиназолинамины (смотри, например, US 4,689,338; US 5,389,640; US 6,110,929; и US 6,331,539).

Как используется в данной заявке, термин "антиген" относится к любому веществу, включая комплексный антиген (например, опухолевые клетки, инфицированные вирусом клетки, и тому подобное), который является способным представлять собой мишень для иммунного ответа. Антиген может быть мишенью, например, для опосредованного клетками и/или гуморального иммунного ответа, который вызывается у пациента. Термин "антиген" охватывает, например, все или часть вирусных антигенов, специфических для опухоли и связанных с опухолью антигенов, бактериальные антигены, паразитарные антигены, аллергены и подобные им:

- Вирусные антигены включают, например, антигены из вирусов гепатита А, В, С, D и Е, ВИЧ, вирусов герпеса, цитомегаловируса, вируса ветряной оспы, папилломавирусов, вируса Эпштейна-Барра, вирусов гриппа, вирусов парагриппа, аденовирусов, вирусов Коксаки, пикорнавирусов, ротавирусов, респираторно-синцитиальных вирусов, вирусов оспы, риновирусов, вируса коревой краснухи, паповавируса, вируса паротита, вируса кори; некоторые неограничивающие примеры вирусных антигенов включают следующие: антигены, которые имеют происхождение от ВИЧ-1, такие, как tat, nef, gp120 или gp160, gp40, p24, gag, env, vif, vpr, vpu, rev или их часть и/или их комбинации; антигены, которые имеют происхождение от вирусов герпеса человека, такие, как gH, gL gM gB gC gK gE или gD или или их часть и/или их комбинации, или предраннего белка, такого, как ICP27, ICP47, ICP4, ICP36 из HSV1 или HSV2; антигены, имеющие происхождение от цитомегаловируса, в частности, цитомегаловируса человека, такого, как gB или его производные; антигены, имеющие происхождение от вируса Эпштейна-Барра, такие, как gp350 или его производные; антигены, имеющие происхождение от вируса ветряной оспы, таких, как gp1, 11, 111 и IE63; антигены, имеющие происхождение от вируса гепатита, такие, как антиген вируса гепатита В, гепатита С или гепатита Е (например, env белок Е1 или Е2, коровый белок, NS2, NS3, NS4a, NS4b, NS5a, NS5b, p7, или часть и/или комбинации HCV); антигены, имеющие происхождение от папилломавирусов человека (например, HPV6, 11, 16, 18, например, LI, L2, Е1, Е2, Е3, Е4, Е5, Е6, Е7, или их часть и/или их комбинации); антигены, имеющие происхождение от вирусных патогенов, таких, как респираторно-синцитиальный вирус (например, F и G белки или их производные), вирус парагриппа, вирус кори, вирус паротита, флавивирус (например, вирус желтой лихорадки, вирус лихорадки Денге, вирус клещевого энцефалита, вирус японского энцефалита) или вирус гриппа (например, НА, NP, NA, или М белки, или их части и/или их комбинации);

- Специфические для опухоли или связанные с опухолью антигены включают, но без ограничения, таковые карциномы, лимфомы, бластомы, саркомы и лейкемии. В частности, примеры включают рак молочной железы, рак предстательной железы, рак толстого кишечника, рак чешуйчатых клеток, мелкоклеточный рак легких, немелкоклеточный рак легких, гастро-интестинальный рак, рак поджелудочной железы, глиобластому, рак шейки матки, рак яичника, рак печени, рак желчного или мочевого пузыря, гепатому, колоректальный рак, карциному эндометрия, карциному слюнных желез, почечный рак, рак печени, вульвалярный рак, рак щитовидной железы, печеночную карциному и различные типы рака головы и шеи, ренальный рак, злокачественную меланому, ларингеальный рак, рак предстательной железы. Раковые антигены представляют собой антигены, которые потенциально могут стимулировать явные специфические для опухоли иммунные ответы. Некоторые из этих антигенов кодируются, хотя необходимым образом не экспрессируются, нормальными клетками. Эти антигены могут характеризоваться как такие, которые в норме являются молчащими (то есть, не экспрессируются) в нормальных клетках, как такие, которые экспрессируются только на низких уровнях или на определенных стадиях, и такие, которые временно экспрессируются как эмбриональные и фетальные антигены. Другие раковые антигены кодируются мутантными клеточными генами, такими, как онкогены (например, активированный ras онкоген), супрессорные гены (например, мутант р53), слитые белки, имеющие происхождение от внутренних делеций или хромосомных транслокаций. Другие раковые антигены могут кодироваться вирусными генами, такими, которые несут РНК и ДНК опухолевых вирусов. Некоторые неограничивающие примеры специфических для опухоли и связанных с опухолью антигенов включают MART-1/Melan-A, gp100, дипептидил пептидазу IV (DPPIV), белок, который связывает аденозиндезаминазу (ADAbp), циклофиллин b, колоректальный ассоциированный антиген (CRC)-C017-1A/GA733, карциноэмбриональный антиген (СЕА) и его иммуногенные эпитопы САР-1 и САР-2, etv6, amil, специфический для предстательной железы антиген (PSA) и его иммуногенные эпитопы PSA-1, PSA-2, и PSA-3, специфический для предстательной железы мембранный антиген (PSMA), Т-клеточный рецептор/СО3-зета цепь, MAGE-семейство опухолевых антигенов (например, MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-А4, MAGE-A5, MAGE-A6, MAGE-A7, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-АН, MAGE-A12, MAGE-Xp2 (MAGE-B2), MAGE-Хр3 (MAGE-B3), MAGE-Xp4 (MAGE-В4), MAGE-C1, MAGE-C2, MAGE-C3, MAGE-C4, MAGE-C5), GAGE-семейство опухолевых антигенов (например, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE-7, GAGE-8, GAGE-9), BAGE, RAGE, LAGE-1, NAG, GnT-V, MUM-1, CDK4, тирозиназа, р53, MUC семейство (например, MUC-1), HER2/neu, p21ras, RCAS1, альфа-фетопротеин, Е-кадгерин, альфа-катенин, бета-катенин и гамма-катенин, pl20ctn, gp100.sup.Pmel 117, FRAME, NY-ESO-1, cdc27, белок аденоматозного полипоза толстой кишки (АРС), фодрин, коннексин 37, Ig-идиотип, р15, gp75, GM2 и GD2 ганглиозиды, вирусные продукты, такие, как белки папилломавируса человека, Smad семейство опухолевых антигенов, Imp-1, PI А, кодируемый EBV ядерный антиген (EBNA)-1, гликогенфосфорилаза мозга, SSX-1, SSX-2 (HOM-MEL-40), SSX-1, SSX-4, SSX-5, SCP-1 и СТ-7, и с-erbВ-2;

- бактериальные антигены включают, например, антигены из Mycobacteria, которые вызывают туберкулез и проказу, пневмококки, аэробные грамм-негативные бациллы, микоплазму, стафилококковые инфекции, стрептококковые инфекции, сальмонеллу, хламидии, нейссерии;

- другие антигены включают, например, антигены из возбудителя малярии, лейшманиоза, трипаносомоза, токсоплазмоза, шистоматоза, филяриоза;

