фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа

Формула изобретения

1. Применение набора генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия MX1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44 для идентификации SLE пациента для получения MEDI 545.

2. Применение по п.1, где повышенная регуляция экспрессии или действие включает

(а) повышенную по меньшей мере в 2 раза экспрессию одного или более генов;

(б) повышенную по меньшей мере в 3 раза экспрессию одного или более генов;

(г) повышенные уровни мРНК одного или более генов или

(д) повышенные уровни протеина одного или более генов.

3. Способ идентификации SLE пациента для получения MEDI 545, включающий: обнаружение присутствия или отсутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров фармакодинамических маркеров (ФД маркеров) в образце пациента,

при котором обнаружение присутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров позволяет идентифицировать пациента в качестве кандидата для MEDI 545, и при котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает набор генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

4. Способ идентификации SLE пациента для получения MEDI 545, включающий: обнаружение присутствия или отсутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров фармакодинамических маркеров (ФД маркеров) в образце пациента,

при котором обнаружение присутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров позволяет идентифицировать пациента в качестве кандидата для MEDI 545, и при котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает набор генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

5. Способ идентификации SLE пациента для получения MEDI 545, включающий: обнаружение присутствия или отсутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров фармакодинамических маркеров (ФД маркеров) в образце пациента,

при котором обнаружение присутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров позволяет идентифицировать пациента в качестве кандидата для MEDI 545, и при котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает набор генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, PSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

6. Способ идентификации SLE пациента для получения MEDI 545, включающий: обнаружение присутствия или отсутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров фармакодинамических маркеров (ФД маркеров) в образце пациента,

при котором обнаружение присутствия профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров позволяет идентифицировать пациента в качестве кандидата для MEDI 545, и при котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает набор генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, IL1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

7. Способ по любому из пп.3-6, где повышенная регуляция экспрессии или действие включает

(а) повышенную по меньшей мере в 2 раза экспрессию одного или более генов;

(б) повышенную по меньшей мере в 3 раза экспрессию одного или более генов;

(г) повышенные уровни мРНК одного или более генов или

(д) повышенные уровни протеина одного или более генов.

8. Применение набора генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 USP18 для идентификации SLE пациента для получения MEDI 545.

9. Применение набора генов с повышенной регуляцией экспрессии или действия IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27 для идентификации SLE пациента для получения MEDI 545.

10. Применение по п.8 или 9, где повышенная регуляция экспрессии или действия включает

(а) повышенную по меньшей мере в 2 раза экспрессию одного или более генов;

(б) повышенную по меньшей мере в 3 раза экспрессию одного или более генов;

(г) повышенные уровни мРНК одного или более генов или

(д) повышенные уровни протеина одного или более генов.

Описание изобретения к патенту

Область техники, к которой относится изобретение

Настоящее изобретение относится к фармакодинамическим (ФД) маркерам, индуцируемым интерфероном альфа (ИФН ), зондам и наборам, которые выявляют ФД маркеры, а также к способам их применения.

Предпосылки создания изобретения

Настоящее изобретение включает ФД маркеры, индуцируемые ИФН . ФД маркеры могут применяться в способах лечения пациентов терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН , способах идентификации пациентов в качестве кандидатов для применения терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФН , способах диагностирования у пациента расстройства, связанного с повышенными уровнями ИФН , способах мониторинга прогрессирования заболевания у пациента, получающего лечение терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН , и способах идентификации перспективных лекарственных средств для лечения ИФН -опосредованных расстройств.

Краткое описание изобретения

В одном из вариантов осуществления настоящего изобретения описан способ идентификации пациента в качестве кандидата для лечения терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН . В образце, взятом у пациента, выявляют наличие или отсутствие профиля экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров.

В другом варианте осуществления настоящего изобретения описан способ лечения пациента с заболеванием или расстройством, опосредованным ИФН первого типа (ИФН I типа) или ИФН . Агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , вводят пациенту. Агент нейтрализует у пациента профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН .

В еще одном из вариантов осуществления настоящего изобретения описан способ лечения аутоиммунного заболевания пациента, у которого проявляется умеренный или выраженный ИФН I типа или ИФН ФД маркерный профиль. Агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , вводят пациенту. Агент нейтрализует у пациента профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемных ИФН I типа или ИФН .

Еще один вариант осуществления настоящего изобретения относится к способу нейтрализации у пациента, нуждающегося в этом, профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН . Агент, который при введении пациенту связывает и нейтрализует действие ИФН I типа или ИФН , вводят пациенту. Агент нейтрализует у пациента профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН .

В другом варианте осуществления настоящего изобретения описан способ диагностики у пациента расстройства, связанного с повышенными уровнями ИФН . Наличие или отсутствие профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , устанавливают в образце, взятом у пациента.

В еще одном из вариантов осуществления настоящего изобретения описан способ мониторинга прогрессирования заболевания у пациента, которого лечат терапевтическим агентом, связывающим и модулирующим действие ИФН . Первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , получают в первом образце, взятом у пациента. Терапевтический агент, который связывает и модулирует действие ИФН , вводят пациенту. Второй профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , получают во втором образце, взятом у пациента. Сравнивают первый и второй профили экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

В еще одном из вариантов осуществления настоящего изобретения описан способ идентификации перспективного терапевтического средства для лечения ИФН -опосредованных расстройств. Клетки, включающие профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , приводят в соприкосновение с агентом. Выявляют в клетках наличие или отсутствие изменения в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Другой вариант осуществления настоящего изобретения включает набор зондов.

Еще один вариант осуществления настоящего изобретения включает набор, содержащий зонды.

В еще одном из вариантов осуществления настоящего изобретения описан способ выявления действия ИФН в образце. Клетки, включающие полинуклеотидную последовательность, представляющую репортерный ген под контролем ИФН-стимулирующего ответ элемента, инкубируют с образцом. Выявляют экспрессию репортерного гена.

Краткое описание фигур

Фиг.1. Анализ методом количественной ПЦР TaqMan экспрессии гена IFI44 в цельной крови здоровых доноров, простимулированной ИФН .

Фиг.2. Анализ методом количественной ПЦР TaqMan экспрессии гена IRF2 в цельной крови здоровых доноров, простимулированной ИФН .

Фиг.3. Анализ методом количественной ПЦР TaqMan экспрессии гена RSAD2 в цельной крови здоровых доноров, простимулированной ИФН .

Фиг.4. Анализ методом количественной ПЦР TaqMan экспрессии гена G1P3 в цельной крови здоровых доноров, простимулированной ИФН .

Фиг.5. Анализ методом количественной ПЦР TaqMan экспрессии гена HERC5 в цельной крови здоровых доноров, простимулированной ИФН .

Фиг.6. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена RAB8B, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.7. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена IRF7, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.8. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена MARCKS, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.9. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена IL6ST, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.10. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена Ly6E, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.11. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена IFIT3, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.12. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена IFIT1, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.13. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена HERC5, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.14. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена OAS1, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.15. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена OAS3, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.16. Нейтрализация продуктом MEDI-545 экспрессии гена RSAD2, индуцированной ИФН- , в цельной крови здоровых доноров.

Фиг.17. Стимуляция ex vivo цельной крови идентифицирует гены, индуцируемые ИФН типа I.

Фиг.18. Нейтрализация продуктом MEDI-545 25 генов, наиболее индуцируемых ИФН I типа, в цельной крови отдельных пациентов с волчанкой.

Фиг.19. Heatmap целевой модуляции и схема анализа главных компонентов (АГК) с применением индуцируемых ИФН I типа зондов, обдающих самой повышенной регуляцией в цельной крови пациента 1541 до и после лечения антителом MEDI-545.

Фиг.20. Heatmap целевой модуляции и схема анализа главных компонентов (АГК), основанные на 25 генах, индуцируемых ИФН I типа, с наиболее повышенной регуляцией в цельной крови пациента 1449 до и после применения антитела MEDI-545.

Фиг.21. Heatmap целевой модуляции по расчетам 165 генов, индуцируемых ИФН I типа, с повышенной регуляцией в цельной крови пациента, обработанного 0,3 мг/кг антитела MEDI-545.

Фиг.22. Анализ главных компонентов (АГК) с применением 169 зондов устанавливает, что 24/35 больных с СКВ, индуцируемой ИФН I типа, обладают статистически значимой формой колебаний ИФН I типа в цельной крови.

Фиг.23. Антитело MEDI-545 нейтрализует 25 индуцируемых ИФН I типа зондов с наиболее повышенной регуляцией у пациентов с волчанкой. Целевую нейтрализацию 25 ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа, с самой повышенной регуляцией генов измеряют на 1, 4, 7, 14 и 28 сутки для каждого пациента. Дозы находятся в диапазоне от 0 (плацебо) до 3 мг/кг MEDI-545.

Фиг.24. Антитело MEDI-545 нейтрализует 25 индуцируемых ИФН I типа зондов с самой повышенной регуляцией у пациентов с волчанкой. Целевую нейтрализацию топовых 25 ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа, с самой повышенной регуляцией генов измеряют на 1, 4, 7, 14 и 28 сутки для каждого пациента. Дозы находятся в диапазоне от 0 (плацебо) до 30 мг/кг MEDI-545.

Фиг.25а и б. Heatmap (а) и АГК (б), показывающие нейтрализацию топовых 25 зондов, индуцируемых ИФН I типа, в цельной крови пациента с СКВ, которому вводили 30 мг/кг MEDI-545 на 0, 1, 4, 7 и 14 сутки после дозирования.

Фиг.26а и б. АГК график пациентов с волчанкой до (а) и после (б) дозирования контроля плацебо показывают, что нет тенденции к изменению генной кривой, индуцируемой ИФН I типа. 25 наборов генных зондов, индуцируемых ИФН I типа, с самой повышенной регуляцией используют для проведения анализа АГК.

Фиг.27. Повышена регуляция подтипов ИФН I типа в цельной крови отдельных пациентов с волчанкой.

Фиг.28. Распределение стандартного кратного изменения топовых 25 зондов, индуцируемых ИФН I типа, в цельной крови отдельных пациентов с волчанкой.

Фиг.29а-в. В тесте попарного ранжирования кратности изменения установили, что антитело MEDI-545 нейтрализует гены ИФН I типа в клиническом исследовании. Самые нейтрализованные гены показаны для (а) пациентов СКВ с характеристикой гена ИФН I типа на 14 сутки после применения антитела MEDI-545; (б) пациенты с СКВ, не имеющие признака гена ИФН I типа через 14 суток после применения антитела MEDI-545; и (в) пациенты с СКВ на 14 сутки после применения плацебо. Отмеченные желтым цветом признаки генов ИФН I типа определены в качестве имеющих.

Фиг.30. Иерархическое кластерирование 1384 зондов показывает, что они по-разному регулируются ИФН подтипами, ИФН , ИФН и ФНО в простимулированной ex vivo цельной крови. Каждая линия соответствует одному набору зондов, а каждая колонка соответствует отдельному образцу. Длины разветвлений показывают корреляцию, с которой наборы зондов/образцы соединены, причем более длинные ветки показывают более слабую корреляцию. Цвет означает уровень относительной экспрессии отдельных наборов генов по сравнению со стандартной экспрессией контролей, не подвергавшихся воздействию. Красный цвет означает повышенную регуляцию по сравнению с контролем; зеленый цвет означает пониженную регуляцию по сравнению с контролем; черный цвет означает отсутствие изменений.

Фиг.31а-31б. (а). Иерархическое кластерирование относительной экспрессии 25 наборов индуцируемых ИФН I типа генов, которые сверхэкспрессируются в цельной крови ех vivo при исследовании различных ИФН подтипов, ИФН , ИФН и ФНО . (б). Heatmap относительной экспрессии тех же 25 наборов генов по сравнению с контролем без обработки в кератиноцитах ех vivo при исследовании ИФН 2а, ИФН , ИФН и ФНО . Красный цвет означает повышенную регуляцию генной экспрессии относительно контроля, не подвергшегося обработке, зеленый цвет означает пониженную регуляцию генной экспрессии относительно контроля, не подвергшегося обработке, черный цвет означает отсутствие существенного изменения в генной экспрессии испытуемых образцов относительно контроля.

Фиг.32а-32в. Сверхэкспрессия распределения стандартного (а) и среднего (б) кратного изменения 25 индуцируемых ИФН I типа зондов установлена в 26 парах образцов поврежденной кожи, сравниваемых с образцами неповрежденной кожи. (в) в результате усреднения стандартного и среднего кратного изменения для 25 индуцируемых ИФН I типа зондов установлена сверхэкспрессия в 26 парах образцов поврежденной кожи и неповрежденной кожи.

Фиг.33а-33г. Относительная экспрессия отдельных индуцируемых ИФН I типа генов ((a) HPSE, (б) OASL и (в) HERC6) и генов, не индуцируемых ИФН ((г) SERPINB4), на поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей и неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей у больных псориазом на основании данных по микроматрицам. Кратное изменение этих генов в поврежденной коже сравнивают с генами парного образца неповрежденной кожи, хотя неповрежденную кожу сравнивают со стандартом 21 контроля нормальной кожи. Величина j9 для HPSE, OASL, HERC6 и SERPINB4 представляет сравнение между нормальной кожей и неповрежденной кожей, между поврежденной кожей и нормальной кожей (представлены парами): 0,468, <0,00001; 0,376, <0,00001; 0,03, <0,00001; 0,0002, <0,00001.

Фиг.34а-34б. (а) Иерархическое кластерирование всех профилированных от больных псориазом (21 нормальный (синий линии) 26 парных образцов неповрежденной кожи (черные линии) и поврежденной кожи (красные линии) от 24 больных псориазом и 3 образцов поврежденной кожи (красные линии) от 3 больных псориазом, у которых парные образцы неповрежденной кожи не дают достаточного количества кРНК для гибридизации или сканируемого выравнивания, имеют коэффициенты масштабирования, которые более чем в три раза превышают стандарт), используя 164 индуцируемых ИФН I типа наборов генов с повышенной регуляцией в поврежденной коже по сравнению с данными у большей части неповрежденной кожи. Каждая линия соответствует одному набору зондов, причем каждая колонка соответствует одному образцу. Длины разветвлений показывают степень корреляции, с которой образцы соединены, причем более длинные ответвления показывают более слабую корреляцию. Цвет означает уровень относительной экспрессии отдельных наборов генов по сравнению со стандартной экспрессией 21 нормального образца. Красный цвет означает повышенную регуляцию по сравнению с контролем; зеленый цвет означает пониженную регуляцию по сравнению с контролем, (б) АГК всех образцов больных псориазом профилированных по 164 повышенной регуляции ИФН I типа-индуцируемых зондов, установленных в поврежденной коже по сравнению с данными у большинства парных образцов неповрежденной кожи. (АГК подсчитывают и данные визуализируют в продукте компании Spotfire). Каждый кружок представляет один образец (синие кружки=нормальная кожа; черные кружки=кожа без повреждений; красные кружки=поврежденная кожа).

Фиг.35. Сверхэкспрессия выбранных индуцируемых ИФН I типа генов в 18 парах поврежденной и неповрежденной кожи от 18 больных псориазом, основыванная на анализе taqMan кРВ-ПЦР, используя BioMark 48.48 динамическую систему фирмы Fluidigm.

Фиг.36а-36б. Корреляция коэффициента распределения сверхэкспрессированных генов в кожных повреждениях пациентов с псориазом между результатами taqMan и результатами выравнивания. Гены группируют, основываясь на коэффициенте корреляции между результатом количественной РВ-ПЦР TaqMan и измерений по микроматрицам, (а) корреляция коэффициента распределения всех 40 генов с повышенной регуляцией в кожных повреждениях, которые подтверждаются с помощью количественной РВ-ПЦР TaqMan; (б) корреляция коэффициента распределения 29 индуцируемых ИФН-генов.

Фиг.37а-37г. Сравнение taqMan кРВ-ПЦР анализа, используя BioMark 48.48 динамическую систему и результаты генного чипа Affymetrix® для выбранных генов ISG15 и МХ1, индуцируемых ИФН I типа.

Фиг.38. Подтверждение с помощью TaqMan кРВ-ПЦР результатов сверхэкспрессии генов IFI27 и CXCL10, индуцируемых ИФН I типа, полученных с помощью генного чипа Affymetrix®.

Фиг.39а-39е. Стимулирование ex vivo нормальных кератиноцитов лейкоцитарным ИФН и ИФН 2а и доза-зависимая нейтрализация индуцируемых ИФН I типа генов с помощью ИФН антитела, (а) нейтрализация сверхэкспрессии гена ISG15 в ответ на 350 МЕд/мл ИФН 2а, (б) нейтрализация сверхэкспрессии гена ISG15 в ответ на 150 МЕд/мл лейкоцитарного ИФН, (в) нейтрализация сверхэкспрессии гена USP18 в ответ на 350 МЕд/мл ИФН 2а, (г) нейтрализация сверхэкспрессии гена USP18 в ответ на 150 МЕд/мл лейкоцитарного ИФН, (д) нейтрализация сверхэкспрессии гена IFIT2 в ответ на 350 МЕд/мл ИФН 2а, и (е) нейтрализация сверхэкспрессии гена IFIT2 в ответ на 150 МЕд/мл лейкоцитарного ИФН. Кривую титрования каждой дозы получают по результатам трех повторов. Сверхэкспрессию отдельных генов без ИФН антитела нормализуют до 1.

Фиг.40а-40в. Относительная экспрессия и РНК и средние кратные изменения ИФН I типа подтипов (фиг.40а), других представителей интерферонов типа I (фиг.40б), и ИФН рецепторов (фиг.40в) в кожных повреждениях (КП) или в коже без повреждений (КБП) по сравнению с кожей здорового нормального контрольного субъекта (ЗНК). Стандартные и относительные уровни иРНК указанных цитокинов и их рецепторов в нормальной коже двух здоровых доноров были масштабированы до 1, основываясь на исследованиях taqMan кВР-ПЦР, используя матричные карты TaqMan низкой плотности (TaqMan low density - TLDA) от фирмы Applied Biosciences. Красный цвет: относительное кратное изменение иРНК в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей; красный цвет: относительное кратное изменение иРНК в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей. Величины p для сверхэкспрессии указанных отдельных генов в неповрежденной коже или в поврежденной коже по сравнению со здоровой нормальной кожей (перечислены попарно) следующие: ИФН 1, 0,303, <0,001; ИФН 2, 0,389, 0,072; ИФН 5, <0,001, 0,002; ИФН 6, 0,664, 0,093; ИФН 7, 0,586, 0,077; ИФН 8, 0,430, 0,049; ИФН 14, 0,224, 0,049; ИФН 17, 0,552, 0,0203; ИФН 21, 0,113, 0,003; ИФН , 0,255, 0,022; ИФНк, 0,03, <0,001; ИФН , 0,516, 0,049; ИФНAR1, 0,192, <0,001; ИФНAR2, <0,001, <0,001, соответвенно.

Фиг.41. Относительная экспрессия иРНК и средние кратные изменения рецепторов ИФН , ФНО и ИФН в поврежденной коже (ПК) или неповрежденной коже (НК) по сравнению с кожей от здоровых нормальных контролей (ЗНК). Средние величины относительных уровней иРНК цитокинов и их рецепторов в нормальной коже двух здоровых доноров были масштабированы до 1, основываясь на исследованиях taqMan кВР-ПЦР, используя TLDA от фирмы Applied Biosciences. Черный цвет: относительное кратное изменение иРНК в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей; красный цвет: относительное кратное изменение иРНК в поврежденной коже по сравнению с нормальной кожей. Величины p по экспрессии отдельных генов в неповрежденной коже или в поврежденной коже по сравнению с нормальной здоровой кожей (представлены попарно) следующие: ИФН , 0,02, <0,001; ИФНGR1, <0,001, <0,001; ИФНGR2, <0,001, <0,001; ФНО , <0,001, <0,001, соответственно.

Фиг.42. Диаграмма Венна, иллюстрирующая и число наборов зондов, которые изменены под действием ИФН I типа, ИФН и ФНО во время стимуляции ex vivo, и наборы зондов, которые изменены в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей. Красные номера: наборы зондов, которые показывают повышенную экспрессию при обработке цитокином, или сравнения с исходным уровнем неповрежденной кожи; зеленые номера: наборы зондов, которые показывают пониженную экспрессию при обработке цитокином или сравнении с исходным уровнем неповрежденной кожи. Пресекающиеся области представляют наборы зондов, которые являются общими для обоих сравнений.

Фиг.43а и 43б. Совместная экспрессия генов, индуцируемых ИФН I типа, тип-II ИФН и ФНО, в поврежденной/неповрежденной коже пациентов с псориазом, основанная на результатах генного чипа Affymetrix genechip®. ИФН I типа, тип-II ИФН и ФНО индуцируемые гены были отобраны, основываясь на экспериментах по стимулированию ех vivo (примеры 10 и 16). Набор зондов по меньшей мере с двухкратным изменением в поврежденной коже относительно неповрежденной расценивается в качестве сверхэкспрессируемого. (а) число ИФН I типа, ИФН и ФНО индуцируемых генов с повышенной регуляцией в поврежденной коже показывает строгую корреляцию. (б) число ИФН I типа, ИФН и ФНО индуцируемых генов в поврежденной коже существенно отличается при попарных сопоставлениях.

Фиг.44. Иммуногистохимический анализ образцов биопсии из кожи больных псориазом, неповрежденной кожи и кожи здоровых доноров. BDCA2 является специфическим маркером для клеточных инфильтратов pDC, которые содержатся в большем количестве в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей и полностью отсутствуют в нормальной коже. CD83 является маркером для mDC, CD4 присутствует на Т-клетках и дентритных клетках. Окрашивание белка STAT1 наблюдают в эпидермисе поврежденной кожи (и в ядре, и в цитоплазме) и в кожных одноядерных воспалительных клетках, но не в коже без повреждений и не в здоровой коже. Повышение белка ISG15 наблюдают в коже при псориазе и в меньшей степени в коже без повреждений, но не выявляют в здоровой коже.

Фиг.45. Диаграмма Венна, иллюстрирующая число наборов зондов, которые показывают измененную экспрессию на уровне иРНК в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей или в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей у больных псориазом. Величины, заштрихованные красным, означают число наборов зондов с существенно повышенной регуляцией, хотя такие величины, заштрихованные зеленым цветом, означают число наборов зондов с существенно пониженной регуляцией. Перекрывающаяся область представляет наборы зондов, общие для обоих сопоставлений.

Фиг.46. Графическое представление сигнального метаболического пути ИФН, который активируется в поврежденной коже больных псориазом. Визуализацию метаболического пути получают с помощью интегрального программного обеспечения GeneGo s MetaCore. Отдельные символы означают хорошо описанные белки или белковые комплексы. Стрелки, связывающие белки, представляют стимулирующее, ингибирующее или взаимодействующее действие белка на белок-мишень. Термометры, находящиеся рядом с отдельными символами, представляют относительные уровни экспрессии (красный цвет означает сверхэкспрессию, зеленый цвет означает пониженную экспрессию) транскриптов, которые включают белок (или белковый комплекс) в определенном метаболическом пути.

Фиг.47а и 47б. Таблица представляет кратное изменение (fold change - fc; log2 преобразование) и величину q (рассчитанную по FDR) топовых 100 наборов генов с повышенной регуляцией в поврежденной коже по сравнению с непроврежденной кожей при псориазе. Также перечисленными являются log2 трансформированные кратные изменения и величины q этих генов при сравнении неповрежденной кожи со здоровой нормальной кожей контролей. ИФН I типа индуцированные гены выделены жирным шрифтом.

Фиг.48. Специфическое отделение поврежденной кожи от неповрежденной кожи и нормальной кожи - иерархическое кластерирование всех образцов, используя профили транскрипции всех генов на матрице целого генома (Affymetrix целый геном U133 plus v2.0 матрица).

Фиг.49. Набор зондов, идентифицированных в качестве индуцируемых ИФН , по перекрыванию на фиг.42.

Фиг.50. Набор зондов, идентифицированных в качестве индуцируемых ИФН , по перекрыванию на фиг.42.

Фиг.51. Набор зондов, идентифицированных в качестве индуцируемых ИФН I типа, по перекрыванию на фиг.42.

Фиг.52. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ, обработанных плацебо, для обнаружения pDC, mDC и Т-клеточных инфильтратов.

Фиг.53. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ, обработанных плацебо, для обнаружения HERC5, ISG15 и IP10 белков, белков, экспрессированных с индуцированных ИФН I типа генов.

Фиг.54. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений у пациентов с СКВ, обработанных 10 мг/кг MEDI-545, для выявления pDC, mDC и Т-клеточных инфильтратов.

Фиг.55. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ, обработанных продуктом MEDI-545 в количестве 10 мг/кг, для обнаружения HERC5, ISG15 и белков IP10, белков, экспрессированных с индуцируемых ИФН I типа генов.

Фиг.56. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ, обработанных антителом MEDI-545 в количестве 10 мг/кг, для обнаружения pDC, mDC и Т-клеточных инфильтратов.

Фиг.57. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ, обработанных продуктом MEDI-545 в количестве 10 мг/кг, для обнаружения HERC5, ISG15 и белков IP10, белков, экспрессированных с типа индуцируемых ИФН I типа генов.

Фиг.58а и 58б. Heatmap (а) и АГК (б), показывающие нейтрализацию топовых 25 ИФН I типа индуцируемых генов в биопсийном образце кожи пациента с СКВ, обработанного MEDI-545 в количестве 10 мг/кг на 0 сутки и 7 сутки после дозирования.

Фиг.59а-г. Выявление активности ИФН I и II типа в биоисследовании ИФН.

Фиг.60а и 60б. Выявление MEDI-545 (а) и MEDI-546 (б)-опосредованной нейтрализации действия ИФН в биоисследовании ИФН.

Фиг.61. Выявление анти-ИФН -опосредованной нейтрализации действия ИФН в биоисследовании ИФН.

Фиг.62. Выявление анти-ИФН -опосредованной нейтрализации действия ИФН в биоисследовании ИФН.

Фиг.63. Выявление анти-ИФН -опосредованной нейтрализации действия ИФН в биоисследовании ИФН.

Фиг.64. Heatmap модуляции генной экспрессии в цельной крови здоровых доноров, простимулированных ex vivo ИФН , ФНО или ИФН / . Отрицательный контроль (ОК).

Фиг.65. Индуцируемые ИФН I типа гены содержатся среди генов с наиболее повышенной регуляцией в цельной крови пациентов с СКВ.

Фиг.66. Регуляция молекул иРНК ИФН , ИФН , ИФНАR1 и ИФНАR2 повышена в цельной крови пациентов с волчанкой.

Фиг.67. Heatmap показывает модулирование экспрессии гена в МКПК здорового донора ех vivo, простимулированную сывороткой пациентов с волчанкой.

Фиг.68а и 68б. (а) График АГК показывает пациентов с волчанкой, у которых имеется сильный/умеренный индуцируемый ИФН I типа показатель (примерно 66% в данной выборке) собрана вместе. (б) Таблица показывает 25 генов, использованных для анализа АГК.

Фиг.69. Подтверждение сверхэкспрессии отдельных индуцируемых ИФН I типа генов у пациентов с волчанкой, основанное на исследованиях taqMan KPB-ПЦР (количественная реального времени полимеразная цепная реакция), используя BioMark 48.48 динамический массив фирмы Fluidigm (массив с переменными границами).

Фиг.70а и 70б. (а) Способность четырех разных образцов сыворотки пациентов с СКВ индуцировать действие ИФН I типа в исследовании репортерного гена. (б) Число транскриптов, индуцированных по меньшей мере трехкратно в МКПК здорового человека каждым из четырех разных образцов сыворотки пациентов с СКВ после совместного инкубирования на протяжении 4 ч.

Фиг.71a и 716. Большинство генов, нейтрализованных воздействием анти-ИФН антителом через 4 ч после совместного инкубирования сыворотки пациента с СКВ и МКПК здорового человека, является ИФН I типа генами, хотя большинство генов, нейтрализованных анти-ИФН антителом через 18 ч после совместного инкубирования сыворотки пациента с СКВ и МКПК здорового человека, не является ИФН I типа генами, что было показано (а) анализом heatmap и представлено (б) в виде гистограмм.

Фиг.72а и 71б. Представлены (а) ИФН I типа гены и (б) гены, не относящиеся к ИФН I типа генам, регуляция которых была повышена и нейтрализована анти-ИФН антителом 18 ч после совместного инкубирования сыворотки пациента с СКВ и МКПК здорового человека, но регуляция которых не была повышена после 4 ч совместного инкубирования сыворотки пациента с СКВ и МКПК здорового человека.

Фиг.73. Представлены метаболические пути и клеточные процессы, нейтрализованные анти-ИФН антителом 18 ч после совместного инкубирования сыворотки пациента с СКВ и МКПК здорового человека.

Фиг.74а и 74б. Выявление (а) повышенных и (б) пониженных уровней специфических белков в сыворотке пациентов с волчанкой.

Фиг.75. Анализ QuantiGenePlex 1.0 ИФН-индуцируемых генных подписей в цельной крови 5 здоровых доноров, простимулированных 20 Ед/мл ИФН 2b.

Фиг.76. Доза-зависимые изменения в генной экспрессии в крови одного здорового донора, после обработки множественными концентрациями ИФН 2b.

Фиг.77. Выявление ИФН-индуцируемых транскриптов в образцах цельной крови субъектов с СКВ, сохраняемых в пробирках PAXgene, с выявляемой и невыявляемой активностью ИФН в сыворотке.

Фиг.78. Корреляция между QuantiGenePlex и Fluidigm технологиями в образцах цельной крови субъектов с СКВ, сохраняемых в пробирках PAXgene.

Фиг.79. Продольное тестирование образцов СКВ после введения анти-ИФН моноклонального антитела: сравнение QuantiGenePlex 2.0 и Fluidigm технологий.

Фиг.80. Типичный вариант heatmap, визуализирующий (в убывающем порядке) показатель сверхэкспрессии генов ИФН I типа; показатель сверхэкспрессии гранулоцитов; показатель пониженной экспрессии Т-клеток, показатель пониженной экспрессии NK-клеток и показатель пониженной экспрессии В-клеток в цельной крови 46 больных СКВ (показано красной линией около heatmap) по сравнению с цельной кровью от 24 здоровых доноров (показано синей линией около heatmap) ИФН = интерферон; СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.81а-81в. Гены, индуцируемые ИФН I типа, в цельной крови пациентов с СКВ могут применяться для разделения пациентов с СКВ с признаком генов ИФН I типа и здоровых нормальных контролей. (а) Трехмерная диаграмма АГК цельной крови 46 образцов от пациентов с СКВ, используя 114 индуцируемых ИФН I типа зондов, показывает повышенную регуляцию в цельной крови пациентов с СКВ по сравнению с соответствующим показателем от 24 здоровых доноров. (б) Диаграмма АГК цельной крови от 54 пациентов с СКВ в предстоящем исследовании, используя набор 114 индуцируемых ИФН I типа генов с повышенной регуляцией, подтверждает сверхэкспрессию генов ИФН I типа у пациентов с СКВ. (в) График АГК цельной крови от 100 образцов СКВ в настоящем и последующих исследованиях с применением панели из 21 индуцируемого ИФН I типа гена с повышенной регуляцией у пациентов с СКВ по сравнению с 24 здоровыми донорами. Каждая точка представляет один образец (синие точки - здоровые субъекты; красные точки - пациенты с СКВ). ИФН = интерферон; АГК = анализ главных компонент; СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.82. Относительная экспрессия молекул иРНК и средние кратные изменения (горизонтальные гистограммы) рецепторов ФНО- , ИФН- и ИФН- -рецепторов в цельной крови пациентов с СКВ по сравнению со здоровыми контрольными субъектами (Р<0,05 для всех). Средние величины относительных уровней иРНК указанных цитокинов и их рецепторов в цельной крови 24 здоровых доноров были масштабированы до 1, основываясь на исследованиях taqMan кВР-ПЦР. ИФН = интерферон; КРВ-ПЦР = количественная реального времени транскриптазная полимеразная цепная реакция; СКВ = системная красная волчанка; ФНО = фактор некроза опухоли.

Фиг.83а-83в. TaqMan кРВ-ПЦР подтверждает сверхэкспрессию ИФН I типа - индуцируемых генов в цельной крови пациентов с СКВ. (а) Относительные кратные изменения 15 индуцируемых ИФН I типа генов (в общем обозначаемых 1-15) у пациентов с СКВ сравнивают со здоровыми донорами (p<0,05 для всех). Средние значения относительных уровней иРНК генов в объединенной РНК от 24 здоровых доноров были масштабированы до 1, основываясь на исследованиях taqMan кВР-ПЦР. Горизонтальные линии представляют среднее кратное изменение. (б и в) Оценка TaqMan кРВ-ПЦР сверхэкспрессии панели из 21 гена индуцированных ИФН I типа генов в цельной крови пациентов с СКВ методом определения, применимым для выравнивания целого генома. Относительная сверхэкспрессия 21 гена, индуцируемого ИФН I типа, у двух пациентов с СКВ, показана с помощью методов с применением микрочипа (слева) и TaqMan (справа). Коэффициенты корреляции между TaqMan QRT-PCR и микрочипом составляют 0,9861 и 0,9888 для пациентов Х и Y, соответственно. ИФН = интерферон; КРВ-ПЦР = количественная реального времени обратной транскриптазы полимеразная цепная реакция; СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.84. Величина сверхэкспрессии генов ИФН I типа в цельной крови пациентов с СКВ по измерениям средней кратности изменения 25 наиболее сверхэкспрессируемых индуцируемых ИФН I типа генов или по оценке генов ИФН I типа у отдельных пациентов с СКВ. Горизонтальные линии представляют средние величины. Пациентов, у которых оценка показателя генов ИФН I типа 10, оценивают в качестве обладающих сильными показателями генов ИФН I типа; пациентов, у которых оценка показателя генов ИФН I составляет 4-10, оценивают в качестве обладающих умеренными показателями генов ИФН I типа; пациентов, у которых оценка показателей генов ИФН I типа 4, оценивают в качестве обладающих слабыми показателями ИФН I типа. ИФН = интерферон; СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.85а-85в. Разделение 35 пациентов с СКВ на группы с низким (а; зеленый цвет), умеренным (б; серый цвет) и высоким (в; красный цвет) показателем гена ИФН I типа основано на средней кратности изменения по панели из 21 гена индуцируемых ИФН I типа генов. Плотности для каждого пациента с СКВ подсчитывают и изображают графически, используя кратное изменение для каждого из 21 гена от каждого пациента с СКВ по log₂ шкале для представления распределения величин кратного изменения 21 гена. Вертикальные пунктирные линии разделяют 3 класса оценок генных подписей: 7 пациентов со слабым проявлением генов ИФН I типа = среднее кратное изменение <1,91 (0,93 по log₂ шкале), 8 пациентов с умеренным проявлением генов ИФН I типа = среднее кратное изменение 1,91-5,53 и 20 пациентов с сильным проявлением генов ИФН I = среднее кратное изменение >5,53 (2,47 по log₂ шкале). ИФН = интерферон; СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.86. Доза-зависимая нейтрализация с помощью антитела MEDI-545 21 индуцируемого ИФН- / гена с повышенной регуляцией у пациентов с СКВ.

Фиг.87а и 87б. Heatmap (а) и АГК (б), показывающие нейтрализацию 21 индуцируемого ИФН- / гена с повышенной регуляцией в цельной крови пациентов с СКВ, обработанной MEDI-545 в количестве 30 мг/кг (0, 1, 4, 7 и 14 сутки после дозировки).

Фиг.88а и 88б. Диаграммы АГК, полученные с применением 21 индуцируемого ИФН- / зонда с повышенной регуляцией, не показывают нейтрализации ИФН подписи у пациентов, обработанных плацебо.

Фиг.89. Нейтрализация 21 индуцируемого ИФН- / гена с повышенной регуляцией установлена у пациентов после лечения антителом MEDI-545 в количестве 0,3, 1,0, 3,0, 10,0 и 30,0 мг/кг.

Фиг.90. Методология подсчета нейтрализации мишени для фиг.89.

Подробное описание изобретения

Настоящее изобретение охватывает способы идентификации, диагностики, лечения и мониторинга прогрессирования заболевания у пациентов. К пациентам относятся какие-либо животные с ИФН I типа или ИФН -индуцируемым заболеванием, расстройством или состоянием. Пациент может иметь заболевание, расстройство или состояние в качестве результата экспериментального исследования, например, это может быть экспериментальная модель, разработанная для заболевания, расстройства или состояния. В другом варианте у пациента может быть заболевание, расстройство или состояние в отсутствие экспериментальной манипуляции. К пациентам относятся люди, мыши, крысы, лошади, свиньи, кошки, собаки и какие-либо другие животные, используемые для исследования.

Пациент может иметь профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН . Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может быть сильным профилем, умеренным профилем или слабым профилем. Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может быть легко определен в качестве сильного, умеренного или слабого путем выяснения кратности нарушения регуляции профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента (например, кратного увеличения у пациента экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , регуляция которых повышена), относительно контрольного образца (образцов) или контрольного пациента (пациентов) и сравнения кратности регуляции у пациента по сравнению с другими пациентами, имеющими профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН . Кратность нарушения регуляции может быть подсчитана известными в данной области способами. См., например, пример 8.

Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может включать повышение регуляции какой-либо группы генов или группы генов, выявленных зондами, указанными в табл.19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28 или 30. Группа генов или группа генов, выявляемых зондами, идентифицированными в табл.19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28 или 30, может включать какие-либо по меньшей мере 2, какие-либо по меньшей мере 3, какие-либо по меньшей мере 4, какие-либо по меньшей мере 5, какие-либо по меньшей мере 6, какие-либо по меньшей мере 7, какие-либо по меньшей мере 8, какие-либо по меньшей мере 9, какие-либо по меньшей мере 10, какие-либо по меньшей мере 11, какие-либо по меньшей мере 12, какие-либо по меньшей мере 13, какие-либо по меньшей мере 14, какие-либо по меньшей мере 15, какие-либо по меньшей мере 16, какие-либо по меньшей мере 17, какие-либо по меньшей мере 18, какие-либо по меньшей мере 19, какие-либо по меньшей мере 20, какие-либо по меньшей мере 21, какие-либо по меньшей мере 22, какие-либо по меньшей мере 23, какие-либо по меньшей мере 24, какие-либо по меньшей мере 25, какие-либо по меньшей мере 26, какие-либо по меньшей мере 27, какие-либо по меньшей мере 28, какие-либо по меньшей мере 29, какие-либо по меньшей мере 30, какие-либо по меньшей мере 40 или какие-либо по меньшей мере 50 генов, или генов, выявленных зондами, идентифицированных в указанных таблицах.

Группой генов, которые могут быть включены в профиль экспрессии пациента ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , могут быть гены МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RASD2 и IFI44. К гену или генам, выявленным зондами, могут относиться гены IFI44, IFI27, IFI44L, DNAPTP6, LAMP3, LY6E, RSAD2, HERC5, IFI6, ISG15, OAS3, SIGLEC1, OAS2, USP18, RTP4, IFIT1, МХ1, OAS1, EPSTI1, PLSCR1 и IFRG28.

К генам могут относиться какие-либо по меньшей мере 2, какие-либо по меньшей мере 3, какие-либо по меньшей мере 4, какие-либо по меньшей мере 5, какие-либо по меньшей мере 6, какие-либо по меньшей мере 7, какие-либо по меньшей мере 8, какие-либо по меньшей мере 9, какие-либо по меньшей мере 10, или какие-либо по меньшей мере 11, или какие-либо по меньшей мере 12, или какие-либо по меньшей мере 13, или какие-либо по меньшей мере 14, или какие-либо по меньшей мере 15, или какие-либо по меньшей мере 16, или какие-либо по меньшей мере 17, или какие-либо по меньшей мере 18, или какие-либо по меньшей мере 19, или по меньшей мере, 20, или какие-либо по меньшей мере 21, или какие-либо по меньшей мере 22, или какие-либо по меньшей мере 23, или какие-либо по меньшей мере 24, или какие-либо по меньшей мере 25, или какие-либо по меньшей мере 26, или какие-либо по меньшей мере 27, или какие-либо по меньшей мере 28, или какие-либо по меньшей мере 29, или какие-либо по меньшей мере 30 из генов LAMP3, DNAPTP6, FLJ31033, HERC6, SERPING1, EPSTI1, RTP4, OASL, FBXO6, IFIT2, IFI44, OAS3, BATF2, ISG15, IRF7, RSAD2, IFI35, OAS1, LAP3, IFIT1, IFIT5, PLSCR1, IFI44L, MS4A4A, GALM, UBE2L6, TOR1B, SAMD9L, HERC5, TDRD7, TREX1, PARP12 и AXUD1.

Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может включать повышенную регуляцию целой группы генов или группы генов, выявляемых зондами, представленными в одной из таблиц (табл.19, или табл.20, или табл.21, или табл.22, или табл.23, или табл.24, или табл.26, или табл.28, или табл.30), или одного или нескольких генов, представленных на фиг.72, ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН . Профиль экспрессии ФД маркера может включать повышенную регуляцию всех генов, представленных в табл.24. Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может включать повышенную регуляцию генов, идентифицированных на фиг.72а или фиг.72б, или фиг.72а и фиг.72б.

Пациент, у которого имеется профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может дополнительно иметь ФД маркер (маркеры) с пониженной регуляцией ИФН I типа или ИФН . ФД маркеры с пониженной регуляцией могут включать какой-нибудь один, каких-нибудь два, каких-нибудь три, каких-нибудь четыре, каких-нибудь пять, каких-нибудь шесть, каких-нибудь семь, каких-нибудь восемь, каких-нибудь девять, каких-нибудь десять, каких-нибудь 15, каких-нибудь 20, каких-нибудь 25, каких-нибудь 30, каких-нибудь 35, каких-нибудь 40, каких-нибудь 45 или каких-нибудь 50 генов из табл.31 или какой-нибудь ген из CYP1B1, TGST1, RRAGD, IRS2, MGST1, TGFBR3 и RGS2.

Пациент, у которого имеется профиль экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН может дополнительно иметь повышенную регуляцию экспрессии какого-нибудь числа ИФН или ИФН I типа подтипов. ИФН или ИФН I типа подтипы могут включать какие-либо более чем один, более чем два, более чем три, более чем четыре, более чем пять, более чем шесть, более чем семь, более чем восемь, более чем девять или более чем десять ИФН или ИФН I типа подтипов. Эти подтипы могут включать ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 6, ИФН 7, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21, ИФН или ИФН . У пациента может быть повышенная регуляция экспрессии ИФН подтипов ИФН 1, ИФН 2, ИФН 8 и ИФН 14.

В другом варианте пациент, подвергнутый лечению способами, указанными в настоящем изобретении, может быть легко выявлен в качестве пациента, имеющего профиль генной экспрессии с повышенной регуляцией экспрессии какого-либо числа ИФН или ИФН I типа подтипов. ИФН или ИФН I типа подтипы могут включать какие-либо более чем один, более чем два, более чем три, более чем четыре, более чем пять, более чем шесть, более чем семь, более чем восемь, более чем девять или более чем десять ИФН или ИФН I типа подтипов. К таким подтипам могут относиться ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 6, ИФН 7, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21, ИФН или ИФН . К таким подтипам могут относиться ИФН 1, ИФН 2, ИФН 8 и ИФН 14.

Пациент, имеющий профиль экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа - или ИФН , может также иметь повышенную регуляцию экспрессии ИФН рецепторов, или ИФНAR1, или ИФНAR2, или обоих, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов (или ИФНGR1, ИФНGR2, или и ИФНGR1, и ИФНGR2). Пациент может быть легко идентифицирован в качестве пациента, у которого наблюдается повышение экспрессии ИФН рецепторов, или ИФНАR1, или ИФНАR2, или обоих, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов (или ИФНGR1, ИФНGR2, или и ИФНGR1, и ИФНGR2).

Повышенная регуляция или пониженная регуляция профиля экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа - или ИФН , пациента может быть выражена в какой-либо степени относительно аналогичного показателя в образце от контроля (которым может быть образец, который не является больной тканью пациента (например, кожа без повреждений от субъекта с псориазом) или от здорового субъекта, не имеющего заболевания или расстройства). Степень повышения регуляции или понижения регуляции может составлять по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 100%, по меньшей мере 125%, по меньшей мере 150%, или по меньшей мере 200%, или по меньшей мере 300%, или по меньшей мере 400%, или по меньшей мере 500% от степени повышения регуляции или понижения регуляции контроля или контрольного образца.

Кроме того, у пациента может происходить сверхэкспрессия или они могут иметь ткань, которая сверхэкспрессирует ИФН I типа подтип в количестве, составляющем по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 100%, по меньшей мере 125%, по меньшей мере 150%, или по меньшей мере 200%, или по меньшей мере 300%, или по меньшей мере 400%, или по меньшей мере 500% от количества в контроле. Подтип ИФН I типа может быть каким-либо из следующих: ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 6, ИФН 7, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21, ИФН или ИФН . К подтипам ИФН I типа могут относиться все из числа ИФН 1, ИФН 2, ИФН 8 и ИФН 14.

Пациенты также могут включать или в другом варианте включают изменения уровней белков в сыворотке. Пациент может иметь повышенные уровни в плазме белков, например, адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобулина, ракового антигена 125, ракового антигена 19-9, эоксатина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12р70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миоглобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1 или vWF. Пациент может иметь повышенные уровни в сыворотке каких-либо из белков 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 или 26. Повышенный уровень может составлять по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 100%, по меньшей мере 125%, по меньшей мере 150%, или по меньшей мере 200%, или по меньшей мере 300%, или по меньшей мере 400%, или по меньшей мере 500% от уровня контроля, например, здорового субъекта. Изменением может быть снижение в сыворотке белков, например, BDNK, комплемента 3, CD40 лиганда, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, миелопероксидазы, RANTES или тромбопоэтина. Пациент может иметь пониженные уровни в сыворотке какого-либо из 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или 11 из указанных белков. Пониженный уровень может составлять по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 100%, от уровня контроля, например, здорового субъекта. Профиль ФД маркера может включать один или несколько из указанных повышенных или пониженных уровней белков в сыворотке.

Пациент может дополнительно включать ауто-антитела, которые связываются с каким-либо из следующих ауто-антигенов: (а) интерферон - индуцируемым белком p78 миксовирусной (вируса гриппа) устойчивости 1; (б) surfeit 5, транскриптным вариантом c; (в) протеасомой (посомой, мультикаталитической протеазой) активаторной субъединицей 3 (РА28 гамма; Ki) trans c; (г) альфа рецептором ретиноевой кислоты; (д) белком теплового шока 10 кДа 1 (шаперонин 10); (е) тропомиозином 3; (ж) доменом, родственным гомологу плекстрина, семейство А, представитель 1; (з) цитоскелет-ассоциированным белком 1; (и) антигеном А2 синдрома Шегрена (60 кДа, рибонуклеопротеиновый ауто-антиген SS-A/Ro); (к) NADH дегидрогеназой (убихинон) 1, альфа/бета субкомплекс 1, 8 кДа; (л) гомологом 1 гена ядерного распределения (NudE - nuclear distribution gene E) (A. nidulans); (м) MutL гомологом 1, рак толстой кишки, неполипозный, 2 типа (Е. coli); (н) обогащенным лейцином повтором (в FLII) взаимодействующим белком 2; (о) тропомиозином 1 (альфа); (п) спастическая нижняя параплегия 20, спартином (синдром Тройера); (р) предимплантационным белком, вариантом транскрипта 1; (с) митохондриальным рибосомальным белком L45; (т) гомологом Lin-28 (С. elegans); (у) белком теплового шока 1, массой 90 кДа, альфа; (ф) dom-3 гомологом Z (С. elegans); (x) динеином, цитоплазматическим, легким промежуточным полипептидом 2; (ц) Ras-родственным субстратом 1 токсина С3 ботулизма (rho семейство, низкомолекулярный GTP связывающий белок); (ч) синовиальной саркомы, Х контрольная точка 2, вариантом транскрипта 2; (ш) моезином; (ш) гомологом упаковочного вектора {Drosophila), вариантом транскрипта 1; (э) GCN5 (тип 2 общего контроля аминокислотного синтеза 5 (дрожжи); (ю) эукариотического фактора элонгации трансляции 1, гамма; (я) эукариотического фактора элонгации трансляции 1, дельта; (аа) ДНК-повреждение-индуцирующий транскрипт 3; (бб) ССААТ/энхансер связывающим белком (С/ЕВР) гамма; и каким-либо другим аутоантигеном, описанным в предварительной заявке, озаглавленной «Auto-antibody markers of autoimmune disease», поданной 3 мая 2007 г., или в предварительной заявке, озаглавленной «Auto-antibody markers of autoimmune disease», поданной 6 ноября 2007 г. (например, описанные в табл.2, 4, 5 и 9, но ими перечень не ограничивается). Пациент может содержать ауто-антитела, которые связываются с каким-либо числом указанных ауто-антигенов, например, какими-либо по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25 ауто-антигенами.

К другим заболеваниям, расстройствам или состояниям, индуцируемым ИФН I типа или ИФН , относятся какие-либо из заболеваний, расстройств или состояний, которые проявляют профиль экспрессии или генную подпись ИФН I типа или ИФН ФД маркеров. Следует учитывать, что профиль экспрессии и прояление генов ФД маркеров могут быть эквивалентными. К указанным заболеваниям, расстройствам или состояниям относятся заболевания, расстройства или состояния с аутоиммунным компонентом, например, системная красная волчанка (СКВ), инсулинзависимый сахарный диабет, воспаление кишечника (включая болезнь Крона, язвенный колит и целиакию), рассеянный склероз, псориаз, аутоиммунный тироидит, ревматоидный артрит, гломерулонефрит, идиопатический воспалительный миозит, Синдром Шегрена, васкулит, дерматомиозит, полиомиозит и саркоидоз. К другим заболеваниям, расстройствам или состояниям относится заболевание трансплантат против хозяина и отторжение трансплантата.

У пациентов также могут проявляться какие-либо из ряда симптомов, например, рассмотренных во временной патентной заявке «Methods of Treating Systemic Lupus Erythematosis» («Способы лечения системной красной волчанки»), поданной 16 апреля 2007 года, или может быть клиническая оценка CKBDAI или BILAG, рассмотренная в указанной заявке. К указанным симптомам могут относиться усталость, повреждение органов, сыпь на скулах («кожная бабочка») и алопеция. Оценка пациента может быть произведена с помощью известной клинической системы оценки, например, системы CKBDAI, которая является показателем проявления СКВ, определенным и оцененным за последние 10 суток (Bombardier C., и др., Arthritis Rheum 35, 1992, сс. 630-640). Степень проявления заболевания по системе оценки CKBDAI может варьировать 0 до 105. Выделяют следующие категории проявления заболевания по системе оценки CKBDAI: заболевание не проявляется (CKBDAI=0); слабое проявление (CKBDAI=1-5); умеренное проявление (CKBDAI=6-10); высокое проявление (CKBDAI=11-19); очень высокое проявление (CKBDAI=20 или больше). (Griffiths и др.). Другим индексом оценки заболевания является индекс BILAG - индекс активности СКВ, который основан на специфических клинических проявлениях в восьми системах органов: организма в целом, кожно-слизистой, нейрологической, скелетно-мышечной, сердечно-сосудистой, дыхательной, почечной и показателях крови. Оценка основывается на буквенной системе, но взвешенные нумерические оценки также могут быть назначены по каждой букве, создавая возможность подсчета оценки BILAG в диапазоне 0-72. (Griffiths и др.). Другие показатели оценки включают оценку PGA, сложный респондерный индекс (composite responder index - CRI) и тест ANAM4 . Способы, описанные в настоящем изобретении, например, лечение аутоиммунного расстройства, могут быть применены к какому-либо субъекту, идентифицированному в качестве имеющего какой-либо уровень проявления болезни по измерению какой-либо методикой классификации, известной в данной области, например, слабый, умеренный, высокий или очень высокий. Способы, описанные в настоящем изобретении, например, способ лечения аутоиммунного расстройства, могут привести к снижению у пациента проявления симптомов или могут привести к улучшению оценки заболевания, расстройства или состояния, которые индуцируются ИФН I типа или ИФН .

Терапевтический агент может быть введен пациенту или пациент может быть идентифицирован в качестве кандидата на введение агента или терапевтического агента. Терапевтическим агентом является какая-либо молекула, которая связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН . Терапевтическим агентом может быть низкомолекулярное соединение или биологический агент. Если терапевтический агент является низкомолекулярным соединением, он может быть синтезирован или идентифицирован и выделен из природного источника.

Если терапевтический агент является биологическим агентом, он может быть антителом, специфическим для какого-либо подтипа (подтипов) ИФН I типа или ИФН . Например, антитело может быть специфическим для какого-либо из ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 6, ИФН 7, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21, ИФН или ИФН . В другом варианте антитело может быть специфичным для каких-либо двух, каких-либо трех, каких-либо четырех, каких-либо пяти, каких-либо шести, каких-либо семи, каких-либо восьми, каких-либо девяти, каких-либо десяти, каких-либо одиннадцати, каких-либо двенадцати ИФН I типа подтипов ИФН . Если антитело специфично для более чем одного подтипа ИФН I типа, антитело может быть специфичным в отношении ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 8, ИФН 10 и ИФН 21, или оно может быть специфическим в отношении ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 8 или ИФН 10, или оно может быть специфическим в отношении ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 8 и ИФН 21, или оно может быть специфическим в отношении ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 10 и ИФН 21. Антитела, специфичные в отношении ИФН I типа или ИФН включают антитело MEDI-545, какой-либо биопрепарат или антитело, отличное от MEDI-545, антитела, описанные в US 11/009410 и 11/157494, 9F3 и другие антитела, описанные в US 7087726 (пример 1 и пример 2, антитела, приведенные в табл.3 и табл.4, и/или антитела, описанные в табл., озаглавленной «Deposit of Material» в строках 25-54, колонка 56), NK-2 и YOK5/19 (WO 84/03105), LO-22 (US 4902618), 144 BS (US 4885166), и EBI-1, EBI-2, и EBI-3 (EP 119476). Терапевтический агент, который модулирует действие ИФН , может нейтрализовать действие ИФН . Специалистам в данной области известны препараты и составы таких биологических агентов и способов их введения.

Антитело может быть синтетическим антителом, моноклональным антителом, поликлональными антителами, рекомбинантно формируемым антителом, внутриклеточным антителом, полиспецифическим антителом (включая биспецифические антитела), антителом человека, гуманизированным антителом, химерным антителом, одноцепочечным (single-chain Fv - scFv) (включая биспецифическое одноцепочечное антитело - scFv), молекулой BiTE, одноцепочечным антителом, фрагментами Fab, фрагментом F(ab ), дисульфид-связанным фрагментом Fv (disulfide-linked Fv - sdFv), или эпитоп-связывающим фрагментом какого-либо из указанных выше антител. Антитело может быть какой-либо иммуноглобулиновой молекулой или иммунологически активной частью молекулы иммуноглобулина. Кроме того, антитело может относиться к какому-либо изотипу. Например, это может быть какой-либо из изотипов IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4. Антитело может быть антителом полной длины, включающим вариабельные и константные области, или их антигенсвязывающий фрагмент, например, одноцепочечное антитело, или Fab, или Fab 2 фрагмент. Антитело также может быть конъюгировано или связано с терапевтическим агентом, например цитотоксином или радиоактивным изотопом.

В способах лечения второй агент, отличный от агента, который связывается, чтобы модулировать действие ИФН , может быть введен пациенту. Ко вторым агентам относятся, но ими не ограничиваются, нестероидные противовоспалительные лекарственные средства, например ибупрофен, напрофен, сулиндак, диклофенак, пироксикам, кетопрофен, дифлунисал, набуметон, этодолак и оксапрозин, индометацин; противомалярийные средства, например гидроксихлороцин; кортикостероидные гормоны, например преднизон, гидрокортизон, метилпреднизолон и дексаметазон; метотрексат; иммуносупрессирующие агенты, например азатиоприн и циклофосфамид; и биологические агенты, которые, например, нацеливают Т-клетки, например алефацепт и эфализумаб, или нацеливают ФНО , например, энбрель, ремикейд и хумира.

Лечение агентом может привести к нейтрализации профиля, индуцируемого ИФН I типа или ИФН . Лечение агентом может привести к снижению проявления одного или нескольких симптомов заболевания или расстройства, опосредованных ИФН I типа или ИФН . Лечение агентом может привести к более слабым вспышкам, связанным с заболеванием или расстройством, опосредованным ИФН I типа или ИФН . Лечение агентом может привести к улучшенному прогнозу для пациента, у которого имеется заболевание или расстройство, опосредованное ИФН I типа или ИФН . Лечение агентом может привести к улучшенному качеству жизни пациента. Лечение агентом может облегчить потребность в одновременном введении вторых агентов или может понизить дозу введения второго агента пациенту. Лечение агентом может уменьшить число госпитализаций пациентов, которые связаны с заболеванием или расстройством, опосредованным ИФН I типа или ИФН .

Агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , может нейтрализовать профиль, индуцируемый ИФН I типа или ИФН . Нейтрализация профиля, индуцируемого ИФН I типа или ИФН , может быть уменьшена на по меньшей мере один, по меньшей мере два, по меньшей мере три, по меньшей мере пять, по меньшей мере семь, по меньшей мере восемь, по меньшей мере десять, по меньшей мере двенадцать, по меньшей мере пятнадцать, по меньшей мере двадцать, по меньшей мере двадцать пять, по меньшей мере тридцать, по меньшей мере тридцать пять, по меньшей мере сорок, по меньшей мере сорок пять, или по меньшей мере пятьдесят генов, регуляция которых повышена ИФН I типа или ИФН . Гены, у которых повышена регуляция ИФН I типа или ИФН , могут быть какой-либо группой генов из табл.19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28 или 30 согласно указанному выше. Нейтрализация ИФН I типа или ИФН индуцируемого профиля является снижением по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 4%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 7%, по меньшей мере на 8%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 45%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 90% какого-либопо меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере семи, по меньшей мере восьми, по меньшей мере десяти, по меньшей мере двенадцати, по меньшей мере пятнадцати, по меньшей мере двадцати, по меньшей мере двадцати пяти, по меньшей мере тридцати, по меньшей мере тридцати пяти, по меньшей мере сорока, по меньшей мере сока пяти, или по меньшей мере, пятидесяти генов, регуляция которых повышена в каком-либо ИФН I типа или ИФН -индуцируемом профиле. В другом варианте нейтрализация ИФН I типа или ИФН -индуцируемом профиле относится к снижению экспрессии ИФН I типа или ИФН -индуцируемых генов с повышенной регуляцией, которые составляют не более чем 50%, не более чем 45%, не более чем 40%, не более чем 35%, не более чем 30%, не более чем 25%, не более чем 20%, не более чем 15%, не более чем 10%, не более чем 5%, не более чем 4%, не более чем 3%, не более чем 2%, не более чем 1% от уровней экспрессии соответствующих ИФН I типа или ИФН -индуцируемых генов в контрольном образце. Если агент, который связывается и модулирует действие ИФН I типа или ИФН является биологическим агентом, например антителом, агент может нейтрализовать ИФН I типа или ИФН профиль в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Нейтрализация ИФН I типа или ИФН -индуцируемого профиля может быть повышенной экспрессией по меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере семи, по меньшей мере восьми, по меньшей мере десяти, по меньшей мере двенадцати, по меньшей мере пятнадцати, по меньшей мере двадцати, по меньшей мере двадцати пяти, по меньшей мере тридцати, по меньшей мере тридцати пяти, по меньшей мере сорока, по меньшей мере сорока пяти, или по меньшей мере пятидесяти генов, экспрессия которых снижается под действием ИФН I типа или ИФН . Гены, экспрессия которых снижается под действием ИФН I типа или ИФН , может быть какой-либо группой генов из табл.30. Нейтрализацией генов с пониженной регуляцией в ИФН I типа или ИФН -индуцируемом профиле является повышение по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 4%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 7%, по меньшей мере на 8%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 45%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, или по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 100%, или по меньшей мере на 125%, или по меньшей мере на 130%, или по меньшей мере на 140%, или по меньшей мере на 150%, или по меньшей мере на 175%, или по меньшей мере на 200%, или по меньшей мере на 250%, или по меньшей мере на 300%, или по меньшей мере на 500% каких-либо по меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере семи, по меньшей мере восьми, по меньшей мере десяти, по меньшей мере двенадцати, по меньшей мере пятнадцати, по меньшей мере двадцати, или по меньшей мере двадцат пяти генов, регуляция экспрессии которых понижается в каком-либо в ИФН I типа или ИФН -индуцируемом профиле. В другом варианте нейтрализация ИФН I типа или ИФН -индуцируемого профиля относится к повышению экспрессии ИФН I типа или ИФН -индуцируемых генов, которые составляют не более чем 50%, не более чем 45%, не более чем 40%, не более чем 35%, не более чем 30%, не более чем 25%, не более чем 20%, не более чем 15%, не более чем 10%, не более чем 5%, не более чем 4%, не более чем 3%, не более чем 2%, не более чем 1% от уровней экспрессии соответствующих ИФН I типа или ИФН -индуцируемых генов (с пониженной регуляцией) в контрольном образце. Если агент, который связывает и модулирует ИФН I типа или ИФН действие, является биологическим агентом, например, антителом, агент может нейтрализовать ИФН I типа или ИФН профиль в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , может дополнительно или в другом варианте нейтрализовать экспрессию одного или нескольких ИФН I типа или ИФН подтипов. Подтипы ИФН I типа или ИФН могут включать более одного, более двух, более трех, более четырех, более пяти, более шести, более семи, более восьми, более девяти или более десяти подтипов ИФН I типа или ИФН . К указанным подтипам могут относиться ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 6, ИФН 7, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21, ИФН или ИФН . К этим подтипам могут относиться все из числа ИФН 1, ИФН 2, ИФН 8 и ИФН 14. В другом варианте все подтипы могут включать ИФН 1, ИФН 2, ИФН 4, ИФН 5, ИФН 8, ИФН 10, ИФН 21. Нейтрализация ИФН I типа или ИФН подтипов может представлять снижение по меньшей мере 2%, по меньшей мере 3%, по меньшей мере 4%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 7%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 90% какого-либо по меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере семи, по меньшей мере восьми, или по меньшей мере десяти подтипов. Нейтрализация ИФН I типа или ИФН подтипов может быть снижением экспрессии генов ИФН I типа или ИФН подтипов, которые составляют не более чем 50%, не более чем 45%, не более чем 40%, не более чем 35%, не более чем 30%, не более чем 25%, не более чем 20%, не более чем 15%, не более чем 10%, не более чем 5%, не более чем 4%, не более чем 3%, не более чем 2%, не более чем 1% от уровней экспрессии соответствующих ИФН I типа или ИФН подтипов в контрольном образце. Если агент, который связывает и модулирует ИФН I типа или ИФН действие, является биологическим агентом, например, антителом, агент может нейтрализовать ИФН I типа или ИФН подтипы в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Агент, который связывает и модулирует ИФН I типа или ИФН действие может дополнительно или в другом варианте, нейтрализовать экспрессию ИФН рецепторов, или ИФНAR1, или ИФНAR2, или обоих, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов (любой из ИФНGR1, ИФНGR2, или оба - ИФНGR1 и ИФНGR2). Нейтрализация экспрессии ИФН рецепторов, или ИФНAR1, или ИФНAR2, или обоих, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов (ИФНGR1 или ИФНGR2, или и ИФНGR1, и ИФНGR2) может быть уменьшена на по меньшей мере 2%, по меньшей мере 3%, по меньшей мере 4%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 7%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 90% какого-либо по меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, или по меньшей мере шести указанных генов. Нейтрализация экспрессии ИФН рецепторов, или ИФНAR1, или ИФНAR2, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов (ИФНGR1 или ИФНGR2, или и ИФНGR1, и ИФНGR2) является снижением экспрессии по меньшей мере 50%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 4%, по меньшей мере 3%, по меньшей мере 2%, или по меньшей мере 1% от уровней экспрессии этих генов в контрольном образце. Если агент, связывающий и модулирующий действие ИФН I типа или ИФН , является биологическим агентом, например антителом, агент может нейтрализовать экспрессию ИФН рецепторов ИФНAR1 или ИФНAR2, или ФНО , или ИФН , или ИФН рецепторов ИФНGR1 или ИФНGR2 в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , может дополнительно или в другом варианте нейтрализовать изменения уровней белков в сыворотке, например повысить уровни тех белков, регуляция уровней которых в сыворотке повышена до уровней, близких к уровням контрольных субъектов. Нейтрализация экспрессии белков в сыворотке, например, адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобулина, ракового антигена 125, ракового антигена 19-9, эотаксина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12p70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миоглобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1, vWF, BDNK, комплемента 3, CD40 лиганда, EGF, ENA-78, EN- RAGE, IGF-1, MDC, миелопироксидазы, RANTES или тромбипоэтина, может быть осуществлена путем выработки уровня по меньшей мере одного, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере пяти, по меньшей мере шести, по меньшей мере семи, по меньшей мере восьми, по меньшей мере девяти, по меньшей мере десяти, по меньшей мере двенадцати, по меньшей мере пятнадцати, по меньшей мере двадцати, или по меньшей мере, 25 указанных белков, в пределах по меньшей мере 2%, по меньшей мере 3%, по меньшей мере 4%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 7%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 90% уровней белка в сыворотке здорового субъекта. Если агент, который связывается и модулирует ИФН I типа или ИФН действие, является биологическим агентом, например антителом, агент может нейтрализовать уровни белков в сыворотке, например адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобулина, ракового антигена 125, ракового антигена 19-9, эотаксина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12p70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миоглобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1, vWF, BDNK, комплемента 3, CD40 лиганда, EGF, ENA-78, ENRAGE, IGF-1, MDC, миелопироксидазы, RANTES или тромбипоэтина, в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Агент, который связывает и модулирует ИФН I типа или ИФН действие, может дополнительно или в другом варианте снижать число или уровень аутоантител, которые связываются с каким-либо одним, какими-либо по меньшей мере 2, какими-либо по меньшей мере 3, какими-либо по меньшей мере 4, какими-либо по меньшей мере 5, какими-либо по меньшей мере 6, какими-либо по меньшей мере 7, какими-либо по меньшей мере 8, какими-либо по меньшей мере 9, какими-либо по меньшей мере 10, какими-либо по меньшей мере 15, или какими-либо по меньшей мере 20 из следующих аутоантигенов: (а) интерферон-индуцируемым белком p78 миксовирусной (вируса гриппа) устойчивости 1; (б) surfeit 5, транскриптным вариантом c; (в) протеасомой (посомой, мультикаталитической протеазой) активаторной субъединицей 3 (РА28 гамма; Ki) транс c; (г) альфа рецептором ретиноевой кислоты; (д) белком теплового шока 10 кДа 1 (шаперонин 10); (е) тропомиозином 3; (ж) доменом, родственным гомологу плекстрина, семейство А, представитель 1; (з) цитоскелет-ассоциированным белком 1; (и) антигеном А2 синдрома Шегрена (60 кДа, рибонуклеопротеиновый ауто-антиген SS-A/Ro); (к) NADH дегидрогеназой (убихинон) 1, альфа/бета субкомплекс 1, 8 кДа; (л) гомологом 1 гена ядерного распределения (NudE - nuclear distribution gene Е) (A. nidulans); (м) MutL гомологом 1, рак толстой кишки, неполипозный, 2 типа (Е. coli); (н) обогащенным лейцином повтором (в FLII) взаимодействующим белком 2; (о) тропомиозином 1 (альфа); (п) спастическая нижняя параплегия 20, спартином (синдром Тройера); (р) предимплантационным белком, вариантом транскрипта 1; (с) митохондриальным рибосомальным белком L45; (т) гомологом Lin-28 (С. elegans); (у) белком теплового шока 1, массой 90 кДа, альфа; (ф) dom-3 гомологом Z (С. elegans); (x) динеином, цитоплазматическим, легким промежуточным полипептидом 2; (ц) Ras-родственным субстратом 1 токсина C3 ботулизма (rho семейство, низкомолекулярный GTP связывающий белок); (ч) синовиальной саркомы, X контрольная точка 2, вариантом транскрипта 2; (ш) моезином; (щ) гомологом упаковочного вектора (Drosophila), вариантом транскрипта 1; (э) GCN5 (тип 2 общего контроля аминокислотного синтеза 5 (дрожжи); (ю) эукариотического фактора элонгации трансляции 1, гамма; (я) эукариотического фактора элонгации трансляции 1, дельта; (аа) ДНК-повреждение-индуцирующий транскрипт 3; (бб) ССААТ/энхансер связывающим белком (С/ЕВР) гамма; и каким-либо другим аутоантигеном, описанным в предварительной заявке, озаглавленной «Auto-antibody markers of autoimmune disease», поданной 3 мая 2007 г., или в предварительной заявке, озаглавленной «Auto-antibody markers of autoimmune disease», поданной 6 ноября 2007 г. (например, описанные в табл.2, 4, 5 и 9). Снижение уровня аутоантитела может составлять по меньшей мере 2%, по меньшей мере 3%, по меньшей мере 4%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 7%, по меньшей мере 8%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, или по меньшей мере, 90% в присутствии какого-либо из аутоантител. Если агент, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , является биологическим агентом, например антителом, агент может понизить число или уровень аутоантител в дозах 0,3-30 мг/кг, 0,3-10 мг/кг, 0,3-3 мг/кг, 0,3-1 мг/кг, 1-30 мг/кг, 3-30 мг/кг, 5-30 мг/кг, 10-30 мг/кг, 1-10 мг/кг, 3-10 мг/кг или 1-5 мг/кг.

Агент, связывающий и модулирующий действие ИФН I типа или ИФН , не может нейтрализовать экспрессию генов, которые не включены в интерферон-индуцируемую подпись или профиль ФД маркеров.

Образцы также могут быть получены от пациентов в способах настоящего изобретения. К образцам относятся какие-либо биологические жидкости или ткани, например цельная кровь, слюна, моча, синовиальная жидкость, костный мозг, цереброспинальная жидкость, выделения из носа, мокрота, амниотическая жидкость, жидкость бронхоальвеолярного лаважа, мононуклеарные клетки периферической крови (МКПК), лейкоциты, клетки лимфоузлов, клетки селезенки или кожа. Образцы могут быть получены какими-либо способами, известными в данной области.

Профили экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа- или ИФН , могут включать экспрессию или действие с повышенной регуляцией генов в клетках, в которых могут быть повышены уровни ИФН относительно исходного уровня. Повышенная регуляция экспрессии или действия генов включает повышение экспрессии иРНК с гена, повышение экспрессии белка, кодируемого геном, или повышение действия белка, кодируемого геном. Может быть повышена экспрессия или действие генов в качестве прямого или непрямого ответа на ИФН .

Повышенной регуляции экспрессия или действие какого-либо гена, выявленного в образце зондами или зондами в наборах в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут быть по меньшей мере в 1,2 раза, по меньшей мере в 1,25 раза, по меньшей мере в 1,3 раза, по меньшей мере в 1,4 раза, по меньшей мере в 1,5 раза, по меньшей мере в 2,0 раза, по меньшей мере в 2,25 раза, по меньшей мере в 2,5 раза, по меньшей мере в 2,75 раза, по меньшей мере в 3,0 раза, по меньшей мере в 3,5 раза, по меньшей мере в 4,0 раза, по меньшей мере в 4,5 раза, по меньшей мере в 5,0 раз, по меньшей мере в 6,0 раз, по меньшей мере в 7,0 раз, по меньшей мере в 8,0 раз, по меньшей мере в 9,0 раз, по меньшей мере в 10,0 раз, по меньшей мере в 15,0 раз, по меньшей мере в 20,0 раз, по меньшей мере в 25,0 раз, или по меньшей мере в 50,0 раз больше относительно исходных уровней контрольных клеток, например клеток здоровых волонтеров, или клеток контрольных животных, или клеток, не подвергшихся воздействию ИФН в культуре. Все гены в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут обладать повышенной регуляцией экспрессии или действия в той же степени увеличения. В другом варианте гены в профиле экспрессии ФД маркерв могут иметь варьирующие уровни повышенной регуляции экспрессии или действия.

Пониженной регуляции экспрессия или действие какого-либо гена, выявленного в образце зондами или зондами в наборах в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут составлять по меньшей мере 5%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 55%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 65%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% относительно исходных уровней контрольных клеток, например клеток здоровых добровольцев, или клеток контрольных животных, или клеток, не подвергшихся воздействию ИФН в культуре. Все гены в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут иметь пониженной регуляции экспрессию или действие в той же степени снижения. В другом варианте гены в профиле экспрессии ФД маркера могут иметь варьирующие уровни пониженной регуляции экспрессии или действия.

Число генов, участвующих в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , может составлять, меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 10, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 50, по меньшей мере 75, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 300, по меньшей мере 400, по меньшей мере 500, по меньшей мере 750, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 1500, по меньшей мере 2000, по меньшей мере 2500, по меньшей мере 5000, по меньшей мере 10000, или по меньшей мере 15000 генов. К этим генам могут относиться гены, перечисленные в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30, и/или 31, и/или какие-либо гены, идентифицированные на фиг.72, 74, 75 или 77. К генам, включенным в профиль экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут относиться гены повышенной регуляции, гены пониженной регуляции или комбинация генов с повышенной и пониженной регуляцией.

К генам, включенным в профиль экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН , могут относиться гены, представленные в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30, и/или 31, и/или какие-либо гены, идентифицированные на фиг.72, 74, 75 или 77. Гены, включенные в профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , могут состоять или включать по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, или по меньшей мере 100% генов, представленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30, и/или 31, и/или какие-либо гены, идентифицированные на фиг.72, 74, 75 или 77.

ФД маркеров, индуцируемых ИФН , профиле экспрессии могут включать какие-либо по меньшей мере 5 генов, например: МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFI6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFI44L; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, ISG15; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, LAMP3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, OASL; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, RSAD2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFI44; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, OAS3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, USP18; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, HERC5; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, DNAPTP6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, LOC129607; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, EPSTI1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, BIRC4BP; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, ген, выявленный зондом 229450_at; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, ген, выявленный зондом 235276_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ISG15; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, LAMP3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, OASL; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, RSAD2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFIT2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, OAS3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, USP18; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, HERC5; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, DNAPTP6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, LOC129607; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, EPSTI1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, BIRC4BP; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ген, выявленный зондом 229450_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LAMP3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OASL; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, RSAD2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFIT2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OAS3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, USP18; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, HERC5; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, DNAPTP6; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LOC129607; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, EPSTI1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, BIRC4BP; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LAMP3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OASL; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, RSAD2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFI44; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFIT2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OAS3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, USP18; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, HERC5; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, DNAPTP6; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LOC129607; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, EPSTI1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, BIRC4BP; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OASL; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, RSAD2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFI44; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFIT2 или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OAS3; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, USP18; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, SIGLEC1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, HERC5; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, DNAPTP6; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LOC129607; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, EPSTI1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, BIRC4BP; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, HERC5; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, DNAPTP6; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, LOC129607; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, EPSTI1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, BIRC4BP; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, SIGLEC1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, USP18; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OAS3; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFIT2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFI44; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, RSAD2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFI44; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFIT2; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, OAS3; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, USP18; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, SIGLEC1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, HERC5; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, DNAPTP6; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, LOC129607; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, EPSTI1; or IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, BIRC4BP; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 235276_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFIT2; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, OAS3; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, USP18; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, SIGLEC1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, HERC5; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, DNAPTP6; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, LOC129607; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, EPSTI1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, BIRC4BP; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 229450_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 235276_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, OAS3; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, USP18; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, SIGLEC1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, HERC5; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, DNAPTP6; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, LOC129607; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, EPSTI1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, BIRC4BP; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 229450_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 235276_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, USP18; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, SIGLEC1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, HERC5; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, DNAPTP6; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, LOC129607; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, EPSTI1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, BIRC4BP; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 229450_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 235276_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, SIGLEC1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, HERC5; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, DNAPTP6; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, LOC129607; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, EPSTI1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, BIRC4BP; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 229450_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, HERC5; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, DNAPTP6; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, LOC129607; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, EPSTI1; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, BIRC4BP; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, DNAPTP6; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, LOC129607; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, EPSTI1; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, BIRC4BP; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, LOC129607; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, EPSTI1; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, BIRC4BP; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 235276_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, EPSTI1; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, BIRC4BP; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 229450_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 235276_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, BIRC4BP; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 229450_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 235276_at; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 229450_at; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 235276_at; или DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 235276_at; или LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at, ген, выявленный зондом 235276_at. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии может также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ИФН -индуцируемые ФД маркеры в профиле экспрессии могут включать какие-либо по меньшей мере 6 генов, например: МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI44L; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ISG15; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, LAMP3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, OASL; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, RSAD2; или МХ1, LLY6E, IPI27, OAS1, IFIT1, IFI44; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFIT2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, OAS3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, USP18; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, HERC5; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, DNAPTP6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, LOC129607; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, EPSTI1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, BIRC4BP; or МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ген, выявленный зондом 229450_at; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, ген, выявленный зондом 235276_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ISG15; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LAMP3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OASL; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, RSAD2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFIT2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OAS3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, USP18; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, HERC5; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, DNAPTP6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LOC129607; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, EPSTI1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, BIRC4BP; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 229450_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LAMP3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OASL; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, RSAD2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFI44; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFIT2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OAS3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, USP18; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, HERC5; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, DNAPTP6; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LOC129607; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, EPSTI1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, BIRC4BP; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OASL; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, RSAD2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFI44; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFIT2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OAS3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, USP18; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, HERC5; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, DNAPTP6; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LOC129607; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, EPSTI1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, BIRC4BP; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, RSAD2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFI44; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFIT2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OAS3; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, USP18; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, SIGLEC1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, HERC5; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, DNAPTP6; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, LOC129607; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, EPSTI1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, BIRC4BP; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFI44; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFIT2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, OAS3; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, USP18; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, SIGLEC1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, HERC5; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, DNAPTP6; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, LOC129607; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, EPSTI1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, BIRC4BP; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFIT2; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, OAS3; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, USP18; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, SIGLEC1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, HERC5; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, DNAPTP6; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, LOC129607; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, EPSTI1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, BIRC4BP; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 235276_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, OAS3; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, USP18; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, SIGLEC1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, HERC5; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, DNAPTP6; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, LOC129607; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, EPSTI1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, BIRC4BP; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 229450_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 235276_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, USP18; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, SIGLEC1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, HERC5; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, DNAPTP6; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, LOC129607; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, EPSTI1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, BIRC4BP; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 229450_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 235276_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, SIGLEC1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, HERC5; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, DNAPTP6; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, LOC129607; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, EPSTI1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, BIRC4BP; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 229450_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 235276_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, HERC5; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, DNAPTP6; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, LOC129607; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, EPSTI1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, BIRC4BP; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 229450_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, DNAPTP6; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, LOC129607; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, EPSTI1; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, BIRC4BP; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, LOC129607; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, EPSTI1; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, BIRC4BP; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, EPSTI1; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, BIRC4BP; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 235276_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, BIRC4BP; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 229450_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 235276_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 229450_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 235276_at; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 235276_at; или DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at, ген, выявленный зондом 235276_at. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии может также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать какие-либо по меньшей мере 7 генов, например: МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ISG15; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LAMP3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OASL; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, RSAD2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFIT2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, OAS3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, USP18; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, HERC5; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, DNAPTP6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, LOC129607; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, EPSTI1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, BIRC4BP; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 229450_at; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, ген, выявленный зондом 235276_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LAMP3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OASL; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, RSAD2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFI44; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFIT2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OAS3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, USP18; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, HERC5; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, DNAPTP6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LOC129607; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, EPSTI1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, BIRC4BP; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 229450_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OASL; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, RSAD2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFI44; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFIT2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OAS3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, USP18; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, HERC5; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, DNAPTP6; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LOCI 29607; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, EPSTI1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, BIRC4BP; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, RSAD2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFI44; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFIT2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OAS3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, USP18; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, HERC5; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, DNAPTP6; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, LOC129607; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, EPSTI1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, BIRC4BP; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFI44; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFIT2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, OAS3; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, USP18; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, SIGLEC1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, HERC5; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, DNAPTP6; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, LOC129607; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, EPSTI1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, BIRC4BP; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFIT2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, OAS3; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, USP18; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, SIGLEC1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, HERC5; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, DNAPTP6; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, LOC129607; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, EPSTI1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, BIRC4BP; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, OAS3; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, USP18; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, SIGLEC1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, HERC5; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, DNAPTP6; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, LOC129607; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, EPSTI1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, BIRC4BP; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 235276_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, USP18; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, SIGLEC1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, HERC5; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, DNAPTP6; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, LOC129607; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, EPSTI1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, BIRC4BP; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 229450_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 235276_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, SIGLEC1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, HERC5; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, DNAPTP6; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, LOC129607; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, EPSTI1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, BIRC4BP; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 229450_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 235276_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, HERC5; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, DNAPTP6; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, LOC129607; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, EPSTI1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, BIRC4BP; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 229450_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 235276_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, DNAPTP6; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, LOC129607; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, EPSTI1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, BIRC4BP; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 229450_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, LOC129607; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, EPSTI1; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, BIRC4BP; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, EPSTI1; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, BIRC4BP; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, BIRC4BP; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 235276_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 229450_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 235276 at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 235276_at; или HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at, ген, выявленный зондом 235276_at. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии может также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать какие-либо по меньшей мере 8 генов, например: МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LAMP3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OASL; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, RSAD2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFI44; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, IFIT2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, OAS3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, USP18; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, HERC5; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, DNAPTP6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, LOC129607; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, EPSTI1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, BIRC4BP; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 229450_at; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ген, выявленный зондом 235276_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OASL; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, RSAD2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFI44; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, IFIT2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, OAS3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, USP18; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, HERC5; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, DNAPTP6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LOC129607; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, EPSTI1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, BIRC4BP; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 229450_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, ген, выявленный зондом 235276_at; or IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, RSAD2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFI44; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, IFIT2; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OAS3; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, USP18; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, HERC5; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, DNAPTP6; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, LOC129607; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, EPSTI1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, BIRC4BP; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFI44; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, IFIT2; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, OAS3; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, USP18; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, HERC5; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, DNAPTP6; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, LOC129607; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, EPSTI1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, BIRC4BP; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFIT2; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, OAS3; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, USP18; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, SIGLEC1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, HERC5; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, DNAPTP6; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, LOC129607; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, EPSTI1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, BIRC4BP; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMPS, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, OAS3; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, USP18; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, SIGLEC1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, HERC5; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, DNAPTP6; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, LOC129607; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, EPSTI1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, BIRC4BP; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, USP18; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, SIGLEC1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, HERC5; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, DNAPTP6; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, LOC129607; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, EPSTI1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, BIRC4BP; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 235276_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, SIGLEC1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, HERC5; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, DNAPTP6; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, LOC129607; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, EPSTI1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, BIRC4BP; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 229450_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 235276_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, HERC5; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, DNAPTP6; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, LOC129607; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, EPSTI1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, BIRC4BP; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 229450_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 235276_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, DNAPTP6; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, LOC129607; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, EPSTI1; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, BIRC4BP; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 229450_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 235276_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, LOC129607; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, EPSTI1; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 229450_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, BIRC4BP; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, EPSTI1; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, BIRC4BP; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, BIRC4BP; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 235276_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 235276_at; или SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at, ген, выявленный зондом 235276_at. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать какие-либо по меньшей мере 12 генов, например: МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFIT2; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, OAS3; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, USP18; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, SIGLEC1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, HERC5; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, DNAPTP6; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, LOC129607; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, EPSTI1; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, BIRC4BP; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 229450_at; или МХ1, LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, ген, выявленный зондом 235276_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, OAS3; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, USP18; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, SIGLEC1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, HERC5; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, DNAPTP6; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, LOC129607; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, EPSTI1; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, BIRC4BP; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 229450_at; или LLY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, USP18; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, SIGLEC1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, HERC5; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, DNAPTP6; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, LOC129607; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, EPSTI1; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, BIRC4BP; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, ген, выявленный зондом 235276_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, SIGLEC1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, HERC5; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, DNAPTP6; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, LOC129607; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, EPSTI1; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, BIRC4BP; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 229450_at; или OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, HERC5; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, DNAPTP6; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, LOC129607; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, EPSTI1; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IPIT2, OAS3, USP18, BIRC4BP; иди IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, DNAPTP6; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, LOC129607; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, EPSTI1; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1. BIRC4BP; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, ген, выявленный зондом 235276_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, LOC129607; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, EPSTI1; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, BIRC4BP; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, ген, выявленный зондом 235276_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, EPSTI1; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, BIRC4BP; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 229450_at; или ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, ген, выявленный зондом 235276_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, BIRC4BP; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 229450_at; или LAMP3, OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, ген, выявленный зондом 235276_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 229450_at; или OASL, RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, ген, выявленный зондом 235276_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или RSAD2, IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at; или IFI44, IFIT2, OAS3, USP18, SIGLEC1, HERC5, DNAPTP6, LOC129607, EPSTI1, BIRC4BP, ген, выявленный зондом 229450_at ген, выявленный зондом 235276_at. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1. ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут также включать по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28 и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1, EPSTI1 и RSAD2. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены BCL2, ВАК1, BAD, BAX и BCL2L1. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, HERC5, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, LY6E, SIGLEC1 и USP18. ИФН -индуцируемые ФД маркеры в таком профиле экспрессии могут дополнительно включать по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1 и IFIT1. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относится по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены IFI27, ИЛ-121R бета2, ИЛ-15R альфа, ИЛ-15, супрессор передачи сигнала цитокином 1 (SOCS1), янус-киназа 2, CXCL11 (Т-ТАС), ФНOSF13B (BAFF), TRAF-типа домен 1 (TRAFD1), SERPING1, CD274 (PD1-L), индоламин-2,3-диоксигеназа (INDO), ген 3 активации лимфоцитов (lymphocyte-activation - LAG3) и каспазы 5. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать по меньшей мере гены фактора B комплемента, инсулиноподобного фактора роста (IGF2BP3), циклина А1, нейропилина 2, комплемента IqB, комплемента IqC, CD80, CD47, ММР14, колокол-подобный рецептор 3 (TLR3), TLR адапторной молекулы 2 (TICAM2), рецептора-чистильщика-1 макрофагов (MSR1), десмоплакина, рецептора PDGR, CCL13 (МСР-4), CXCL13 (ВСА-1), CCL19 (CCR7), ИЛ-1 семейства 5, пуринэргического рецептора Р2Х7, IRS1, каспазы 3 и киназы, родственной циклин-зависимой киназе 1 (CDKL1). К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать изменения уровней одного или нескольких белков в сыворотке, а именно адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобулина, ракового антигена 125, ракового антигена 19-9, эотаксина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12p70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миоглобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1, vWF, BDNK, комплемента 3, CD40 лиганда, EGF, ENA-78, ENRAGE, IGF-1, MDC, миелопероксидазы, RANTES или тромбопоэтина.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать изменения в каком-нибудь одном или нескольких уровнях в сыворотке белков, а именно адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобина, ракового антигена 125, ракового антигена 19-9, эотаксина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12p70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миоглобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1 или vWF. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относится по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