- аллергены относятся к веществам, которые могут индуцировать аллергический или астматический ответ у чувствительного пациента. Список аллергенов является громадным и может включать пыльцу, яды насекомых, пыль из шерсти животных, споры грибов и лекарственные средства (например, пенициллин). Примеры природных, животных и растительных аллергенов включают, но без ограничения, белки, специфические для следующих видов: собачьи (Canis familiar-is); Dermatophagoides (например, Dermatophagoides farinae); кошачьи (Felis domesticus); амброзия (Ambrosia artemiisfolia); плевел (например, Lolium perenne или Lolium multiflorum); криптомерия (Cryptomeria japonica); альтернария (Altemaria altemata); Alder; ольха (Ainus gultinoasa); береза (Betula verrucosa); дуб (Quercus alba); маслины (Olea europa); полынь (Artemisia vulgaris); подорожник (например, Plantago lanceolata); постенница (например, Parietaria officinalis или Parietaria judaica); тараканы (например, Blattella germanica); пчелы (например, Apis multiflorum); кипарис (например, Cupressus sempervirens, Cupressus arizonica и Cupressus macrocarpa); можжевельник (например, Juniperus sabinoides, Juniperus virginiana, Juniperus communis и Juniperus ashei); туя (например, Thuya orientalis); кипарисовик (например, Chamaecyparis obtusa); американский таракан (например, Periplaneta americana); житняк (например, Agropyron repens); рожь (например, Secale cereale); пшеница (например, Triticum aestivum); ежа (например, Dactylis glomerata); овсянница (например, Festuca elatior); мятлик (например, Poa pratensis или Роа compressa); овес (например, Avena sativa); бухарник (например, Holcus lanatus); Anthoxanthum (например, Anthoxanthum odoratum); райграс (например, Arrhenatherum elatius); полевица (например, Agrostis alba); тимофеевка (например, Phleum pratense); фалярис (например, Phalaris arundinacea); паспалум (например, Paspalum notatum); сорго (например. Sorghum halepensis); и костер (например, Bromus inermis).

В соответствии с одним специфическим воплощением указанный антиген кодируется гетерологичной нуклеотидной последовательностью и экспрессируется in vivo с помощью рекомбинантного вектора.

В частном предпочтительном воплощении гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует один или более из всех или части антигенов HBV-PreS1 PreS2 и поверхностные env белки, коровые и polHIV-gpl20 gp40,gpl60, p24, gag, pol, env, vif, vpr, vpu, tat, rev, nef; HPV-E1, E2, E3, E4, E5, E6, E7, E8, LI, L2 (смотри, например, WO 90/10459. WO 98/04705, WO 99/03885); HCV env белок El или Е2, коровые белки, NS2, NS3, NS4a, NS4b, NS5a, NS5b. p7 (смотри, например, WO 2004111082, W02005051420); Muc-1 (see например, US 5,861,381; US 6,054,438; WO 98/04727; WO 98/37095).

В соответствии с вариантами изобретения иммуногенная композиция содержит, по крайней мере, два антигена или гетерологичную нуклеотидную последовательность, которая кодирует, по крайней мере, два антигена, или, по крайней мере, две гетерологичные нуклеотидны последовательности, которые кодируют, по крайней мере, два антигена, или любую их комбинацию.

В соответствии с другим специальным воплощением указанная гетерологичная нуклеотидная последовательность в соответствии с настоящим изобретением кодирует весь или часть HPV антигена(ов), выбранных из группы, которая состоит из Е6 раннего кодирующего участка HPV, E7 раннего кодирующего участка HPV и их производных и комбинаций.

HPV антиген, кодируемый рекомбинантным вектором в соответствии с изобретением, является выбранным из группы, состоящей из HPV Е6 полипептида, HPV E7 полипептида или обоих HPV Е6 полипептида и HPV E7 полипептида. Настоящее изобретение охватывает применение HPV E6 полипептида, который, связываясь с р53, изменяется или, по крайней мере, значительно уменьшается, и/или применение любого HPV E7 полипептида, который, связываясь с Rb, изменяется или, по крайней мере, значительно уменьшается, (Monger и др., 1989, EMBO J.8, 4099-4105; Crook и др., 1991, Cell 67, 547-556; Heck и др., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4442-4446; Phelps и др., 1992, J.Virol. 66, 2148-2427). Неонкогенный вариант HPV-16 Е6, который является приемлемым для цели настоящего изобретения, получают путем делегирования одного или более аминокислотных остатков, которые размещаются от положения приблизительно 118 до положения приблизительно 122 (+1 представляет собой первый остаток метионина природного Е6 полипептида HPV-16), с особым предпочтением для полной делеции остатков от 118 до 122 (СРЕЕК). Неонкогенный вариант HPV-16 E7, который является приемлемым для цели настоящего изобретения, получают путем делегирования одного или более аминокислотных остатков, которые размещаются от положения приблизительно 21 до положения приблизительно 26 (+1 представляющий собой первый остаток метионина природного E7 полипептида HPV-16), с особым предпочтением для полной делеции остатков от 21 до 26 (DLYCYE). В соответствии с предпочтительным воплощением один или более раннего(их) полипептида(ов) HPV-16, которые используются в изобретении, является(являются) дополнительно модифицированными так, что улучшают презентацию МНС класса I и/или МНС класса II, и/или стимулируют анти-HPV иммунитет.Е6 и E7 полипептиды HPV пердставляют собой ядерные белки, и ранее было показано, что мембранная презентация позволяет улучшить их терапевтическую эффективность (смотри, например, WO 99/03885). Таким образом, может быть желательным модифицировать, по крайней мере, один из ранних полипептидов HPV для прикрепления к клеточной мембране. Прикрепление к мембране может быть легко достигнуто путем встраивания в ранний полипептид HPV последовательности закрепления на мембране, и если природный полипептид не содержит секреторной последовательности (то есть, сигнального пептида). Последовательности закрепления на мембране и секреторные последовательности являются известными в области техники. Кратко, секреторные последовательности присутствуют на N-терминальном конце полипептидов, презентированных на мембране, или секретируемых полипептидов и инициируют их прохождение в эндоплазматический ретикулум (ER). Они обычно включают от 15 до 35 существенно гидрофобных аминокислот, которые потом удаляются с помощью размещенной на ER эндопептидазы с получением зрелого полипептида. Последовательности закрепления на мембране являются обычно высоко гидрофобными по природе и служат служат для закрепления полипептидов в клеточной мембране (смотри, например, Branden и Tooze, 1991, в Introduction to Protein Structure, стр.202-214, NY Garland).

Выбор последовательностей закрепления на мембране и секреторных последовательностей, которые могут использоваться в контексте настоящего изобретения, является огромным. Они могут быть получены из любого закрепленного на мембране и/или секретируемого полипептида, включающего ее (например, клеточных и вирусных полипептидов), таких, как гликопротеин вируса бешенства, гликопротеин оболочки вируса ВИЧ или F белка вируса коревой краснухи, или она может быть синтетической. Последовательности закрепления на мембране и/или секреторные последовательности, встроенные в каждый из ранних полипептидов HPV-16, используемые в настоящем изобретении, могут иметь общее или отличное происхождение. Предпочтительный сайт встраивания секреторной последовательности представляет собой N-терминальный конец, расположенный ниже от кодона инициации трансляции, а такой последовательности закрепления на мембране представляет собой С-терминальный конец, например, непосредственно выше от стоп-кодона.