ФД маркеры, индуцируемые ИФН , в профиле экспрессии могут включать изменения в каком-нибудь одном или нескольких уровнях в сыворотке белков BDNK, комплемента 3, лиганда CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, миелопероксидазы, RANTES или тромбопоэтина. К ФД маркерам, индуцируемым ИФН , в таком профиле экспрессии могут также относиться по меньшей мере один или несколько генов, перечисленных в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30.

Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может дополнительно включать гены, регуляция экспрессии или действия которых понижена в клетках, открытых до уровней, не соответствующих исходным уровням ИФН . Гены, у которых понижена регуляция экспрессии или действия, могут быть какими-либо генами, представленными в табл.31. Гены могут включать какой-либо один или несколько генов из числа SLC4A1, PRSS33, FCER1A, ВАСН2, KLRB1, D4S234E, Т-клеточного рецепторного альфа локуса/Т-клеточного рецепторного дельта локуса, FEZ1, AFF3, CD160, АВСВ1, РТСН1, OR2W3, IGHD, NOG, NR3C2, TNS1, PDZK1IP1, SH2D1B, STRBP, ZMYND11, TMOD1, FCRLA, DKFZp761P0423, EPB42, NR6A1, LOC341333, MS4A1, IGHM, SIGLECP3, KIR2DS2, PKIA, BLR1, C5 or f4, MYLK, LOC283663, MAD1L1, CXCL5, D4S234E, FCRLA, KRT1, cl6 or f74, ABCB4 или GPRASP1. Некоторое число указанных генов может выступать в качестве ФД маркеров в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН . Например, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, или по меньшей мере 50 генов с пониженной регуляцией может быть включено в профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН . К профилю экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , могут также относиться гены, перечисленные в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28.

Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может включать ген FEZ1, или может включать гены FEZ1 и NOG, или может включать ген NOG, или может включать гены FEZ1, NOG и SLC4A1, или может включать ген SLC4A1, или может включать гены NOG и SLC4A1, или может включать гены FEZ1, NOG, SLC4A1 и D4S234E, или может включать гены FEZ1, NOG, SLC4A1, D4S234E и PRSS33. Профиль экспрессии ФД маркера, индуцированного ИФН , может также включать гены, перечисленные в табл.19, и/или 20, и/или 21, и/или 22, и/или 23, и/или 24, и/или 26, и/или 28, и/или 30, и/или 31.

Гены с пониженной регуляцией могут обладать экспрессией или активностью с пониженной регуляцией, составляющей по меньшей мере 5%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 55%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 65%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% от экспрессии или активности контрольных клеток, например клеток здоровых добровольцев, или клеток контрольных животных, или клеток, не подвергшихся воздействию ИФН в культуре.

Повышенная или пониженная регуляция генной экспрессии или действия ФД маркеров, индуцированных ИФН , может быть определена какими-либо средствами, известными в данной области. Например, повышенная или пониженная регуляция генной экспрессии может быть выявлена по определению уровней иРНК. Экспрессия иРНК может быть определена норзен-блоттингом, слот-блоттингом, количественной полимеразной цепной реакцией или методами гибридизации с генным чипом. См. US 5744305 и 5143854, например, получение последовательностей нуклеиновых кислот для методов гибридизации с генным чипом.

Повышенная или пониженная генная экспрессия или активность ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может быть определена по выявлению уровней белков. Ген с повышенной или пониженной регуляцией, чей уровень белка выявляют, может быть каким-либо одним, какими-либо двумя, какими-либо тремя, какими-либо четырьмя, какими-либо пятью, какими-либо шестью, какими-либо семью, какими-либо восьмью, какими-либо девятью, какими-либо десятью, какими-либо двенадцатью, какими-либо пятнадцатью, какими-либо двадцатью, какими-либо двадцатью пятью, какими-либо тридцатью, какими-либо тридцатью пятью или более из числа генов адипонектина, альфа-фетопротеина, аполипопротеина CIII, бета-2 микроглобулина, опухолевого антигена 125, опухолевого антигена 19-9, эотаксина, FABP, фактора VII, ферритина, ИЛ-10, ИЛ-12р70, ИЛ-16, ИЛ-18, ИЛ-1ra, ИЛ-3, МСР-1, ММР-3, миогобина, SGOT, тканевого фактора, TIMP-1, ФНО RII, ФНО-альфа, VCAM-1, vWF, BDNK, комплемента 3, лиганда CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, миелопероксидазы, RANTES или тромбопоэтин. Способы выявления уровней экспрессии белка включают иммунологические методы, например ферментсвязанные иммуносорбентные исследования, вестерн-блоттинг, белковые матрицы и окрашивание серебром.

Профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может включать профиль активности белков. Повышенная или пониженная регуляция генной экспрессии или активности ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может быть определена по выявлению активности белков, включая, но не ограничиваясь ими, выявляемую активность по фосфорилированию, активность по дефосфорилированию или активность по расщеплению. Кроме того, повышенная или пониженная регуляция генной экспрессии или активности ФД маркеров, индуцируемых ИФН , может быть определена по выявлению какой-либо комбинации уровней экспрессии или активности указанных генов.

Терапевтическое средство-кандидат для лечения ИФН -опосредованных расстройств может быть выявлено способами, описанными в настоящем изобретении. Терапевтические средства-кандидаты могут быть какими-либо типами молекул, включая низкомолекулярные соединения или биологические агенты. Терапевтические средства-кандидаты, выявленные методами, описанными в настоящем изобретении, могут быть немедленно определены в качестве применимых терапевтических средств для лечения заболевания, расстройства или состояния. В другом варианте может потребоваться, чтобы терапевтические средства-кандидаты, выявленные методами, описанными в настоящем изобретении, были дополнительно исследованы и/или модифицированы до их выбора для лечения пациентов. В другом варианте терапевтические средства-кандидаты, выявленные методами, описанными в настоящем изобретении, могут после дополнительного исследования быть забракованы в качестве молекулы для лечения пациентов.

В способах, которые идентифицируют терапевтические средства-кандидаты, клетки, представляющие профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , контактируют с агентом. Клетки могут быть клетками какого-либо типа, например, клетками коммерчески доступных линий бессмертных клеток, которые представляют профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , клетками коммерчески доступных линий бессмертных клеток, которые обработаны ФД маркером, индуцируемым ИФН , для индукции профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , клетками, выделенными от пациента, обладающего профилем экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , или клетками, выделенными от здорового пациента и обработанными ИФН для индукции профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Наличие или отсутствие изменения в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , клеток выявляют после контакта клеток с агентом. Наличие изменения может быть каким-либо изменением в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включающего по меньшей мере 10% снижение повышенной регуляции или активности по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , по меньшей мере 20% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 30% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 40% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 50% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 60% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 70% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 75% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 80% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 85% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 90% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 95% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 96% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 97% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 98% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, по меньшей мере 99% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией, или 100% снижение по меньшей мере 1 гена с повышенной регуляцией. В другом варианте, или дополнительно, наличие изменения может быть каким-либо изменением в профиле экспрессии ИФН -индуцируемых ФД маркеров, включающего по меньшей мере 10% повышение экспрессии или активности по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , по меньшей мере 20% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 30% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 40% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 50% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 60% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 70% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 75% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 80% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 85% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 90% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 95% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 96% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 97% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 98% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, по меньшей мере 99% повышение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией, или 100% снижение по меньшей мере 1 гена с пониженной регуляцией.

В способах мониторинга прогрессирования заболевания пациента образцы могут быть взяты у пациента до или после введения агента, например агента, который связывается и модулирует действие ИФН I типа или ИФН , или агент, который связывается и не модулирует действия ИФН I типа или ИФН , или комбинация агента, которая связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН . Профили экспрессии ФД маркеров, индуцированные ИФН I типа или ИФН , устанавливают в образцах (до и после введения агента). Сравнивают профили экспрессии ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , в образцах. Сравнение может быть по числу ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , имеющихся в образцах, или может подсчитываться количество ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , содержащихся в образцах или в какой-либо их комбинации. Изменение, свидетельствующее об эффективности терапевтического агента, может быть установлено, если число или уровень (или их комбинация) ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией снижается в образце, полученном после введения терапевтического агента, относительно образца, полученного перед введением терапевтического агента. Число ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией может снизиться по меньшей мере на 1, по меньшей мере на 2, по меньшей мере на 3, по меньшей мере на 4, по меньшей мере на 5, по меньшей мере на 6, по меньшей мере на 7, по меньшей мере на 8, по меньшей мере на 9, или по меньшей мере, на 10. Уровень какого-либо данного ФД маркера, индуцированного ИФН I типа или ИФН , может быть снижено по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере, на 95%. Число ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией с пониженными уровнями может составлять по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, или по меньшей мере 35. Какая-либо комбинация пониженного числа и пониженного уровня ФД макеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией может проявить эффективность. Вариант, выявляющий эффективность терапевтического агента, может быть установлен, если число или уровень (или какая-либо их комбинация) ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией снижена в образце, полученном после введения терапевтического агента, по сравнению с образцом, полученным перед введением терапевтического агента. Число ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией может уменьшиться по меньшей мере на 1, по меньшей мере на 2, по меньшей мере на 3, по меньшей мере на 4, по меньшей мере на 5, по меньшей мере на 6, по меньшей мере на 7, по меньшей мере на 8, по меньшей мере на 9, или по меньшей мере на 10. Уровень какого-либо данного ФД маркера, индуцированного ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией может повыситься по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, или по меньшей мере на 95%. Число ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров с пониженной регуляцией и повышенными уровнями может быть равно по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, или по меньшей мере, 35. Какая-либо комбинация пониженного числа и повышенного уровня ФД маркеров, индуцированных ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией может проявить эффективность.

Образец, полученный от пациента, может быть получен перед первым введением агента, т.е. ранее этот агент пациенту не вводили. В другом варианте образец, получаемый от пациента, может отбираться после введения агента на протяжении курса лечения. Например, агент может быть введен перед инициацией протокола мониторинга. После введения агента дополнительные образцы могут получать от пациента и сравнивать ФД маркеры, индуцированные ИФН I типа или ИФН , в образцах. Образцы могут быть того же или другого типа, например, каждый полученный образец может быть образцом крови, или каждый полученный образец может образцом сыворотки. ИФН I типа- или ИФН индуцируемые ФД маркеры, выявленные в каждом образце, могут быть теми же, могут существенно перекрываться или могут быть близкими.

Образцы могут быть получены в какое-либо время до или после введения терапевтического агента. Образец, полученный после введения терапевтического агента, может быть получен по меньшей мере на 2, по меньшей мере на 3, по меньшей мере на 4, по меньшей мере на 5, по меньшей мере на 6, по меньшей мере на 7, по меньшей мере на 8, по меньшей мере на 9, по меньшей мере на 10, по меньшей мере на 12, или по меньшей мере, на 14 сутки после введения терапевтического агента. Образец, полученный после введения терапевтического агента, может быть получен по меньшей мере через 2, по меньшей мере через 3, по меньшей мере через 4, по меньшей мере через 5, по меньшей мере через 6, по меньшей мере через 7, по меньшей мере через 8 недель после введения терапевтического агента. Образец, полученный после введения терапевтического агента, может быть получен по меньшей мере через 2, по меньшей мере через 3, по меньшей мере через 4, по меньшей мере через 5, по меньшей мере через 6 месяцев после введения терапевтического агента.

Дополнительные образцы могут быть получены от пациента после введения терапевтического агента. По меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 12, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25 образцов может быть получено от пациента для мониторинга прогрессирования или регрессирования заболевания или расстройства на протяжении времени. Прогрессирование заболевания может быть подвергнуто мониторингу на протяжении периода, составляющего по меньшей мере 1 неделю, по меньшей мере 2 недели, по меньшей мере 3 недели, по меньшей мере 4 недели, по меньшей мере 5 недель, по меньшей мере 6 недель, по меньшей мере 7 недель, по меньшей мере 2 месяца, по меньшей мере 3 месяца, по меньшей мере 4 месяца, по меньшей мере 5 месяцев, по меньшей мере 6 месяцев, по меньшей мере 1 год, по меньшей мере 2 года, по меньшей мере 3 года, по меньшей мере 4 года, по меньшей мере 5 лет, по меньшей мере 10 лет, или на протяжении жизни человека. Дополнительные образцы могут быть получены от пациента с регулярными интервалами, например месячными, двухмесячными, ежеквартальными, проводимыми дважды в год или ежегодными. Образцы могут быть получены от пациента после введения агента с регулярными интервалами. Например, образцы могут быть получены от пациента через неделю после каждого введения агента, или через две недели после каждого введения агента, или через три недели после каждого введения агента, или через месяц после каждого введения агента, или через два месяца после каждого введения агента. В другом варианте множественные образцы могут быть получены от пациента после каждого введения агента.

Прогрессирование заболевания у пациента может быть подвергнуто мониторингу сходным образом в отсутствие введения агента. Образцы могут периодически отбираться у пациента с заболеванием или расстройством. Может быть идентифицировано прогрессирование заболевания, если число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , возрастает в образцах, полученных позднее по сравнению с предыдущим образцом. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может возрасти по меньшей мере на 1, по меньшей мере на 2, по меньшей мере на 3, по меньшей мере на 4, по меньшей мере на 5, по меньшей мере на 6, по меньшей мере на 7, по меньшей мере на 8, по меньшей мере на 9, или по меньшей мере на 10. Прогрессирование заболевания может быть выявлено, если уровень каких-либо данных ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией повышается по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95%. Прогрессирование заболевания может быть выявлено, если уровень каких-либо данных ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией понижается по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95%. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией с повышенными уровнями может быть равно по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30 или по меньшей мере 35. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией с пониженными уровнями может быть равно по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30 или по меньшей мере 35. Какая-либо комбинация повышенного числа и повышенного уровня ФД маркера, индуцируемого ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией может свидетельствовать о прогрессировании заболевания. В другом варианте или в комбинации, какая-либо комбинация пониженного числа и пониженного уровня ФД маркера, индуцируемого ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией может свидетельствовать о прогрессировании заболевания. Регрессия заболевания также может быть установлена у пациента с заболеванием или расстройством, не подвергавшегося лечению агентом. В этом случае регрессия может быть выявлена, если число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , снижается в позднее отобранном образце относительно ранее полученного образца. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , может понизиться по меньшей мере на 1, по меньшей мере на 2, по меньшей мере на 3, по меньшей мере на 4, по меньшей мере на 5, по меньшей мере на 6, по меньшей мере на 7, по меньшей мере на 8, по меньшей мере на 9 или по меньшей мере на 10. Регрессия заболевания может быть выявлена, если какой-либо из данных ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с повышенной регуляцией понижается по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95%. Регрессия заболевания может быть выявлена, если уровень какого-либо из данных ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией повышается по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95%. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с пониженными уровнями может составлять по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30 или по меньшей мере 35. Число ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , с пониженной регуляцией с повышенными уровнями может быть равно по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30 или по меньшей мере 35. Прогресс или регресс заболевания подвергают мониторингу путем получения образцов на протяжении какого-либо периода при каком-либо интервале. Прогресс или регресс заболевания могут быть подвергнуты мониторингу путем получения образцов на протяжении курса, длительностью по меньшей мере 1 неделя, по меньшей мере 2 недели, по меньшей мере 3 недели, по меньшей мере 4 недели, по меньшей мере 5 недель, по меньшей мере 6 недель, по меньшей мере 7 недель, по меньшей мере 2 месяца, по меньшей мере 3 месяца, по меньшей мере 4 месяца, по меньшей мере 5 месяцев, по меньшей мере 6 месяцев, по меньшей мере 1 год, по меньшей мере 2 года, по меньшей мере 3 года, по меньшей мере 4 года, по меньшей мере 5 лет, по меньшей мере 10 лет или на протяжении жизни пациента. Прогресс или регресс заболевания подвергают мониторингу путем получения образцов по меньшей мере ежемесячно, каждые два месяца, ежеквартально, дважды в год или ежегодно. Образцы не обязательно следует получать со строго определенными интервалами.

Настоящее изобретение также включает наборы и зонды. Зондами могут быть какие-либо молекулы, которые выявляют какую-либо экспрессию или действие какого-либо гена, который может быть включен в профиль экспрессии ФД маркера, индуцируемого ИФН .

Настоящее изобретение также относится к способам обнаружения действия ИФН. Эти способы могут использовать клетки, включающие полинуклеотидную последовательность, содержащую репортерный ген под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном. Клетки, включающие полинуклеотидную последовательность, могут быть какими-либо клетками, способными к трансфекции или трансформации полинуклеотидной последовательностью и которые могут поддерживаться в культуре. К таким клеткам относятся клетки животных, бактерий, дрожжей, насекомых или растений. Эти клетки могут быть прикрепленными или могут расти в суспензии. Если клетки являются клетками животных, они могут быть клетками известных клеточных линий, например, HeLa, COS, NIH3T3, AGS, 293, CHO, Huh-7, HUVEC, MCF-7, C6, BHK-21, BNL CL 2, C2C12, HepG2 и ATDC5. Другие бесчисленные линии клеток известны и могут быть получены специалистами в данной области. Клетки в другом варианте могут быть первичными клетками, которые были или не были бессмертными.

Клетки могут включать полинуклеотидную последовательность, включающую репортерный ген под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном. Полинуклеотидная последовательность может быть стабильно интегрирована в ДНК клетки или может быть внехромосомальным элементом, постоянным или временным для клеток. Полинуклеотид может быть интродуцирован в клетки в качестве открытой полинуклеотидной молекулы, объединенной с липидами полинуклеотидной молекулы или другими молекулами, или полинуклеотида в вирусной частице.

Если полинуклеотид был интродуцирован в качестве открытой полинуклеотидной молекулы, полинуклеотид может быть линейной или кольцевой молекулой. Примерами кольцевых полинуклеотидных молекул являются плазмиды и искусственные хромосомы, но не только они. Эти векторы могут расщепляться ферментами, например, для выработки линейных полинуклеотидных молекул.

Кроме того, если полинуклеотид интродуцирован в качестве открытого полинуклеотида, он может быть интродуцирован в клетки каким-либо из многих хорошо известных в данной области методов. К этим методам относятся, но ими не ограничиваются, электропорация, микроинъекции и баллистическая доставка частиц. См., также, например, Loeffler и Behr, Meth. Enzymol. 217, 1993, сс. 599-618; Cohen и др., Meth. Enzymol. 217, 1993, сс. 618-644; Clin. Pharma. Ther. 29, 1985, сс. 69-92, кн.: Sambrook и др. «Molecular Cloning: A Laboratory Manual», 1989, 2-е изд., изд-во Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Нью-Йорк; кн.: «Current Protocols in Molecular Biology», 1987-2001, под ред. Ausubel и др., изд-во John Wiley & Sons, Inc., Нью-Йорк.

Хотя полинуклеотид интродуцируют в виде комплекса с липидами или липосомами, он также может быть интродуцирован одним из многих известных специалистам методов. Липиды и липосомы представляют смесь частиц жиров или липидов, которые связывают ДНК или РНК для формирования пузырька с гидрофобным покрытием для доставки. Соответствующие липосомы могут включать какие-либо из традиционных синтетических или природных фосфолипидных липосомных материалов, включая фосфолипиды из природных источников, например из яиц, растений или животных, например фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилглицерин, сфингомиелин, фосфатидилсерин или фосфатидилинозитол. Также могут применяться синтетические фосфолипиды, например димиристилфосфатидилхолин, диолеилфосфатидилхолин и соответствующие синтетические фосфатидилэтаноламины и фосфатидилглицерины. Липиды или липосомы, которые могут быть конъюгированы с вектором, коммерчески доступны. К примерам коммерчески доступных реагентов липидов или для липосомной трансфекции известны специалистам в данной области, в том числе продукт LIPOFECTAMINE (фирма Invitrogen), продукт GENEJUICE® (фирма Novagen), продукт GENEJAMMER® (фирма Stratagene), продукт FUGENE® HD (фирма Roche), продукт MEGAFECTIN (фирма Qbiogene), продукт SUPERFECT® (фирма Qiagen) и продукт EFFECTENE® (фирма Qiagen).

Если полинуклеотид был интродуцирован в качестве комплекса с другими молекулами, он может быть компактным или в виде наносферы. Компактные полинуклеотидные комплексы описаны в патентах US 5972901, 6008336 и 6077835. Наносферы описаны в патентах US 5718905 и 6207195. Такие компактные полинуклеотидные комплексы и наносферы, которые объединяют нуклеиновые кислоты, используют полимерные катионы. Типичные полимерные катионы включают желатин, поли-L-лизин и хитозан. В другом варианте полинуклеотид может быть объединен с DEAE-декстраном или трансфецирован, используя методы, например, соосаждения фосфатом кальция или соосаждения хлоридом кальция.

Если полинуклеотид был интродуцирован в ассоциации с вирусом, вирус может быть каким-либо известным соответствующим вирусом для высвобождения полинуклеотида. К примерам вирусов, которые могут применяться в качестве векторов, относятся аденовирусы, аденоассоциированный вирус, лентивирус, ретровирус, вирус герпеса (например, вирус герпес симплекс), вирус оспы, паповирус, вирус сендай, вирус SV40, респираторный синцитиальный вирус и др.

Полинуклеотидная последовательность может включать репортерный ген и элемент ответа, простимулированного интерфероном. Репортерный ген может быть каким-либо геном из числа генов люциферазы, хлорамфеникол-ацетил-трансферазы, -галактозидазы, зеленого флуоресцирующего белка, -глюкоронидазы или секретированной плацентарной щелочной фосфатазы. Вариации многих указанных репортерных генов, например зеленого флуоресцентного белка и люциферазы, известны и могут быть легко идентифицированы и/или получены специалистами в данной области. Другие репортерные гены в дополнение к тем, которые перечислены, также могут быть известны специалистам в данной области и доступны. Элементы ответа, простимулированные интерфероном, также известны специалистам в данной области. Они могут быть получены из коммерческих источников, например фирм Stratagene, Clonetech и Biomyx. Они также описаны, например, в работах Alcantara и др., Nuc. Acid. Res. 30, 2002, сс. 2068-2075, и Kirchhoff и др., Oncogene 18, 1999, сс. 3725-3736.

Клетки, используемые в исследовании, могут инкубироваться с образцом. Образец может быть получен от пациента, передан лечащим врачом пациента или может быть контрольным образцом, применяемым для калибровки или в качестве контроля. Если образец получен от пациента, он может быть какой-либо биологической жидкостью или тканью, например кровью, слюной, мочой, синовиальной жидкостью, костным мозгом, цереброспинальной жидкостью, выделением из носа, мокротой, амниотической жидкостью, бронхоальвеолярной промывной жидкостью, мононуклеарными клетками периферической крови, суммарными лейкоцитами, клетками лимфоузлов, клетками селезенки, клетками миндалин или кожей.

Экспрессию репортерного гена выявляют каким-либо известным в данной области методом. Экспрессия, даже если она «нулевая», показывает действие ИФН в образце. Специалист в данной области может также подсчитать какой-либо уровень экспрессии репортерного гена, который может коррелировать с уровнем действия ИФН в образце.

Заявители представляют ряд вариантов осуществления настоящего изобретения для описания некоторых объектов настоящего изобретения, причем указанные варианты не ограничивают настоящее изобретение.

Варианты осуществления настоящего изобретения

Варианты осуществления настоящего изобретения 1. Способ лечения пациента с заболеванием или расстройством, опосредованным ИФН I типа или ИФН , который включает:

введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН ;

причем пациент имеет профиль экспрессии ФД маркеров индуцируемых ИФН I типа или ИФН ;

и агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Варианты осуществления настоящего изобретения 2. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Варианты осуществления настоящего изобретения 3. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Варианты осуществления настоящего изобретения 4. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором агент является биологическим агентом.

Варианты осуществления настоящего изобретения 5. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 4, в котором агент является антителом.

Варианты осуществления настоящего изобретения 6. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 5, в котором антителом является антитело MEDI-545.

Варианты осуществления настоящего изобретения 7. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 5, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФН подтипов, но не является антителом MEDI-545.

Варианты осуществления настоящего изобретения 8. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.

Варианты осуществления настоящего изобретения 9. Способ по варианту осуществления настоящего изобретения 5, в котором антитело вводят в дозе, примерно составляющей 0,03-30 мг/кг.

Варианты осуществления настоящего изобретения 10. Способ по варианту осуществления настоящего изобретения 9, в котором антитело вводят в дозе, примерно составляющей 0,3-3 мг/кг.

Варианты осуществления настоящего изобретения 11. Способ по варианту осуществления настоящего изобретения 10, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.

Варианты осуществления настоящего изобретения 12. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 9-11, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 10%.

Варианты осуществления настоящего изобретения 13. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 12, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 20%.

Варианты осуществления настоящего изобретения 14. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 13, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 30%.

Варианты осуществления настоящего изобретения 15. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 14, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 40%.

Варианты осуществления настоящего изобретения 16. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 15, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 50%.

Варианты осуществления настоящего изобретения 17. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором ИФН I типа- или ИФН -опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.

Варианты осуществления настоящего изобретения 18. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 17, в котором ИФН I типа- или ИФН -опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой.

Варианты осуществления настоящего изобретения 19. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 17, в котором ИФН I типа- или ИФН -опосредованное заболевание или расстройство является псориазом.

Варианты осуществления настоящего изобретения 20. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере ИФН подтипов 1, 2, 8 и 14.

Варианты осуществления настоящего изобретения 21. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает транскрипты генов ФД маркеров.

Варианты осуществления настоящего изобретения 22. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркера.

Варианты осуществления настоящего изобретения 23. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Варианты осуществления настоящего изобретения 24. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Варианты осуществления настоящего изобретения 25. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Варианты осуществления настоящего изобретения 26. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Варианты осуществления настоящего изобретения 27. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Варианты осуществления настоящего изобретения 28. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 29. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 30. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 31. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 32. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 33. Способ по варианту осуществления настоящего изобретения 32, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 34. Способ по варианту осуществления настоящего изобретения 33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов OAS2 и OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 35. Способ по какому-либо одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 3 или 23-33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 36. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 37. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 22, в котором выявляют повышенные уровни полипептида в сыворотке.

Вариант осуществления настоящего изобретения 38. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 37, в котором к полипептидам относятся раковый антиген 125, ферритин, тканевый фактор и ММР-3.

Вариант осуществления настоящего изобретения 39. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 22, в котором выявляют пониженные уровни полипептида в сыворотке.

Вариант осуществления настоящего изобретения 40. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 39, в котором к полипептидам относятся EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.

Вариант осуществления настоящего изобретения 41. Способ лечения пациента с аутоиммунным заболеванием, включающего умеренный или выраженный профиль ИФН I типа или ИФН ФД маркеров, содержащий:

введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФН ;

в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 42. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, дополнительно включающий выявление профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 43. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 44. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 45. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 46. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 47. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 48. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД-маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 49. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 50. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 51. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 52. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 53. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 54. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 53, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 55. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия меньшей мере ИФН подтипов 1, 2, 8 и 14.

Вариант осуществления настоящего изобретения 56. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором агент является биологическим агентом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 57. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором агент является антителом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 58. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 57, в котором антителом является антитело MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 59. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 57, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФН подтипов, но не является антителом MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 60. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.

Вариант осуществления настоящего изобретения 61. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно составляющей 0,03-30 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 62. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно составляющей 0,3-3 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 63. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно составляющей 0,03-1 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 64. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 10%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 65. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 64, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 20%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 66. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 65, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 30%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 67. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 66, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 40%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 68. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 67, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 50%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 69. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 41, в котором аутоиммунным заболеванием человека является волчанка, псориаз, васкулит, саркоидоз, синдром Шегрена или идиопатический воспалительный миозит.

Вариант осуществления настоящего изобретения 70. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 69, в котором пациент болен волчанкой.

Вариант осуществления настоящего изобретения 71. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 69, в котором пациентом является пациент с псориазом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 72. Способ нейтрализации ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента, нуждающегося в этом, включающий:

введение агента, который связывает и модулирует ИФН I типа или ИФН активность у пациента;

в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 73. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, дополнительно включающий нейтрализацию профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 74. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 75. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором агент является биологическим агентом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 76. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 75, в котором агент является антителом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 77. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 76, в котором антитело является антителом MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 78. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 76, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФН подтипов, но не является антителом MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 79. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.

Вариант осуществления настоящего изобретения 80. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 76, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 81. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 80, в котором антитело вводят в дозе 0,3-3 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 82. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 81, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.

Вариант осуществления настоящего изобретения 83. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 80-82, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , по меньшей мере на 10%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 84. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 83, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 20%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 85. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 84, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 30%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 86. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 85, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 40%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 87. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 86, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , у пациента по меньшей мере на 50%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 88. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором пациент болен волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 89. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 88, в котором пациент болен волчанкой.

Вариант осуществления настоящего изобретения 90. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 88, в котором пациент болен псориазом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 91. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере ИФН подтипов 1, 2, 8 и 14.

Вариант осуществления настоящего изобретения 92. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает транскрипты генов ФД маркеров.

Вариант осуществления настоящего изобретения 93. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркеров.

Вариант осуществления настоящего изобретения 94. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 95. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 96. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 97. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ИФН I типа- или ИФН -индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 98. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 99. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 100. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 101. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 102. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 103. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 104. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 103, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или активности генов МХ1 и IFIT1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 105. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 74 или 94-104, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или активности генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 106. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФН , дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или активности генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 107. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 93, в котором обнаруживают пониженные уровни полипептидов в сыворотке.

Вариант осуществления настоящего изобретения 108. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 107, в котором к полипептидам относятся раковый антиген 125, ферритин, тканевый фактор и ММР-3.

Вариант осуществления настоящего изобретения 109. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 93, в котором обнаруживают пониженные уровни полипептидов в сыворотке.

Вариант осуществления настоящего изобретения 110. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 109, в котором к полипептидам относятся EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.

Вариант осуществления настоящего изобретения 111. Способ мониторинга или прогнозирования прогрессирования аутоиммунного заболевания у пациента, включающий:

получение первого профиля экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН , в первом образце пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 112. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , является выраженным профилем и прогнозом для пациента является прогрессирование заболевания.

Вариант осуществления настоящего изобретения 113. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 112, в котором аутоиммунным заболеванием является СКВ, а прогрессированием является обострение СКВ.

Вариант осуществления настоящего изобретения 114. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , является слабым профилем и прогнозом для пациента является регресс заболевания.

Вариант осуществления настоящего изобретения 115. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 111, дополнительно включающий:

получение второго профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , во втором образце, полученном от пациента;

причем повышение числа или уровней ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует прогрессирование заболевания; или

в котором снижение числа или уровня ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует регресс заболевания.

Вариант осуществления настоящего изобретения 116. Способ мониторинга прогрессирования заболевания у пациента, получающего лечение терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН , включающий:

получение первого профиля экспрессии маркеров ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в первом образце пациента,

введение терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФН ,

получение второго профиля экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН , во втором образце пациента, и

сравнение первого и второго профилей экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН ,

в котором изменение в первом и втором профилях экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН , показывает уровень эффективности терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 117. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый профиль экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 118. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором профиль экспрессии маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 119. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 120. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 121. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 122. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 123. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 124. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 125. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый тип профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 126. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 127. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 128. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором изменение заключается в снижении уровней повышенной регуляции экспрессии или активности генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 129. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором заболевание является волчанкой, идиопатическим воспалительным миозитом, синдромом Шегрена, васкулитом, саркоидозом и псориазом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 130. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 131, в котором заболеванием является волчанка.

Вариант осуществления настоящего изобретения 131. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором терапевтический агент является низкомолекулярным соединением или биологическим агентом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 132. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 131, в котором биологический агент является антителом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 133. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 132, в котором антителом является антитело MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 134. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , получают до введения терапевтического агента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 135. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , получают во время введения терапевтического агента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 136. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором первым и вторым образцом является цельная кровь или сыворотка.

Вариант осуществления настоящего изобретения 137. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, дополнительно включающий получение третьего профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в третьем образце, взятом у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 138. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 137, дополнительно включающий получение четвертого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в четвертом образце, взятом у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 139. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 138, дополнительно включающий получение пятого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в пятом образце, взятом у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 140. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 139, дополнительно включающий получение шестого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в шестом образце, взятом у пациента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 141. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором второй образец получают по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через 2 недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после введения терапевтического агента.

Вариант осуществления настоящего изобретения 142. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 137, в котором третий образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения второго образца.

Вариант осуществления настоящего изобретения 143. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 138, в котором четвертый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения третьего образца.

Вариант осуществления настоящего изобретения 144. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 139, в котором пятый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через один месяц или по меньшей мере через два месяца после получения четвертого образца.

Вариант осуществления настоящего изобретения 145. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 116, в котором изменение заключается в снижении повышенной регуляции экспрессии или действия гена.

Вариант осуществления настоящего изобретения 146. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 145, в котором снижение составляет по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% или 100%.

Вариант осуществления настоящего изобретения 147. Способ идентификации пациента в качестве кандидата для лечения терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН , включающий: выявление наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в образце пациента,

причем выявление наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , характеризует пациента в качестве кандидата для лечения терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 148. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 149. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 150. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 151. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 152. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, MX1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 153. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, MX1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 154. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 155. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 156. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 157. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, MX1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 158. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 159. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором пациента диагностируют в качестве имеющего расстройство, выбранное из группы, включающей волчанку, идиопатический воспалительный миозит, синдром Шогрена, васкулит, саркоидоз и псориаз.

Вариант осуществления настоящего изобретения 160. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 159, в котором расстройством является волчанка.

Вариант осуществления настоящего изобретения 161. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором терапевтическим агентом является низкомолекулярное соединение или биологический агент.

Вариант осуществления настоящего изобретения 162. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 161, в котором биологический агент является антителом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 163. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 162, в котором антитело является антителом MEDI-545.

Вариант осуществления настоящего изобретения 164. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере двухкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 165. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере трехкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 166. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 167. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение уровней белков одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 168. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение ферментативного действия белка, экспрессированного с одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 169. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором образец является цельной кровью.

Вариант осуществления настоящего изобретения 170. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 171. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.

Вариант осуществления настоящего изобретения 172. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , представляет пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.