Е6 полипептид HPV, который используется в настоящем изобретении, предпочтительно является модифицированным путем встраивания секреторных сигналов и сигналов закрепления на мембране белка F коревой краснухи. Необязательно, или в комбинации, Е7 полипептид HPV, который используется в настоящем изобретении, является модифицированным путем встраивания секреторных сигналов и сигналов закрепления на мембране вируса бешенства.

Терапевтическая эффективность рекомбинантного вектора может также быть улучшена при использовании одной или более нуклеиновых кислот, кодирующих полипептид(ы)-иммуностимулятор(ы). Например, может быть предпочтительным связывать ранний(е) полипептид(ы) HPV с полипептидом, таким, как кальретикулин (Cheng и др., 2001, J.Clin. Invest. 108, 669-678), белок 70 теплового шока Mycobacterium tuberculosis (HSP70) (Chen и др., 2000, Cancer Res. 60, 1035-1042), убиквитин (Rodriguez и др., 1997, J.Virol. 71, 8497-8503) или домен транслокации бактериального токсина, такого, как эндотоксин A Pseudomonas aeruginosa (ETA(dIII)) (Hung и др., 2001 Cancer Res.61, 3698-3703).

В соответствии с другим и предпочтительным воплощением рекомбинантный вектор в соответствии с изобретением включает нуклеиновую кислоту, кодирующую один или более ранний(е) полипептид(ы), как определено выше, и, в частности, ранние полипептиды Е6 и/или Е7 HPV-18 и/или HPV-16.

В соответствии с другим специальным и предпочтительным воплощением указанная гетерологичная нуклеотидная последовательность в соответствии с настоящим изобретением кодирует весь или часть MUC 1 антигена или его производные.

В соответствии с другим специальным воплощением указанная гетерологичная нуклеотидная последовательность в соответствии с настоящим изобретением кодирует один или более из всех или части тех, что перечислены ниже: Е1 или Е2 белок оболочки HCV, сердцевинные белки, NS2, NS3, NS4a, NS4b, NS5a, NS5b, p7 или их производные. В соответствии с другим специальным воплощением указанная гетерологичная нуклеотидная последовательность в соответствии с настоящим изобретением, кодирует один или более слитых белков, где конфигурация не является нативной в смысле того, что, по крайней мере, один из NS полипептидов оказывается в порядке, который отличается от такого в нативной конфигурации. Таким образом, если слитый белок включает NS3 полипептид, NS4A полипептид и NS5B полипептид, то нативная конфигурация будет представлять собой NS3-NS4A-NS5B с NS3 на N-терминальном конце и NS5B на С-терминальном конце. В противовес этому, ненативная конфигурация может представлять собой NS5B-NS3-NS4A, NS5B-NS4A-NS3, NS4A-NS3-NS5B, NS4A-NS5B-NS3 или NS3-NS5B-NS4A. В частности, слитый белок в соответствии с изобретение включает, по крайней мере, один из следующих:

- NS4A полипептид, слитый непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS3 полипептида;

- NS3 полипептид, слитый непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS5B полипептида;

- NS4B полипептид, слитый непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS5B полипептида;

- NS4A полипептид, слитый непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS3 полипептида, который является слитым непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS4B полипептида; и/или

- NS3 полипептид, слитый непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS4B полипептида, который является слитым непосредственно или с помощью линкера с N-терминальным концом NS5B полипептида.

В таких специфических частях слитого белка в соответствии с изобретением каждый из NS полипептидов может быть независимо нативным или модифицированным. Например, NS4A полипептид, который входит в состав NS4A-NS3 части, может быть нативным, в то время, как NS3 полипептид включает, по крайней мере, одну из модификаций, описанных выше.

В случае необходимости, молекула нуклеиновой кислоты, которая используется в изобретении, может быть оптимизирована для обеспечения высокого уровня экспрессии целевого антигена (например, раннего(их) полипептида(ов) HPV) в определенной хозяйской клетке или организме, например, в хозяйской клетке или организме человека. Типично, оптимизацию по кодонам осуществляют путем замены одного или более "нативных" (например, HPV) кодонов, соответствующих кодонам, которые редко встречаются в хозяйской клетке млекопитающего, одним или более кодонами, кодирующими ту же аминокислоту, которые используются чаще. Этого можно достичь с помощью традиционного мутагенеза или с помощью методик химического синтеза (что приводит, например, к получению синтетической нуклеиновой кислоты). Не является необходимым заменять все нативные кодоны, соответствующие нечасто встречающимся кодонам, поскольку повышенная экспрессия может быть достигнута даже при частичной замене. Кроме того, некоторые отклонения от строгого соблюдения оптимизированного использования кодонов могут быть осуществлены для введения сайта(ов) рестрикции.

Как используется в данной заявке, термин "рекомбинантный вектор" относится к вирусным, а также невирусным векторам, включая экстрахромосомные (например, эписомные), мультикопийные и интегрирующие векторы (то есть, для того, чтобы быть встроенными в хозяйские хромосомы). В частности, в контексте изобретения важными являются векторы для применения в генной терапии (то есть, такие, которые являются способными к доставке нуклеиновой кислоты в хозяйский организм), а также экспрессионные векторы для применения в различных экспрессионных системах. Приемлемые невирусные векторы включают плазмиды, такие, как pREP4, pCEP4 (Invitrogene), pCI (Promega), pCDM8 (Seed, 1987, Nature 329, 840), pVAX и pgWiz (Gene Therapy System Inc; Himoudi и др., 2002, J. Virol. 76, 12735-12746). Приемлемые вирусные векторы могут представлять собой такие, которые имеют происхождение от широкого разнообразия различных вирусов (например, ретровируса, аденовируса, AAV, вируса оспы, вируса герпеса, вируса кори, пенящего вируса и подобных им). Как используется в данной заявке, термин "вирусный вектор" охватывает векторную ДНК/РНК, а также вирусные частицы, полученные из них. Вирусные векторы могут быть репликационно компетентными, или могут быть генетически поврежденными, такими, как дефектными по репликации, или обладать поврежденной репликацией. Термин "репликативно компетентный", как используется в данной заявке, охватывает репликативно селективные и условно репликативные вирусные векторы, которые конструируют для лучшей или селективной репликации в специфических хозяйских клетках (например, опухолевых клетках).

В одном аспекте рекомбинантный вектор, который используется в изобретении, представляет собой рекомбинантный аденовирусный вектор (для обзора смотри "Аденовирусные векторы для генной терапии", 2002, ред. D.Curiel и J.Douglas, Academic Press). Он может быть получен из различных источников человеческого и животного происхождения и может использоваться любой серотип из аденовирусных серотипов от 1 до 51. Особенно предпочтительными являются человеческие аденовирусы 2 (Ad2), 5 (Ad5), 6 (Ad6), 11 (Ad11), 24 (Ad24) и 35 (Ad35). Такие аденовирусы являются доступными из Американской коллекции типовых культур (АТСС, Rockville, Md.), и являются описанными в многочисленных публикациях, которые описывают их последовательность, организацию и способы получения, позволяя специалисту в данной области техники применять их (смотри, например, US 6,133,028; US 6,110,735; WO 02/40665; WO 00/50573; EP 1016711; Vogels и др., 2003, J.Virol. 77, 8263-8271).

Аденовирусный вектор, который используется в настоящем изобретении, может быть репликативно компетентным. Многочисленные аденовирусные векторы являются легко доступными специалисту в данной области техники (смотри, например, Hemandez-Alcoceba и др., 2000, Human Gene Ther. 11, 2009-2024; Nemunaitis и др., 2001, Gene Ther. 8, 746-759; Alemany и др., 2000, Nature Biotechnology 18, 723-727). Например, они могут быть сконструированы, например, из генома аденовируса дикого типа путем делеции Е1А CR2 домена (смотри, например, WOOO/24408) и/или путем замены нативных промоторов Е1 и/или Е4 промоторами, специфическими для ткани, для опухоли или клетки (смотри, например, US 5,998,205, WO 99/25860, US 5,698,443, WO 00/46355, WO 00/15820 и WO 01/36650).

Альтернативно, аденовирусный вектор, который используется в изобретении, является дефектным по репликации (смотри, например, WO 94/28152; Lusky и др., 1998, J.Virol 72, 2022-2032). Предпочтительные дефектные по репликации аденовирусные векторы являются дефектными по Е1 (смотри, например, US 6,136,594 и US 6,013,638), с делецией Е1, которая располагается приблизительно от положения 459 до положения 3328, или приблизительно от положения 459 до положения 3510 (со ссылкой на последовательность человеческого аденовируса человека типа 5, раскрытую в GeneBank под депозитным номером М 73260 и в Chroboczek и др., 1992, Virol. 186, 280-285). Клонирующая способность может быть дополнительно улучшена путем делеции дополнительной(ых) части(частей) генома аденовируса (всего или части неэссенциального ЕЗ участка или других эссенциальных участков Е2, Е4). Инсерция нуклеиновой кислоты в любом расположении в аденовирусном векторе может быть осуществлена с помощью гомологичной рекомбинации, как описывается у Chartier и др. (1996, J.Virol. 70, 4805-4810). Например, нуклеиновая кислота, кодирующая Еб полипептид HPV-16, может быть встроена в замен Е1 участка, а нуклеиновая кислота, кодирующая Е7 полипептид HPV-16, может быть встроена в замен Е3 участка или наоборот.

В другом предпочтительном аспекте вектор, который используется в изобретении, представляет собой вектор на основе вируса оспы (смотри, например, Сох и др. in "Вирусы в генетической терапии человека" ред. J.М.Hos, Carolina Academic Press). В соответствии с другим предпочтительным воплощением он является выбранным из группы, которая состоит из вируса коровьей оспы, приемлемые вирусы коровьей оспы включают без ограничения Копенгагенский штамм (Goebel и др., 1990, Virol. 179, 247-266 и 517-563; Johnson и др., 1993, Virol. 196, 381-401), штамм Уайета и высоко аттенуированный вирус, который из него получен, включая MVA (для обзора смотри Mayr, А., и др., 1975, Infection 3, 6-14) и его производные (такие, как MVA штамм коровьей оспы 575 (ЕСАСС V00120707 - US 6,913,752), NYVAC (смотри WO 92/15672 - Tartaglia и др., 1992, Virology, 188, 217-232). Определение полной последовательности генома MVA и сравнение с Копенгагенским VV геномом позволяет осуществлять точную идентификацию семи делеций (от I до VII), которые возникают в геноме MVA (Antoine и др., 1998, Virology 244, 365-396), любая из которых может использоваться для встраивания нуклеиновой кислоты, кодирующей антиген. Вектор также может быть получен из любого другого члена семейства Poxviridae, в частности, оспы птиц (например, TROVAC, смотри Paoletti и др, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163); оспы канареек (например, ALVAC, WO 95/27780, Paoletti и др, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163); оспы голубей; оспы свиней и тому подобных. В качестве примера, специалист в данной области техники может обратиться к WO 92 15672 (введена в качестве ссылки, которая описывает получение экспрессионных векторов на основе вирусов оспы, способных к экспрессии такой гетерологичной нуклеотидной последовательности, в частности, нуклеотидной последовательности, кодирующей антиген.

Основная методика для встраивания нуклеиновой кислоты и ассоциированных регуляторных элементов, необходимых для экспрессии в геноме вируса оспы, описывается в многочисленных документах, доступных специалисту в данной области (Paul и др., 2002, Cancer gene Ther. 9, 470-477; Piccini и др., 1987, Methods of Enzymology 153, 545-563; US 4,769,330; US 4,772,848; US 4,603,112; US 5,100,587 и US 5,179,993). Обычно можно осуществлять поиск среди гомологичных рекомбинаций между перекрывающимися последовательностями (то есть, в желаемом сайте инсерции), присутствующими как в вирусном геноме, так и в плазмиде, которая несет нуклеиновую кислоту, подлежащую встраиванию.

Нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген в соответствии с изобретением, предпочтительно встраивают в неэссенциальном локусе генома вируса оспы, для того, чтобы рекомбинантный вирус оспы оставался жизнеспособным и инфекционным. Неэссенциальные участки представляют собой некодирующие межгенные участки или любой ген, инактивация или делеция которого существенно не нарушает роста вируса, репликацию и инфекционность. Можно также исследовать инсерцию в эссенциальном локусе вируса при условии, что дефектная функция обеспечивается в транс-форме в процессе получения вирусных частиц, например, при использовании линии клеток-хелперов, которые несут комплементирующие последовательности, соответствующие тем, которые были делегированы в геноме вируса оспы.

При использовании Копенгагенского вируса осповакцины нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген, предпочтительно встраивают в ген тимидинкиназы (tk) (Hruby и др., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci USA 80, 3411-3415; Weir и др., 1983. J. Virol. 46, 530-537). Однако другие сайты инсерции также являются приемлемыми, например, в гене гемагглютинина (Guo и др., 1989, J. Virol. 63,4189-4198), в K1L локусе, в гене u (Zhou и др., 1990, J. Gen. Virol. 71, 2185-2190) с левого конца генома вируса осповакцины, где в литературе было описано множество спонтанных или сконструированных делеций (Altenburger и др., 1989, Archives Virol. 105, 15-27; Moss и др. 1981, J.Virol. 40, 387-395; Panicali и др., 1981, J.Virol. 37, 1000-1010; Perkus и др., 1989, J.Virol. 63, 3829-3836; Perkus и др., 1990, Virol. 179, 276-286; Perkus и др., 1991, Virol. 180. 406-410).