Вариант осуществления настоящего изобретения 173. Способ диагностики пациента в качестве пациента, имеющего расстройство, связанное с повышенными уровнями ИФН , включающий:

выявление наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , в образце пациента,

причем выявление наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , характеризует пациента в качестве имеющего расстройство, ассоциированное с повышенными уровнями ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 174. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 175. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 176. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 177. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 178. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 179. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, MX1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 180. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 181. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 182. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 183. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, MX1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 184. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 185. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 173, в котором расстройством является волчанка, идиопатический воспалительный миозит, синдромом Шегрена, васкулит, саркоидоз или псориаз.

Вариант осуществления настоящего изобретения 186. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 185, в котором расстройством является волчанка.

Вариант осуществления настоящего изобретения 187. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере двухкратное увеличение экспрессии или действия одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 188. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 187, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере трехкратное увеличение экспрессии или действия одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 189. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 190. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение уровней белков одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 191. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет повышение ферментативной активности белка, экспрессированного с одного или нескольких генов.

Вариант осуществления настоящего изобретения 192. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 193. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.

Вариант осуществления настоящего изобретения 194. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.

Вариант осуществления настоящего изобретения 195. Способ идентификации исследуемого терапевтического средства для лечения ИФН -опосредованных расстройств, включающий:

контакт клеток, включающих профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , с агентом, и

выявление наличия или отсутствия изменения в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , в клетках,

причем выявление наличие изменения включает снижение пониженной регуляции генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , подтверждает, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 196. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.

Вариант осуществления настоящего изобретения 197. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5 и OAS1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 198. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.

Вариант осуществления настоящего изобретения 199. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 200. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.

Вариант осуществления настоящего изобретения 201. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 202. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 203. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 204. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 205. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.

Вариант осуществления настоящего изобретения 206. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.

Вариант осуществления настоящего изобретения 207. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором клетки, полученные от пациента, представляют расстройство, ассоциированное с повышенными уровнями ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 208. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором клетки являются клетками, обработанными ИФН для индукции профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 209. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , составляет по меньшей мере двухкратное повышение экспрессии одного или нескольких генов профиля.

Вариант осуществления настоящего изобретения 210. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , составляет по меньшей мере трехкратное повышение экспрессии одного или нескольких генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 211. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , составляет повышение уровней иРНК одного или нескольких генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 212. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышение уровней белков одного или нескольких генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 213. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН , представляет повышение ферментативного действия белка, экспрессированного с одного или нескольких генов профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН .

Вариант осуществления настоящего изобретения 214. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 196-206, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1,

причем наличие изменения, представляющего повышение экспрессии или действия генов с пониженной регуляцией, свидетельствует о том, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 215. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 196-206, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3,

причем наличие изменения, представляющего понижение уровней в сыворотке полипептидов, свидетельствует о том, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 216. Способ по одному из вариантов осуществления настоящего изобретения 196-206, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа- или ИФН , дополнительно включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40,

причем наличие изменения, представляющего повышение уровней в сыворотке полипептидов, свидетельствует о том, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.

Вариант осуществления настоящего изобретения 217. Набор зондов, включающий:

полинуклеотиды, которые специфически выявляют экспрессию какого-либо из наборов генов:

(а) МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, и IFI44; или

(б) IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1; или

(в) IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2; или

(г) SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1; или

(д) RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15; или

(е) LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27; или

(ж) DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18; или

(з) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1; или

(и) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1; или

(к) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18; или

(л) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27; или

(м) NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.

Вариант осуществления настоящего изобретения 218. Набор, включающий какой-либо из наборов зондов, указанных в варианте осуществления настоящего изобретения 217.

Вариант осуществления настоящего изобретения 219. Способ выявления действия ИФН в образце, включающий:

инкубирование клеток, включающих полинуклеотидную последовательность, содержащую репортерный ген под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном, с образцом; и

выявление экспрессия репортерного гена,

причем экспрессия репортерного гена свидетельствует о действии ИФН в образце.

Вариант осуществления настоящего изобретения 220. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 219, в котором клетками являются клетки НЕК293Н.

Вариант осуществления настоящего изобретения 221. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 219, в котором репортерный ген является геном люциферазы, хлорамфеникол-ацил трансферазы, -галактозидазы, зеленого флуоресцирующего белка, -глюкуронидазы или секретированной плацентарной щелочной фосфатазы.

Вариант осуществления настоящего изобретения 222. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 221, в котором репортерный ген является геном люциферазы.

Вариант осуществления настоящего изобретения 223. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 222, в котором люцифераза является люциферазой Gaussia princeps.

Вариант осуществления настоящего изобретения 224. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 219, также включающий подсчет уровня экспрессии репортерного гена.

Вариант осуществления настоящего изобретения 225. Способ варианта осуществления настоящего изобретения 224, дополнительно включающий корреляцию уровня экспрессии репортерного гена с уровнем действия ИФН в образце.

Все публикации, патенты и патентные заявки, упоминаемые в настоящем описании, включены в настоящее изобретение в виде ссылки на их описание в той же степени, в какой каждая отдельная публикация, патент или патентная заявка была конкретно и специфически показана к включению в настоящее изобретение в виде ссылки.

По настоящей заявке испрашивается приоритет на основе предварительной заявки на патент США US 60/873008, поданной 6 декабря 2006 г., предварительной заявки на патент США 60/907762, поданной 16 апреля 2007 г., предварительной заявки на патент США 60/924219, поданной 3 мая 2007 г., предварительной заявки на патент США 60/924584, поданной 21 мая 2007 г., предварительной заявки на патент США 60/960187, поданной 19 сентября 2007 г., и предварительной заявки на патент США 60/996176, поданной 5 ноября 2007 г., сущность которых включена в настоящее изобретение для всех целей. По настоящей заявке также испрашивается приоритет на основе предварительной заявки на патент США US 924220, поданной 3 мая 2007 г., предварительной заявки, озаглавленной «Auto-Antibody Markers of Autoimmune Disease» и поданной 6 ноября 2007 г. (поверенный IA201P2), предварительной заявки US, озаглавленной «Auto-Antibody Markers of Autoimmune Disease», поданной 6 ноября 2007 (поверенный IА201Р3) и предварительной заявки US, озаглавленной «Auto-Antibody Markers of Autoimmune Disease», поданной 6 декабря 2007 (поверенный IА201Р3), включенной в настоящее изобретение в виде ссылки. По настоящей заявке также испрашивается приоритет на основе предварительной заявки на патент США US 60/907767, поданной 16 апреля 2007 г., на основе предварительной заявки на патент 60/996174, поданной 5 ноября 2007 г., и РСТ патентной заявки, озаглавленной «Methods of Treating Systemic Lupus Erythematosus», поданной 6 декабря 2007 г. (поверенный IА210РСТ), включенной в настоящее изобретение в виде ссылки.

Приводимые ниже примеры приводятся только в качестве иллюстрации и никоим образом не ограничивают рамок охвата настоящего изобретения.

Примеры

Пример 1а. Первоначальная идентификация генов с повышенной регуляцией у пациента с волчанкой

Определяют профиль генной экспрессии в цельной крови пяти пациентов с волчанкой (двух с кожной формой и трех с тяжелой формой) и пяти здоровых добровольцев, используя методику Affymetrix по выравниванию целого генома и подтверждение методом кПЦР. Кратность величин генной экспрессии определяют подсчетом разницы величин log₂ сигнала интенсивности между образцами отдельных пациентов с волчанкой и средней величиной log₂ сигнала интенсивности для 5 образцов здоровых доноров. 118 генов идентифицируют в качестве генов с повышенной регуляцией по меньшей мере в два раза, в цельной крови всех 5 пациентов с волчанкой относительно здоровых добровольцев.

Табл. 1 представляет суммарные сведения для 71 из 118 аннотированных генов, выявленных в качестве генов повышенной регуляции по меньшей мере в два раза, у всех пяти пациентов с волчанкой. Табл. 2 представляет кратность увеличения экспрессии подгруппы из 118 генов для каждого из пяти пациентов с волчанкой по сравнению со здоровыми добровольцами. Табл. 2 также представляет сравнение между величинами кратного изменения, определенными по двум уникальным платформам (Аffу GeneChip и TaqMan (т.е. кПЦР)).

Табл. 1.
Гены, идентифицированные по повышенной регуляции по меньшей мере двухкратной, в цельной крови больных волчанкой.
Таблица 2.
Повышенная регуляция генной экспрессии набора генов каждого из пяти пациентов, больных волчанкой.
Зонд ID	Обозначение гена	129KHR. СКВ (Tag Man)	129KHR. СКВ (Affy)	RH33XR. СКВ (Tag Man)	RH33XR. СКВ (Affy)	OJ9S SR (Tag Man)	OJ9S SR (Affy)	4499R (Tag Man)	4499R (Affy)	MI26CR (Tag Man)	MI26CR (Affy)
228220_at	FCHO2	3,24	39,86	3,30	76,15	33,05	84,86	22,36	35,07	17,77	10,61
205483_s_at	G1P3	86,13	146,74	80,55	92,15	4,45	7,83	2,90	5,45	5,06	12,71
212195_at	IL6ST	3,87	9,18	3,63	27,52	6,60	9,73	4,95	10,70	2,35	6,14
203275_at	IRF2	8,10	6,46	5,00	4,80	5,07	6,54	4,12	4,32	2,44	4,66
1555643_s_at	LILRA5	16,43	12,00	27,25	14,64	11,22	6,66	6,82	7,44	4,86	6,49
205170_at	STAT2	11,55	8,67	9,74	2,25	8,08	2,16	6,37	2,92	4,12	2,62

Пример 1а. Определение генов, идентифицированных в качестве генов с повышенной регуляцией, у больных волчанкой

Для дальнейшей идентификации ФД маркеров - кандидатов для клинических исследований с применением моноклональных антител анти-ИФН у больных СКВ, используют платформу выравнивания Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 GeneChip^® для получения профиля цельной крови 46 больных СКВ и цельной крови 24 пожилых и находящихся в детородном возрасте здоровых доноров. Было установлено, что наборы из 245 и 77 зондов проявляют повышенную регуляцию и пониженную регуляцию, соответственно, в цельной крови пациентов с СКВ, которых сравнивали с контролем - здоровыми донорами.

Из наборов 245 зондов с повышенной регуляцией в цельной крови больных СКВ 114 являются ИФН I типа-индуцируемыми. Табл. 30 приводит список 50 наборов зондов с наиболее повышенной регуляцией в цельной крови таких больных СКВ; из них 76% являются ИФН I типа-индуцируемыми. Табл. 30 также представляет преобладание сверхэкспрессии указанных генов в цельной крови больных СКВ. Большинство указанных генов сверхэкспрессируется по меньшей мере в два раза, у 65-80% профилированных пациентов. Крепкая и преобладающая сверхэкспрессия большого числа ИФН I типа-индуцируемых генов у больных СКВ означает, что они могут быть соответствующими ФД маркерами для клинических исследований, в которых изучают лечение с применением моноклональных антител анти-ИФН для больных СКВ.

Таблица 30
50 зондов с наибольшей повышенной регуляцией в цельной крови пациентов с СКВ
ID зондов	Генный продукт	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространенность
202411_at	Интерферон альфа индуцируемый белок 27	IFI27	4,60	8,41E-07	73,91
219519_s_at	Сиаловая кислота, связывающая Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1	3,52	7,28E-07	65,22
214059_at	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	3,51	8,04E-07	73,91
213797_at	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	3,29	9,86E-06	71,74
204415_at	Интерферон альфа-индуцируемый белок 6	IFI6	3,21	2,25E-09	82,61

ID зондов	Генный продукт	Обозначение гена	log 2fc	Величина q (FDR)	Распространенность
242625_at	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	3,19	1,55E-06	69,57
204439_at	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L	3,14	4,99E-06	71,74
219211_at	Убиквитин-специфичная пептидаза 18	USP18	2,84	2,23E-06	67,39
214453_s_at	интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	2,72	1,07E-05	71,74
202145_at	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E	2,53	7,28E-07	63,04
207329_at	Матриксная металлопептидаза 8 (коллагеназа нейтрофилов)	ММР8	2,51	0,00111	60,87
202869_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1	2,33	1,66E-06	69,57
222154_s_at	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6	2,32	1,14E-05	65,22
44673_at	Сиаловая кислота, связывающая Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1	2,31	2,23E-06	58,70
242234_at	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	2,31	8,41E-07	65,22
203153_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1	2,25	9,53E-05	67,39
218400_at	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	2,24	1,23E-05	67,39
212768_s_at	Олфактомедин 4	OLFM4	2,23	0,00608	60,87
241869_at	Аполипопротеин L, 6	APOL6	2,22	0,00045	80,43
235643_at	Белок, родственный белку с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	2,22	1,37Е-06	84,78
231688_at	Транскрибированный локус	-	2,22	0,00248	63,04
208470_s_at	Гаптоглобин /// гаптоглобин-связанный белок	HP /// HPR	2,20	2,48Е-05	80,43
239979_at	Эпителиальное стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	2,20	5,44Е-06	65,22
206697_s_at	Гаптоглобин	HP	2,19	2,96Е-05	73,91
205552_s_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1	2,18	4,98Е-07	65,22
205483_s_at	Убиквитин-подобный модификатор ISG15	ISG15	2,16	2,73Е-06	65,22
227609_at	Эпителиальное стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	2,15	4,99Е-06	67,39
1555643_s_at	Лейкоцитарный типа иммуноглобулина рецептор, подсемейство A	LILRA5	2,14	8,41Е-07	76,09
222816_s_at	Цинковый палец, ССНС домен содержащий 2	ZCCHC2	2,09	5,43Е-05	80,43
205569_at	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3	2,08	2,74Е-06	65,22
226702_at	Гипотетический белок LOC129607	LOC129607	2,07	5,96Е-05	67,39

ID зондов	Генный продукт	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространенность
215838_at	Лейкоцитарный типа иммуноглобулина рецептор, подсемейство A	LILRA5	2,07	1,87E-05	71,74
219863_at	hect домен и RLD 5	HERC5	2,03	1,53E-05	67,39
204747_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3	2,01	1,55E-06	67,39
200986_at	ингибитор серпиновой пептидазы, таксон G (ингибитор С1), представитель 1	SERPING1	1,98	0,00013	67,39
224225_s_at	Вариант ets гена 7 (TEL2 онкоген)	ETV7	1,98	2,48E-05	58,70
219684_at	Рецепторный (хемосенсорный) транспортный белок 4	RTP4	1,96	2,74E-06	63,04
206133_at	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	1,96	7,28E-07
206871_at	Эластаза 2, нейтрофилы	ELA2	1,95	0,00316	54,35
217502_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2	1,95	4,86E-06	71,74
237340_at	Семейство растворимых носителей 26, представитель 8	SLC26A8	1,93	6,68E-06	60,87
235276_at	-	-	1,93	6,44E-06	65,22
203757_s_at	Молекула прилипания клетки 6, родственная карциноэмбриональному антигену	СЕАСАМ6	1,91	0,00124	47,83
202086_at	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок р78 (мышь)	МХ1	1,90	2,66E-05	67,39
241916_at	Скрамблаза-1 фосфолипидов	PLSCR1	1,89	4,86E-06	73,91
203595_s_at	интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 5	IFIT5	1,89	2,81E-08	69,57
205660_at	Типа 2 -5 -олигоаденилат синтетазы	OASL	1,89	1,94E-05	65,22
219352_at	hect домен и RLD 6	HERC6	1,87	9,79E-06	63,04
211657_at	Молекула прилипания клетки 6, родственная карциноэмбриональному антигену	СЕАСАМ6	1,86	0,00667	60,87
228439_at	базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции, подобный ATF 2	BATF2	1,86	2,63E-05	63,04

Данные были получены от 46 больных СКВ и 24 здоровых контрольных субъектов, используя SAM и FDR в R (см. методы). ИФН I типа-индуцируемые гены выделены жирным шрифтом. FDR = степень ложных оценок (false discovery rate); SAM = значимость исследования микрочипов (significance analysis of microarrays); СКВ = системная красная волчанка.

Фиг.80 (верхняя панель) показывает heatmap экспрессии наборов 114 с повышенной регуляцией ИФН I типа-индуцируемых зондов у больных СКВ и здоровых субъектов (контроль). Из 46 профилированных больных СКВ 32 показывают существенную сверхэкспрессию подписи ИФН I типа генов. Чтобы подтвердить наблюдение, заключающееся в том, что ИФН I типа-индуцируемые гены сверхэкспрессируются в цельной крови больных СКВ, отбирают цельную кровь 54 больных СКВ в прогностическом исследовании. Фиг.81А показывает схему АГК 46 больных СКВ в первом исследовании, используя 114 сверхэкспрессированных ИФН I типа-индуцируемых зондов. Наблюдают четкое различие между больными СКВ, у которых сверхэкспрессия подписи ИФН I типа генов отличается от соответствующего показателя у здоровых доноров и больных СКВ, которые имеют слабую или невыявляемую подпись ИФН I типа генов в цельной крови. Фиг.81Б показывает схему АГК от 54 пациентов с СКВ в последующем исследовании, используя те же наборы идентифицированных 114 ИФН I типа-индуцируемых зондов. Сходное разделение пациентов с СКВ наблюдают, основываясь на подписи ИФН I типа генов, подобно представленному на фиг.81А. Распределение оценок подписи ИФН I типа генов в прогностическом исследовании также напоминает распределение в первом исследовании (данные не представлены). Способность использовать сверхэкспрессированные ИФН I типа-индуцируемые гены, выявленные для разделения больных СКВ на 2 разные группы пациентов - имеющих или не имеющих подпись генов ИФН I типа - подтверждает точность идентификации сверхэкспрессии подписи ИФН I типа генов в цельной крови больных СКВ.

Помимо сверхэкспрессии подписи ИФН I типа генов наблюдают сверхэкспрессию генной подписи, которая является показателем активации гранулоцитов в цельной крови больных СКВ. Генная подпись гранулоцитов включает (но ими не ограничивается) следующие гены: AZU, DEFA1, DEFA4, ELA2, ММР8, ММР9, PHKS2, МРО, CAMP, FCAR и CYBB (фиг.80, вторая панель). Генная подпись гранулоцитов имеется примерно у 50% профилированных больных СКВ.

Наборы 50 зондов с наиболее пониженной регуляцией, которые наблюдают в цельной крови больных СКВ, показаны в табл.31. Пониженную регуляцию генных подписей в клетках T, NK и B наблюдают в цельной крови пациентов с СКВ (фиг.80, панели три, четыре и пять, соответственно); это согласуется с наблюдением лимфопении у больных СКВ, о котором ранее сообщалось в литературе (Bennett L. и др., J Exp Med, 197(6), 2003, сс. 711-723; Rivero S.J. и др., Arthritis Rheum., 21(3), 1978, сс. 295-305).

Таблица 31
Топовые 50 транскриптов с наиболее пониженной регуляцией в цельной крови больных СКВ
ID зондов	Название гена	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространение
1552713_a_at	Растворимый носитель семейства 4, анионообменник, представитель 1 (эритроцитарный мембранный белок полосы 3, группа крови Диего)	SLC4A1	- 1,82	0,00021	69,57
1552348_at	Сериновая протеаза 33	PRSS33	- 1,71	0,00046	63,04
211734_s_at	Fc фрагмент IgE, высокое сродство I, рецептор; альфа полипептид /// Fc фрагмент IgE, высокое сродство I, рецептор; альфа полипептид	FCER1A	- 1,59	0,00083	54,35
236307_at	ВТВ и CNC гомология 1, базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции 2	ВАСН2	- 1,51	0,00012	54,35
214470_at	Лектин-подобные рецепторы клеток-киллеров, подсемейство B, представитель 1 /// Лектин-подобные рецепторы клеток-киллеров, подсемейство B, представитель 1	KLRB1	- 1,50	0,00000	58,70
209570_s_at	ДНК сегмент на хромосоме 4 (уникальный) 234 экспрессированной последовательности	D4S234E	- 1,46	0,00000	65,22
217143_s_at	Альфа локус рецептора T клеток /// Дельта локус рецептора T клеток	TRA@ /// TRD@	- 1,38	0,00001	58,70
203562_at	Белок фасцикуляции и элонгации зета 1 (зигин I)	FEZ1	- 1,36	0,00028	89,13
227198_at	AF4/FMR2 семейство, представитель 3	AFF3	- 1,35	0,00046	45,65
207840_at	CD160 молекула	CD160	- 1,34	0,00079	47,83
232286_at	AF4/FMR2 семейство, представитель 3	AFF3	- 1,34	0,00003	56,52

ID зондов	Название гена	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространение
209993_at	АТФ-связывающая кассета, подсемейство B (MDR/TAP), представитель 1	АВСВ1	- 1,32	0,00002	63,04
209815_at	Очажковый гомолог 1 (Drosophila)	РТСН1	- 1,29	0,00003	54,35
241881_at	Обонятельный рецептор, семейство 2, подсемейство W, представитель 3	OR2W3	- 1,29	0,01736	50,00
213674_x_at	Константная область тяжелой цепи иммуноглобулина дельта	IGHD	- 1,29	0,01801	50,00
231798_at	Фактор Noggin	NOG	- 1,28	0,00234	73,91
239673_at	Ядерный рецептор, подсемейство 3, группа C, представитель 2	NR3C2	- 1,27	0,00004	56,52
221748_s_at	Тензин 1 /// Тензин 1	TNS1	- 1,23	0,00953	50,00
218864_at	Тензин 1	TNS1	- 1,22	0,00718	50,00
219630_at	PDZK1 взаимодействующий белок 1	PDZK1IP1	- 1,20	0,00528	56,52
1553177_at	SH2 домен содержащий 1B	SH2D1B	- 1,20	0,00187	47,83
229513_at	Околоядерный РНК-связывающий белок сперматид	STRBP	- 1,20	0,00017	58,70
243054_at	Цинковый палец, MYND содержащий домен 11	ZMYND11	- 1,20	0,00101	60,87
236796_at	ВТВ и CNC гомология 1, базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции 2	BACH2	- 1,20	0,00004	56,52
203661_s_at	Тропомодулин 1	TMOD1	- 1,19	0,00675	50,00
239278_at	Клон кДНК IМАGЕ:5301129	-	- 1,17	0,00002	65,22
235400_at	Белок, родственный Fc рецептору A	FCRLA	- 1,17	0,00099	52,17
240690_at	Гомолог rat pragma белка Rnd2	DKFZp761P0423	- 1,17	0,00012	52,17
210746_s_at	полоса мембранного белка эритроцитов 4.2 /// полоса мембранного белка эритроцитов 4.2	EPB42	- 1,16	0,00552	45,65
232478_at	Ядерный рецептор, подсемейство 6, группа A, представитель 1	NR6A1	- 1,15	0,00004	47,83

ID зондов	Название гена	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространение
243810_at	Белок, сходный с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином А1 (спираль-дестабилизирующим белком) (белком, связывающим одноцепочечную РНК) (коровым белком гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (гяРНП) А1)	LOC341333	- 1,15	0,00014	47,83
228599_at	Протяженные в мембране 4 домена, подсемейство A, представитель 1	MS4A1	- 1,14	0,00454	45,65
212827_at	Константный участок тяжелой цепи иммуноглобулина мю /// Константный участок тяжелой цепи иммуноглобулина мю	IGHM	- 1,14	0,00324	45,65
1552349_a_at	Сериновая протеаза 33	PRSS33	- 1,13	0,02357	47,83
216191_s_at	Локус T-клеточного рецептора альфа /// Локус T-клеточного рецептора дельта /// B-cell CLL/лимфома 11B (белок цинкового пальца)	TRA@ /// TRD@ /// BCL11B	- 1,12	0,01073	50,00
232686_at	Лектин типа Ig, связывающего сиаловую кислоту, псевдоген 3	SIGLECP3	- 1,12	0,00003	58,70
211532_x_at	Подобный иммуноглобулину рецептор клеток-киллеров, два домена, короткий цитоплазматический хвост, 2	KIR2DS2	- 1,10	0,04011	54,35
1563217_at	Ингибитор альфа цАМФ-зависимой протеинкиназы	PKIA	- 1,10	0,00024	58,70
243798_at	Лимфомы Беркитта рецептор 1, GTP-связывающий белок (рецептор хемокина (C-X-C мотив) 5)	BLR1	- 1,10	0,00044	54,35
22075l_s_at	Хромосома 5, открытая рамка считывания 4	C5 or f4	- 1,09	0,00531	50,00
202555_s_at	Легкая цепь миозиновой киназы /// Легкая цепь миозиновой киназы	MYLK	- 1,09	0,00149	52,17
230245_s_at	Гипотетический белок LOC283663	LOC283663	- 1,09	0,00977	47,83
233921_s_at	Белок, типа недостаточного белка MAD1 по аресту мейоза 1 (дрожжи)	MAD1L1	- 1,08	0,00001	41,30

ID зондов	Название гена	Обозначение гена	log2fc	Величина q (FDR)	Распространение
214974_x_at	Лиганд хемокина (C-X-C мотив) 5	CXCL5	- 1,08	0,00717	54,35
209569_x_at	ДНК сегмент на хромосоме 4 (уникальный) 234 экспрессированной последовательности	D4S234E	- 1,08	0,00005	58,70
235401_s_at	Белок,родственный Fc рецептору A	FCRLA	- 1,08	0,00173	50,00
205900_at	Кератин 1 (эпидермолитический гиперкератоз)	KRT1	- 1,08	0,04518	43,48
242509_at	Хромосома 16, открытая рамка считывания 74	C16 or f74	- 1,08	0,00016	47,83
209994_s_at	АТФ-связывающая кассета, подсемейство B (MDR/TAP), представитель 1 /// АТФ-связывающая кассета, подсемейство B (MDR/TAP), представитель 4	АВСВ1 /// АВСВ4	- 1,08	0,00000	56,52
204793_at	Белок 1, сортирующий рецепторы, ассоциированные с G-белками	GPRASP1	- 1,08	0,00026	45,65

Данные были получены от 46 больных СКВ и 24 здоровых контрольных субъектов, используя SAM и FDR в R (см. методы). FDR = степень ложных оценок (false discovery rate); SAM = значимость исследования микрочипов (significance analysis of microarrays); СКВ = системная красная волчанка.

Для дальнейшего подтверждения наблюдения об сверхэкспрессии ИФН I типа и гранулоцитных подписей и для идентификации других сигнальных метаболических путей, которые могут быть изменены у больных СКВ, проводят анализ метаболических путей и сети с программным обеспечением GeneGo (см. методы). Общий для СКВ анализ указанных метаболических путей подтверждает активирование ИФН I типа-метаболического пути наряду с активированием подписи гранулоцитов и пониженную экспрессию T-клеточного сигнального метаболического пути. Кроме того, у профилированных пациентов активирование ИЛ-10 сигнального пути происходит наряду с другими известными метаболическими путями, которые изменены. Это может заключаться в активировании B клеток и может проявляться в виде измененного апоптоза субпопуляций T-клеток у больных СКВ (Diaz-Alderete A, Crispin JC, Vargas-Rojas MI и Alcocer-Varela J., J Autoimmun. 23(4), 2004, сс. 379-383, Wang H, Xu J, Ji X и др.. Cell Immunol. 235(2), 2005, сс. 117-121).

Подтверждение сверхэкспрессии ИФН I типа-индуцируемых генов. Для подтверждения сверхэкспрессии ИФН I типа-индуцируемых генов у больных СКВ, которую наблюдают при анализе с помощью микрочипов, применяют массив с переменным числом элементов BioMark^TM 48.48 для осуществления высокопропускной реакции (high throughput - НТР) TaqMan КРВ-ПЦР на ИФН I типа-индуцируемые гены (выбранные, основываясь на их протяженности и преобладании сверхэкспрессии в цельной крови больных СКВ). Исследования TaqMan КРВ-ПЦР подтверждают сверхэкспрессию всех 40 генов в цельной крови 35 изначально профилированных 46 больных СКВ. Сверхэкспрессию 15 из 40 ИФН I типа-индуцируемых генов, используя анализ TaqMan, показывают на фиг.83А. Регуляция этих генов повышена в среднем в 8-92 раза и все они существенно сверхэкспрессированы (P<0,05). Эти наблюдения доказывают, что ИФН I типа-индуцируемые гены существенно сверхэкспрессированы у больных СКВ. Соответствие результатов микроматриц и TaqMan и строгая корреляция (коэффициент корреляции >0,98) между исследованиями микроматриц и TaqMan для 21 ИФН-индуцируемого гена в примере 2 у пациентов с СКВ (фиг.83б и 4в) свидетельствуют об их потенциале в качестве ФД и диагностических маркеров в клинических исследованиях анти-ИФН- подходов к лечению СКВ.

Пример 2. Потенциал ФД маркеров, выбранных из генов с повышенной регуляцией у пациентов с волчанкой

Используя данные по профилированию целого генома, описанные в примере 1а, отбирают группу ФД маркеров-кандидатов. Указанные маркеры-кандидаты приводят в табл.3.

Таблица 3
ФД маркеры-кандидаты
ID зонда	Обозначение гена	Группа
204415_at	HERC5	1
202411_at	IFI27	1
214453_s_at	IFI44	1
229450_at	IFIT3	1
1555643_s_at	LILRA5	1
205483_s_at	G1P2	1
204439_at	IFI44L	1
203153_at	IFIT1	1
202145_at	LY6E	1

ID зонда	Обозначение гена	Группа
202869_at	OAS1	1
218400_at	OAS3	1
242625_at	RSAD2	1
228220_at	FCHO2	2
205483_s_at	G1P3	2
212195_at	IL6ST	2
203275_at	IRF2	2
1555643_s_at	LILRA5	2
205170_at	STAT2	2
208436_s_at	IRF7	3
211967_at	PORIMIN	3
226312_at	AVO3	3
201669_s_at	MARCKS	3
222846_at	RAB8B	3

Пример 3. ФД маркеры-кандидаты проявляют минимальную вариацию у здоровых доноров

Проводят К-ПЦР на выбранной группе ФД маркеров-кандидатов, чтобы определить, проявляют ли они вариацию исходного уровня в цельной крови здоровых добровольцев. К-ПЦР показывает, что вариация исходного уровня минимальна. См. табл.4, которая представляет данные К-ПЦР исходного уровня (здоровые добровольцы показаны в заштрихованных колонках).

Таблица 4
Вариация исходных данных ФД маркеров-кандидатов
Ген	102-РАХ	129-РАХ	129KHR-SLE	RH33XR-SLE
CDC42SE1	0,589	1,000	2,622	1,996
FCHO2	0,872	1,000	3,235	3,298
G1P3	2,059	1,000	86,130	80,545
HERC5	3,638	1,000	638,073	159,621
IFI27	0,246	1,000	508,346	14,012
IFI44	5,194	1,000	636,965	338,921
IFIT3	1,413	1,000	104,166	59,344
IL6ST	0,337	1,000	3,873	3,628
IRF2	1,486	1,000	8,096	4,998
LILRA5	1,48177	1,000	16,433182	27,248745
BAFF	0,433	1,000	2,478	4,679
GIP2	0,571	1,000	22,168	13,634
IFI44L	2,581	1,000	407,035	259,517
IFIT1	4,018	1,000	128,164	151,301
LY6E	0,442	1,000	10,095	5,181
OAS1	0,817	1,000	16,650	10,379
OAS3	2,517	1,000	75,542	32,355
RSAD2	2,425	1,000	310,575	217,885
STAT2	1,526	1,000	11,551	9,735

Пример 4. ИФН стимулирует повышенную регуляцию экспрессии ФД маркеров-кандидатов в цельной крови здоровых добровольцев

Исследование проводят, чтобы определить, может ли ИФН стимулировать экспрессию ФД маркеров-кандидатов в цельной крови здоровых добровольцев. Цельную кровь здоровых добровольцев отбирают в гепаринизированные пробирки, переносят в соответствующие лунки 6-луночных планшетов, инкубируют с лейкоцитарным ИФН в дозах 3, 30, 100 и 300 МЕд и затем инкубируют в течение 4 ч при 37°C в атмосфере 5% СO₂. Кратное изменение ФД маркеров-кандидатов генов FI44, IRF2, RSAD2, G1P3 и HERC5 определяют, используя РНК, выделенную из МКПК (мононуклеарных клеток периферической крови) с применением набора PHKeasy kit фирмы Qiagen. В табл.5 (IFI44 и IRF2), табл.6 (RSAD2) и табл.7 (G1P3 и HERC5) показано, что ИФН вызывает повышенную регуляцию экспрессии каждого из указанных ФД маркеров-кандидатов. См. также графический анализ указанных результатов экспрессии ФД маркеров-кандидатов на фиг.1 (IFI44), фиг.2 (IRF2), фиг.3 (RSAD2), фиг.4 (G1P3) и фиг.5 (HERC5).

Суммарное иерархическое кластерирование всех образцов, используя 1384 генов, по-разному регулируемых ИФН I типа, тип-II ИФН или ФНО , полученных в отдельном эксперименте, показано на фиг.17. Heatmap с суммарным иерархическим кластерированием также получают для 689 ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов, примененных к образцам цельной крови от здоровых доноров ex vivo, которые были простимулированы ИФН I типа, тип-II ИФН или ФНО . См. фиг.64.

Таблица 5
Индуцированная экспрессия генов IFI44 и IRF2 после стимуляции лейкоцитарным интерфероном цельной крови здоровых добровольцев.
Образец	Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
63А Среда	IFI44	1,00
63А ИФН3	IFI44	8,58	0,16
63А ИФН30	IFI44	8,27	0,07
63А ИФН100	IFI44	15,12	0,50
63А ИФН300	IFI44	12,42	0,04
Образец	Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
63А Среда	IRF2	1,00

Образец	Ген		Среднее значение		Стандартное отклонение
63А ИФН3	IRF2		2,25		0,08
63А ИФН30	IRF2		1,96		0,06
63А ИФН100	IRF2		2,19		0,06
63А ИФН300	IRF2		3,75		0,10
Таблица 6
Индуцированная экспрессия гена RSAD2 после стимуляции лейкоцитарным интерфероном цельной крови здоровых добровольцев
Образец		Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
63А Среда		RSAD2		1,00
63А ИФН3		RSAD2		10,85	0,11
63А ИФН30		RSAD2		11,14	0,21
63А ИФН100		RSAD2		14,96	0,12
63А ИФН300		RSAD2		25,50	0,50
Таблица 7
Индуцированная экспрессия генов G1P3 и HERC5 после стимуляции лейкоцитарным интерфероном цельной крови здоровых добровольцев
Образец		Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
63А Среда		G1P3		1,00
63А ИФН3		G1P3		42,88	1,03
63А ИФН30		G1P3		25,76	0,10
63А ИФН100		G1P3		21,72	0,48
63А ИФН300		G1P3		16,02	0,06
Образец		Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
63А Среда		HERC5		1,00
63А ИФН3		HERC5		14,17	0,12
63А ИФН30		HERC5		13,74	0,12
63А ИФН100		HERC5		18,51	0,58
63А ИФН300		HERC5		23,55	0,54

Пример 5. Антитело против ИФН нейтрализует экспрессию ИФН -индуцируемых ФД маркеров-кандидатов в цельной крови здоровых добровольцев

Источник интерферона = ИФН 2а

Поскольку обработка цельной крови здоровых добровольцев ИФН приводит к индукции экспрессии ФД - маркеров-кандидатов, исследуют, может ли антитело против ИФН , MEDI-545, нейтрализовать индукцию экспрессии этих маркеров.

Кровь собирают от каждого из трех доноров в пробирки с гепарином. Аликвоты отобранной крови объемом 2,5 мл вносят в каждую из 4 лунок 6- или 24-луночных планшетов для обработки крови. Схема обработки по 4 лункам следующая: (а) кровь + растворитель, (б) кровь + 100 МЕд. ИФН 2а, (в) кровь + 100 МЕд. ИФН 2а + MEDI-545 (антитело против ИФН ) и (г) кровь + 100 МЕд. ИФН 2а + R347 (контрольное антитело).

Лунки, содержащие подвергаемую обработке антителом кровь, сначала инкубируют или с антителом MEDI-545 (антитело против ИФН , лунка (в)), или с антителом R347 (контрольное антитело, лунка (г)), в течение 30 мин. После обработки антителом добавляют растворитель (лунка (а)) или ИФН 2а (лунки (б), (в) и (г)) в соответствующие лунки и затем инкубируют еще дополнительно 4 ч при 37°C в атмосфере 5% СО₂. Затем образцы переносят в пробирки PAXgene и инкубируют при комнатной температуре в течение 2 ч. После 2 ч инкубирования пробирки хранят при -80°C.

Затем при инкубировании по меньшей мере в течение ночи при -80°C получают суммарную РНК клеток по протоколу фирмы PAXgene. Первую и вторую цепь кДНК приготовляют методами Affy GRP и TaqMan на образцах кДНК.

Экспрессия по меньшей мере 11 ФД маркеров-кандидатов, ранее идентифицированных в качестве ФД маркеров с повышенной регуляцией у пациентов с волчанкой, может быть нейтрализована антителом MEDI-545 в цельной крови, простимулированной ИФН 2а. См. табл.8 (RAB8B), табл.9 (IRF7), табл.10 (MARCKS), табл.11 (IL6ST), табл.12 (LY6E), табл.13 (IFIT3), табл.14 (IFIT1), табл.15 (HERC5), табл.16 (OAS1), табл.17 (OAS3) и табл.18 (RSAD2), в которых представлен количественный анализ генной экспрессии для каждого из указанных 11 генов в цельной крови каждого из 3 здоровых добровольцев.

Таблица 8
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена RAB8B нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	RAB8B	1,00
107 ИФН	RAB8B	3,45	0,31
107 ИФН + 545	RAB8B	1,30	0,04
107 ИФН + R347	RAB8B	3,15	0,03

Образец	Ген	Среднее значение		Стандартное отклонение
163 РАСТВОРИТЕЛЬ	RAB8B	0,70		0,01
163 ИФН	RAB8B	2,20		0,04
107 ИФН + 545	RAB8B	1,18		0,01
107 ИФН + R3437	RAB8B	3,71		0,02
175 РАСТВОРИТЕЛЬ	RAB8B	0,64		0,01
175 ИФН	RAB8B	2,63		0,04
107 ИФН + 545	RAB8B	1,15		0,02
107 ИФН + R347	RAB8B	2,51		0,05
Таблица 9
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена IRF7 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген	Среднее значение		Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	IRF7	1,00
107 ИФН	IRF7	18,53		3,32
107 ИФН + 545	IRF7	3,42		0,33
107 ИФН + R347	IRF7	19,48		1,67
163 РАСТВОРИТЕЛЬ	IRF7	0,91		0,02
163 ИФН	IRF7	17,16		1,39
107 ИФН + 545	IRF7	2,92		0,22
107 ИФН + R3437	IRF7	23,28		1,46
175 РАСТВОРИТЕЛЬ	IRF7	1,25		0,10
175 ИФН	IRF7	24,65		0,80
107 ИФН + 545	IRF7	2,43		0,08
107 ИФН + R347	IRF7	26,34		8,61
Таблица 10
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена MARCKS нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген		Среднее значение		Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	MARCKS		1,00
107 ИФН	MARCKS		3,97		0,09
107 ИФН + 545	MARCKS		1,30		0,08
107 ИФН + R347	MARCKS		2,99		0,10
163 РАСТВОРИТЕЛЬ	MARCKS		0,56		0,01

Образец	Ген	Среднее значение		Стандартное отклонение
163 ИФН	MARCKS	2,59		0,12
107 ИФН + 545	MARCKS	1,55		0,05
107 ИФН + R3437	MARCKS	4,42		0,07
175 РАСТВОРИТЕЛЬ	MARCKS	0,41		0,01
175 ИФН	MARCKS	2,59		0,06
107 ИФН + 545	MARCKS	0,55		0,02
107 ИФН + R347	MARCKS	3,38		0,05
Таблица 11
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена IL6ST нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	IL6ST		1,00
107 ИФН	IL6ST		3,54	0,60
107 ИФН + 545	IL6ST		2,62	0,16
107 ИФН + R347	IL6ST		8,19	0,54
163 РАСТВОРИТЕЛЬ	IL6ST		2,50	0,58
163 ИФН	IL6ST		7,69	0,47
107 ИФН + 545	IL6ST		4,18	0,44
107 ИФН + R3437	IL6ST		13,24	0,12
175 РАСТВОРИТЕЛЬ	IL6ST		1,37	0,09
175 ИФН	IL6ST		7,62	0,56
107 ИФН + 545	IL6ST		2,95	0,38
107 ИФН + R347	IL6ST		23,91	2,77
Таблица 12
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена LY6E нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	LY6E		1,00
107 ИФН	LY6E		19,09	0,03
107 ИФН + 545	LY6E		3,50	0,15
107 ИФН + R347	LY6E		12,54	0,20
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	LY6E		1,02	0,04
107 ИФН	LY6E		13,52	0,35
107 ИФН + 545	LY6E		4,80	0,18

Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
107 ИФН + R347	LY6E		22,56	0,35
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	LY6E		1,61	0,15
107 ИФН	LY6E		19,32	0,68
107 ИФН + 545	LY6E		3,74	0,00
107 ИФН + R347	LY6E		15,57	0,44
Таблица 13
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена IFIT3 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец		Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ		IFIT3	1,00
107 ИФН		IFIT3	38,43	0,78
107 ИФН + 545		IFIT3	6,78	0,14
107 ИФН + R347		IFIT3	42,59	0,75
163 РАСТВОРИТЕЛЬ		IFIT3	0,62	0,01
163 ИФН		IFIT3	25,94	0,57
163 ИФН + 545		IFIT3	4,58	0,08
163 ИФН + R347		IFIT3	44,83	0,44
175 РАСТВОРИТЕЛЬ		IFIT3	1,32	0,02
175 ИФН		IFIT3	35,02	0,48
175 ИФН + 545		IFIT3	5,28	0,05
175 ИФН + R347		IFIT3	29,71	0,79
Таблица 14
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена IFIT1 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ	IFIT1		1,00
107 ИФН	IFIT1		80,21	3,44
107 ИФН + 545	IFIT1		13,14	0,02
107 ИФН + R347	IFIT1		86,44	0,57
163 РАСТВОРИТЕЛЬ	IFIT1		0,92	0,03
163 ИФН	IFIT1		51,65	1,21
163 ИФН + 545	IFIT1		7,60	0,05
163 ИФН + R347	IFIT1		86,63	2,67

Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
175 РАСТВОРИТЕЛЬ	IFIT1		1,47	0,17
175 ИФН	IFIT1		82,98	2,94
175 ИФН + 545	IFIT1		8,40	0,24
175 ИФН + R347	IFIT1		58,50	1,47
Таблица 15
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена HERC5 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец		Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ		HERC5	1,00
107 ИФН		HERC5	41,12	2,87
107 ИФН + 545		HERC5	6,29	0,49
107 ИФН + R347		HERC5	55,04	0,69
163 РАСТВОРИТЕЛЬ		HERC5	1,05	0,07
163 ИФН		HERC5	75,81	0,50
163 ИФН + 545		HERC5	7,83	0,00
163 ИФН + R347		HERC5	95,44	7,79
175 РАСТВОРИТЕЛЬ		HERC5	1,19	0,06
175 ИФН		HERC5	74,58	5,79
175 ИФН + 545		HERC5	6,89	0,13
175 ИФН + R347		HERC5	98,15	19,40
Таблица 16
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена OAS1 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец		Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS1	1,00
107 ИФН		OAS1	15,11	4,27
107 ИФН + 545		OAS1	3,45	1,03
107 ИФН + R347		OAS1	17,82	3,93
163 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS1	0,77	0,22
163 ИФН		OAS1	14,19	3,14
163 ИФН + 545		OAS1	3,05	0,75
163 ИФН + R347		OAS1	22,44	3,49
175 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS1	1,62	0,38

Образец	Ген		Среднее значение	Стандартное отклонение
175 ИФН	OAS1		22,09	0,97
175 ИФН + 545	OAS1		4,04	0,45
175 ИФН + R347	OAS1		15,22	4,48
Таблица 17
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена OAS3 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец		Ген	Среднее значение		Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS3	1,00
107 ИФН		OAS3	49,04		13,74
107 ИФН + 545		OAS3	7,03		0,84
107 ИФН + R347		OAS3	76,8817,82		13,69
163 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS3	0,49		0,06
163 ИФН		OAS3	42,01		10,01
163 ИФН + 545		OAS3	14,60		4,53
163 ИФН + R3437		OAS3	52,60		7,04
175 РАСТВОРИТЕЛЬ		OAS3	1,27		0,14
175 ИФН		OAS3	37,87		3,57
175 ИФН + 545		OAS3	3,92		0,06
175 ИФН + R347		OAS3	34,91		2,07
Таблица 18
ИФН 2а-индуцированная экспрессия гена RSAD2 нейтрализуется антителом MEDI-545
Образец		Ген	Среднее значение		Стандартное отклонение
107 РАСТВОРИТЕЛЬ		RSAD2	1,00
107 ИФН		RSAD2	109,64		36,65
107 ИФН + 545		RSAD2	9,88		0,32
107 ИФН + R347		RSAD2	107,32		35,38
163 РАСТВОРИТЕЛЬ		RSAD2	0,56		0,11
163 ИФН		RSAD2	71,47		21,17
163 ИФН + 545		RSAD2	4,39		0,60
163 ИФН + R347		RSAD2	114,51		28,63
175 РАСТВОРИТЕЛЬ		RSAD2	1,88		0,43
175 ИФН		RSAD2	126,27		22,95

Образец	Ген	Среднее значение	Стандартное отклонение
175 ИФН + 545	RSAD2	8,43	0,36
175 ИФН + R347	RSAD2	90,97	7,42

См. также фиг.6 (RAB8B), фиг.7 (IRF7), фиг.8 (MARCKS), фиг.9 (IL6ST), фиг.10 (LY6E), фиг.11 (IFIT3), фиг.12 (IFIT1), фиг.13, (HERC5), фиг.14 (OAS1), фиг.15 (OAS3) и фиг.16 (RSAD2) для графических представлений данных по экспрессии генов для каждого из 11 генов.

Источник интерферона = сыворотка больных СКВ

(а) Нейтрализация ИФН I типа-индуцированных генов антителом MEDI-545 также установлена в цельной крови здоровых добровольцев, которая была простимулирована сывороткой, полученной от больных волчанкой. Образцы сыворотки получают от больных СКВ, которых анализировали в ИФН биоанализе. Цельную кровь отбирают у здоровых доноров в гепаринизированные вакуумные пробирки и МКПК выделяют, используя градиентное центрифугирование Ficoll. Клетки МКПК ресуспендируют в количестве 1×10⁷ клеток/мл в среде RPMI с 10% фетальной сывороткой теленка (ФСТ) и по 125 мкл суспензии клеток вносят в каждую лунку 24-луночного плоскодонного планшета (1,25×10 ⁶ клеток/лунку). Сыворотку больных СКВ предварительно инкубируют в течение одного часа с антителом MEDI-545 (0,1, 1, 10 мкг/мл), анти-ИФН- антителом (1 мкг/мл) или контрольным антителом (10 мкг/мл). Сыворотку больных СКВ вносят к МКПК до конечной концентрации 25% (62,5 мкл/лунку). Дополнительный объем среды RPMI+10% ФСТ вносят в лунки для получения конечного объема 250 мкл/лунку. Планшеты инкубируют при 37°C в течение 4 или 18 ч. После инкубирования РНК собирают внесением 750 мкл Trizol LS в каждую лунку. Образцы замораживают при -70°C до проведения выделения РНК. Табл.21 представляет блокаду антителом MEDI-545 74 ИФН I типа генов в цельной крови здоровых добровольцев после стимуляции ex vivo сывороткой больных СКВ.

Таблица 21
Антитело MEDI-545 блокирует сверхэкспрессию ИФН I типа генов в цельной крови здоровых добровольцев после стимуляции ex vivo сывороткой больных волчанкой
ID зонда	D1 002 545.10	D1 004 545.10	D1 17021 545.10	UniGene ID	Обозначение гена
219211_at	-3,1949	-4,9995	-4,0543	Hs.38260	USP18
217502_at	-3,1886	-4,2648	-3,0247	Hs.437609	IFIT2
218400_at	-3,1235	-4,3204	-3,9594	Hs.528634	OAS3
213797_at	-3,0752	-3,3250	-2,5795	Hs.17518	RSAD2
203153_at	-2,8862	-4,6545	-4,7890	Hs.20315	IFIT1
242625_at	-2,8104	-2,9506	-2,2214	Hs.17518	RSAD2
204747_at	-2,7900	-3,6590	-2,9676	Hs.47338	IFIT3
205483_s_at	-2,5237	-2,9955	-3,1566	Hs.458458	ISG15
204439_at	-2,5133	-3,5887	-3,5926	Hs.389724	IFI44L
202145_at	-2,4809	-3,0198	-3,5950	Hs.521903	LY6E
202869_at	-2,4582	-3,5402	-3,2304	Hs.524760	OAS1
235643_at	-2,4535	-3,3586	-2,9115	Hs.489118	SAMD9L
219352_at	-2,4496	-3,5983	-3,8692	Hs.529317	HERC6
204415_at	-2,4417	-2,5228	-2,3149	Hs.523847	IFI6
219684_at	-2,4167	-2,8965	-2,1421	Hs.43388	RTP4
236156_at	-2,4160	-2,5440	-2,8885	Hs.127445	LIPA
205552_s_at	-2,3880	-3,3679	-2,7561	Hs.524760	OAS1
206133_at	-2,3139	-3,0772	-2,4787	Hs.441975	BIRC4BP
214453_s_at	-2,2965	-3,1707	-3,3204	Hs.82316	IFI44
1556643_at	-2,2666	-2,0429	-1,7120	Hs.515243	LOC93343
228607_at	-2,2597	-2,1659	-2,3234	Hs.414332	OAS2
218943_s_at	-2,2563	-2,4118	-2,6600	Hs.190622	DDX58
242020_s_at	-2,2542	-2,6436	-1,7975	Hs.302123	ZBP1
204959_at	-2,2501	-1,3731	-1,5559	Hs.153837	MNDA
226757_at	-2,2481	-2,9288	-2,3984	Hs.437609	IFIT2
219863_at	-2,2465	-3,0980	-3,8114	Hs.26663	HERC5
229450_at	-2,2281	-3,2200	-2,2151	-	-
214059_at		-3,2929	-3,5281	Hs.82316	IFI44
232517_s_at	-2,1925	-2,2750	-2,4569	Hs.517180	PRIC285
232666_at	-2,1925	-1,9206	-1,4938	Hs.528634	OAS3
230036_at	-2,1654	-3,0256	-2,4879	Hs.489118	SAMD9L
227609_at	-2,1548	-2,5608	-1,1577	Hs.546467	EPSTI1
226702_at	-2,1420	-3,0150	-3,0155	Hs.7155	LOC129607
226603_at	-2,1183	-2,8672	-2,4103	Hs.489118	SAMD9L
210397_at	-2,1095	-0,5687	-2,0322	Hs.32949	DEFB1
204994_at	-2,0685	-3,2727	-3,6132	Hs.926	MX2
202086_at	-2,0661	-3,2741	-3,6406	Hs.517307	MX1
228617_at	-2,0596	-2,5832	-2,3139	Hs.441975	BIRC4BP
219364_at	-2,0583	-2,3774	-2,4651	Hs.55918	LGP2
209417_s_at	-2,0364	-2,5262	-2,4132	Hs.632258	IFI35
222154_s_at	-2,0330	-2,4542	-2,6425	Hs.120323	DNAPTP6
228230_at	-2,0323	-2,9621	-3,0255	Hs.517180	PRIC285
242234_at	-2,0161	-3,0047	-3,1633	Hs.441975	BIRC4BP
219519_s_at	-2,0077	-2,2596	-3,1621	Hs.31869	SIGLEC1
207713_s_at	-1,9940	-1,0134	-1,6345	Hs.247280	C20 or fl8
218974_at	-1,8904	-2,5122	-2,5244	Hs.445244	FLJ10159
1552309_a_at	-1,8820	-2,4284	-2,7221	Hs.632387	NEXN
210873_x_at	-1,8424	-1,2891	-1,2710	Hs.348983	APOBEC3A

ID зонда	D1 002 545.10	D1 004 545.10	D1 17021 545.10	UniGene ID	Обозначение гена
243271_at	-1,8388	-2,2657	-2,0595	Hs.489118	SAMD9L
202411_at	-1,8385	-0,1345	-2,4757	Hs.532634	IFI27
222793_at	-1,8137	-2,4540	-2,6576	Hs.190622	DDX58
235276_at	-1,8007	-2,6121	-1,4780	-	-
203236_s_at	-1,7926	-1,9069	-2,6425	Hs.81337	LGALS9
225291_at	-1,7801	-2,0167	-2,4613	Hs.388733	PNPT1
44673_at	-1,7547	-0,1337	-2,3913	Hs.31869	SIGLEC1
213294_at	-1,7361	-2,4393	-2,5907	Hs.546523	-
211122_s_at	-1,7296	-3,0816	-1,5743	Hs.632592	CXCL11
224701_at	-1,6827	-1,7880	-1,2356	Hs.583792	PARP14
230314_at	-1,6795	-2,2159	-2,3476	Hs.112420	-
218986_s_at	-1,6648	-2,1615	-2,0204	Hs.591710	FLJ20035
205569_at	-1,6647	-2,5741	-2,6878	Hs.518448	LAMP3
219691_at	-1,6420	-1,8434	-1,8310	Hs.65641	SAMD9
20421l_x_at	-1,6244	-2,0612	-2,3379	Hs.131431	EIF2AK2
220146_at	-1,6033	-2,7419	-1,7471	Hs.443036	TLR7
241916_at	-1,6026	-1,5906	-1,3802	Hs.130759	PLSCR1
229350_x_at	-1,5906	-1,7395	-1,3577	Hs.348609	PARP10
1555464_at	-1,5866	-1,7397	-1,3101	Hs.163173	IFIH1
204972_at	-1,5822	-2,8402	-2,8355	Hs.414332	OAS2
204698_at	-1,5277	-1,5978	-1,6553	Hs.459265	ISG20
203595_s_at	-1,4853	-1,8724	-1,5442	Hs.252839	IFIT5
220576_at	-1,4834	-1,7834	-1,0040	Hs.229988	PGAP1
1555491_a_at	-1,4739	-1,0165	-1,4991	-	FLJ11286
1565752_at	-1,4418	-0,0040	-1,0835	Hs.509664	FGD2
203596_s_at	-1,4389	-2,0356	-1,9284	Hs.252839	IFIT5

Анализ генов, однозначно активируемых через 18 ч, выявляет повышенную регуляцию генов, участвующих во врожденном иммунном ответе (TLR, NFкB), адаптивном иммунном ответе (NFAT, ИЛ-1/ИЛ-6), активации комплемента, а также хемотаксисе лейкоцитов и адгезии. Возможно, что нейтрализация тип ИФН метаболического пути обладает возможностью модифицировать расположенные ниже метаболические пути, которые могут существенно повлиять на патогенез СКВ.

Также проводят анализ Heatmap для изучения индукции ИФН I типа подписи в МКПК здорового донора под воздействием сыворотки больного СКВ и нейтрализации ИФН I типа подписи антителом MEDI-545. См. фиг.67. Обработка анти-ИФН- моноклональным антителом (линии 4-6) показывает строгую нейтрализацию большого числа генов, стимулируемых сывороткой больного СКВ. Кроме того, нейтрализация анти-ИФН- моноклональным антителом является доза-зависимой, что означает, что эти гены могут быть хорошими кандидатами для ФД. Контрольное моноклональное антитело само ингибирует сверхэкспрессию некоторых генов, регуляция которых повышается при обработке сывороткой больного СКВ; некоторые из них идентифицированы в качестве ИФН типа I-индуцируемых генов. Однако эффект анти-ИФН- моноклонального антитела намного шире и обладает сильной нейтрализацией, наблюдаемой на большом количестве генов, на которые ни контрольное моноклональное антитело, ни анти-ИФН- моноклональное антитело, не проявили какого-либо существенного воздействия (линия 2, линии 4-6). Следует отметить, что лечение анти-ИФН- R моноклональным антителом (дорожка 7) вызывает большую нейтрализацию, по сравнению с анти-ИФН моноклональным антителом, что означает наличие других представителей ИФН I типа семейства в сыворотке больных СКВ помимо ИФН- .

(б) Проводят дополнительное исследование для идентификации ранних и поздних ответов в виде транскрипции в клетках МКПК здоровых доноров после стимуляции сывороткой больного СКВ. В этом исследовании четыре образца сыворотки больных СКВ с различными уровнями действия ИФН используют для стимуляции МКПК, выделенных от здорового донора. Варьирующие уровни действия ИФН в четырех образцах сыворотки больных СКВ определяют методом с применением репортерного гена люциферазы согласно описанию в примере 20. Вкратце, клетки НЕК293Н стабильно трансфецируют конструкцией люциферазы (Gaussia princeps) под контролем стимулируемого интерфероном элемента ответа (IFN-stimulated response element - ISRE). Трансфецированные клетки инкубируют с 50% сывороткой пациента, и активность люциферазы выявляют в супернатантах культур через 24 ч. Образцы, генерирующие сигнал выше, чем 1,5Х в лунках отрицательного контроля (нормальная сывортка человека), оценивают в качестве положительных. Чтобы определить, какой класс ИФН I типа ответственен за положительный ответ, клетки обрабатывают моноклональными антителами против ИФН I типа и тип-II ИФН. Фиг.70а показывает диапазон уровней активности ИФН I типа в каждом из четырех образцов сыворотки больных СКВ.

Каждый из образцов сыворотки четырех пациентов с СКВ инкубируют совместно с мононуклеарными клетками периферической крови (МКПК), выделенными от здорового добровольца. МКПК от здорового добровольца (ранее определенного в качестве обладающего отрицательной ИФН-подписью) выделяют, используя центрифугирование в градиенте плотности Ficoll. Выделенные МКПК инкубируют с 25% сыворотки пациента с СКВ или с 25% аутологической сыворотки пациента (в качестве отрицательного контроля). После инкубирования клетки собирают с помощью Trizol LS и хранят при -70°C для выделения РНК. Общую РНК экстрагируют, причем чистоту и концентрацию РНК определяют спектрофотометрически (260/280>1,9). Выработку и гибридизацию меченой биотином амплифицированной комплементарной РНК (кРНК) проводят по инструкциям производителя (фирма Affymetrix, Санта-Клара, Калифорния). Данные получают путем разграничения по трехкратной (повышенная регуляция) экспрессии при стимуляции сывороткой больных СКВ по сравнению с аутологическими контрольными образцами сыворотки (величина q 0,05). Фиг.70б показывает ряд зондов, выявленных по повышенной регуляции в 3 раза или более в МКПК здоровых волонтеров под воздействием каждого из четырех образцов сыворотки больных СКВ. Число зондов, выявленных в качестве повышенной в три раза или более регуляции под воздействием сыворотки больного СКВ, соответственно повышает уровень действия ИФН I типа, обнаруживаемый в образце сыворотки пациента с СКВ.

Затем исследовали роль интерферонов I типа в индукции повышенной регуляции (в три раза или более) зондов с помощью образцов сыворотки больных СКВ. Клетки МКПК, выделенные от здорового добровольца, описанные выше, инкубировали с 25% сыворотки пациентов с СКВ в присутствии или отсутствие нейтрализующих антител против ИФН- , или несоответствующих моноклональных антител, в течение 4 или 18 ч. В качестве отрицательного контроля МКПК инкубируют с 25% аутологической сыворотки пациента. После инкубирования клетки собирают с помощью Trizol LS и хранят при -70°C для выделения РНК. Общую РНК экстрагируют, а чистоту и концентрацию РНК определяют спектрофотометрически (260/280>1,9). Выработку и гибридизацию меченной биотином амплифицированной комплементарной РНК (кРНК) проводят по инструкциям производителя (фирма Affymetrix, Санта-Клара, Калифорния). Программное обеспечение ArrayAssist® Lite используют для подсчета суммарных данных по уровням зондов, полученных по файлам интенсивности матриц и R пакетов, используемых для выявления иным образом регулируемых генов (трехкратная или более повышенная регуляция экспрессии после стимуляции сывороткой больного СКВ по сравнению с контрольными образцами аутологичной сыворотки (величина q 0,05); фирма R Development Core Team, Новая Зеландия). Затем определяют процент нейтрализации подсчетом процента изменения для каждого зонда повышенной регуляции, после обработки анти-ИФН антителом и без такой обработки. Фиг.71а представляет heatmap, показывающие процент нейтрализации зондов, которые были выявлены по повышенной регуляции после обработки анти-ИФН для ИФН I типа генов (689 зондов) и не-ИФН I типа генов (зонды, индуцированные сывороткой больного СКВ и не входящие в список ИФН I типа генов) после 4 и 18 ч инкубации. Фиг.71б показывает для каждого из четырех образцов сыворотки больных СКВ процент зондов с ИФН I типа генной подписью или не-ИФН I типа генной подписью, нейтрализованных обработкой анти-ИФН , после 4 и 18 ч инкубации. Установлено, что большинство генов, нейтрализованных обработкой анти-ИФН , в клетках МКПК здоровых добровольцев, обработанных сывороткой больного СКВ, через 4 ч после инкубации относятся к ИФН I типа генам, хотя большинство генов, нейтрализованных обработой анти-ИФН , в клетках МКПК здоровых добровольцев, обработанных сывороткой больного СКВ, через 18 ч после инкубации не относятся к ИФН I типа генам.

Гены, будь то ИФН I типа гены или не ИФН I типа гены, регуляция которых была повышена и нейтрализована обработкой анти-ИФН через 18 ч, но не была повышена регуляция через 4 ч (т.е. «уникальные гены»), идентифицируют для каждого образца сыворотки от больных СКВ. Фиг.72 представляет (а) ИФН I типа гены и (б) не-ИФН I типа гены, которые были выявлены в качестве уникальных генов. Затененные области показывают более 50% нейтрализации анти-ИФН в данном образце пациента.

Метаболические пути и процессы в клетке, нейтрализованные обработкой анти-ИФН через 18 ч, вовлечены в сигнальные метаболические пути цитокинов и хемокинов, иммунную регуляцию, клеточную адгезию и выживание клеток. См. фиг.73, которая представляет таблицу, показывающую анализ метаболического пути измененных генов и белков через 18 ч. Метаболические пути, отмеченные желтым цветом, также существенно изменены в образцах сыворотки больных СКВ. Метаболические пути и процессы в клетке, нейтрализованные обработкой анти-ИФН через 18 ч, анализируют с помощью интегрированного программного обеспечения MetaCore фирмы GeneGo, Inc., используя идентифицированные уникальные гены. Только метаболические пути с величинами p 0,05 оценивают в качестве существенных. Показанные метаболические пути были изменены по меньшей мере в 2 из 4 образцов сыворотки пациентов с СКВ.

Пример 6. Введение продукта MEDI-545 пациентам с волчанкой нейтрализует шаблон экспрессии ИФН -индуцируемых ФД-маркеров-кандидатов

Цельную кровь больных волчанкой, получавших плацебо, 0,3 мг/кг, 1,0 мг/кг и 3,0 мг/кг MEDI-545, анализируют на экспрессию ИФН -индуцируемых ФД маркеров на протяжении курса длительностью 28 суток. Цельную кровь (~2,5 мл) отбирают в пробирки PAXgene для РНК и обрабатывают, согласно описанному выше. При повышении доз антитела MEDI-545 нейтрализуется повышенная регуляция экспрессии 25 топовых ФД маркеров. См. фиг.18, фиг.23 и фиг.24, которые представляют графически нейтрализацию указанных топовых 25 ФД маркеров после введения варьирующих концентраций MEDI-545 ИФН антитела на протяжении различного времени. Топовые 25 ФД маркеров, измеренные в настоящем исследовании, представлены в табл.19.

Таблица 19
25 топовых ИФН-индуцированных ФД маркеров у больных волчанкой
ID зонда	UniGene ID	Генный продукт	Обозначение гена
202086_at	Hs.517307	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1
202145_at	Hs.521903	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E
202411_at	Hs.532634	Интерферон альфа-индуцируемый белок 27	IFI27
202869_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1
203153_at	Hs.20315	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1
204415_at	Hs.523847	Интерферон альфа-индуцируемый белок 6	IFI6
204439_at	Hs.389724	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44
205483_s_at	Hs.458485	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15
205569_at	Hs.518448	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3
205660_at	Hs.118633	Белок, подобный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL
213797_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2
214059_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44

ID зонда	UniGene ID	Генный продукт	Обозначение гена
217502_at	Hs.437609	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2
218400_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3
219211_at	Hs.38260	Убихинон-специфичная пептидаза 18	USP18
219519_s_at	Hs.31869	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1
219863_at	Hs.26663	hect домен и RLD 5	HERC5
222154_s_at	Hs.120323	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6
226702_at	Hs.7155	Гипотетический белок LOC129607	LOC129607
227609_at	Hs.546467	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1
229450_at	-	-	-
235276_at	-	-	-
239979_at	Hs.546467	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1
242234_at	Hs.441975	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP
44673_at	Hs.31869	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1

Нейтрализацию ИФН-индуцированных ФД маркеров антителом MEDI-545 у нескольких больных волчанкой исследуют и представляют результаты на фиг.19-21. Фиг.19 и 20 представляют heatmap по нейтрализации топовых 25 ФД маркеров (см. табл.19) для двух конкретных больных волчанкой (фиг.19, больной 1541 и фиг.20, больной 1449). Каждый из указанных больных волчанкой получал 3 мг/кг MEDI-545. Каждый проявляет нейтрализацию 25 топовых индуцируемых ФД маркеров на 7 и 14 сутки после лечения антителом MEDI-545.

Также исследуют нейтрализацию топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых генов в цельной крови больных СКВ, подвергшейся обработке высокой дозой (30 мг/кг) антитела MEDI-545. Heatmap нейтрализации топовых 25 ИФН-I типа индуцируемых генов на 1, 4, 7 и 14 сутки после введения антитела MEDI-545 представлена на фиг.25(а). Нейтрализацию всех генов можно наблюдать после введения MEDI-545. Фиг.25(б) представляет АГК целевое модулирование, основанное на топовых 25 ИФН типа I-индуцируемых генах. Диаграмма АГК показывает прогрессирование больного СКВ после лечения от состояния, прямо противоположного состоянию нормальных здоровых доноров до введения антитела MEDI-545, до состояния, при котором он концентрируется со здоровыми донорами после введения MEDI-545.

Нейтрализация 165 ФД маркеров с помощью антитела MEDI-545 исследуют у дополнительных больных волчанкой, которым вводят пониженную дозу антитела (0,3 мг/кг). См. фиг.21. Антитело MEDI-545 нейтрализует большинство из 165 ФД маркеров-кандидатов у больных волчанкой. 165 ФД маркеров-кандидатов показано в качестве первых 165 в табл.20.

Нейтрализация ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов не установлена у больных СКВ, которых лечили плацебо в качестве контроля. Сравнение графиков АГК больных СКВ до (а) и после (б) дозирования плацебо на фиг.26. Таким образом, нейтрализация ИФН I типа ФД маркеров осуществляется антителом MEDI-545.

Табл. 22 представляет перечень 63 ИФН I типа-индуцируемых зондов, регуляция которых повышена в цельной крови больных волчанкой и нейтрализована с помощью MEDI-545 или плацебо по меньшей мере на 30% на 7 сутки, 14 сутки или 28 сутки после введения. В каждом наборе колонок представлены данные по нейтрализации каждого из указанных генов на 7, 14 и 28 сутки после введения. Первый набор колонок представляет процент нейтрализации каждого из индикаторных генов у больных волчанкой, имеющих ИФН I типа подпись, и тех, которые были обработаны антителом MEDI-545. Можно отметить, что у каждого из указанных генов нейтрализация варьирует от 30% до 68% на 7 сутки после введения. В то же время на 7 сутки в группе применения плацебо нейтрализация тех же генов варьирует от 0% до 27%.

Таблица 22
Нейтрализация 63 ИФН I типа-индуцируемых зондов в цельной крови больных волчанкой с помощью антитела MEDI-545
Обозначение Гена (ИФН I типа-индуцируемых)	ID зонда	Образцы больных волчанкой с ИФН			Все образцы больных волчанкой			Образцы больных волчанкой без ИФН			Образцы, получавшие плацебо
		7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки
IFI44	214059_at	0,6871	0,6276	0,5047	0,3433	0,2657	0,2357	-0,0799	-0,2278	-0,0088	-0,1325	-1,91	-0,4185
IFI44L	204439_at	0,6621	0,6193	0,5515	0,6662	0,5561	0,492	0,6713	0,4698	0,4379	0,007	-2,1816	0,0035
RSAD2	213797_at	0,6547	0,631	0,5213	0,6023	0,4611	0,4464	0,5377	0,2294	0,3783	-0,2332	-5,0172	-0,9617
G1P2	205483_s_at	0,6395	0,5954	0,5703	0,5404	0,4781	0,4148	0,4185	0,3181	0,2734	0,0423	-0,944	0,1706
RSAD2	242625_at	0,6359	0,6123	0,4946	0,5607	0,541	0,3443	0,4681	0,4437	0,2077	-0,3537	-2,7176	-0,2632
USP18	219211_at	0,6305	0,6269	0,5577	0,4322	0,4423	0,4082	0,1882	0,1907	0,2723	-0,4424	-2,4219	-0,4972
IFI44	214453_s_at	0,626	0,5875	0,4223	0,4956	0,2741	0,2298	0,3352	-0,1532	0,0547	-0,2833	-1,0524	-2,4005
IFIT1	203153_at	0,6224	0,6093	0,5376	0,5442	0,4586	0,4182	0,448	0,2532	0,3097	-0,1604	-1,1565	-0,436
IFIT3	204747_at	0,6213	0,5676	0,5638	0,5212	0,4174	0,3854	0,398	0,2124	0,2232	-5,9101	-9,7543	-7,4011
SERPING1	200986_at	0,617	0,6214	0,5974	0,4617	0,4294	0,3673	0,2706	0,1676	0,1582	-0,5973	-2,7824	-0,4193
HERC6	219352_at	0,5996	0,531	0,5352	0,3581	0,3678	0,4335	0,0609	0,1452	0,341	-0,9901	-4,4468	-1,6832
DNAPTP6	222154_s_at	0,5973	0,6223	0,5016	0,345	0,3819	0,2244	0,0345	0,0543	-0,0276	0,028	-1,947	0,007
OASL	210797_s_at	0,5968	0,5529	0,5815	0,4715	0,3853	0,4208	0,3174	0,1569	0,2748	-0,1014	-1,6808	-0,1344
HERC5	219863_at	0,5948	0,5552	0,4997	0,4651	0,4521	0,3816	0,3054	0,3115	0,2742	-0,0955	-0,9446	-0,1306

Обозначение Гена (ИФН I типа-индуцируемых)	ID зонда	Образцы больных волчанкой с ИФН			Все образцы больных волчанкой			Образцы больных волчанкой без ИФН			Образцы, получавшие плацебо
		7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки
OAS3	218400_at	0,589	0,5792	0,5062	0,4846		0,4039	0,3562	0,3065	0,311	-0,0945	-1,1786	-0,1744
IFRG28	219684_at	0,581	0,5218	0,4955	0,3014	0,3035	0,2441	-0,0427	0,0058	0,0155	-2,1401	-2,8445	-3,3644
МХ1	202086_at	0,5807	0,5329	0,5073	0,512	0,4831	0,4001	0,4273	0,4152	0,3026	-0,0951	-0,7789	0,01
OAS1	202869_at	0,5761	0,5148	0,5652	0,4345	0,429	0,4373	0,2603	0,3119	0,3211	0,0389	-0,6246	0,0692
OASL	205660_at	0,5681	0,5549	0,5494	0,4814	0,4415	0,4046	0,3746	0.2868	0,2729	-0,0675	-0,9765	0,0773
OAS1	205552_s_at	0,5678	0,5193	0,56	0,4796	0,4115	0,4196	0,3711	0,2644	0,292	-0,1562	-1,7918	-0,395
LAMP3	205569_at	0,5531	0,6796	0,4871	0,3427	0,4182	0,2854	0,0838	0,0618	0,1021	0,007	-1,4332	0,045
MGC20410	228439_at	0,535	0,5085	0,5093	0,359	0,2949	0,332	0,1424	0,0036	0,1709	-1,1629	-2,0558	-0,5523
SN	219519_s_at	0,5321	0,5639	0,5307	0,307	0,3711	0,212	0,03	0,1081	-0,0778	-0,1736	-4,8297	0,1133
HSXIAPAF1	228617_at	0,5317	0,503	0,4707	0,3942	0,3604	0,266	0,2249	0,1659	0,0799	-0,2206	-0,7607	-0,1053
IFIT5	203596_s_at	0,5257	0,4922	0,3314	0,3004	0,1997	0,0723	0,023	-0,1991	-0,1633	0,0791	-0,2048	-0,1939
IRF7	208436_s_at	0,5183	0,494	0,4717	0,4318	0,3509	0,301	0,3253	0,1557	0,1459	0,1162	-0,2791	0,2159
EPST11	227609_at	0,517	0,5298	0,4999	0,3142	0,2662	0,2798	0,0646	-0,0932	0,0797	0,0161	-1,0185	-0,1578
EPST11	239979_at	0,5074	0,4803	0,553	0,3738	0,3527	0,3674	0,2093	0,1786	0,1987	-0,6502	-1,8449	-0,4975
ETV7	224225_s_at	0,5057	0,5101	0,3596	0,2965	0,2389	0,0985	0,039	-0,1308	-0,1389	-0,5808	-1,3814	-0,6834

Обозначение Гена (ИФН I типа-индуцируемых)	ID зонда	Образцы больных волчанкой с ИФН			Все образцы больных волчанкой			Образцы больных волчанкой без ИФН			Образцы, получавшие плацебо
		7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки
IFIT5	203595_s_at	0,5056	0,4731	0,2902	0,2482	0,2263	0,028	-0,0685	-0,1102	-0,2105	-0,1956	-0,4059	-0,6195
HES4	227347_x_at	0,4998	0,4746	0,4266	0,3377	0,3141	0,2703	0,1383	0,0953	0,1283	0,0775	-0,3688	0,2619
ZC3HDC1	218543_s_at	0,4812	0,4274	0,4076	0,3058	0,2935	0,2109	0,0898	0,1109	0,0321	0,055	-0,1726	0,1826
C7orf6	230036_at	0,4636	0,4665	0,4025	0,3114	0,2848	0,2299	0,1241	0,037	0,073	0,0287	-0,4023	-0,002
C7orf6	226603_at	0,4578	0,4242	0,3425	0,264	0,1555	0,1794	0,0253	-0,211	0,0312	-0,2153	-0,8023	-0,4988
OAS3	232666_at	0,4557	0,3628	0,4828	0,3165	0,2457	0,3356	0,1452	0,086	0,2018	-0,3754	-1,0637	-0,0014
OAS2	204972_at	0,4532	0,4503	0,3889	0,2963	0,3106	0,2084	0,1032	0,1202	0,0444	-0,1067	-0,9025	-0,1084
IFIT2	217502_at	0,4514	0,4519	0,1899	0,0857	-0,039	-0,4306	-0,3643	-0,7083	-0,9948	-0,7316	-0,9653	-4,4123
CXCL10	204533_at	0,4476	0,4647	0,262	0,1834	0,1911	0,1282	-0,1418	-0,1819	0,0066	-0,1664	-0,9562	-0,1939
LY6E	202145_at	0,4463	0,4582	0,4113	0,3404	0,3294	0,2612	0,21	0,1536	0,1247	-0,4715	-1,729	-0,5955
HERC6	239988_at	0,4449	0,3726	0,3596	0,2951	0,2402	0,2433	0,1108	0,0596	0,1376	0,2771	-0,098	0,0584
G1P3	204415_at	0,4421	0,3914	0,1018	0,152	0,3129	-0,3045	-0,205	0,2058	-0,6738	-0,3862	-0,3826	-0,4763
C7orf6	24327l_at	0,4419	0,4279	0,401	0,2663	0,2445	0,2165	0,0501	-0,0055	0,0488	1,00Е-04	-0,2487	0,116
OAS2	206553_at	0,4377	0,3721	0,2965	0,3008	0,2379	0,1882	0,1323	0,0548	0,0897	-0,0861	-1,1845	-0,2322
APOL6	241869_at	0,4264	0,063	0,4352	-0,0787	-0,5482	-0,2042	-0,7003	-1,3816	-0,7855	-1,0548	-2,225	0,0949
ZBP1	242020_s_at	0,4232	0,406	0,3729	0,0761	0,1281	0,2718	-	-	0,1799	0,0954	-	-

Обозначение Гена (ИФН I типа-индуцируемых)	ID зонда	Образцы больных волчанкой с ИФН			Все образцы больных волчанкой			Образцы больных волчанкой без ИФН			Образцы, получавшие плацебо
		7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки
								0,3512	0,2508			0,6879	0,0275
PLSCR1	202446_s_at	0,4022	0,3948	0,2996	0,1919	0,1973	0,1063	-0,0668	-0,0719	-0,0694	0,0049	-0,5041	-0,1826
OAS2	228607_at	0,3989	0,3655	0,3374	0,2712	0,2174	0,1639	0,114	0,0155	0,0061	-0,026	-0,5978	-0,0611
TRIM6	223599_at	0,3896	0,3464	0,2669	0,2285	0,1987	0,1119	0,0303	-0,0027	-0,0289	-0,4333	-1,2181	-0,76
ZCCHC2	233425_at	0,3891	0,4249	0,3925	0,2541	0,2965	0,2822	0,088	0,1213	0,182	-0,1376	-0,4844	-0,075
PLSCR1	202430_s_at	0,3847	0,3858	0,2706	-0,2032	-0,0283	-0,1714	-0,9268	-0,5931	-0,5733	-0,091	-0,5114	-0,3841
CLEC4D	1552773_at	0,3782	0,2012	0,1293	-0,5127	-0,9029	-0,5568	-1,6091	-2,4085	-1,1806	-0,0151	-0,298	-0,9965
ECGF1	204858_s_at	0,3778	0,2403	0,2971	0,3178	0,1699	0,0019	0,244	0,0741	-0,2665	0,0637	-0,2711	0,1519
C7orf27	233880_at	0,3658	0,3508	0,2804	0,2913	0,2599	0,108	0,1996	0,136	-0,0488	-0,4266	-0,7606	-0,4247
SN	44673_at	0,3642	0,3373	0,3736	0,2344	0,2522	0.1405	0,0747	0,1362	-0,0714	-0,321	-1,2105	0,1766
PRIC285	228230_at	0,3636	0,4131	0,3363	0,2701	0,2731	0,1074	0,155	0,0822	-0,1008	-0,5711	-0,6313	-0,1671
PARP14	22470l_at	0,3611	0,3765	0,3718	0,2737	0,2855	0,2267	0,1662	0,1614	0,0947	-0,0715	-0,3247	0,0835
DNAPTP6	241812_at	0,3448	0,3672	0,2896	0,2048	0,2134	0,108	0,0325	0,0037	-0,0571	-0,134	-0,5147	0,0613
HSXIAPAF1	242234_at	0,3371	0,3793	0,1084	0,1586	0,1796	-0,2285	-0,0612	-0,0927	-0,5347	-0,4102	-0,7359	0,0295
TNFAIP6	206025_s_at	0,336	0,3559	0,3269	0,1913	0,1909	0,1164	0,0133	-0,034	-0,0751	-0,3457	-0,7114	-0,2343
LGALS3BP	200923_at	0,331	0,27	0,2644	-	0,1764	0,1032	-0,512	0,0487	-	0,111	-	0,3187

Обозначение Гена (ИФН I типа-индуцируемых)	ID зонда	Образцы больных волчанкой с ИФН			Все образцы больных волчанкой			Образцы больных волчанкой без ИФН			Образцы, получавшие плацебо
		7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки	7 сутки	14 сутки	28 сутки
					0,0457					0,0434		0,2857
CKS2	204170_s_at	0,3215	0,0604	0,0634	-0,2323	-0,5787	-1,1884	-0,914	-1,4502	-2,3265	-0,3697	0.1034	-1,5141
STAT2	205170_at	0,3176	0,1781	0,1852	0,1643	-0,0318	-0,051	-0,0245	-0,318	-0,2657	0,0708	-0,6738	-0,8915
EIF2AK2	204211_x_at	0,3094	0,3621	0,2577	0,2165	0,286	0,1441	0,1021	0,1822	0,0408	-0,2044	-0,3038	-0,2554

Табл. 33 представляет результаты отдельного исследования, которое показывает топовых 50 генов, нейтрализованных в цельной крови больного СКВ через 7 суток после лечения антителом MEDI-545. Только три гена из 50 генов, ZCCHC2, REC8L1 и GCLM, не относятся к ИФН- / -индуцируемым генам.