При использовании MV нуклеиновая кислота, кодирующая антиген, может быть встроена в любой из идентифицированных делеций I-VII, а также в локусе D4R, но инсерция в делеций II или III является предпочтительной (Meyer и др., 1991, J.Gen. Virol. 72,1031-1038; Sutter и др., 1994, Vaccines 12,1032-1040).

При использовании вируса оспы птиц, несмотря на то, что может рассматриваться инсерция в пределах гена тимидинкиназы, нуклеиновая кислота, кодирующая антиген, предпочтительно вводится в межгенный участок, который размещается между ORF 7 и 9 (смотри, например, ЕР 314 569 и US 5,180,675).

В соответствии с одним специальным воплощением указанный рекомбинантный вектор представляет собой рекомбинантную плазмидную ДНК или рекомбинантный вирусный вектор.

В соответствии с другим специальным воплощением указанный рекомбинантный вирусный вектор представляет собой рекомбинантный аденовирусный вектор.

В соответствии с другим специальным воплощением указанный рекомбинантный вирусный вектор представляет собой рекомбинантный вектор осповакцины.

В соответствии с другим специальным воплощением указанный рекомбинантный вектор осповакцины представляет собой рекомбинантный MVA вектор.

Предпочтительно, когда кодирующая антиген нуклеиновая кислота, которая используется в изобретении, находится в форме, приемлемой для ее экспрессии в хозяйской клетке или организме, что означает, что последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует антиген, помещается под контролем одной или более регуляторных последовательностей, необходимых для ее экспрессии в хозяйской клетке или организме. Как используется в данной заявке, термин "регуляторная последовательность" относится к любой последовательности, которая позволяет осуществлять, вносит свой вклад в осуществление или модулирует экспрессию нуклеиновой кислоты в данной хозяйской клетке, включая репликацию, дупликацию, транскрипцию, сплайсинг, трансляцию, стабильность и/или транспорт нуклеиновой кислоты или одной из ее производных (то есть, мРНК) в хозяйской клетке. При этом специалист в данной области техники сможет понять, что выбор регуляторных последовательностей может зависеть от факторов, таких, как хозяйская клетка, вектор и желаемый уровень экспрессии. Нуклеиновая кислота, кодирующая антиген, оперативно связывается с последовательностью экспрессии гена, которая направляет экспрессию нуклеиновой кислоты антигена в эукариотической клетке. Последовательность генной экспрессии представляет собой любую регуляторную нуклеотидную последовательность, такую, как промоторная последовательность или комбинация промотор-энхансер, которая способствует эффективной транскрипции и трансляции нуклеиновой кислоты антигена, с которой она является оперативно связанной. Последовательность генной экспрессии может, например, представлять собой промотор млекопитающего или вирусный промотор, такой, как конститутивный или индуцибельный промотор. Конститутивные промоторы млекопитающих включают, но без ограничения, промоторы для следующих генов: гипоксантинфосфорибозил трансферазы (HPRT), аденозин дезаминазы, пируваткиназы, промотор b-актина и другие конститутивные промоторы. Примеры вирусных промоторов, которые функционируют конститутивно в эукариотической клетке, включают, например, промоторы из цитомегаловируса (CMV), обезьяньего вируса (например, SV40), папилломавируса, аденовируса, вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), вируса саркомы Рауса, цитомегаловируса, длинных терминальных повторов (LTR) вируса лейкемии Молони и других ретровирусов, а также промотора тимидинкиназы вируса простого герпеса. Другие конститутивные промоторы являются известными специалисту в данной области техники. Промоторы, полезные в качестве последовательностей генной экспрессии в соответствии с изобретением, также включают индуцибельные промоторы. Индуцибельные промоторы экспрессируются в присутствии индуцирующего агента. Например, промотор металлотионеина индуцируется для того, чтобы способствовать транскрипции и трансляции в присутствии некоторых ионов металла. Другие индуцибельные промоторы являются известными среднему специалисту в данной области техники. В общем случае последовательность экспресси гена будет включать, при необходимости, 5' несчитываемые и 5' нетранслируемые последовательности, вовлеченные в инициацию транскрипции и трансляции, соответственно, такие, как ТАТА бокс, кэпирующая последовательность, СААТ последовательность и подобные им. В частности, такие 5' несчитываемые последовательности будут включать промоторный участок, который включает промоторную последовательность для транскрипционного контроля оперативно присоединенной нуклеиновой кислоты антигена. Последовательности генной экспрессии необязательно включают энхансерные последовательности или вышерасположенные последовательности активатора, если это является желательным. Предпочтительные промоторы для применения в векторе на основе вируса осповакцины (смотри ниже) включают без ограничения промоторы осповакцины 7.5К, H5R, ТК, р28, р11 и K1L, химерные промоторы между ранними и поздними промоторами вируса оспы, а также синтетические промоторы, такие, как те, что являются описанными у Chakrabarti и др. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond и др. (1997, J.Virological Methods 66, 135-138) и Kumar и Boyle (1990, Virology 179, 151-158).

Промоторы являются особо важными, и настоящее изобретение охватывает применение конститутивных промоторов, которые направляют экспрессию нуклеиновой кислоты во многих типах хозяйских клеток и те, которые направляют экспрессию только в определенных хозяйских клетках или в ответ на специфические события или экзогенные факторы (например, температура, питательные добавки, гормон или другие лиганды). Приемлемые промоторы являются широко описанными в литературе и при этом можно упомянуть такие промоторы, как, в частности, вирусные промоторы, такие, как RSV, SV40, CMV и MLP промоторы. Предпочтительные промоторы для применения в векторе на основе вируса оспы включают без ограничения промоторы осповакцины 7.5К, H5R, ТК, р28, р11 и K1L, химерные промоторы между ранними и поздними промоторами вируса оспы, а также синтетические промоторы, такие, как те, что являются описанными у Chakrabarti и др. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond и др. (1997, J.Virological Methods 66, 135-138) и Kumar и Boyle (1990, Virology 179, 151-158).

Специалист в данной области техники сможет понять, что регуляторные элементы, контролирующие экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты в соответствии с изобретением, могут также включать дополнительные элементы для собственной инициации, регуляции и/или терминации транскрипции (например, polyA последовательности терминации транскрипции), транспорта мРНК (например, последовательности ядерной локализации), процессинга (например, сигналы сплайсинга), и стабильности (например, интроны и некодирующие 5' и 3' последовательности), трансляции (например, пептидный сигнал, пропептид, тройные лидерные последовательности, сайты связывания рибосомы, последовательности Шайна-Дальгарно, и т.п.) в хозяйской клетке или организме.

Альтернативно, рекомбинантный вектор, который используется в настоящем изобретении, может дополнительно включать, по крайней мере, одну нуклеиновую кислоту, кодирующую, по крайней мере, один цитокин. Приемлемые цитокины включают без ограничения интерлейкины (например, IL-2, IL-7, IL-15, IL-18, IL-21) и интерфероны (например, IFN , INF ), при этом специальное предпочтение отдается интерлейкину IL-2. Тогда, когда рекомбинантные вакцины в соответствии с изобретением включают нуклеиновую кислоту, экспрессирующую цитокин, то указанная нуклеиновая кислота может располагаться в рекомбинантном векторе, кодирующем один или более антиген(ов), или с помощью независимого рекомбинантного вектора, который может иметь то же или отличное происхождение.