Таблица 33
Тоновые 50 зондов, нейтрализованных через 7 суток после дозирования у больных СКВ, которых лечили MEDI-545
ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена	Стандартное расположение зондов (по % нейтрализации)	Итоговое расположение зондов
219352_at	Hs.529317	hect домен и RLD 6	HERC6	2277,0	1
208436 s at	Hs.166120	Фактор регуляции активности интерферона 7	IRF7	2497,5	2
210797 s at	Hs.118633	Белок, подобный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL	2708,2	3
205483 s at	Hs.458485	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15	2735,7	4
204439_at	Hs.389724	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L	3194,9	5
219211 at	Hs.38260	Убихинон-специфичная пептидаза 18	USP18	3458,6	6
218543 sat	Hs.12646	Семейство поли (АДФ-рибоза) полимеразы, представитель 12	PARP12	3472,3	7
205241_at	Hs.567405	SCO цитохром оксидазы недостаточный гомолог 2 (дрожжи)	SCO2	3825,7	8
204747 at	Hs.47338	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3	3987,2	9
219519 s at	Hs.31869	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1	4207,2	10
228230_at	Hs.517180	Рецептор A, активируемый пролифератором пероксисом, взаимодействующего комплекса 285	PRIC285	4373,1	11
235276 at	-		-	4438,7	12
214059_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	4477,4	13
222154 s at	Hs.120323	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6	4531,3	14

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена	Стандартное расположение зондов (по % нейтрализации)	Итоговое расположение зондов
202145 at	Hs.521903	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E	4618,6	15
223849_s_at	Hs.514941	Mov10, вирус лейкоза Молони 10, гомолог (мышиный)	MOV10	4691,0	16
219364 at	Hs.55918	Предположительно ортолог гена D111gp2 мыши	LGP2	4717,4	17
224503 s at	Hs.114191	Цинковый палец, ССНС содержащий домен 2	ZCCHC2	4926,5	18
228617_at	Hs.441975	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	4942,0	19
53720 at	-	Гипотетический белок FLJ11286	FLJ11286	5046,2	20
218400 at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	5136,7	21
235508_at	Hs.526464	Промиелоцитный лейкоз	PLM	5328,7	22
232155_at	Hs.514554	KIAA1618	KIAA1618	5344,5	23
202086_at	Hs.517307	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1	5484,4	24
242625 at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	5522,4	25
209417 s at	Hs.632258	Интерферон-индуцированный белок 35	IFI35	5529,4	26
228439_at	Hs.124840	базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции, подобный ATF 2	BATF2	5563,0	27
221766 s at	Hs.10784	Семейство с последовательностью, близкой 46, представитель A	FAM46A	5607,1	28
202446 s at	Hs.130759	Скрамблаза фосфолипидов 1	PLSCR1	5911,3	29
205660_at	Hs.118633	Белок, подобный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL	6001,3	30
205875 s at	Hs.344812	Репарирующая экзонуклеаза с 3 -конца 1	TREX1	6062,0	31
34689 at	Hs.344812	Репарирующая экзонуклеаза с 3 -конца 1	TREX1	6097,0	32
202869 at	Hs.524760	2 ,5 - олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1	6101,5	33

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена	Стандартное расположение зондов (по % нейтрализации)	Итоговое расположение зондов
214453 s at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	6210,4	34
1555491_s_at	-	Гипотетический белок FLJ11286	FLJ11286	6235,7	35
230036 at	Hs.489118	Белок, родственный белку с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	6254,1	36
222217 s at	Hs.438723	Семейство 27 растворимых носителей (переносчики жирных кислот), представитель 3	SLC27A3	6257,9	37
201641_at	Hs.118110	Антиген стромальных клеток костного мозга 2	BST2	6371,4	38
218599 at	Hs.419259	REC8-подобный (дрожжи)	REC8L1	6423,3	39
238327 at	Hs.531314	Глютамат-цистеиновая лигаза, модифицирующая субъединица	GCLM	6500,4	40
225291_at	Hs.388733	Полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза 1	PNPT1	6537,6	41
208581 x at	Hs.374950	Металлотионеин 1X	МТ1Х	6541,4	42
212380_at	Hs.520102	KIAA0082	KIAA0082	6547,1	43
227347 x at	Hs.154029	Белок класса hairy/enhancer of split 4 (дрозофила)	HES4	6557,3	44
1557116 at	Hs.257352	Аполипопротеин L, 6	APOL6	6571,1	45
231769_at	Hs.464419	F-box белок 6	FBXO6	6683,0	46
200986 at	Hs.384598	Ингибитор серпин пептидазы, таксон G (C1 ингибитор), представитель 1, (ангионевротический отек, наследственный)	SERPING1	6688,7	47
33304 at	Hs.459265	Простимулированный интерфероном ген экзонуклеазы 20 кДа	ISG20	6853,8	48
209593_s_at	Hs.252682	Семейство торсина 1, представитель B (торсин B)	TOR1B	6866,4	49
202307 s at	Hs.352018	Переносчик 1, АТФ-связывающая кассета, подсемейство B, (MDR/TAP)	ТАР1	6909,0	50

Пример 7. Большинство пациентов с волчанкой проявляет ИФН I типа-индуцируемый вариант экспрессии ФД маркеров

С помощью наборов 169 зондов для выявления экспрессии ряда ФД маркеров анализируют генную экспрессию в образцах цельной крови 35 пациентов с волчанкой, используя анализ главных компонент (АГК). Анализ главных компонент относится к статистическим методам упрощения совокупности данных путем снижения многомерных баз данных для понижения размеров для анализа. Проводят АГК по отфильтрованным данным (наборы 169 зондов), используя средство статистического анализа Spotfire. Результат анализа АГК показывает, что 24 из 35 пациентов с волчанкой обладают статистически значимой подписью ФД маркера. См. результаты анализа АГК на фиг.22. Наборы 169 зондов, применяемых в указанном анализе АГК, приводят в табл.20.

Таблица 20
Генная экспрессия, выявляемая с помощью наборов 169 зондов у 35 пациентов с СКВ
ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
1552772_at	Hs.351811	C-тип домена лектина, семейство 4, представитель D	CLEC4D
1554343_a_at	Hs.435579	BCR расположенный ниже по цепи передающий сигнал 1	BRDG1
1555464_at	Hs.163173	интерферон-индуцированный с доменом C1 геликазы	IFIH1
1555728_a_at	Hs.325960	Закрепленные в мембране 4-домены, подсемейство A, представитель 4	MS4A4A
1556643_at	Hs.515243	Гипотетический белок ВС011840	LOC93343
1557236_at	Hs.257352	Аполипопротеин L, 6	APOL6
1559585_at	Hs.535011	Гипотетический белок FLJ31033	FLJ31033
200887_s_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1
200923_at	Hs.514535	Лектин, галактозид-связывающий, растворимый, 3 связывающий белок	LGALS3BP
200986_at	Hs.384598	Ингибитор серпин пептидазы, таксон G (C1 ингибитор), представитель 1, (ангионевротический отек, наследственный)	SERPING1
201015_s_at	Hs.514174	связанный плакоглобин	JUP
201324_at	Hs.436298	Белок эпителиальной мембраны 1	ЕМР1
201641_at	Hs.118110	Антиген стромальных клеток костного мозга 2	BST2
201646_at	Hs.349656	Рецепторы-«мусорщики» класса B, представитель 2	SCARB2
201761_at	Hs.469030	Метилентетрагидрофолат дегидрогеназа (NADP + зависимая) 2, метенилтетрагидрофолат циклогидролаза	MTHFD2
202086_at	Hs.517307	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1
202145_at	Hs.521903	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
202270_at	Hs.62661	Гуанилат связывающий белок 1, интерферон-индуцируемый, 67 кДа	GBP1
202411_at	Hs.532634	Интерферон альфа-индуцируемый белок 27	IFI27
202430_s_at	Hs.130759	Скрамблаза-1 фосфолипидов	PLSCR1
202446_s_at	Hs.130759	Скрамблаза-1 фосфолипидов	PLSCR1
202759_s_at	Hs.591908	Протеин 2 анкера киназа PRKA белок PALM2-АКАР2	АКАР2 PALM2-AKAP2
202863_at	Hs.369056	Ядерный антиген SP100	SP100
202869_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, масса 40/46 кДа	OAS1
203153_at	Hs.20315	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1
203595_s_at	Hs.252839	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 5	IFIT5
203596_s_at	Hs.252839	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 5	IFIT5
203771_s_at	Hs.488143	Биливердин редуктаза A	BLVRA
204211_x_at	Hs.131431	Эукариотический фактор 2 инициации трансляции-альфа киназа 2	EIF2AK2
204224_s_at	Hs.86724	ГТФ циклогидролаза 1 (дофа-чувствительная дистония)	GCH1
204326_x_at	Hs.374950	металлотионеин 1X	МТ1Х
204415_at	Hs.523847	Интерферон альфа-индуцируемый белок 6	IFI6
204439_at	Hs.389724	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L
204533_at	Hs.632586	Лиганд хемокина (мотив C-X-C) 10	CXCL10
204747_at	Hs.47338	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3
204972_at	Hs.414332	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2
204994_at	Hs.926	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 2 (мышь)	МХ2
205098_at	Hs.301921	Рецептор 1 хемокина (C-C мотив)	CCR1
205099_s_at	Hs.301921	Рецептор 1 хемокина (C-C мотив)	CCR1
205170_at	Hs.530595	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 2, 113 кДа	STAT2
205241_at	Hs.567405	SCO цитохром оксидазы недостаточный гомолог 2 (дрожжи)	SCO2
205483_s_at	Hs-458485	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15
205552_s_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилатсинтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1
205569_at	Hs.518448	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3
205660_at	Hs.118633	Белок, подобный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL
206025_s_at	Hs.437322	Фактор некроза опухолей, альфа-индуцированный белок 6	TNFAIP6
206026_s_at	Hs.437322	Фактор некроза опухолей, альфа-индуцированный белок 6	TNFAIP6
206133_at	Hs.441975	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP
206332_s_at	--	интерферон гамма-индуцируемый белок 16	IFI16
206513_at	Hs.281898	Отсутствует при меланоме 2	AIM2
206553_at	Hs.414332	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2
206576_s_at	Hs.512682	Молекула прилипания клетки, родственная карциноэмбриональному антигену 1 (гликопротеин желчи)	СЕАСАМ1

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
206715_at	Hs.125962	Фактор транскрипции ЕС	TFEC
208087_s_at	Hs.302123	Z-ДНК- связывающий белок 1	ZBP1
208436_s_at	Hs.166120	Фактор регуляции активности интерферона 7	IRF7
208581_x_at	Hs.374950	металлотионеин 1X	МТ1Х
208653_s_at	Hs.591335	Молекула CD164, сиаломуцин	CD164
208966_x_at	-	Интерферон гамма-индуцируемый белок 16	IFI16
209417_s_at	Hs.632258	интерферон-индуцированный белок 35	IFI35
209498_at	Hs.512682	Молекула прилипания клетки, родственная карциноэмбриональному антигену 1 (гликопротеин желчи)	СЕАСАМ1
209593_s_at	Hs.252682	Семейство торсина 1, представитель B (торсин B)	TOR1B
210001_s_at	Hs.50640	Супрессор 1 внутриклеточной передачи сигнала	SOCS1
210705_s_at	Hs.370515	Белок 5, содержащий трехраздельный мотив	TRIM5
210797_s_at	Hs.118633	Белок, подобный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL
210873_x_at	Hs.348983	Фермент-каталитический полипептид, корректирующий иРНК апопротеина B, родственный каталитический полипептид 3A	АРОВЕСЗА
210985_s_at	Hs.369056	SP100 ядерный антиген	SP100
211012_s_at	Hs.498345	Промиелоцитный лейкоз /// Гипотетический белок LOC161527 /// Родственен белковой изоформе 9 промиелоцитного изоформе белка 9	PML /// LOC161527/// LOC652671
211456_x_at	-	Гипотетический белок LOC650610	LOC650610
211889_x_at	Hs.512682	Молекула прилипания клетки, родственная карциноэмбриональному антигену 1 (гликопротеин желчи)	СЕАСАМ1
212185_x_at	Hs.534330	Металлотионеин 2A	МТ2A
212657_s_at	Hs.81134	Антагонист рецептора интерлейкина 1	IL1RN
212659_s_at	Hs.81134	Антагонист рецептора интерлейкина 1	IL1RN
212845_at	Hs.98259	Белок с доменом стерильного альфа мотива 4A	SAMD4A
213293_s_at	Hs.501778	Белок 22, содержащий трехраздельный мотив	TRIM22
213294_at	Hs.546523	Полной длины клон кДНК CS0DK002YF13 клеток HeLa Cot 25-нормализованных Homo sapiens (человек)	-
213361_at	Hs.193842	TUDOR домен содержащий 7	TDRD7
213469_at	Hs.229988	GPI деацилаза	PGAP1
213797_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2
214059_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44
214329_x_at	Hs.478275	Надсемейство фактора некроза опухоли (лиганд), представитель 10	ФНОSF10
214453_s_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44
214511_x_at	Hs.534956	Fc фрагмент IgG, высокое сродство Iа, рецептор (CD64) /// Fc-гамма рецептор I B2 /// близок Fc-гамма рецептору I B2, изоформе b	FCGR1A /// LOC440607 /// LOC652758
216243_s_at	Hs.81134	Антагонист рецептора интерлейкина 1	IL1RN
216598_s_at	Hs.303649	Лиганд хемокина 2 (мотив C-C)	CCL2
217165_x_at	Hs.513626	Металлотионеин 1F (функциональный)	MT1F
217502_at	Hs.437609	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
217933_s_at	Hs.570791	Лейцин аминопептидаза 3	LAP3
218400_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3
218543_s_at	Hs.12646	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 12	PARP12
218943_s_at	Hs.190622	DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box полипептид 58	DDX58
218986_s_at	Hs.591710	Гипотетический белок FLJ20035	FLJ20035
219062_s_at	Hs.631682	Цинковый палец, ССНС домен содержащий 2	ZCCHC2
219209_at	Hs.163173	интерферон-индуцированный с доменом 1 геликазы С	IFIH1
219211_at	Hs.38260	Убиквитин-специфичная пептидаза 18	USP18
219352_at	Hs.529317	hect домен и RLD 6	HERC6
219364_at	Hs.55918	Предположительно ортолог D11lgp2 мыши	LGP2
219519_s_at	Hs.31869	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин /// Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1
219607_s_at	Hs.325960	Протяженные в мембране 4 домена, подсемейство A, представитель 4	MS4A4A
219684_at	Hs.43388	Рецепторный транспортный белок 4	RTP4
219691_at	Hs.65641	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9
219863_at	Hs.26663	hect домен и RLD 5	HERC5
219885_at	-	Семейство шлафен, представитель 12	SLFN12
220059_at	Hs.435579	BCR расположенный ниже по цепи передающий сигнал 1	BRDG1
220576_at	Hs.229988	GPI деацилаза	PGAP1
221680_s_at	Hs.272398	Вариант ets гена 7 (TEL2 онкоген)	ETV7-
221816_s_at	Hs.369039	PHD-фингерный белок 11	PHF11
222154_s_at	Hs.120323	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6
222631_at	Hs.443733	Фосфатидилинозитол 4-киназа тип 2 бета	PI4K2B
222793_at	Hs.190622	DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box полипептид 58	DDX58
222816_s_at	Hs.631682	Цинковый палец, ССНС домен содержащий 2	ZCCHC2
223167_s_at	Hs.473370	Убиквитин-специфичная пептидаза 25	USP25
223220_s_at	Hs.518200	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 9	PARP9
223434_at	-	Гуанилат связывающий белок 3	GBP3
223501_at	-	-	--
223849_s_at	Hs.514941	Mov10, вирус лейкоза Молони 10, гомолог (мышиный)	MOV10
224225_s_at	Hs.272398	Вариант ets гена 7 (TEL2 онкоген)	ETV7
224701_at	Hs.583792	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 14	PARP14
225291_at	Hs.388733	Полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза 1	PNPT1
225415_at	Hs.518201	deltex 3-like (Drosophila)	DTX3L
225636_at	Hs.530595	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 2, 113 кДа	STAT2
225834_at	Hs.599880	Гипотетический белок LOC652689 /// Семейство с последовательностью, близкой 72, представитель A /// Близость к семейству с последовательностью, близкой 72, представитель A /// Близость к семейству с последовательностью, близкой 72, представитель A	LOC652689 /// FAM72A /// LOC653594 /// LOC653820

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
225869_s_at	Hs.502989	unc-93 гомолог Bl (C. elegans)	UNC93B1
226103_at	Hs.632387	Нексилин (F актин-связывающий белок)	NEXN
226603_at	Hs.489118	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L
226702_at	Hs.7155	Гипотетический белок LOC129607	LOC129607
226757_at	Hs.437609	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2
227458_at	-	-	--
227609_at	Hs.546467	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1
227697_at	Hs.527973	Супрессор передачи сигнала цитокина 3	SOCS3
228152_s_at	Hs.535011	Гипотетический белок FLJ31033	FLJ31033
228230_at	Hs.517180	Рецептор A, активируемый пролифератором пероксисом, взаимодействующего комплекса 285	PRIC285
228439_at	Hs.124840	Базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции, подобный ATF 2	BATF2
228531_at	Hs.65641	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9
228607_at	Hs.414332	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2
228617_at	Hs-441975	XIAP-ассоциированный фактор-1	BIRC4BP
229450_at	-	-	-
230036_at	Hs.489118	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L
230314_at	Hs.112420	Транскрибированный локус, близкородственный ХР_511805.1 Предположительно гипотетический белок ХР_511805 [шимпанзе обыкновенный - Pan troglodytes]	-
231769_at	Hs.464419	F-box белок 6	FBXO6
232034_at	Hs.599821	Гипотетический белок LOC203274	LOC203274
232155_at	Hs.514554	KIAA1618	KIAA1618
232375_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1
232666_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3
233425_at	Hs.631682	Цинковый палец, ССНС домен содержащий 2	ZCCHC2
233880_at	Hs.195642	Хромосома 17, открытая рамка считывания 27	C17orf27
235061_at	Hs.291000	Протеинфосфатаза 1К (содержащая домен РР2С)	РРМ1К
235112_at	Hs.533491	KIAA1958	KIAA1958
235157_at	Hs.583792	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 14	PARP14
235276_at	-	-	-
235643_at	Hs.489118	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L
236156_at	Hs.127445	Липаза A, лизосомальная кислота, холестеринэстераза (болезнь Вольмана)	LIPA
236692_at	-	-	-
238439_at	Hs.217484	Домен из 22 анкириновых повторов	ANKRD22
238581_at	Hs.513726	Гуанилат-связывающий белок 5	GBP5
238743_at	Hs.546523	Полной длины клон кДНК CS0DK002YF13 клеток HeLa Cot 25-нормализованных Homo sapiens (человек)	-
239196_at	Hs.217484	Домен из 22 анкириновых повторов	ANKRD22
239277_at	-	-	-
239979_at	Hs.546467	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1

ID зонда	UniGene ID	Название гена	Обозначение гена
241812_at	Hs.120323	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6
241916_at	Hs.130759	Скрамблаза фосфолипидов 1	PLSCR1
242020_s_at	Hs.302123	Z-ДНК связывающий белок 1	ZBP1
242234_at	Hs.441975	XIAP-ассоциированный фактор 1	BIRC4BP
242625_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2
242898_at	-	-	-
243271_at	Hs.489118	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L
44673_at	Hs.31869	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1
AFFX-HUMISGF3A/ M97935_3_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1
AFFX-HUMISGF3A/ M97935_5_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1
AFFX-HUMISGF3A/ M97935_MB_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1

Сходным образом, используя 25 с высоким повышением регуляции ИФН-индуцируемых генов, экспрессия в образцах цельной крови пациентов с волчанкой и нормальных здоровых доноров исследуют, используя АГК (анализ главных компонент). С помощью АГК установили примерно 66% пациентов, больных волчанкой, имеющих сильную/умеренную ИФН I типа-индуцируемую подпись. См. на фиг.68а результаты анализа АГК и на фиг.68б для 25 генов, используемых в АГК.

Сверхэкспрессия генов ИФН I типа в цельной крови большего числа пациентов с СКВ, выявленная с помощью целого набора генома Affymetrix, показана в табл.23. Табл.23 и фиг.65 предоставляют дополнительное доказательство того, что высокий процент пациентов с СКВ проявляет по меньшей мере двухкратную сверхэкспрессию каждого отдельного гена ИФН I типа.

Таблица 23
Сверхэкспрессия ИФН I типа генов в цельной крови пациентов с волчанкой.
ID зонда	Название гена	Обозначение гена	Число образцов, изменение в которых 2	% образцов	Средний log2 величины кратности изменения
222816_s_at	Цинковый палец, ССНС домен содержащий 2	ZCCHC2	70	79,55	2,124
204415_at	Интерферон альфа индуцируемый белок 6	IFI6	67	76,14	3,007
217502_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2	65	73,86	1,913
235643_at	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	65	73,86	2,020
213797_at	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	62	70,45	2,978
214059_at	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	61	69,32	3,050
202411_at	Интерферон альфа-индуцируемый белок 27	IFI27	60	68,18	3,937
204439_at	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L	60	68,18	2,847
242625_at	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	59	67,05	2,861
214453_s_at	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	59	67,05	2,463
203153_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1	59	67,05	2,034
242234_at	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	59	67,05	2,066
203595_s_at	интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 5	IFIT5	59	67,05	1,603
202086_at	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1,интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1	58	65,91	1,777
206133_at	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	58	65,91	1,803
216243_s_at	Антагонист рецептора интерлейкина 1	IL1RN	58	65,91	1,278
219863_at	hect домен и RLD 5	HERC5	57	64,71	1,795
202869_at	2 ,5 - олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1	56	63,64	2,057

ID зонда	Название гена	Обозначение гена	Число образцов, изменение в которых 2	% образцов	Средний log2 величины кратности изменения
226702_at	Гипотетический белок LOC129607	LOC129607	56	63,64	1,797
205483_s_at	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15	56	63,64	1,979
204747_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3	56	63,64	1,675
1555464_at	Интерферон индуцированный с доменом 1 геликазы C	IFIH1	56	63,64	1,532
218400_at	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	55	62,50	1,932
227609_at	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	55	62,50	1,788
200986_at	ингибитор серпиновой пептидазы, таксон G (ингибитор C1),	SERPING1	55	62,50	1,503
202145_at	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E	54	61,36	2,242
239979_at	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	54	61,36	1,895
205552_s_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, 40/46 кДа	OAS1	54	61,36	1,945
225929_s_at	Хромосома 17, открытая рамка считывания 27	C17orf27	54	61,36	1,054
222l54_s_at	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6	53	60,23	2,030
205569_at	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3	53	60,23	1,813
205660_at	Типа 2 -5 -олигоаденилат синтетазы	OASL	53	60,23	1,677
219352_at	hect домен и RLD 6	HERC6	52	59,09	1,663
210797_s_at	Типа 2 -5 -олигоаденилат синтетазы	OASL	52	59,09	1,548
241916_at	Скрамблаза фосфолипидов 1	PLSCR1	52	59,09	1,396
208087_s_at	Z-ДНК связывающий белок 1	ZBP1	52	59,09	1,438
243271_at	Белок, родственный белку с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	52	59,09	1,126
219519_s_at	Сиаловая кислота, связывающая Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1	51	57,95	3,019
228617_at	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	51	57,95	1,473
202446_s_at	Скрамблаза фосфолипидов 1	PLSCR1	51	57,95	1,307

ID зонда	Название гена	Обозначение гена	Число образцов, изменение в которых 2	% образцов	Средний log2 величины кратности изменения
232095_at	SPLIT-ROBO Rho ГТФаза активирующий белок 2	SRGAP2	50	56,82	1,155
232666_at	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	49	55,68	1,862
204972_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	49	55,68	1,642
202430_s_at	Скрамблаза фосфолипидов 1	PLSCR1	49	55,68	1,209
224701_at	Семейство поли(АДФ-рибоза) полимераз, представитель 14	PARP14	49	55,68	1,098
219211_at	Убиквитин-специфичная пептидаза 18	USP18	48	54,55	2,365
206553_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	48	54,55	1,582
219684_at	Рецепторный (хемосенсорный) транспортный белок 4	RTP4	48	54,55	1,534
230000_at	Хромосома 17, открытая рамка считывания 27	C17orf27	47	53,41	0,936
44673_at	Сиаловая кислота, связывающая Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1	47	53,41	1,975
203596_s_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 5	IFIT5	47	53,41	1,327
218986_s_at	Гипотетический белок FLJ20035	FLJ20035	47	53,41	1,091
242020_s_at	Z-ДНК связывающий белок 1	ZBP1	47	53,41	1,195
212659_s_at	Антагонист рецептора интерлейкина 1	IL1RN	47	53,41	1,196
228439_at	Базовый лейциновый зиппер фактора транскрипции, подобный ATF2	BATF2	46	52,27	1,180
226757_at	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 2	IFIT2	46	52,27	0,882
225291_at	Полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза 1	PNPT1	46	52,27	0,957
206026_s_at	Фактор некроза опухоли, альфа-индуцированный белок 6	TNFAIP6	46	52,27	0,942
222858_s_at	Двойной адаптер фосфотирозина и 3-фосфоинозитидов	DAPP1	46	52,27	1,055
208436_s_at	Фактор регуляции активности интерферона 7	IRF7	45	51,14	1,146

ID зонда	Название гена	Обозначение гена	Число образцов, изменение в которых 2	% образцов	Средний log2 величины кратности изменения
217933_s_at	Лейциновая аминопептидаза 3	LAP3	45	51,14	0,807
228152_s_at	Гипотетический белок FLJ31033	FLJ31033	45	51,14	0,834
230036_at	Белок, родственный белку с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	44	50,00	1,097
228607_at	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	44	50,00	1,113
218543_s_at	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 12	PARP12	44	50,00	1,111
226603_at	Белок, родственный белку с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9L	44	50,00	1,033
204211_x_at	Эукариотический фактор 2 инициации трансляции-альфа киназа 2	EIF2AK2	44	50,00	1,050
235157_at	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимераз, представитель 14	PARP14	44	50,00	0,940
209417_s_at	Интерферон-индуцированный белок 35	IFI35	44	50,00	0,957

Основываясь на наблюдениях разных сверхэкспрессируемых ИФН I типа генов у пациентов с СКВ, описанных выше, 21 ИФН I типа ген в цельной крови пациентов с волчанкой определяют в качестве потенциально применимых. См. табл.24.

Таблица 24
Двадцать один потенциально сверхэкспрессируемый ИФН I типа ген, применимый в качестве ФД маркера.
Образец	IFI44	IFI27	IFI44L	ONAPTP6	LAMP3	LY6E	RSAD2	HERC5	IF16	ISG15	OAS3	S1GLEC1	OAS2	USP18	RTP4	IFIT1	MX1	OAS1	EPSTM	PLSCR1	IFRG28
А_37329 А13	23,67	3,34	23,45	7,63	6,75	7,25	28,21	8,12	5,53	7,47	4,82	5,16	5,22	7,14	3,94	15,26	4,98	7,75	6,57	3,69	3,71
А_37330 А13	5,31	4,33	6,28	2,80	4,23	1,44	8,14	2,76	2,39	3,44	3,48	2,26	2,63	2,12	1,82	4,83	2,77	2,06	2,48	3,65	2,17
А_37343 А13	10,70	1,41	10,31	2,51	2,23	2,94	11,76	2,52	1,25	1.97	2,63	0,96	2,38	2,85	2,73	7,39	2,82	3,78	2,97	2,12	2,89
А_37345 А16	37,55	30,71	28,86	5,28	3,94	4,30	35,61	1,88	1,85	3,73	2,26	0,92	3,03	2,54	3,70	21,92	2,66	4,51	10,06	2,48	3,92
А_373б0 А13	10,72	4,62	7,36	2,42	1,34	3,38	14,35	2,07	3,34	2,46	2,55	2,81	2,17	2,01	1,12	13,79	2,32	2,30	3,51	1,40	1,29
А_37361 А13	4,19	0,83	5,32	2,51	4,13	1,27	7,01	3,64	4,67	3,08	4,16	6,38	2,97	2,43	1,46	4,55	2,40	2,02	2,40	2,43	1,41
А_37365 А13	24,79	8,25	26,45	15,76	18,11	11,33	54,51	13,72	15,37	16,02	10,79	10,33	8,85	9,57	7,07	23,56	8,22	11,56	16,51	5,93	7,49
А_37473 А13	0,88	0,96	0,53	0,63	0,65	0,85	0,27	0,39	0,48	0,70	0,25	0,26	0,50	0,96	1,35	0,31	0,77	0,68	0,59	1,45	1,48
А_37475 All	0,85	0,17	0,67	0,89	0,14	0,36	0,36	0,32	0,18	0,27	0,42	0,12	0,73	0,43	0,69	0,32	0,23	0,92	0,50	2,97	0,82
А_37476А15	1,25	4,20	0,83	2,71	2,19	2,82	0,95	1,97	0,70	1,78	0,93	0,45	2,15	2,94	4,70	0,49	1,76	1,54	1,01	7,92	4,96
А_37477 All	0,78	17,78	0,54	0,37	0,40	2,26	0,11	0,28	0,65	1,99	0,28	0,57	0,35	1,18	3,44	0,23	0,96	1,65	0,51	2,05	3,50
А_37478 А14	1,53	5,56	0,98	1,90	2,24	1,89	0,82	1,65	0,71	2,89	0,50	1,00	1,64	1,86	4,20	0,39	1,73	2,40	1,23	8,18	4,51
С_001	8,93	162,67	16,29	41,43	4,13	35,49	14,75	10,03	5,34	31,98	5,95	13,14	6,35	15,81	13,08	0,65	18,84	10,75	9,42	8,16	14,58
С_002	30,64	136,38	53,11	15,25	6,78	7,33	20,98	4,88	6,52	8,78	6,28	6,49	5,58	23,17	6,56	15,64	6,73	9,22	7,10	3,62	6,68
С_004	25,99	220,81	71,18	18,13	8,48	9,94	51,74	8,77	4,32	12,04	7,00	6,60	7,87	32,60	11,21	21,06	9,69	8,07	11,63	7,62	10,31
С_005	11,39	324,78	63,12	44,63	6,71	14,93	50,68	11,58	7,46	22,37	11,03	23,05	11,90	63,56	10,70	19,74	17,43	14,42	9,62	5.59	9,02
С_006b	0,48	0,57	0,47	0,55	0,25	0,73	0,27	0,33	1,20	0,70	0,21	0,31	0,34	0,38	0,81	0,33	0,38	0,52	0,60	0,37	0,67
С_007	63,08	498,86	71,47	31,25	9,75	25,15	124,43	17,26	12,01	30,68	4,98	4,68	11,92	37,94	14,21	32,73	13,92	12,20	14,28	14,36	11,18
С_009	30,12	209,75	46,29	15,45	6,63	11,07	32,35	8,07	4,71	10,17	6,77	8,67	9,57	21,00	8,07	14,25	9,04	9,53	8,01	7,83	7,49
С_010	24,31	85,83	42,22	21,61	10,78	15,14	49,98	12,94	7,29	19,29	10,90	7,34	10,34	18,34	7,80	12,47	8,32	11,58	12,30	7,21	7,03
С_011	26,17	160,53	30,34	57,41	32,45	29,58	45,36	35,18	2,66	14,93	44,32	25,28	27,10	51,74	26,85	9,19	15,63	17,96	15,00	19,29	28,84
С_012	48,84	131,90	85,63	15,28	7,85	10,17	57,95	8,19	5,21	8,71	7,76	4,55	10,17	31,27	10,46	27,35	8,32	7,66	12,35	6,33	9,08
С_013	3,14	2,21	4,97	1,84	1,79	0,73	6,65	2,66	1,34	1,02	1,85	0,74	1,41	2,45	2,69	3,55	2,14	1,32	3,19	2,30	2,31
С_017	21,09	256,30	48,34	18,49	5,74	9,18	35,38	7,79	4,91	13,13	6,54	4,77	6,67	16,58	4,91	18,66	5,69	10,37	8,29	5,62	5,43

Образец	IFI44	IFI27	IFI44L	ONAPTP6	LAMP3	LY6E	RSAD2	HERC5	IF16	ISG15	OAS3	S1GLEC1	OAS2	USP18	RTP4	IFIT1	MX1	OAS1	EPSTM	PLSCR1	IFRG28
С_018	71,14	177,60	97,17	41,72	11,95	28,82	98,76	16,75	10,97	27,33	18,71	9,84	16,48	75,02	18,41	44,09	23,41	12,66	18,71	12,52	15,63
С_019	75,89	362,67	158,96	30,47	16,33	17,58	113,44	17,70	16,63	29,09	7,39	5,29	15,13	61,50	21,00	22,61	21,25	19,06	18,93	12,46	19,78
С_020	49,27	149,00	96,50	40,29	13,89	23,41	77,48	16,52	10,21	30,40	6,26	5,92	11,57	48,59	13,57	34,76	13,99	11,76	13,89	8,63	13,38
С_10721	100,31	153,10	123,21	46,69	25,19	19,63	95,12	17,61	8,08	42,37	3,38	8,45	14,21	58,15	12,60	20,80	14,95	2032	23,72	13,22	13,85
С_10722b	7,05	3,09	4.15	2,50	3,07	1,82	2,62	1,75	0,61	1,29	0,40	0,58	1,55	5,30	1,56	3,31	1,98	1,87	4,22	3,40	1,54
С_129141	49,92	189,36	47,56	32,63	11,84	24,45	50,62	15,98	15,19	50,39	12,14	6,27	13.98	26,94	12,80	33,17	10,47	17,41	16,85	8,43	13,63
С_19171	32,06	8,24	26,46	13,54	9,78	6,63	41,14	12,40	5,23	10,87	7,65	8,53	8,22	12,46	5,35	25,74	11,90	5,68	8,13	6,33	5,56
С_325532	77,48	163,43	90,25	236,52	162,67	30,05	73,47	26,40	25,86	193,45	35,73	130.31	28,23	71,63	23,96	33,26	13,14	20.71	25,62	12,29	27,39
С_45311	5,39	0,81	2,19	1,36	0,54	1,08	1,15	0,79	1,05	1,42	0,17	0,30	0,88	1,08	2,50	1,43	1,29	2,19	2,02	2,20	2,80
С_71277	16,15	7,55	19,03	7,33	3,59	6,35	14,39	3,88	1,82	4,88	3,85	3,76	4,75	7,64	3,43	7,76	4,15	3,10	6,32	2,90	3,76
С_72371	86,57	51,95	89,42	96,06	18,37	28,43	110,34	24,75	12,09	45,54	24,29	12,46	25,62	54,29	17,10	51,00	13,86	21,64	25,98	14,28	17,42
Среднее	23,67	30,71	26,46	15,25	6,63	7,33	32,35	8,07	4,71	8,78	4,98	5,16	6,35	12,16	5,35	14,25	6,73	7,75	8,13	5,93	5,56
Стандартное	28,22	101,10	40,00	25,02	12,14	11,37	38,03	9,19	5,94	18,76	7,62	9,39	8,07	22,10	8,17	15,62	7,95	8,32	9,27	6,55	8,16

Сверхэкспрессию указанных генов, выявленную первоначально с помощью матриц Affymetrix, подтверждают с помощью матриц Fluidigm dynamic. См. фиг.69.

Пример 8. Антитело MEDI-545 существенно нейтрализует ИФН I типа генную подпись у больных СКВ, обладающих от сильной до умеренной ИФН I типа генной подписью

В клиническом исследовании пациентов выявляют в качестве имеющих сильную/умеренную ИФН I типа генную подпись, слабую ИФН I типа генную подпись, или не имеющих ИФН I типа генной подписи. Этих пациентов распределяют по указанным группам, основываясь на 149 генах. Табл.25 показывает число пациентов, больных волчанкой, включенных в клиническое исследование, которые были определены в каждую из этих трех групп, и показывает протокол лечения, по которому они были получены.

Таблица 25
Распределение пациентов по ИФН I типа генной подписи перед лечением.
Группа	Сильная и умеренная подпись	Слабая подпись	Нет подписи
РВО	10	5	2
0,3 мг/кг	5	0	1
1 мг/кг	2	2	2
3 мг/кг	3	2	1
10 мг/кг	4	3	0
30 мг/кг	3	2	1
Всего	27	14	7

Пациенты с СКВ, у которых установили наличие сильных и умеренных ИФН I типа генных подписей, все имеют в среднем 4-кратное повышение экспрессии топовых 25 с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа генов; среднее 2-кратное увеличение экспрессии топовых 50 ИФН I типа генов с наибольшей повышенной регуляцией и процент итоговых генов исследованного заболевания, являющихся ИФН I типа индуцируемыми, 3,8. Среднее кратное увеличение топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых генов для каждого пациента, обладающего сильной/умеренной ИФН I типа подписью или слабой подписью в исследовании, представлено на фиг.28.

Лечение пациентов с СКВ из таких разных групп позволило установить, что нейтрализация ИФН I типа генной подписи антителом MEDI-545 является специфической. Фиг.29(а) показывает, что группа пациентов с СКВ, обладающих ИФН I типа генной подписью, практически все топовые 39 генов, нейтрализованных на 14 сутки после обработки антителом MEDI-545, являются генами ИФН I типа подписи (см. гены, выделенные желтым цветом; процент подавления генов ИФН I типа подписи варьирует в диапазоне 30,5-64,7). Напротив, ни один из топовых 39 нейтрализованных генов у пациентов с СКВ, получавших плацебо, не является геном ИФН I типа подписи. См. фиг.29(в). Пациенты с СКВ, которые утратили ИФН I типа подпись и были обработаны антителом MEDI-545, проявляют промежуточный вариант нейтрализации, при котором некоторые гены ИФН I типа подписи нейтрализованы. (См. фиг.29(б); желтым цветом отмечены гены ИФН I типа подписи, которые были нейтрализованы на 19%-44,9%).

Проводят дальнейшее деление больных СКВ по сильной, умеренной и слабой ИФН I типа генной подписи. Вкратце, исследуют 25 наиболее высоко сверхэкспрессируемых генов, индуцируемых ИФН I типа, у отдельных пациентов с СКВ, полученных из ex vivo цельной крови здорового донора, простимулированной сывороткой больного СКВ, и среднее сратное изменение этих 25 генов используют для конструирования оценки ИФН I типа генной подписи для каждого пациента с СКВ. Фиг.84 показывает распределение оценок ИФН I типа генных подписей 46 профилированных больных СКВ. Пациентов с СКВ разделяют на 3 группы, основываясь на оценке их ИФН I типа генной подписи: высокой ИФН I типа генной подписи (оценка >10), умеренной ИФН I типа генной подписи (оценка 4-10) и слабой ИФН I типа генной подписи (оценка <4).

Выбор панели 21 ИФН I типа-индуцируемых генов в цельной крови пациентов с СКВ

Для отбора малой устойчивой панели генов, индуцируемых ИФН I типа, которые могут быть использованы для анализа НТР, генную панель сокращают до 21 гена. Для идентификации 21 потенциального ФД и диагностического маркера 807 ИФН- / -индуцируемых зондов, выявленных с помощью стимуляции ех vivo цельной крови здоровых доноров с помощью десяти подтипов ИФН- (2a, 4б, 5, 6, 7, 8, 10, 14, 16 и 17) и ИФН- , используют в качестве стартовой точки маркеров-кандидатов. Образцы цельной крови в общей сложности от 46 пациентов с СКВ, полученные из коммерческого источника, и 24 от здоровых нормальных контрольных субъектов используют для определения ИФН I типа-индуцируемых зондов, регуляция которых повышена в цельной крови пациентов, больных СКВ. 114 сверхэкспрессированных зондов (q 0,05; кратность изменения 2) обнаруживают в цельной крови больных СКВ, являются ИФН I типа-индуцируемыми, используя SAM и FDR.

Для того чтобы определить, действительно ли сверхэкспрессируемые ИФН I типа-индуцируемые гены в цельной крови пациентов с СКВ могут быть нейтрализованы анти-ИФН моноклональным антителом, мононуклеарные клетки периферической крови (МКПК) одного из здоровых доноров стимулируют ex vivo сывороткой от шести конкретных пациентов с СКВ. Здоровых доноров предварительно исследуют, чтобы исключить тех доноров, у которых может быть вирусная инфекция. Регуляция 161 ИФН I типа-индуцируемых зондов повышена в 2 раза или более в МКПК здорового донора после стимуляции 1 сывороткой пациента, больного СКВ, у которых сверхэкспрессия этих генов супрессирована 50% и 70% действием анти-ИФН моноклонального антитела и анти-ИФН R моноклонального антитела, соответственно.

Пересечение между указанным списком из 161 зонда и ранее описанным списком из 114 зондов составляет 80 зондов. Каждый из указанных 80 зондов ранжируют и по величине кратного среднего изменения по всем больным СКВ, и по процентам пациентов, проявляющих изменение в 2 или более раз. В целом, 21 наиболее распространенный сверхэкспрессируемый ИФН I типа-индуцируемый ген (эти гены являются уникальными по применению NetAffx аннотационного файла для анализа Affymetrix U133 2,0 plus array; EST исключают) из указанного ранжирования оставляют для статистического перечня зондов, используемых для измерения ФД. Оценку ИФН I типа подписи затем производят по среднему значению этих генов (21 ген).

По указанному 21 гену необходимо пересчитать пороговые значения, которые были ранее установлены для классификации больных СКВ по ответам ИФН I типа генных подписей (сильной, умеренной или слабой, основываясь на Affymetrix) для понижения плотности платформы (анализ на основе TaqMan). Метод оценки требуется для конверсии оценки ИФН I типа подписи, основанной на топовых 25 по-разному экспрессируемых генах (отдельно для каждого больного СКВ) на платформе Affymetrix для оценки ИФН I типа подписи, основанной на 21 гене, выбранном для анализа TaqMan. Этот способ используют для компенсации 3 основных различий между двумя платформами: (1) числом зондов, используемых для ИФН I типа подписи (25 генов, динамически определенных для каждого пациента на платформе Affymetrix, против перечня 21 статистического гена в исследовании на основе TaqMan), (2) различия чувствительности между 2 платформами, и (3) шкал динамического ранжирования для каждой платформы. Во-первых, рассчитывают величины кратности изменения (по шкале log₂) для 155 тип I-индуцируемых зондов между 35 случайным образом отобранных пациентов с СКВ и стандартной величиной набора нормальных здоровых контролей. Гены с топовыми в 25 раз увеличенными величинами определяют для каждого пациента по платформе Affymetrix (этот набор генов позволяет варьировать от пациента к пациенту, в зависимости от того, какой ИФН I типа-индуцируемых генов экспрессируется на наиболее высоком уровне). Затем среднее кратное изменение подсчитывают от топовых 25 генов для каждого пациента с СКВ. Такой же подсчет проводят с теми же пациентами, используя статистический 21 ген по исследованию, основанному на TaqMan-based. Такой набор генов выявляют для каждого пациента, и среднее кратное изменение подсчитывают, предпочтительно основываясь на 21 гене, а не на 25 динамических генах по платформе Affymetrix. Затем создают простую модель регрессии, используя эти два вектора равной длины (35 величин кратного изменения), и коэффициенты этой модели используют для подсчета фактора конверсии (из платфрмы Affymetrix для исследования на основе TaqMan) для величин порогового ответа, на основании которых больных СКВ разделяют на категории ИФН I типа генных подписей: сильную (>10 по Affymetrix; >5,53 по TaqMan), умеренную (между 4 и 10 по Affymetrix; между 1,91 и 5,53 по TaqMan) или слабую (<4 по Affymetrix; <1,91 по TaqMan). Используя указанные разделяющие пороговые значения для стратификации больных, подписи (т.е. средние кратные изменения), которые были подсчитаны по 21 гену методом на основе TaqMan, сопоставляют с такой же величиной от топовых 25 с повышенной регуляцией ИФН I типа-индуцируемых генов.

Преобладание и кратное изменение (выраженное в log₂) 21 ИФН / -индуцируемого гена в цельной крови у 111 пациентов с СКВ представлены ниже в табл.32.

Таблица 32
Распространение и кратность изменения экспрессии 21 гена, индуцируемого ИФН / , в цельной крови пациентов с СКВ
Зонд	Величина Q	Кратность	Распространение	Название гена	Обозначение гена
204415_at	qv<1e-16	9,38	78,20	Интерферон альфа индуцируемый белок 6	IFI6
213797_at	2.67E-12	8,27	71,80	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2
214059_at	7.18E-14	7,93	70,90	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44
204439_at	5.85E-12	6,45	69,10	Белок, близкий интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L
20241l_at	6.35E-12	14,42	67,30	Интерферон альфа индуцируемый белок 27	IFI27
202086_at	1.09E-09	3,26	66,40	Устойчивость 1 миксовируса (вируса гриппа), интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1
203153_at	3.90E-07	3,52	65,50	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными. повторами 1	IFIT1
219863_at	8.05E-11	3,27	64,50	hect домен и RLD 5	HERC5
205483_s_at	1.23E-13	3,71	63,60	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15
205569_at	qv<le-16	3,91	62,70	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3
218400_at	1.01E-10	3,65	62,70	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3
202869_at	4.95E-11	3,77	61,80	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, 40/46кДа	OAS1
227609_at	7.41E-10	3,16	60,90	Эпителиально-стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1
204747_at	9.78E-11	3,04	60,90	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3
202145_at	qv<le-16	4,65	60,90	Комплекс лимфоцитарного антигена 6, локус Е	LY6E
204972_at	qv<le-16	3,06	58,20	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2
241916_at	6.29E-07	2,46	56,40	Фосфолипидная скрамблаза 1	PLSCR1
44673_at	qv<le-16	3,91	55,50	Связывающий сиаловую кислоту Ig-подобный лектин 1, сиалоадгезин	SIGLEC1

Зонд	Величина Q	Кратность	Распространение	Название гена	Обозначение гена
219211_at	2.54E-13	4,83	55,50	Убиквитин-специфичная пептидаза 18	USP18
219684_at	2.75E-07	2,47	50,00	Рецепторный (хемосенсорный) транспортный белок 4	RTP4
241812_at	5.25E-07	1,84	38,20	ДНКполимераза-трансактивированный белок 6	DNAPTP6

Указанный 21 ген нейтрализуют доза-зависимым способом с помощью антитела MEDI-545. См. фиг.86 и 89. Heatmap (фиг.87а) и АГК расчеты (фиг.87б) с применением указанного 21 гена показывают нейтрализацию повышенной регуляции ИФН / генной подписи у пациентов с СКВ после применения MEDI-545 в количестве 30 мг/кг, но не у пациентов с СКВ после применения плацебо (фиг.88). Таким образом, доказано, что указанные гены могут применяться в качестве набора ФД маркеров.

Разделение 35 пациентов по интенсивности ИФН I типа генной подписи, используя 21 ген

Фиг.85 показывает разделение 35 пациентов с СКВ на группы с высокими (20 пациентов), умеренными (8 пациентов) и слабыми (7 пациентов) ИФН I типа генными подписями, основанное на распределении величин кратности изменения (шкала log₂) всех 21 ИФН I типа-индуцируемых генов и разделенное на каждую группу по среднему кратному изменению указанного распределения 21 гена у каждого пациента (вертикальные пунктирные линии), по измерениям динамическим анализом Fluidigm. Из фиг.85 следует, что распределение у каждого пациента проявляет небольшое отличие в линии наклона и в основной форме, что отражает разнообразие уровней разной тяжести больных СКВ, основанное на отобранном 21 тип ИФН-индуцируемом гене. В графике АГК для всех больных СКВ, профилированных в настоящем исследовании (n=100), и для 24 контрольных образцов от здоровых индивидуумов, используя 21 ИФН I типа-индуцируемый ген, наблюдают четкое различие между больными СКВ со сверхэкспрессируемой ИФН I типа генной подписью и со слабой или невыявляемой ИФН I типа генной подписью (фиг.82в). Кроме того, пациентов с СКВ со слабыми и невыявляемыми ИФН I типа генными подписями объединяют вместе со здоровыми донорами. Важно, что разделение между указанными группами, используя панель из 21 гена ИФН I типа-индуцируемых генов, схоже с разделением, получаемым с более крупным набором, состоящим из 114 генов (фиг.81а и 81б).

Пример 9. Множественные ИФН I типа подтипы обладают повышенной регуляцией в цельной крови больных СКВ

Для идентификации подтипов ИФН I типа, ответственных за индукцию ИФН I типа подписи больных СКВ, измеряют уровни иРНК ИФН I типа генов в цельной крови больного СКВ.

Анализ генной экспрессии проводят, используя TaqMan Low Density Array (TLDA) фирмы Applied Biosystems. Экспрессию подтипов ИФН I типа 1, 2, 5, 6, 7, 8, 14, 17 и 21 подвергают мониторингу и сравнивают в цельной крови у пациентов с СКВ относительно здоровых добровольцев.

Двухнитевую кДНК каждого образца пациента предварительно амплифицируют, используя набор TaqMan PreAmp Master Mix kit (фирма Applied Biosystems). Предварительно амплифицируют кДНК, проводя 10 циклов ПЦР в каждом из образцов, полученных от пациентов, используя объединенный раствор праймеров, пару для каждого гена, исследуемого на чипе. Предварительно амплифицированную кДНК разводят 1:5 в ТЕ. Объем 50 мкл разведенной предварительно амплифицированной кДНК вносят в 50 мкл смеси 2× TaqMan Universal PCR Master Mix (фирма Applied Biosystems) и перемешивают. Чип нагружают смесью, используя стандартные методы, и нагруженный чип пропускают через быструю систему реального времени ПЦР 7900НТ (фирма Applied Biosystems). Анализ данных получаемых величин Ct проводят с применением программного продукта SDSv2.2.2 (фирма Applied Biosystems).

Фиг.27 показывает относительную сверхэкспрессию иРНК девяти подтипов ИФН в цельной крови пациентов с волчанкой относительно здоровых добровольцев. Регуляция многих из подтипов ИФН повышена на уровне иРНК в цельной крови пациентов с СКВ.

Фиг.66 показывает, что гены ИФН , ИФН и ИФНAR1 и ИФНAR2 также сверхэкспрессируются в цельной крови пациентов с волчанкой относительно здоровых добровольцев.

Фиг.82 показывает, что регуляция транскриптов ФНО- , ИФН- , ИФН- R1 и ИФН- R2 также повышена в цельной крови пациентов с СКВ (фиг.82). Однако относительное значение сверхэкспрессии указанных транскриптов меньше значения представителей ИФН I типа семейства, особенно подтипов ИФН- .

Пример 10. Ex vivo ИФН-простимулированная цельная кровь и кератиноциты здоровых индивидуумов выявляют панель ИФН I типа-индуцируемых генов, важных для псориаза.

Для идентификации ИФН I типа-индуцируемых генов, сверхэкспрессированных в кератиноцитах из повреждений у пациентов с псориазом, цельную кровь и кератиноциты здоровых доноров стимулируют ех vivo с панелью подтипов ИФН , а также ИФН , ИФН и ФНО .

Цельная кровь

Цельную кровь собирают от здоровых доноров в пробирки с гепарином. Общий объем крови, полученный от каждого донора, помещают в одну культуральную колбу, и 3 мл от общего объема вносят в отдельную лунку 6-луночного планшета для культивирования. Отдельные лунки с кровью затем подвергают различной обработке, включая: растворитель (1х ФСБ), панель подтипов ИФН (ИФН 2a, -4b, -5, -6, -7, -8, -10, -16, -17), ИФН , ИФН , ИФН , ИФН , лейкоцитарный ИФН, или ФНО . После обработки кровь мягко перемешивают пипеткой и инкубируют при 37°C в атмосфере 5% СО₂ в течение 4 ч (обработку ФНО проводят в течение и 2 ч, и 4 ч). После периода инкубирования 2,5 мл цельной крови переносят в пробирку PAXgene RNA и переворачивают 8-10 раз. Пробирки PAXgene инкубируют при комнатной температуре в течение двух ч и затем замораживают (-20°C в течение ночи, -70°C для длительного хранения) до следующего применения. Индукцию генной экспрессии условиями обработки проводят, используя чипы Affymetrix GeneChip^® human genome U133 plus v2.0.

Различные ИФН подтипы и ИФН 900-1200 зонды установлены по повышенной регуляции по меньшей мере в 2 раза. Из них у 689 наборов зондов (примерно 1,3% от всех наборов зондов на чипе Affymetrix human genome U133 plus v2.0) однородно повышена регуляция по меньшей мере в 2 раза у всех доноров всеми десятью ИФН подтипами и ИФН . Используя тот же подход, 336 наборов зондов выявляют по сниженной регуляции ИФН / в простимулированной ex vivo цельной крови.

Изменения генной экспрессии в цельной крови здоровых пациентов, простимулированной ФНО , также наблюдают и через 2 ч, и через 4 ч. Всего регуляция у всех 234 и 72 наборов зондов повышена и понижена, соответственно по меньшей мере в два раза у всех доноров. Кроме того, ИФН проба цельной крови за 4 ч индуцирует повышенную регуляцию 304 наборов зондов и пониженную регуляцию 52 наборов зондов по меньшей мере в 2 раза. Небольшое наложение наблюдают в наборах зондов, регуляция которых повышена ИФН / и ФНО (40 зондов). Напротив, повышенное наложение наблюдают в наборах зондов, регуляция которых повышена ИФН / и ИФН . Регуляция 198 зондов повышается по меньшей мере в 2 раза под воздействием и ИФН / , и ИФН . Из 198 зондов, регуляция которых повышена по меньшей мере в 2 раза под воздействием и ИФН / , и ИФН , величина повышенной регуляции под действием ИФН / выше примерно для 2/3 этих зондов (величина p меньше 0,05) по сравнению с ИФН .

Фиг.30 показывает иерархическое кластерирование 1384 наборов зондов, по-разному регулировавшихся или ИФН / , или ИФН , или ФНО в простимулированной ех vivo цельной крови. Из такого иерархического кластерирования сходный ответ цельной крови на введение ИФН подтипов и ИФН может быть легко установлен, поскольку может быть близкий, но резко отличный эффект ИФН от ИФН / и резко отличный эффект ФНО от ИФН / .

Фиг.31а показывает иерархическое кластерирование относительной экспрессии только топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов, выявленных в цельной крови, стимулированной ех vivo.

Кератиноциты

Нормальные кератиноциты человека (EpiDerm system, фирма MatTek, Inc.) выращивают в отсутствии сыворотки по инструкциям производителя. Вкратце, кератиноциты поддерживают на вставках культуры тканей на поверхности воздух-жидкость для поддержания многослойного, полностью дифференцированного эпителиального фенотипа. Кератиноциты стимулируют лейкоцитарным ИФН человека (15, 50, 150, МЕд/мл, фирма PBL Biomedical Labs), ИФН 2а человека (15-350 МЕд/мл, фирма PBL Biomedical Labs), рекомбинантным ФНО человека (0,1 нг/мл, фирма R+D Systems) или рекомбинантным ИФН человека (3 нг/мл, фирма R+D Systems). Эпидермальные культуры собирают через 2, 4 или 18 ч после лечения для анализа транскриптов. Более 100 наборов зондов выявляют в качестве сверхэкспрессированных в культурах кератиноцитов, стимулированных ИФН 2а и лейкоцитарным ИФН человека.

Фиг.31б показывает иерархическое кластерирование относительной экспрессии 25 ИФН I типа-индуцируемых генов в простимулированных ex vivo кератиноцитах. 25 ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов используют для получения иерархического кластерирования топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых зондов, выявленных в простимулированной ех vivo цельной крови (см. фиг.31а). Многие из топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов в ех vivo простимулированной цельной крови также индуцируются в простимулированных ех vivo кератиноцитах. См., например, МХ1, IFI27, OAS1, IFI6, IF144L, etc.

Кроме того, многие из указанных генов содержатся среди наиболее сверхэкспрессированных генов в поврежденной коже у пациентов, больных псориазом. См. обсуждение в примере 11 ниже.

Пример 11. Профилирование матрицы целого генома выявляет ИФН / сигнальный метаболический путь в качестве наиболее существенно активированного метаболического пути в поврежденной коже у пациентов, больных псориазом.

Проводят сравнение профилей генной экспрессии в образцах кожи от здоровых доноров и парных неповрежденных/поврежденных образцах кожи пациентов с псориазом для идентификации подписи генной экспрессии, индуцированной тип-1 интерфероном, ассоциированной с повреждениями кожи при псориазе. Вкратце, получают образцы кожи от 21 нормального здорового контрольного донора (5 образцов, полученных от фирмы Biochain, 14 полученных от фирмы ILSbio, и 2 из лаборатории доктора James Krueger) и 26 парных неповрежденных/поврежденных образцов кожи от 24 пациентов с псориазом (21 пара, полученная от фирмы Asterand, и 5 из лаборатории доктора James Krueger). Получают три дополнительных образца поврежденной кожи от трех пациентов с псориазом. Указанные 3 дополнительные образца поврежденной кожи утратили неповрежденный парный образец кожи, поскольку образец неповрежденной кожи или не дает достаточного количества кРНК для гибридизации, или сканирующая матрица для образца неповрежденной кожи обладает высоким коэффициентом пересчета, превышающим стандартный в более чем три раза.

Суммарную РНК из образцов экстрагируют, используя набор Qiagen RNAeasy-Mini (Hilden, Германия). Чистоту и концентрацию экстрагированной РНК определяют спектрофотометрически (260/280>1,9). Качество РНК оценивают на анализаторе Agilent 2100 Bioanalyzer, используя РНК 6000 Nano LabChip^®. Получение меченой биотином амплифицированной кРНК из 2 мкг суммарной РНК проводят, используя набор для синтеза кДНК Affymetrix GeneChip^® One-Cycle и набор для нанесения метки the Affymetrix GeneChip^® IVT. Концентрацию и чистоту продукта кРНК определяют спектрофотометрически.

20 мкг каждой меченой биотином кРНК фрагментируют для гибридизации на матрицах Affymetrix GeneChip^® human genome U133 plus v2.0. Фрагментированную кРНК приготовляют для гибридизации согласно указаниям в руководстве Affymetrix GeneChip^®. Гибридизацию проводят в течение ночи в модели 320 ротационной печи для гибридизации, установленной на температуру 45°C. Все GeneChip^® промывают и окрашивают на установке Affymetrix Model 450 Fluidics station. Матрицы сканируют на сканнере Affymetrix GeneChip^® Scanner 3000. Сбор данных и первоначальную оценку состояния матрицы проводят с помощью программного обеспечения GeneChip Operating Software (GCOS).

Программное обеспечение ArrayAssist^® Lite фирмы Stratagene (La Jolla, Калифорния) используют для подсчета суммарных уровней зондов (алгоритм нормализации GC-RMA) по файлам матриц CEL. Пакеты R (группа разработки R) samr & qvalue используют для выработки по-разному регулируемых генов. АГК и иерархическое кластерирование проводят с помощью и SpotFire, и R (группа разработки R). SAM & FDR используют для выбора по-разному регулируемых генов (парное сравнение между поврежденной и неповрежденной кожей, поврежденной и нормальной кожей, и неповрежденной и нормальной кожей). Наборы зондов, с кратным изменением по меньшей мере в два раза, и величина q, меньше или равная 0,05, рассматривают в качестве по-разному регулируемых. АГК и иерархическое кластерирование проводят и в SpotFire, и в bioconductor R.

В целом регуляция 1408 наборов зондов повышена и 1465 наборов зондов понижена в поврежденной коже по сравнению с кожей без язв. Хотя гены с пониженной регуляцией превышают по численности гены с повышенной регуляцией в поврежденной коже, величина дифференциальной регуляции генов с повышенной регуляцией намного выше в целом. Например, регуляция 318 наборов зондов повышена по меньшей мере в четыре раза в поврежденной коже, хотя регуляция только 84 наборов зондов понижена по меньшей мере в 4 раза в поврежденной коже. Среди них регуляция 96 наборов зондов повышена по меньшей мере в восемь раз в поврежденной коже, хотя регуляция только шести наборов зондов понижена по меньшей мере в восемь раз.

463 наборов зондов также с повышенной регуляцией и 489 наборов зондов с пониженной регуляцией в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей. Фиг.45 показывает диаграмму Венна наборов зондов с повышенной (или пониженной) регуляцией в поврежденной коже и в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей здоровых людей. Только 70 из 1408 наборов зондов с повышенной регуляцией в поврежденной коже также обладают повышенной регуляцией в неповрежденной коже. При этом только 43 из 1465 наборов зондов с пониженной регуляцией в поврежденной коже также обладают пониженной регуляцией в неповрежденной коже. Эти данные означают, что молекулярные процессы и биологические изменения, произошедшие в поврежденой коже по сравнению с неповрежденной кожей, существенно отличаются от молекулярных процессов и биологических изменений, которыми отличаются нормальная кожа относительно неповрежденной кожи.

Для идентификации наиболее статистически значимых метаболических путей, измененных при псориазе, перечень по-разному регулируемых генов подвергают GeneGo для анализа метаболического пути и сети. Вкратце, анализ метаболического пути и сети проводят с интегрированным программным обеспечением MetaCore от фирмы GeneGo, Inc. (Сант-Джозеф, Мичиган). Значимость, полученная для определенного метаболического пути и сети, почти соответствует по гипергеометрическому распределению, причем p-величина в существенной степени соответствует вероятности случайного картирования определенного набора генов, получая число генов в наборе всех генов на картах метаболических путей, генов по карте определенного метаболического пути и генов в эксперименте.

Пятьдесят семь сигнальных метаболических путей существенно изменены в повреждениях кожи по сравнению с неповрежденной кожей, большинство из которых участвует в иммунном ответе и клеточном цикле. Сигнальный метаболический путь ИФН / наибольшим образом изменен в поврежденной коже с величиной p=3,8×10^-13. Представители сигнального метаболического пути ИФН / , например, ИФН , ИФН , ИФНAR1, ИФНAR2, STAT1, IRF1, MPL, ISG15, IFI6, все были в значительной степени сверхэкспрессированы в поврежденной коже по сравнению с незатронутой кожей.

В целом, 22 сигнальных метаболических пути активированы и 37 сигнальных метаболических путей ингибированы (p<0,05) в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей. Все активированные предполагаемые сигнальные метаболические пути являются или цитокин-, или хемокин-опосредованными сигнальными метаболическими путями или вовлечены в иммунные ответы. Например, сигнальные метаболические пути ИФН , ФНО и онкостатина М активируются в поврежденной коже пациентов с псориазом. Из всех сигнальных метаболических путей, измененных в поврежденной коже и в неповрежденной коже, сигнальный метаболический путь ИФН / возглавляет перечень с величиной p=6,6×10^-26 (фиг.46). Компоненты метаболического пути, например, подтипы ИФН , а также ИФН , ИФНAR1, ИФНAR2, STAT1, IRF1, MPL, ISG15, IFI6 в существенной степени сверхэкспрессируются в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей пациентов с псориазом.

Используя перечень наборов зондов, для которых установлено, что они ИФН I типа-индуцируемые, в цельной крови и в кератиноцитах в исследованиях по стимуляции ex vivo (пример 10), 164 из 1408 (примерно 11,7%) наборов зондов с повышенной регуляцией в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи выявляют в качестве ИФН I типа-индуцируемых. Точный критерий Фишера подсчитывает величину p (односторонний критерий t-теста), составляющую менее 0,0001, следовательно наблюдаемая сверхэкспрессия ИФН I типа генов в поврежденной коже пациентов с псориазом является статистически значимой. ИФН I типа индуцированные гены также являются многими из генов с наибольшей повышенной регуляцией в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи при псориазе. 19% топовых 100 и 200 наборов зондов с наиболее повышенной регуляцией в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи являются генами ИФН I типа. См. фиг.47а и б для топовых 100 наборов генов с повышенной регуляцией в поврежденной коже. Эти гены включают STAT1, ключевой компонент при формировании комплекса ISGF3; IRF7, главный регулятор ИФН / опосредованного иммунного ответа; ген MYD88, который направляет индукцию CD8⁺ T-клеточных ответов с IRF7; IRF1, активатор транскрипции генов ИФН I типа; представители OAS1, OAS2, OAS3 семейства OAS, медиаторы устойчивости к вирусной инфекции; ISG15, убиквитин-подобный белок, который становится конъюгированным со многими клеточными белками при активировании под действием ИФН / ; и представители сигнальных метаболических путей ISG15, например, USP18, UBE2L6 и HERC5. Такое расширение ИФН I типа генов представляет их в качестве наиболее сверхэкспрессированных генов в поврежденной коже пациентов с псориазом.

Табл.26 перечисляет в порядке уменьшения 50 топовых 50 ИФН индуцированных зондов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей у больных псориазом. Табл.26 не только сравнивает кратное изменение на основе log2 (log2 fc) и величину q для каждого из 50 с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа-индуцируемых генов в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи у пациентов с псориазом, но также сравнивает основанное на log2 кратное изменение и величину q для указанных 50 генов в неповрежденной коже пациентов с псориазом относительно здоровых контрольных пациентов.

Таблица 26
Частота повышенной регуляции топовых 50 ИФН I типа индуцированных зондов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей у пациентов с псориазом
ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Сравнение поврежденной кожи с неповрежденной		Сравнение неповрежденной кожи с нормальной
				Log2 fc	Величина q	Log2 fc	Величина q

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Сравнение поврежденной кожи с неповрежденной		Сравнение неповрежденной кожи с нормальной
				Log2 fc	Величина q	Log2 fc	Величина q
219403_s_at	Hs.44227	Гепараназа	HPSE	4,598	4.46E-22	0,226	0,23589
204972_at	Hs.414332	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	4,098	8.57E-14	0,096	0,28896
205660_at	Hs. 118633	Типа 2 -5 -олигоаденилат синтетазы	OASL	4,030	1.34E-12	0,029	0,20341
227609_at	Hs.546467	Эпителиальное стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	4,002	1.14E-14	-0,254	0,10796
227458_at	-	-	-	3,859	9,31E-14	-0,591	0,05449
219352_at	Hs.529317	hect домен и RLD 6	HERC6	3,842	9,49E-16	-0,460	0,04810
216834_at	Hs.75256	Регулятор передачи сигнала G-белка 1	RGS1	3,809	2,47E-17	-5,269	0,00000
204533_at	Hs.632586	Лиганд хемокина (мотив C-X-C) 10	CXCL10	3,697	2,97E-12	0,338	0,13024
226702_at	Hs.7155	Гипотетический белок LOC129607	LOC129607	3,572	2,37E-16	-0,156	0,26500
242625_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	3,403	1,65E-12	-0,070	0,31309
213797_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	3,243	3,36E-10	0,004	0,36209
202086_at	Hs.517307	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1	3,235	5,28E-14	0,050	0,33453
205552_s_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, масса 40/46 кДа	OAS1	3,222	2,41E-14	0,328	0,13669
210797_s_at	Hs.l 18633	Типа 2 -5 -олигоаденилат синтетазы	OASL	3,216	1,63E-09	0,005	0,34940
204439_at	Hs.389724	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L	3,205	4,73E-13	0,120	0,30073
202411_at	Hs.532634	Интерферон альфа-индуцируемый белок 27	IFI27	3,165	4,81E-12	-0,154	0,26878
202869_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, масса 40/46 кДа	OAS1	3,150	2,47E-14	0,248	0,21403
205483_s_at	Hs.458485	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15	3,088	4,37E-13	-0,273	0,11013
209969_s_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1	2,993	7,95E-17	0,199	0,20072
22853l_at	Hs.65641	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9	2,846	5,24E-14	-0,033	0,35359
204415_at	Hs.523847	Интерферон альфа-индуцируемый белок 6	IFI6	2,769	7,23E-09	-0,045	0,29074

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Сравнение поврежденной кожи с неповрежденной		Сравнение неповрежденной кожи с нормальной
				Log2 fc	Величина q	Log2 fc	Величина q
214453_s_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	2,679	1,94E-12	0,086	0,32618
222838_at	Hs.517265	Представитель 7 семейства SLAM	SLAMF7	2,659	1,60E-16	-0,046	0,31222
219684_at	Hs.43388	Рецепторный (хемосенсорный) транспортный белок 4	RTP4	2,649	3,73E-11	0,497	0,04912
203127_s_at	Hs.435661	Сериновая пальмитоилтрансфераза, субъединица длинной цепи основания 2	SPTLC2	2,628	1,04E-20	-1,016	0,00017
205569_at	Hs.518448	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3	2,569	2,64E-09	0,293	0,22865
219691_at	Hs.65641	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9	2,559	1,30E-13	0,011	0,37349
223220_s_at	Hs.518200	Семейство поли(АДФ-рибоза)полимеразы, представитель 9	PARP9	2,553	1,08E-15	0,069	0,31416
AFFX-HUMISG	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91кДа	STAT1	2,525	1,64E-10	0,706	0,03338
212268_at	Hs.381167	Ингибитор серпиновой пептидазы, таксон B (овальбумин), представитель 1	SERPINB1	2,510	3,02E-15	-0,605	0,07749
216202_s_at	Hs.435661	Сериновая пальмитоилтрансфераза, субъединица длинной цепи основания 2	SPTLC2	2,507	1,17E-13	-0,682	0,01693
229450_at	-	-	-	2,492	1,50E-14	0,224	0,20674
208436_s_at	Hs.166120	Фактор регуляции активности интерферона 7	IRF7	2,448	6,90E-15	-0,578	0,01612
AFFX-HUMISG	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1	2,444	3,03E-10	0,516	0,05854
204747_at	Hs.47338	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3	2,424	2,15E-14	0,365	0,07219
229390_at	Hs.381220	Гипотетический белок LOC441168	RP1-93H18.5	2,400	2,59E-12	-0,369	0,11426
218400_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	2,397	3,83E-14	0,179	0,11631
235276_at	-	-	-	2,386	3,61E-15	0,057	0,32771
203153_at	Hs.20315	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1	2,351	1,17E-10	0,054	0,34454
210873_x_at	Hs.348983	Фермент-каталитический	АРОВЕС3А	2,348	1,35E-07	-0,048	0,30119

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Сравнение поврежденной кожи с неповрежденной		Сравнение неповрежденной кожи с нормальной
				Log2 fc	Величина q	Log2 fc	Величина q
		полипептид, корректирующий иРНК апопротеина B, родственный каталитический полипептид 3А
204698_at	Hs.459265	Простимулированный интерфероном ген экзонуклеазы 20 кДа	ISG20	2,337	1,50E-12	-0,644	0,05052
232666_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	2,236	4,50E-10	0,077	0,04816
222881_at	Hs.44227	Гепараназа	HPSE	2,230	3,47E-15	0,221	0,17127
205241_at	Hs-567405	SCO цитохром оксидазы недостаточный гомолог 2 (дрожжи)	SCO2	2,208	1,90E-17	-0,285	0,08517
AFFX-HUMISG	Hs.5653675	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91 кДа	STAT1	2,205	5,29E-10	0,397	0,10218
206553_at	Hs.414332	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	2,183	1,34E-09	0,043	0,14755
207387_s_at	Hs.1466	Глицеринкиназа	GK	2,160	9,38E-14	0,014	0,37488
219716_at	Hs.257352	Аполипопротеин L, 6	APOL6	2,123	3,03E-11	-0,126	0,19251
202270_at	Hs.62661	Гуанилат связывающий белок 1, интерферон-индуцируемый, 67 кДа	GBP1	2,113	4,67E-14	-0,053	0,31367

Удаление EST, гипотетических белков и дупликаций генов в результате идентификации наборами множественных зондов представлено в табл.27. Табл.27 представляет в понижающемся порядке топовые 50 генов с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей. Для генов, идентифицированных более чем одним набором зондов, приводят только набор зондов, выявленных в качестве обладающих самой высокой регуляцией.

Таблица 27
Топовых 50 ИФН I типа индуцированных генов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей у пациентов с псориазом
ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Log2 fc	Величина q (fdr)	% превалирования
219403_s_at	Hs.44227	Гепараназа	HPSE	4,60	4.46E-22	100
204972_at	Hs.414332	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 2, 69/71 кДа	OAS2	4,10	8,57E-14	96,15
205660_at	Hs.118633	Фермент, родственный 2 -5 -олигоаденилат синтетазе	OASL	4,03	1.34E-12	96,15

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Log2 fc	Величина q (fdr)	% превалирования
2276099_at	Hs.546467	Эпителиальное стромальное взаимодействие 1 (грудь)	EPSTI1	4,00	1.14E-14	92,31
219352_at	Hs.529317	hect домен и RLD 6	HERC6	3,84	9,49E-16	96,15
216834_at	Hs.75256	Регулятор передачи сигнала G-белка 1	RGS1	3,81	2,47E-17	100,00
204533_at	Hs.632586	Лиганд хемокина (мотив C-X-C) 10	CXCL10	3,70	2,97E-12	100,00
242625_at	Hs.17518	Белок 2, содержащий домен радикал S-аденозилметионин	RSAD2	3,40	1,65E-12	88,46
202086_at	Hs.517307	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 1, интерферон-индуцируемый белок p78 (мышь)	МХ1	3,24	5,28E-14	92,31
205552_s_at	Hs.524760	2 ,5 -олигоаденилат синтетаза 1, масса 40/46 кДа	OAS1	3,22	2,41E-14	96,15
204439_at	Hs.389724	Белок, подобный интерферон-индуцированному белку 44	IFI44L	3,21	4,73E-13	88,46
202411_at	Hs.532634	интерферон альфа-индуцируемый белок 27	IFI27	3,17	4,81E-12	92,31
205483_s_at	Hs.458485	ISG15 убиквитин-подобный модификатор	ISG15	3,09	4,73E-13	92,31
209969_s_at	Hs.565365	Переносчик сигнала и активатор транскрипции 1, 91кДа	STAT1	2,99	7,95E-17	96,15
228531_at	Hs.65641	Белок с доменом стерильного альфа мотива 9	SAMD9	2,85	5,42E-14	92,31
204415_at	Hs.523847	интерферон альфа-индуцируемый белок 6	IFI6	2,77	7,23E-09	84,62
214453_s_at	Hs.82316	Интерферон-индуцированный белок 44	IFI44	2,68	1,94E-12	92,31
222838_at	Hs.517265	Представитель 7 семейства SLAM	SLAMF7	2,66	1,60E-16	92,31
219684_at	Hs.43388	Рецепторный транспортный белок 4	RTP4	2,65	3,73E-11	88,46
203127_s_at	Hs.435661	Сериновая пальмитоилтрансфераза, субъединица длинной цепи основания 2	SPTLC2	2,63	1,04E-20	100,00
205569_at	Hs.518448	Лизосомально-ассоциированный мембранный белок 3	LAMP3	2,57	2,64E-09	96,15
223220_s_at	Hs.518200	Семейство поли(АДФ-рибоза) полимеразы, представитель 9	PARP9	2,55	1,08E-15	88,46

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Log2 fc	Величина q (fdr)	% превалирования
212268_at	Hs.381167	Ингибитор серпиновой пептидазы, таксон B (овальбумин), представитель 1	SERPINB1	2,51	3,02E-15	88,46
208436_s+at	Hs.166120	Фактор регуляции активности интерферона 7	IRF7	2,45	6,90E-15	96,15
204747_at	Hs.47338	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 3	IFIT3	2,42	2,15E-14	92,31
218400_at	Hs.528634	2 -5 -олигоаденилат синтетаза 3, 100 кДа	OAS3	2,40	3,83E-14	100,00
203153_at	Hs.20315	Интерферон-индуцированный белок с тетратрикопептидными повторами 1	IFIT1	2,35	1,17E-10	84,62
210873_x_at	Hs.348983	Фермент-каталитический полипептид, корректирующий иРНК апопротеина B, родственный каталитический полипептид 3A	APOBEC3A	2,35	1,35E-07	80,77
204698_at	Hs.459265	Простимулированный интерфероном ген экзонуклеазы 20 кДа	ISG20	2,34	1,50E-12	92,31
205241_at	Hs.567405	Гомолог, недостаточный по синтезу цитохром оксидазы 2 (дрожжи)	SCD2	2,21	1,90E-17	96,15
207387_s_at	Hs.1466	Глицеринкиназа	GK	2,16	9,38E-14	92,31
219716_at	Hs.257352	Аполипопротеин L, 6	APOL6	2,12	3,03E-11	92,31
202270_at	Hs.62661	Гуанилат связывающий белок 1, интерферон-индуцируемый, 67 кДа	GBP1	2,11	4,67E-14	92,31
229625_at	Hs.513726	Гуанилат-связывающий белок 5	GBP5	2,07	7,52E-10	88,46
228617_at	Hs.441975	XIAP ассоциированный фактор-1	BIRC4BP	2,05	3,41E-12	84,62
206513_at	Hs.281898	Отсутствует при меланоме 2	AIM2	2,04	2,32E-08	76,92
218943_s_at	Hs.190622	DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box полипептид 58	DDX58	2,00	1,39E-10	88,46
203148_s_at	Hs.575631	Белок 14, содержащий трехраздельный мотив	TRIM14	1,94	2,17E-17	96,15
213293_s_at	Hs.501778	Белок 22, содержащий трехраздельный мотив	TRIM22	1,89	1,36E-12	88,46
214838_at	-	SFT2 домен-содержащий белок 2	SFT2D2	1,88	5,30E-17	92,31
231769_at	Hs.464419	F-box белок 6	FBXO6	1,86	6,34E-14	88,46
227697_at	Hs.527973	Супрессор передачи сигнала цитокина 3	SOCS3	1,82	4,55E-10	88,46

ID зонда	Unigen ID	Название гена	Обозначение гена	Log2 fc	Величина q (fdr)	% превалирования
206632_s_at	Hs.226307	Фермент-каталитический полипептид, корректирующий иРНК апопротеина B, родственный каталитический полипептид 3A	APOBEC3B	1,81	9,42E-10	92,31
201649_at	Hs.425777	Убикветин-конъюгирующий фермент E2L 6	UBE2L6	1,81	2,15E-13	84,62
204702_s_at	Hs.404741	Подобный ядерному фактору (эритроидному деривату 2) 3	NFE2L3	1,80	1,71E-16	96,15
202531_at	Hs.436061	Фактор регуляции активности интерферона 1	IRF1	1,79	2,13E-13	80,77
204994_at	Hs.926	Устойчивость к миксовирусу (вирусу гриппа) 2 (мышь)	МХ2	1,75	7,99E-09	69,23
215966_x_at	'	Псевдоген глицеринкиназы 3	GKP3	1,73	3,33E-11	80,77
207655_s_at	Hs.444049	B-клеточный линкер	BLNK	1,71	2,28E-14	96,15
216598_s_at	Hs.303649	Лиганд хемокина 2 (мотив C-C)	CCL2	1,71	4,80E-07	65,38

Кратность изменений (fold changes - log2 fc) рассчитывают, основываясь на соотносительных уровнях транскрипции между парными образцами поврежденной и неповрежденной кожи. Величины q рассчитывают, основываясь на степени ложных оценок (false discovery rate - FDR). Доминирование представлено в виде процентного соотношения 26 парных образцов поврежденной и неповрежденной кожи по меньшей мере двухкратную сверхэкспрессию генов, перечисленных в таблице.

Указанные топовые 50 ИФН I типа-индуцированные гены в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи у больных псориазом сверхэкспрессируются, в среднем, больше от 3,2 раз (CCL2 и BLNK) до 24 раз (HPSE) в поврежденной коже. Кроме того, у всех генов, представленных в таблице, за исключением CCL2 и AIM2, была повышена регуляция по меньшей мере у 84% биопсийных парных образцов поврежденной/неповрежденной кожи (23 из 26 пар) от пациентов с псориазом. Такая сильная повышенная регуляция крупной панели ИФН I типа генов в образцах поврежденной кожи относительно образцов неповрежденной кожи больных псориазом предоставляют весомый довод для их применения в качестве ФД маркеров.

Выше вкратце было указано, что повышенную регуляцию тип-I интерферон-индуцируемых генов устойчиво наблюдают у пациентов с псориазом. Табл.28 представляет стандартное и среднее кратное изменение топовых 25 с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа наборов зондов для каждой пары образцов поврежденной/неповрежденной кожи. Топовые 25 с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа наборов зондов постоянно наблюдают при выявлении повышенной генной экспрессии в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи каждого отдельного больного псориазом.