В соответствии с один предпочтительным воплощением рекомбинантный вектор, который используется в настоящем изобретении кодирует весь или часть MUC1 антигена и, по крайней мере, один из приведенных выше цитокинов, и предпочтительно интерлейкин, в частности, IL2. Предпочтительно, когда рекомбинантный вектор, который используется в настоящем изобретении, представляет собой MVA, кодирующий весь или часть MUC1 антигена и, по крайней мере, один из приведенных выше цитокинов, и предпочтительно интерлейкин, в частности, IL2.

Инфекционные вирусные частицы, включающие описанный выше рекомбинантный вирусный вектор, могут быть получены с помощью обычного способа. Типичный процесс включает следующие этапы:

а. введение вирусного вектора в приемлемую линию клеток,

b. культивирование указанной линии клеток при приемлемых условиях, которые позволяют осуществлять продукцию указанной инфекционной вирусной частицы,

с. восстановление полученной вирусной частицы из культуры указанной линии клеток, и

d. необязательная очистка указанной восстановленной инфекционной вирусной частицы.

Клетки, приемлемые для размножения аденовирусных векторов, представляют собой, например, 293 клетки, PERC6 клетки, HER96 клетки, или клетки, как раскрыто в WO 94/28152, WO 97/00326, US 6,127,175.

Клетки, приемлемые для размножения векторов, представляют собой клетки птиц, и наиболее предпочтительно первичные эмбриональные фибробласты курей (CEF), приготовленные из куриных эмбрионов, полученных из оплодотворенных яиц.

Инфекционные вирусные частицы могут быть получены из культуральных супернатантов или из клеток после осуществления их лизиса (например, с помощью химических средств, замораживания и оттаивание, осмотического шока, механического шока, обработки ультразвуком и тому подобных). Вирусные частицы могут быть изолированы с помощью последовательных циклов очистки бляшек и последующей очистки при использовании методик, известных в области техники (хроматографические способы, ультрацентрифугирование в градиенте хлористого цезия или сахарозы).

Если это является желательным, то способ или применение для лечения пациента, срадающего от заболевания человека, в соответствии с изобретением (то есть, с помощью введения иммуногенной композиции, включающей, по крайней мере, один антиген) может осуществлять у выбранных пациентов в сочетании с одним или более традиционными терапевтическими способами (например, лучевой терапией, химиотерапией и/или хирургией). Применение многочисленных терапевтических подходов обеспечивает выбранного пациента более широким воздействием. В одном воплощении способ или применение для лечения пациента, страдающего от заболевания человека, в соответствии с изобретением может предшествовать или следовать за хирургическим вмешательством. В другом воплощении - может предшествовать или следовать за лучевой терапией (например, гамма облучением). Специалист в данной области техники может легко составить прописи приемлемой лучевой терапии и параметры, которые могут использоваться (смотри, например, Perez и Brady, 1992, Принципы и практика радиационной онкологии, 2-ое изд.. JB Lippincott Со; при использовании приемлемых вариаций и модификаций, как будет легко понятно специалисту в данной области техники). Еще в одном воплощении способ или применение изобретения ассоциируется с осуществлением химиотерапии при использовании одного или более лекарственных средств (например, лекарственных средств, которые традиционно используются для лечения или предотвращения вирусных инфекций, ассоциированных с вирусом патологических состояний, рака и подобных им).

Настоящее изобретение, таким образом, относится к способу для совершенствования лечения пациента, страдающего от рака, который подвергается химиотерапевтическому лечению при использовании химиотерапевтического агента, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор пациента в популяции, состоящей из пациентов, которые имеют низкие уровни активированных NK клеток,

- введение указанным выбранным пациентам иммуногенной композиции в соответствии с изобретением и химиотерапевтического агента.

Настоящее изобретение, таким образом, относится к способу для совершенствования лечения пациента, страдающего от рака, который подвергается химиотерапевтическому лечению при использовании химиотерапевтического агента, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациент уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции в соответствии с изобретением, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с одним воплощением введение указанного химиотерапевтического агента осуществляют до введения указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением введение указанного химиотерапевтического агента осуществляют после введения указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с другим воплощением введение указанного химиотерапевтического агента осуществляют параллельно с введением указанной иммуногенной композиции.

В соответствии с одним воплощением указанный химиотерапевтический агент представляет собой цисплатин и/или гемцитабин или их эквиваленты.

Настоящее изобретение дополнительно относится к способу усиления цитотоксической эффективности цитотоксических лекарственных средств или лучевой терапии, который включает сочетанное лечение пациента, выбранного из популяции пациентов, которая состоит из пациентов, которые имеют низкие уровни активированных NK клеток, с помощью иммуногенной композиции в соответствии с изобретением.

В другом воплощении способ или применение в соответствии с изобретением осуществляют в соответствии со способом терапевтического воздействия согласно режиму примирования - бустер-инъекции, который включает последовательное введение одной или более первичной(ых) композиции(й) и одной или более бустерной(ых) композиции(й). Типично, композиции для примирования и бустер-инъекции используют различные носители, которые включают или кодируют, по крайней мере, общий антигенный домен. Композиция для примирования сначала вводится в организм хозяина, а композиция для бустер-инъекции последовательно вводится в тот же хозяйский организм после истечения периода, который составляет от одного дня до двенадцати месяцев. Способ в соответствии с изобретением может включать от одного до десяти последовательных введений композиции для примирования, после чего осуществляют от одного до десяти последовательных введений композиции для бустер-инъекции. Является желательным, когда интервалы между инъекциями составляют от одной недели до шести месяцев. Кроме того, композиции для примирования и бустер-инъекции могут вводиться в тот же сайт или в альтернативные сайты с помощью одного и того же или различных путей введения.

В соответствии с одним специальным воплощением изобретение относится к способу, как описано выше, где указанное заболевание человека представляет собой рак.

В соответствии с предпочтительным воплощением указанный рак представляет собой, например, рак молочной железы, рак толстого кишечника, рак почки, ректальный рак, рак легких, рак головы и шеи, ренальный рак, злокачественную меланому, ларингеальный рак, рак яичника, рак шейки матки, рак предстательной железы, немелкоклеточный рак легких, гемотологические виды рака, виды рака желудка, миелому.

В соответствии с одним специальным воплощением изобретение относится к способу, как описано выше, где указанное заболевание человека представляет собой инфекционное заболевание.

В соответствии с предпочтительным воплощением указанное инфекционное заболевание представляет собой индуцированное вирусом заболевание, такое, как, например, заболевание, индуцированное ВИЧ, HCV, HBV и подобными им.

В дополнительном воплощении обеспечивается применение иммуногенной композиции, включающей весь или часть целевого антигена, для производства лекарственного средства для лечения пациента, страдающего от заболевания человека, в частности, в популяции пациентов, где пациенты указанной популяции имеют низкие уровни активированных NK клеток.

В дополнительном воплощении обеспечивается применение иммуногенной композиции для производства лекарственного средства для индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека, в частности, в популяции пациентов, где пациенты указанной популяции имеют низкие уровни активированных NK клеток.

В другом воплощении обеспечивается применение иммуногенной композиции для производства лекарственного средства для индукции иммунного ответа на, по крайней мере, один антиген (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека, в частности, в популяции пациентов, где пациенты указанной популяции имеют низкие уровни активированных NK клеток.

В другом воплощении обеспечивается применение иммуногенной композиции для производства лекарственного средства для индукции иммунного ответа на целевой антиген (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека, в частности, в популяции пациентов, где пациенты указанной популяции имеют низкие уровни активированных NK клеток.

В другом воплощении обеспечивается применение иммуногенной композиции для производства лекарственного средства для индукции иммунного ответа (то есть, усиленного иммунного ответа) у пациента для лечения заболевания человека, в частности, в популяции пациентов, где пациенты указанной популяции имеют низкие уровни активированных NK клеток и где указанный повышенный иммунный ответ является врожденным иммунным ответом.

В соответствии с одним специальным воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов является направленным на специфические для опухоли или связанные с опухолью антигены и/или вирусный антиген. В соответствии с одним воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов является направленным на отличные антигены. В соответствии с одним специальным воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов является направленным на весь или часть MUC1 антигена. В соответствии с другим специальным воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов представляет собой Т-клеточный иммунный ответ, и предпочтительно CD8+ (цитотоксические Т-лимфоциты) иммунный ответ. В соответствии с другим специальным воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов представляет собой неспецифический иммунный ответ. В соответствии с другим специальным воплощением указанный "повышенный иммунный ответ" в указанной популяции пациентов представляет собой стимуляцию врожденного иммунного ответа.

Способность стимулировать или индуцировать иммунный ответ при введении в организм животного или человека может оцениваться либо in vitro, либо in vivo при использовании разнообразных анализов, которые являются стандартными в области техники. Для общего описания методик, доступных для оценки, начального момента и активации иммунного ответа смотри, например, Coligan и др. (1992 и 1994, Current Protocols in Immunology; ред. J Wiley & Sons Inc, National Institute of Health). Измерение клеточного иммунитета может осуществляться путем измерения профилей цитокинов, которые секретируются активированными эффекторными клетками, включая те, которые имеют происхождение от CD4+ и CD8+ Т-клеток (например, количественная оценка клеток, продуцирующих IL-10 или IFN гамма с помощью ELIspot), путем определения состояния активации иммунных эффекторных клеток (например, анализы пролиферации Т-клеток с помощью классического усвоения [³Н] тимидина), путем анализа на антиген-специфические Т-лимфоциты у сенсибилизированного пациента (например, специфический для пептида лизис в анализе цитотоксичности) или путем определения специфических для антигена Т-клеток с помощью флуоресцентного МНС и/или пептидных мультимеров (например, тетрамеров). Способность стимулировать гуморальный ответ может быть определена путем связывания антитела и/или конкурентного связывания (смотри, например, Harlow, 1989, Antibodies, Cold Spring Harbor Press). Способ в соответствии с изобретением может быть также подтвержден на животных моделях, сенсибилизированных с помощью приемлемого индуцирующего опухоль агента (например, MUC1-экспрессирующих ТС1 клеток) для определения противоопухолевой активности, что отражает индукцию или усиление иммунного ответа, направленного против антигена.

Таким образом, настоящее изобретение дополнительно касается способа для продления выживания пациента, которого подвергают лечению против заболевания человека, например, рака, путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- выбор пациента в популяции пациентов, которая сосотоит из пациентов, которые имеют низкие уровни активированны NK клеток,

- введение указанным выбранным пациентам указанной иммуногенной

композиции.

Настоящее изобретение дополнительно касается способа для повышения индекса выживаемости пациента, которого подвергают лечению против заболевания человека, например, рака, путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции, если указанный

пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

Настоящее изобретение дополнительно касается способа для повышения индекса выживаемости пациента, которого подвергают лечению против заболевания человека, например, рака, путем введения иммуногенной композиции и химиотерапевтического агента (смотри выше), при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции и химиотерапевтического агента, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

В соответствии с другим воплощением настоящее изобретение относится к применению активированные NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования является ли пациент или не является ли он чувствительным к развитию терапевтического или профилактического иммунного ответа путем введения иммуногенной композиции.

В частности, настоящее изобретение относится к применению уровня активированных NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования является ли пациент или не является ли он чувствительным к развитию терапевтического или профилактического иммунного ответа путем введения иммуногенной композиции, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент предполагается как такой, который обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

Другими словами, настоящее изобретение относится к применению уровня активированных NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования является ли пациент или не является ли он чувствительным к выживанию в течение более длительного периода времени после введения иммуногенной композиции, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент предполагается как такой, который обладает более высоким коэффициентом выживаемости по сравнению с пациентами, которые имели более высокие уровни активированных NK клеток.

Таким образом, изобретение дополнительно касается применения уровня активированных NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования является ли пациент, который подвергается химиотерапевтическому лечению при использовании химиотерапевтического агента, чувствительным к развитию терапевтического или профилактического иммунного ответа (например, более длительному выживанию) после введения иммуногенной композиции.

Таким образом, изобретение дополнительно касается применения уровня активированных NK клеток в качестве биомаркера для прогнозирования является ли пациент, который подвергается химиотерапевтическому лечению при использовании химиотерапевтического агента, чувствительным к развитию терапевтического или профилактического иммунного ответа (например, более длительному выживанию) после введения иммуногенной композиции, где низкие уровни активированных NK клеток свидетельствуют о том, что пациент предполагается как такой, который обладает повышенной чувствительностью к развитию профилактического или терапевтического иммунного ответа.

Настоящее изобретение, таким образом, относится к способу улучшения лечения рака у пациента, который подвергается химиотерапевтическому лечению при использовании химиотерапевтического агента, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток в соответствии с изобретением.

Настоящее изобретение дополнительно относится к способу продления выживания пациента, которого подвергают лечению против заболевания человека, например, рака, путем введения иммуногенной композиции, при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

Настоящее изобретение дополнительно относится к способу продления выживания пациента, которого подвергают лечению против заболевания человека, например, рака, путем введения иммуногенной композиции и химиотерапевтического агента (смотри выше), при этом указанный способ включает следующие этапы:

- измерение у пациента уровней активированных NK клеток, и

- введение пациенту указанной иммуногенной композиции и химиотерапевтического агента, если указанный пациент обладает низкими уровнями активированных NK клеток.

Изобретение также обеспечивает комплекты (с сопровождающим текстом), которые включают части для применения способов, описанных в данной заявке, и которые будут понятными из примеров, обеспечиваемых в данной заявке. Комплект частей или комплекты могут включать реагенты для сбора и измерения сывороточных уровней активированных NK клеток. Такие реагенты могут включать антитела. Комплекты могут дополнительно включать оборудование для сбора и/или обработки биологических образцов. Комплекты могут также содержать инструкции для применения, пороговые значения и/или инструкции по их определению, а также инструкции по интерпретации данных, полученных путем применения таких комплектов.

В соответствии с одним специальным воплощением указанный комплект частей или комплекты могут дополнительно включать иммуногенную композицию, как раскрыто выше, и/или как обсуждается в разделе "Примеры", приведенном ниже.

Изобретение дополнительно обеспечивает компьютерные программы и/или алгоритмы для мониторинга исследования и уровней активированных NK клеток, определения являются ли такие уровни выше или ниже порогового уровня, и/или для рекомендации модификаций к режиму лечения для совершенствования ответа пациента на иммунотерапевтическое лечение. Компьютерные программы и/или алгоритмы могут обеспечиваться вместе с необходимым материальным обеспечением, например, в форме набора или оборудования, которое может также принимать биологические образцы и измерять относительные уровни активированных NK клеток, которые в них присутствуют. Описанные выше компьютерные программы и/или оборудование будут обеспечиваться лечащими врачами или клиническими лабораториями с приемлемыми инструкциями и реагентами, включая антитела.

Изобретение является описанным с целью иллюстрации, при этом понятно, что терминология, которая используется в нем, предназначена по своему характеру слов скорее для описания, чем для ограничения. Является очевидным, что является возможным осуществить многочисленное количество вариаций настоящего изобретения в свете приведенного выше описания. Таким образом, является понятным, что в пределах объема приложенных пунктов формулы изобретение может осуществляться путями, отличными от тех, которые являются специфически описанными в данной заявке.

Все приведенные выше раскрытия патентов, публикаций и баз данный являются специфически введенными в данную заявку в качестве ссылки в своей целостности, в такой степени, как если бы каждый такой индивидуальный патент, публикация, номер доступа были специфически и индивидуально введены в качестве ссылки.

ПРИМЕРЫ

Фигуры:

Фигура 1: Кривые выживаемости, описывающие вакцинную иммунотерапию при раке легких: пациенты с < или 3,45% активированных NK

- Группа 1: Вакцины (то есть, иммуногенная композиция) + химиотерапия у пациентов с низкими уровнями активированных NK клеток. Низкие уровни, которые определяются как <3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов в периферической крови. 48 пациентов

- Группа 2: Вакцины + химиотерапия у пациентов с высокими уровнями активированных NK клеток. Высокие уровни, которые определяются как 3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов в периферической крови. 21 пациент Достоверное различие по степени log: p=0,0018

О полноценное + цензурированное

Фигура 2: Кривые выживаемости, описывающие вакцинную иммунотерапию при раке легких; пациенты, которые имели < или 35 активированных NK на мкл цельной крови.

- Группа 1: Вакцины + химиотерапия у пациентов с низкими уровнями активированных NK клеток. Низкие уровни, которые определяются как <35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл периферической крови. 33 пациента.

- Группа 2: Вакцины + химиотерапия у пациентов с высокими уровнями активированных NK клеток. Высокие уровни, которые определяются как 35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл периферической крови. 22 пациента.

Достоверное различие по степени log: p=0,017

О полноценное + цензурированное

Фигура 3: Кривые выживаемости, описывающие иммунотерапию при раке легких: пациенты с < или 3,45% активированных NK

- Группа 1: Только химиотерапия (без вакцины) у пациентов с низкими уровнями активированных NK клеток. Низкие уровни, которые определяются как <3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов в периферической крови. 53 пациента.

- Группа 2: Только химиотерапия (без вакцины) у пациентов с высокими уровнями активированных NK клеток. Высокие уровни, которые определяются как >3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов в периферической крови. 16 пациентов. Достоверное различие по степени log: p=0,30 (не является статистически значимым) О полноценное + цензурированное

Фигура 4: Кривые выживаемости, описывающие иммунотерапию при раке легких: пациенты, которые имели < или 35 активированных NK на мкл цельной крови.

- Группа 1: Только химиотерапия (без вакцины) у пациентов с низкими уровнями активированных NK клеток. Низкие уровни, которые определяются как <35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл периферической крови. 45 пациентов.

- Группа 2: Только химиотерапия (без вакцины). 16 пациентов

Достоверное различие по степени log: p=0,08 (не является статистически значимым)

О полноценное + цензурированное

Пример 1:

Иммуногенную композицию, которая обозначается как вакцина TG4010, использовали для лечения пациентов с немелкоклеточным раком легких (NSCLC) в комбинации со стандартной химиотерапией.

TG4010 представляет собой рекомбинантный модифицированный вирус Анкара (MVA), экспрессирующий как IL2, так и ассоциированный с опухолью антиген MUC1.

Сто сорок восемь пациентов были рандомизированы для получения:

- химиотерапии (цисплатин 75 мг/м² в день 1 и гемцитабин 1250 мг/м ² в день 1 и день 8 каждые три недели для вплоть до 6 циклов) либо самостоятельно (Группа исследования 2), либо

- химиотерапии вместе с TG4010 (Группа исследования 1).

Опухоли подвергали оценке (критерии ВОЗ) каждые 6 недель. Ожидаемый результат представлял собой выживаемость без прогрессирования заболевания (PFS) через 6 месяцев и среднее значение выживаемости с намерением проведения анализа.

Образцы крови брали до проведения лечения и немедленно отправляли в центральную иммунологическую лабораторию, где из крови изолировали мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) и хранили их в замороженном состоянии до момента проведения анализа.

РВМС подвергали оценке на экспрессию CD16, CD56 и CD69 с помощью проточной цитометрии при использовании моноклональных антител, специфических для этих антигенов (IM0814, IM2073 и IM2656, соответственно, все от Beckman Coulter). Соотношение клеток, экспрессирующих эти антигены, может быть выражено как % от общего количества лимфоцитов или как количество CD16+CD56+ и CD69+ в популяции РВМС на мкл цельной крови.

Фигура 1 демонстрирует, что пациенты [Группа 1 (TG4010 + химиотерапия)] со значением <3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на исходном уровне имели более длительное выживание (среднее значение выживаемости = 16,1 месяцев), чем пациенты со значением 3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов (среднее значение выживаемости = 17,1 месяцев), когда и те и те подвергались лечению с помощью TG4010 вакцины и химиотерапии.

Подобно этому, данные на Фигуре 2 демонстрируют, что те же результаты достигаются в случае, если пациенты являются выбранными на основе < или >35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл цельной крови (на основе измерения при использовании РВМС). Пациенты со значением <35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл цельной крови (на основе измерения при использовании РВМС) имели более длительное выживание (среднее значение выживаемости = 19,9 месяцев), чем пациенты со значением 35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл цельной крови (на основе измерения при использовании РВМС) (среднее значение выживаемости = 9,9 месяцев).

Данные на Фигурах 3 и 4 демонстрируют, что эффект выбора пациентов на основе экспрессии CD 16, CD56 и CD69 на их лимфоцитах является ограниченным пациентами, получающими вакцины. Фигура 3 показывает, что пациенты со значением < или 3,45% CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на исходном уровне имели ту же продолжительность выживания. Фигура 4 показывает результаты наблюдений при использовании 35 CD16+CD56+CD69+лимфоцитов на мкл цельной крови на исходном уровне.