Таблица 28
Стандартные и средние кратные величины изменения топовых 25 с наибольшей повышенной регуляцией ИФН I типа-индуцируемых генов в 26 парах поврежденной кожи по сравнению с поврежденной кожей
ID зонда	UniGene ID	Обозначение гена	Номера пар
			1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26
219403_s_at	Hs.44227	HPSE	67,78	24,31	35,28	27,94	37,31	28,56	236,24	128,77	10,29	7,12	19,62	25,78	30,21	24,01	56,80	10,70	35,20	11,42	5,86	12,73	25,78	30,81	32.26	24,58	48,50	105,13
204972_at	Hs.414332	OAS2	12,60	21,22	1,19	2,44	49,33	48,03	33,22	43,96	13,92	71,36	28,17	4,04	24,63	79,34	15,84	96,99	10,27	30,28	9,26	30,11	16,38	24,27	60,43	25,32	132,09	9,07
205660_at	Hs.118633	OASL	7,19	13,48	4,51	9,03	62,19	50,23	31,12	54,05	9,72	9,94	1,10	2,31	24,75	44,70	11,91	45,98	17,46	14,66	33,60	17,27	84,97	24,22	92,12	46,44	54,96	39,66
2276099_at	Hs.546467	EPSTI1	11,25	20,34	-1,43	1,38	57,01	32,14	14,40	23,42	10,53	55,80	32,87	8,86	59,54	47,71	33,84	78,12	14,34	25,86	33,41	12,06	19,24	17,86	28,12	22,43	78,03	10,90
227458_at	-	-	16,69	10,94	19,35	3,11	54,31	23,30	30,76	10,59	3,25	40,43	41,37	6,70	26,83	23,19	37,88	70,78	75,98	19,04	26,19	49,50	5,43	24,89	24,13	11,45	26,05	9,87
219352_at	Hs.529317	HERC6	7,86	15,70	2,38	1,46	49,25	51:01	11,64	19,63	20,95	21,72	15,84	5,82	10,58	23,06	30,42	113,47	11,03	26,94	9,90	16,46	19,06	33,32	27,98	19,08	26,56	8,66
216834_at	Hs.75256	PGS1	27,92	8,50	17,90	6,81	58,42	16,25	4,97	20,52	10,02	24,32	19,50	9,91	94,41	14,83	23,00	15,64	13,95	31,90	100,03	8,02	2,44	13,49	15,83	22,64	29,15	14,83
204533_at	Hs.632586	CXCL10	3,92	3,01	8,72	3,91	249,60	13,12	13,37	15,14	4,75	69,86	56,31	22,30	12,75	8,30	16,61	28,11	12,95	30,79	66,10	17,72	11,89	12,12	41,27	10,90	30,14	5,86
226702_at	Hs.7155	LOC129607	3,59	5,77	3,10	1,27	60,00	12,76	14,72	22,00	9,53	58,99	27,55	2,99	5,99	39,75	25,66	225,99	19,79	30,96	4,88	45,30	14,42	7,91	32,87	14,50	19,85	3,13
242625_at	Hs.17518	RSAD2	4,57	6,19	1,79	1,24	66,13	51,91	19,28	23,36	4,02	32,04	8,80	1,76	5,64	16,36	15,97	94,85	9,47	14,58	4,64	33,67	16,26	10,67	68,96	20,21	40,57	5,99
213797_at	Hs.17518	RSAD2	8,33	7,37	1,16	1,00	78,64	33,08	11,98	25,13	1,86	21,73	8,43	2,73	3,23	31,91	12,04	49,52	8,11	12,61	11,92	24,02	25,00	10,04	75,04	17,36	28,33	6,29
202086_at	Hs.517307	MX1	5,03	9,17	1,25	1,08	20,97	39,08	14,63	23,54	11,33	18,56	11,71	3,08	8,93	20,03	8,68	86,72	11,04	19,60	7,24	4,00	12,05	10,63	28,80	11,08	27,74	5,68
205552_s_at	Hs.524760	OAS1	5,93	11,05	1,19	2,76	21,03	29,00	11,76	27,37	7,71	19,23	20,14	3,49	2,82	37,85	21,91	39,43	6,13	24,10	5,86	2,63	4,18	13,46	21,42	9,30	32,15	16,09
210797_s_at	Hs.118633	OASL	2,04	6,90	1,32	1,34	45,94	31,06	16,86	66,61	9,25	1,69	1,73	1,20	19,00	23,73	1,62	43,88	11,71	10,30	26,36	2,27	78,51	15,88	65,78	33,47	35,32	18,92
204439_at	Hs.389724	IFI44L	4,52	6,71	-3,59	-1,06	14,49	58,16	9,25	32,21	6,68	37,49	31,82	3,96	19,43	16,66	23,81	253,56	6,81	20,34	3,18	17,90	12,16	7,60	18,42	4,52	25,93	1,12
202411_at	Hs.532634	IFI27	10,97	15,52	1,94	2,66	12,02	38,87	14,83	27,63	17,02	17,22	17,69	5,81	9,36	26.00	15,85	38,94	2,01	30,69	4,59	-4,73	3,46	10,59	22,17	7,00	50,18	7,37
202S69_at	Hs.524760	OAS1	5,34	7,99	2,04	2,09	16,23	32,48	13,29	30,47	12,75	49,00	10,15	5,52	2,31	18,94	19,52	36,57	4,58	16,19	4,81	8,96	4,73	11,05	11,67	7,13	18,20	7,39
205483_s_at	Hs.458485	ISG15	5,64	4,37	1,65	1,10	19,82	40,24	8,30	13,89	7,00	12,18	14,49	4,47	6,78	19,24	10,65	57,01	3,67	12,65	2,96	2,57	11,30	5,71	34,41	18,06	30,48	5,07
209969_s_at	Hs.565365	STAT1	6,14	6,12	285	2,00	38,39	16,50	10,35	7,10	12,90	17,32	12,41	3,77	14,31	7,49	25,00	18,73	5,45	9,63	9,18	17,30	7,10	9,27	11,03	10,91	12,91	4,37
228531_at	Hs.65641	SAMD9	5,07	5,24	2,52	1,79	12,56	12,67	5,76	15,63	9,88	12,94	20,85	1,97	4,70	24,24	15,22	20,12	10,49	10,39	5,60	14,30	6,80	6,38	16,24	12,46	13,49	6,75
204415_at	Hs.523847	IFI6	1,62	6,53	-2,01	1,00	13,90	25,74	5,59	16,88	4,66	11,65	6,45	3,30	5,43	30,76	3,29	38,93	4,08	20,01	2,08	1,00	49,45	16,05	58,43	17,95	52,57	6,86
214453_s_at	Hs.82316	IFI44	2,60	6,23	-2,89	1,22	14,76	10,55	4,43	9,99	2,67	12,32	25,67	3,66	8,26	18,22	2,57	61,65	6,49	20,83	8,32	10,76	4,93	5,66	13,27	8,02	26,71	2,03
222838_at	Hs.517265	SLAMF7	5,26	7,36	1,70	1,97	10,55	8,75	5,56	9,97	6,78	10,62	15,91	5,44	19,09	5,39	14,93	6,86	10,10	8,89	15,42	7,99	4,69	5,06	5,92	5,61	11,22	9,01
219684_at	Hs.43388	RTP4	3,11	13,02	-3,07	-1,11	13,95	18,00	6,50	10,09	3,48	30,25	23,69	8,83	6,66	16,47	10,87	18,65	3,40	17,36	5,96	1,92	5,90	8,90	4,55	4,92	28.75	3,91
203127_s_at	Hs.435661	SPTLC2	6,06	5,07	4,11	3,50	8,18	5,50	11,49	8,25	2,73	4,53	6,24	5,57	5,61	11,38	8,26	7,73	10,92	7,32	4,82	3,64	9,24	5,35	9,32	13,11	11,00	12,89
Стандартное кратное изменение			0,04	9,92	4,12	3,20	43,40	29,08	22,41	27,45	8,55	26,73	19,14	6,13	17,25	25,18	18,49	63,16	13,02	19,09	16,49	14,30	18,21	13,65	32,82	15,94	35,61	13,07
Среднее кратное изменение			5,93	7,37	1,79	1,79	37,31	29,00	11,98	22,00	9,25	19,23	17,69	4,04	9,36	23,06	15,85	43,88	10,27	19,04	7,24	12,06	11,89	10,67	27,98	13,11	28,75	7,37

Фиг.32 представляет график распределения стандартных и средних кратных изменений среди разных пар поврежденной и неповрежденной кожи. Распространенная и однородная повышенная регуляция большинства сверхэкспрессированных ИФН I типа генов в поврежденной коже больных псориазом подтверждает их применение в качестве ФД маркеров.

Семнадцать наборов зондов также были отмечены в качестве недостаточно экспрессированных в поврежденной коже и также их регуляция была понижена под действием ИФН / в исследованиях по стимуляции ex vivo, описанных в примере 10. К этим генам относятся гены CYP1B1, TGST1, RRAGD, IRS2, MGST1, TGFBR3 и RGS2.

Пример 12. Экспрессия ИФН I типа генов существенно не изменена в нормальной коже по сравнению с неповрежденной кожей больных псориазом.

Хотя массив данных, полученных в примере 11, показывает сверхэкспрессию различных генов, индуцируемых ИФН I типа в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей, выявляют только 5 наборов зондов, сверхэкспрессированных в неповрежденной коже по сравнению с нормальной контрольной кожей. Величина p точного критерия Фишера (двухнаправленный t-тест) составляет 0,581, что подтверждает, что сверхэкспрессия ИФН I типа генов не является статистически значимой в неповрежденной коже больных псориазом относительно здоровой кожи.

В табл.26 (пример 11) показано, что большинство генов, выявленных в качестве 50 топовых ИФН I типа-индуцированных генов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей, сопоставимо экспрессируются в неповрежденной коже относительно нормальной контрольной кожи (несколько генов, например, RGS1 и SPTLC2, обладают пониженной регуляцией в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей). Фиг.33 представляет графически относительную экспрессию трех генов, индуцируемых ИФН I типа (HPSE, OASL и HERC6; индуцированы в качестве топовых 50 ИФН I типа-индуцированных наборов зондов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей), и 1 ген, не относящийся к ИФН I типа-индуцируемому гену (SERPINB4), и в (а) поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей, и (б) в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей. Сверхэкспрессия генов HPSE, OASL и HERC6 в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей статистически значима (что доказывает очень малая величина p) и крупномасштабна (стандартная сверхэкспрессия имеет кратность 12-250). Сверхэкспрессия гена SERPINB4 в неповрежденной коже примерно в 3-4 раза больше по сравнению с нормальной кожей, но больше примерно в 200 раз в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей.

Анализ образцов нормальной здоровой, поврежденной при псориазе и неповрежденной при псориазе кожи с применением 164 наборов зондов, идентифицированных в примере 11 в качестве ИФН I типа индуцируемых, показывает скопление образцов поврежденной при псориазе кожи и скопление образцов неповрежденной при псориазе кожи и нормальной здоровой кожи. Фиг.34а представляет heatmap неконтролируемого иерархического скопления всех поврежденных, неповрежденных и нормальных образцов кожи, профилированных с применением 164 ИФН I типа-индуцируемых наборов зондов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей у пациентов с псориазом. Показано, что почти все (кроме трех) образцы поврежденной кожи кластерированы вместе, а также примерно все образцы неповрежденной и нормальной кожи кластерированы вместе. Фиг.34б представляет план АГК образцов кожи, используя те же 164 с повышенной регуляцией ИФН I типа-индуцируемые наборы зондов. Кроме того, нормальные образцы кожи и неповрежденные образцы кожи преимущественно кластерированы вместе, показывая сходные уровни экспрессии 164 генов. Кроме того, большинство образцов поврежденной кожи отделено от образцов нормальной и неповрежденной кожи, свидетельствуя, что образцы поврежденной кожи проявляют отличительную сверхэкспрессию ИФН I типа-индуцируемых генов, которые были отделяемы от уровней генной экспрессии нормальных и неповрежденных образцов кожи.

Указанные наблюдения дополнительно подтверждают анализом метаболического пути гена. Анализ GeneGo показывает, что возможность изменения в ИФН / сигнальном метаболическом пути неповрежденной кожи больных псориазом относительно нормальной кожи имеет величину p, близкую к 1. Отличительное разделение образцов поврежденной кожи от образцов неповрежденной кожи и образцов нормальной кожи наблюдают даже в том случае, если кластерирование образцов основано на профиле транскрипции целой последовательности генома. См. фиг.47.

Пример 13. Подтверждение повышенной регуляции ИФН I типа-индуцируемого гена в поврежденной коже больных псориазом методами taqMan-based

Динамическую совокупность BioMark 48,48 (метод, основанный на taqMan) фирмы Fluidigm используют для подтверждения результатов исследований чипов генома человека Affymetrix GeneChip^® human genome U133 plus v2.0, результаты показывают, что повышена регуляция генов ИФН I типа в поврежденной коже при псориазе относительно неповрежденной кожи при псориазе или нормальных образцов кожи.

Восемнадцать пар поврежденных и неповрежденных образцов кожи от 18 пациентов, больных псориазом, используют для анализа генной экспрессии. Двадцать девять из числа указанных генов являются ИФН I типа индуцируемыми генами, хотя 11 генов были с высоко повышенной регуляцией в поврежденной коже, но они не являются ИФН-индуцируемыми генами, например, S100A9, S100A12, SERPINGB4 и KLK13. Каждый ген отбирают, основываясь на преобладании и существенной сверхэкспрессии в поврежденной коже. Сверхэкспрессию всех генов в поврежденной коже подтверждают методом taqMan КРВ-ПЦР, большинство этих генов показывает очень хорошую корреляцию между микроматрицей и taqMan анализами. Фиг.35 показывает taqMan данные по сверхэкспрессии каждого из десяти (OAS2, OASL, EPSTI1, МХ1, IFI44L, IFI44, HERC6, HPSE, ISG15 и STAT1) ИФН I типа-индуцируемых генов в поврежденной коже в 18 парных образцах поврежденной/неповрежденной кожи.

В целом, результаты анализа на основе taqMan и анализа матрицы Affymetrix хорошо коррелируют, подтверждая, что гены, выбраны в качестве сверхэкспрессированных ИФН I типа-индуцированных генов в поврежденной коже больных псориазом. Распределение коэффициентов корреляции между анализом на основе taqMan и анализом матрицы Affymetrix для 40 сверхэкспрессированных генов представлены на фиг.36а. У девятнадцати сверхэкспрессированных генов коэффициенты корреляции превышают 0,85, подтверждая корреляцию между микроматрицей и анализом, основанном на taqMan. Другие 17 генов обладают высокими коэффициентами корреляции между микроматрицей и анализом, основанном на taqMan, равными 0,5-0,85. Фиг.36б показывает распределение коэффициентов корреляции между анализом на основе taqMan и анализом матрицы Affymetrix для 29 ИФН I типа-индуцированных генов 18 пациентов с псориазом. Кроме того, многие из генов обладают высокими коэффициентами корреляции, превышающими величину 0,90. Наряду с другими к этим генам относятся гены IFI27, CXCL10, ISG15 и МХ1.

Фиг.37а-37г и 38 показывают детальные данные по генной экспрессии, полученные из исследований на основе микрочипов и taqMan для нескольких ИФН I типа-индуцируемых генов в парных образцах поврежденной/неповрежденной кожи. Эти данные доказывают, что сходные уровни сверхэкспрессии ИФН I типа-индуцированных генов в поврежденной коже больных псориазом выявляют между иследованиями методом на основе taqMan и методом с применением микрочипов и, следовательно, высокие коэффициенты корреляции, обсуждавшиеся выше. Фиг.37а и 37б показывают сходную сверхэкспрессию ISG15 в каждом из 18 парных образцов кожи с повреждениями/без повреждений по определению методом на основе taqMan (37а) и с применением микрочипов (37б). Фиг.37в и 37г показывают сверхэкспрессию МХ1 в каждом из 18 парных образцов кожи с повреждением/без повреждения по определению методом taqMan (37в) и с применением микрочипов (37г). Коэффициент корреляции между методом на основе taqMan и методом с применением микрочипов составляет 0,9735 для ISG15 и 0,9836 для МХ1. Фиг.38 показывает измерение близкой сверхэкспрессии ИФН I типа-индуцируемых генов IFI27 и CXCL10 методом на основе taqMan и методом с применением микрочипов в каждой из 18 пар образцов поврежденной/неповрежденной кожи.

Коэффициент корреляции между результатами, полученными методом на основе taqMan и методом с применением микрочипов, для IFI27 и CXCL10 составляет 0,9456 и 0,9455, соответственно.

Пример 14. ИФН антитело нейтрализует генную экспрессию, индуцированную ИФН I типа, в ex vivo простимулированных кератиноцитах здоровых добровольцев.

Выделяют кератиноциты здоровых добровольцев и стимулируют ех vivo возрастающими дозами ИФН 2а и лейкоцитарного ИФН для индукции варианта возрастающей ИФН I типа -индуцированной генной экспрессии. Анти-ИФН антитело может нейтрализовать вариант ИФН I типа -индуцированной генной экспрессии доза-зависимым образом.

Нормальные кератиноциты человека (EpiDerm system, MatTek, Inc.) выращивают в условиях без сыворотки по инструкциям производителя. Вкратце, кератиноциты поддерживают на вставках культуры ткани на поверхности воздуха-жидкости для поддержания многослойного полностью дифференцированного эпителиального фенотипа. Кератиноциты стимулируют лейкоцитарным ИФН человека (15-150 МЕд/мл, фирма PBL Biomedical Labs) и ИФН 2а человека (15-350 МЕд/мл, фирма PBL Biomedical Labs). В некоторые лунки добавляют гуманизированное анти-человеческий ИФН моноклональное антитело (0,01-100 мкг/мл; продукт MEDI-545, фирма MedImmune, Inc) или изотипическое подобранное контрольное антитело несоответствующей специфичности (продукт R347, фирма MedImmune, Inc) одновременно со стимулирующим воздействием цитокина. Эпидермальные культуры собирают через 2, 4 или 18 ч после обработки для анализа транскрипции. Экспрессию генов, индуцированную ИФН I типа, измеряют, используя BioMark 48.48 dynamic array.

Регуляцию экспрессии большинства ИФН I типа-индуцированных генов повышают в ИФН 2а- и лейкоцитарный интерферон-стимулированных кератиноцитах доза-зависимым образом. Такая повышенная регуляция ИФН I типа-индуцированных генов, или ИФН 2а, или лейкоцитарным интерфероном, подобным образом ингибируется доза-зависимым образом с помощью ИФН моноклональным антителом (MEDI-545). Контрольное антитело R347 не имеет существенного воздействия на нейтрализацию ИФН I типа-индуцированных генов.

Доза-зависимая нейтрализация трех генов, индуцированных ИФН I типа (ISG15, USP18 и IFIT2), антителом MEDI-545 в кератиноцитах, простимулированных ИФН 2а или лейкоцитарным ИФН, представлена на фиг.39. Фиг.39 (а), (в) и (д) показывают, что MEDI-545 нейтрализует сверхэкспрессию генов ISG15, USP18 и IFIT2, индуцируемых ИФН I типа, соответственно, в кератиноцитах, простимулированных 350 МЕд/мл ИФН 2а. Каждый из этих генов нейтрализован на 100% с помощью MEDI-545. Фиг.39 (б), (г) и (е) показывает, что MEDI-545 нейтрализует сверхэкспрессию генов ISG15, USP18 и IFIT2, индуцированных ИФН I типа соответственно, в кератиноцитах, простимулированных с помощью 150 МЕд./мл лейкоцитарного ИФН. Нейтрализация этих генов с помощью MEDI-545 составляет 70-100%, что неудивительно, поскольку which лейкоцитарный ИФН содержит и ИФН , и ИФН . MEDI-545 эффективно нейтрализует большинство подтипов ИФН , но не ИФН . Эти данные по нейтрализации представляют дополнительное доказательство того, что ИФН I типа-индуцируемые гены в цельной крови и кератиноцитах, простимулированных ex vivo (пример 10), являются ИФН I типа-индуцированными генами. Они также подтверждают повышенную регуляцию экспрессии указанных генов в поврежденной псориазом коже относительно неповрежденной кожи из-за индукции ИФН I типа.

Пример 15. Повышена регуляция различных ИФН I типа подтипов в поврежденной коже у пациентов, больных псориазом.

Для идентификации подтипов ИФН I типа, ответственных за индукцию подписи ИФН I типа в повреждениях кожи у пациентов с псориазом, измеряют уровни иРНК генов ИФН I типа в псориатических повреждениях кожи.

Анализ генной экспрессии проводят, используя a TaqMan Low Density Array (TLDA) фирмы Applied Biosystems. Экспрессию 23 генов, включая подтипы 1, 2, 5, 6, 7, 8, 14, 17 и 21 ИФН I типа; интерфероны - I типа ИФН , к и ; ИФН ; ИФН рецепторы ИФНAR1 и ИФНAR2; ИФН рецепторы ИФНGR1 и ИФНGR2; ИФН I типа индуцируемые гены RSAD2, OAS3, IFI44, МХ1 и CXCL10; и ФНО подвергают мониторингу и сравнивают в парах поврежденной и неповрежденной кожи 18 пациентов с псориазом.

Двухнитевую кДНК образца каждого пациента предварительно амплифицируют, используя набор TaqMan PreAmp Master Mix kit (фирма Applied Biosystems). Предварительно амплифицированную в 10 циклах ПЦР кДНК в образце каждого пациента, используя объединенный раствор праймеров, пару для каждого гена анализируют на матрице. Предварительно амплифицированную кДНК разводят 1:5 в ТЕ. 50 мкл разбавленной предварительно амплифицированной кДНК добавляют к 50 мкл 2х смеси TaqMan Universal PCR Master Mix (фирма Applied Biosystems) и перемешивают. Матрицу нагружают смесью с помощью стандартных процедур, и загруженную матрицу исследуют в системе быстрой ПЦР реального времени 7900НТ (фирма Applied Biosystems). Анализ данных получаемых величин Ct проводят с программным обеспечением SDSv2.2.2 (фирма Applied Biosystems).

Фиг.40а показывает относительную сверхэкспрессию иРНК девяти подтипов ИФН в поврежденной коже по сравнению либо с неповрежденной кожей, либо с нормальной кожей. За исключением ИФН 5 (регуляция повышена примерно в 4,6 раз; средняя кратность изменения, p<0,001), ни у одного из подтипов ИФН не был существенно изменен уровень иРНК в неповрежденной коже по сравнению с тем же показателем в нормальной коже (p<0,05). Однако повышена регуляция всех подтипов ИФН на уровне иРНК в поврежденной коже по сравнению с иРНК в нормальной коже (или неповрежденной коже) при статистически значимой сверхэкспрессии ИФН 1, ИФН 5, ИФН 8, ИФН 14, ИФН 17, ИФН 21 (p<0,05). Фиг.40б показывает сверхэкспрессию других представителей ИФН I типа семейства, ИФН , -к и - иРНК в поврежденной коже по сравнению либо с неповрежденной кожей, либо с нормальной кожей. Изменения иРНК ИФН и ИФН в неповрежденной коже являются несущественными. Однако повышенная регуляция указанных иРНК существенна в поврежденной коже по сравнению с нормальной кожей (величины p 0,022 и 0,049 соответственно). Повышена регуляция ИФНк иРНК примерно в 1,6 раза (среднее кратное изменение, p=0,03) в неповрежденной коже, причем регуляция резко повышается в 62,6 раза (среднее кратное изменение) в поврежденной коже по сравнению с нормальной кожей (p<0,001). Кроме того, рецепторы для ИФН I типа, ИФНAR1 и ИФНAR2 также существенно сверхэкспрессируются в поврежденной коже пациентов с псориазом на уровне транскрипции (величины p<0,001; фиг.40в). Хотя повышенная регуляция ИФНAR2 существенна в неповрежденной коже, для ИФНAR1 это не так (фиг.40в). В совокупности представленные данные убедительно доказывают, что уровни иРНК представителей семейства ИФН I типа сопоставимы между неповрежденной кожей и здоровой нормальной кожей (за исключением ИФН 5 и ИФНк) и однородно сверхэкспрессированы в поврежденной коже больных псориазом.

Табл.29 перечисляет коэффициенты корреляции сверхэкспрессии молекул иРНК представителя ИФН I типа семейства (ИФН I типа подтипы 1, 2, 5, 6, 7, 8, 14, 17 и 21; и ИФН , ИФНк и ИФН ) в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей больных псориазом. Из 12 измеренных представителей семейства ИФН I типа сверхэкспрессия ИФН 1, 2, 8 и 14 в поврежденной коже коррелирует наиболее согласованно со сверхэкспрессией других представителей семейства ИФН I типа за исключением ИФН 5, который показывает самую слабую корреляцию с другими представителями семейства ИФН I типа.

Табл.29
Коэффициент корреляции сверхэкспрессии представителей семейства ИФН I типа в кожных язвах у пациентов с псориазом
	ИФНА1	ИФНА2	ИФНА5	ИФНА6	ИФНА7	ИФНА8	ИФНА14	ИФНА17	ИФНА21	ИФНВ1	ИФНK	ИФНW1
ИФНА1	1
ИФНА2	0,66	1
ИФНА5	0,11	0,20	1
ИФНА6	0,45	0,47	-0,01	1
ИФНА7	0,77	0,79	0,09	0,68	1
ИФНА8	0,64	0,99	0,19	0,49	0,84	1
ИФНА14	0,84	0,94	0,28	0,44	0,72	0,94	1
ИФНА17	1,00	0,96	0,15	0,07	0,77	0,97	0,94	1
ИФНА21	0,71	0,49	0,50	0,42	0,81	0,49	0,61	0,75	1
ИФНВ1	0,54	0,86	0,28	0,33	0,69	0,96	0,80	0,93	0,54	1
ИФНK	0,78	0,73	0,09	0,59	0,27	0,73	0,77	0,03	0,22	0,54	1
ИФНW1	0,73	0,72	0,44	0,22	0,75	0,70	0,77	0,93	0,90	0,73	0,26	1

Пример 16. Совместная сверхэкспрессия ИФН I типа, тип-II ИФН и ФНО и их генные подписи в поврежденной коже или у пациентов с псориазом

Участие ИФН и ФНО иРНК сигнальных метаболических путей также оценивают в парных образцах поврежденной/неповрежденной кожи больных псориазом и здоровых людей. Выше в примере 15 обсуждали, что TLDA фирмы Applied Biosciences используют для измерения ИФН , ИФНRG1, ИФНGR2 и ФНО иРНК в поврежденной и неповрежденной коже больных псориазом и в нормальной коже здоровых людей.

В отличие от наблюдений уровней экспрессии ИФН I типа иРНК, ИФН , уровни ИФНGR1, ИФНGR2 и ФНО иРНК существенно сверхэкспрессируются в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей здоровых людей (фиг.41; величины p 0,02, <0,001, <0,001 и <0,001 соответственно). Повышена регуляция ФНО иРНК примерно в 5,7 раза, а регуляция молекул иРНК ИФН , ИФНGR1 и ИФНGR2 повышена примерно в 1,5, 2,2 и 2,8 раз по сравнению с регуляцией в нормальной коже (средняя кратность изменения; фиг.41). Однако, подобно интерферонам первого типа (ИФН I типа), повышена регуляция указанных генов в поврежденной коже по сравнению с либо неповрежденной кожей (величины p 0,04, 0,01, 0,001 и 0,007 соответственно), либо с нормальной кожей (величины p<0,001 для всех указанных генов; фиг.41). У молекул иРНК ФНО , ИФН , ИФНGR1 и ИФНGR2 повышена регуляция примерно в 33,5, 116,7, 11,6 и 8,4 раза в поврежденной коже по сравнению с указанным показателем в нормальной коже. Такие наблюдения свидетельствуют, что варианты экспрессии иРНК для ИФН и ФНО отличаются от вариантов экспрессии представителей семейства ИФН I типа, которые соизмеримы у здоровой и неповрежденной кожи (за исключением ИФН 5 и ИФНк), о регуляция которых повышена в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей у пациентов, больных псориазом.

Пример 17. Идентификация генов, индуцированных тип-II ИФН и ФНО , в простимулированной ex vivo цельной крови, которые индуцируются в кожных повреждениях у больных псориазом

Подобно описанию в примере 10 цельную кровь здоровых доноров стимулируют ех vivo панелью подтипов ИФН , а также ИФН , ИФН и ФНО . Стимулирование цельной крови ех vivo с помощью ИФН или ФНО выявляют наборы зондов, связанных с потенциальными ИФН - или ФНО -индуцируемыми генами. Наборы трехсот четырех зондов идентифицируют на основании по меньшей мере 2-кратного повышения регуляции под действием ИФН четыре часа после стимуляции. Наборы двухсот тридцати четырех зондов идентифицируют на основании по меньшей мере 2-кратного повышения регуляции под действием ФНО и два часа, и четыре часа после стимуляции.

Наборы зондов, выявленные ex vivo в качестве связанных с индукцией ИФН или ФНО , сравнивают с общим набором 1408 зондов (пример 11), для которых была установлена повышенная регуляция в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи больных псориазом. С помощью указанного метода наборы 106 и 35 зондов, включаемых в общее число 1408 зондов повышенной регуляции в поврежденной коже, выявляют в качестве ИФН - или ФНО -индуцируемых, соответственно (фиг.42). Наборы 106 зондов, выявленных в качестве индуцированных ИФН , показаны на фиг.49. Наборы 35 зондов, выявленных в качестве индуцированных ФНО , показаны на фиг.50. Наборы 164 зондов, показанных на фиг.42 в качестве выявленных ИФН I типа-индицированных, показаны на фиг.51. Точный тест Фишера показывает, что обе величины p (односторонний критерий - t-тест) сверхэкспрессии ИФН или ФНО индуцируемых генов в поврежденной коже меньше 0,0001. Сверхэкспрессия ИФН и ФНО индуцируемых генов является существенной.

Также используя перечень наборов зондов, о которых стало известно в исследованиях ех vivo, что они индуцируются ИФН I типа, ИФН и ФНО , устанавливают, что ИФН I типа-, ИФН - и ФНО -индуцируемые гены, регуляция которых повышена по меньшей мере в 2 раза в каждом из образцов поврежденной кожи относительно образцов неповрежденной кожи. Фиг.43 показывает число ИФН I типа-, ИФН - и ФНО -индуцируемых генов с повышенной регуляцией в каждом из 26 парных образцов поврежденной и неповрежденной кожи. Повышенное число ИФН I типа-индуцируемых генов с повышенной регуляцией в определенном биопсийном образце поврежденной кожи обычно приводит к повышению сверхэкспрессии большего числа ИФН - и ФНО -индуцируемых генов в одном и том же биопсийном образце поврежденной кожи. Это наблюдение подтверждается строгой корреляцией в совместной активации этих трех наборов генов с коэффициентами корреляции 0,9811, 0,9179 и 0,9372, используя двухсторонний парный критерий - t-тест, для сравнения повышенной регуляции ИФН I типа- и ИФН -, ИФН I типа- и ФНО -, и ИФН - и ФНО -индуцируемых генов в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей (фиг.43а).

Сходный анализ проводят для генов с пониженной регуляцией в поврежденной коже по сравнению с неповрежденной кожей больных псориазом (фиг.42). Из общего числа 1465 зондов, регуляция которых понижена в поврежденной коже относительно неповрежденной кожи, только 17, 5 и 5 индуцируются ИФН I типа, ИФН и ФНО . Хотя установлено, что повышена регуляция молекул ИФН и ФНО иРНК в коже без повреждений у пациентов, больных псориазом, при сравнении с нормальной кожей здоровых людей, ИФН -и ФНО -индуцируемые гены не проявляют существенной сверхэкспрессии в неповрежденной коже (фиг.42). Отсутствие генетических подписей ИФН I типа, ИФН и ФНО -индуцируемых генов в неповрежденной коже по сравнению с нормальной кожей, даже если молекулы иРНК ИФН и ФНО сверхэкспрессируются в неповрежденной коже, означают, что и ИФН , и ФНО белки не были образованы в неповрежденной коже, или другие сигнальные молекулы могут оказывать подавляющий эффект на метаболические пути ИФН и ФНО в неповрежденной коже пациентов, больных псориазом.

Пример 18. Иммуногистохимический анализ биопсийных образцов поврежденной кожи больных псориазом, неповрежденной кожи больных псориазом и кожи здоровых доноров показывает повышенные белковые уровни генов, индуцированных ИФН I типа.

Чтобы установить, приводит ли высокая сверхэкспрессия ИФН I типа-индуцируемых генов в пораженной псориазом коже к сходным изменениям в экспрессии белков, иммуногистохимические анализы проводят для оценки наличия белков STAT1 и ISG15 в коже. Кроме того, анализ клеточных инфильтратов (pDC, mDC и CD4-положительных клеток) выполняют для сравнения числа типов ИФН-продуцируемых клеток и воспалительных клеток в биопсийных образцах поврежденной кожи по сравнению с неповрежденной и здоровой кожей.

Мгновенно замороженные биопсийные образцы поврежденной при псориазе, неповрежденной при псориазе и нормальной кожи делят на две части. Половину каждого образца погружают в О.С.Т., нарезают на части размером 5 мкм, помещают на «плюс» стекла и фиксируют в холодном ацетоне. Нарезанные образцы инкубируют с первичными антителами (специфичными в отношении BDCA2, CD83, CD4, STAT1 и ISG15) в течение 4 ч и промывают ФСБ. Срезы затем инкубируют с полимером, меченным пероксидазой, конъюгированным с козьим анти-мышиным иммуноглобулиновым антителом (система Envision+; фирма Dakocytomation, Carpenteria, Калифорния) в течение 30 мин и промывают Трис-буферным физиологическим буфером, pH 7,2. Выявление проводят с применением 3,3 -диаминобензидинтетрагидрохлоридом (препаратом DAB+; фирма DakoCytomation) в качестве хромогена. Срезы промывают dH ₂O, заново окрашивают гематоксилином, обезвоживают и накрывают покровным стеклом.

У всех пациентов с псориазом, у которых можно оценить пары образцов поврежденной/неповрежденной кожи, поврежденная кожа содержит повышенное количество клеточных инфильтратов pDC и/или mDC, повышенное число CD4+ клеток, а также белки STAT-1 и ISG15 со значительным повышением регуляции в эпидермисе и собственно коже (дерме) по сравнению с неповрежденными биопсийными образцами. Напротив, биопсийные образцы кожи от здоровых доноров не содержат ощутимого количества pDC, mDC или не показывают окрашивания для STAT-1 и ISG15. См. фиг.44, например, иммуногистохимические срезы.

Пример 19. Иммуногистохимический анализ и анализ генной экспрессии биопсийных образцов из кожных повреждений пациентов с СКВ показывают пониженную экспрессию генов, индуцированных ИФН I типа, на уровне белков и транскриптов после лечения продуктом MEDI-545

Чтобы определить, могут ли транскрипты топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых генов в кожных повреждениях пациента с СКВ быть нейтрализованы с помощью MEDI-545, были исследованы биопсийные образцы от пациентов после обработки MEDI-545 в количестве 10 мг/кг. Heatmap нейтрализации топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых генов в повреждениях кожи на 0 и 14 сутки после лечения приводятся на фиг.58(а). Все из топовых 25 генов нейтрализуют через 14 суток после введения MEDI-545. Диаграмма АГК целевого модулирования, основанного на указанных топовых 25 ИФН I типа-индуцируемых генах, показана на фиг.58(б). Диаграмма АГК показывает прогрессирование пациента с СКВ, подвергнутого лечению, от состояния, прямо противоположного состоянию нормальных здоровых доноров перед введением антитела MEDI-545, до состояния, близкого к состоянию здоровых доноров через 14 суток после введения MEDI-545.

Для определения, могут ли уровни некоторых белков, экспрессированных с указанных высоко сверхэкспрессируемых 1 ИФН I типа-индуцируемых генов, также понижаться за счет лечения продуктом MEDI-545 в количестве 10 мг/кг, иммуногистохимические анализы проводят для выявления HERC5, ISG15 и белка IP10 в кожных повреждениях больных СКВ, подвергавшихся лечению MEDI-545 и плацебо. Кроме того, анализ клеточных инфильтратов (pDC, mDC и CD4-положительных клеток) проводят для сравнения ряда типов ИФН-продуцирующих клеток и воспалительных клеток в биопсийных образцах кожных повреждений больных СКВ при лечении MEDI-545 и в контрольных образцах от людей, обработанных плацебо.

Мгновенно замороженные биопсийные образцы поврежденной кожи больных СКВ, подвергшихся лечению антителом MEDI-545, и больных СКВ, подвергшихся обработке плацебо, делят пополам. Половину каждого образца погружают в О.С.Т., разрезают на слои толщиной 5 мкм, помещают на «плюс» стекла и фиксируют в холодном ацетоне. Нарезанные образцы инкубируют с первичными антителами (специфичными в отношении BDCA2, CD83, CD4, STAT1 и ISG15) в течение 4 ч и промывают ФСБ. Срезы затем инкубируют с полимером, меченным пероксидазой, конъюгированным с козьим антимышиным иммуноглобулиновым антителом (система Envision+; фирма Dakocytomation, Carpenteria, Калифорния) в течение 30 мин и промывают Трис-буферным физиологическим буфером, pH 7,2. Выявление проводят с применением 3,3 -диаминобензидинтетрагидрохлоридом (препаратом DAB+; фирма DakoCytomation) в качестве хромогена. Срезы промывают dH ₂O, заново окрашивают гематоксилином, обезвоживают и накрывают покровным стеклом.

У больных СКВ, обработанных плацебо, и клеточные инфильтраты, и уровни белков, экспрессированных со сверхэкспрессированных ИФН I типа-индуцируемых генов, повышены (или ухудшены) на протяжении курса длительностью 14 суток. См. фиг.52, которая показывает повышение (ухудшение) mDC (CD83 окрашивание) и T-клеточной (CD4 окрашивание) инфильтрации в кожных повреждениях. Фиг.52 также показывает отсутствие изменения в pDC (окрашивание BDCA2) инфильтрации в поврежденной коже пациента с СКВ, которого лечили плацебо, на протяжении 14 суток. См. также фиг.53, которая показывает повышение окрашивания для белков, экспрессированных со сверхэкспрессированных ИФН I типа-индуцированных генов HERC и IP10. Отсутствуют изменения в окрашивании для ISG15.

Напротив, у пациентов, обработанных продуктом MEDI-545 в количестве 10 мг/кг, уровни инфильтратов и белков, экспрессированных со сверхэкспрессированных ИФН I типа-индуцируемых генов, снижаются в разной степени. См. фиг.54 и 55, которые предоставляют иммуногистохимические данные первого пациента с СКВ, обработанного продуктом MEDI-545, и фиг.56 и 57, которые предоставляют иммуногистохимические данные второго пациента с СКВ, обработанного продуктом MEDI-545.

Пример 20. Анализ чувствительности обнаружения тип-I и тип-II ИФН

Для разработки исследования чувствительности обнаружения ИФН I типа и тип-II ИФН, клонируют конструкции, содержащие ген фермента люциферазы, выделенный из морского организма Gaussia princeps (фирма Targeting Systems; Santee, Калифорния) под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном (interferone-stimulated response element - ISRE) (TAGTTTCACTTTCCC)₅; фирма Biomyx; Сан-Диего, Калифорния). Клетки НЕК293Н стабильно трансфецируют конструкцией и полученные клетки используют для методов выявления ИФН.

25000 стабильно трансфецированных клеток НЕК293Н высевают в лунку в 50 мкл клеточной культуральной среды и помещают в инкубатор в атмосферу СО₂ на ночь. На следующий день образцы сыворотки пациента (или нормальную объединенную сыворотку человека, инъецированную с различными подтипами ИФН-альфа или ИФН-бета, ИФН-омега, ИФН-гамма) подвергают скринингу для выявления различных подтипов ИФН путем добавления 50 мкл неразведенной сыворотки пациента или инъецированной сыворотки в исследуемые лунки, содержащие высеянные клетки (конечная концентрация 50% сывороток пациентов в лунках в течение 24 ч). ИФН-индуцированную люциферазную активность выявляют на следующие сутки путем наблюдения химиолюминесценции в надосадочной жидкости культур. Химиолюминесценцию наблюдают путем переноса 5 мкл супернатанта из лунок в B&W Isoplate, добавляя 50 мкл химиолюминесцентного субстрата и выявляя химиолюминесценцию через 6 мин. Образцы, вырабатывающие сигнал, который более чем в 1,5 раза превышает сигнал в лунках отрицательного контроля в каждой планшетке, классифицируют в качестве позитивного по активности ИФН. См. фиг.59 а-г, которые предоставляют выявленные уровни тип-I и тип-II ИФН активности в ИФН биоанализе для разных высеянных клеток, обработанных сывороткой пациента и инъецированной контрольной сывороткой. Каждая из панелей а-г показывает, что повышенная доза ИФН в исследовании приводит к повышенному выявлению действия ИФН.

В образцах, в которых выявлена активность ИФН, антитела, которые специфически нейтрализуют различные тип-I и тип-II ИФН, могут затем использоваться, чтобы определить, какой ИФН ответственен за положительный ответ. Анти-ИФН-тип-специфические антитела предварительно инкубируют либо с положительными образцами (образцом) сыворотки (в случае антитела MEDI 545, анти-ИФН бета, анти-ИФН-гамма и анти-ИФН-омега, которые сами связываются с ИФН лигандом), либо с клетками (в случае MEDI 546, который связывает рецептор интерферона I типа на клетках НЕК293Н) с последующим добавлением образцов к клеткам и определения интенсивности флуоресценции согласно описанному выше. Инъецированные образцы, которые показывают пониженную химиолюминесценцию после обработки специфическим антителом, оценивают в качестве положительных по наличию определенного интерферона (интерферонов), который нейтрализуется ИФН-специфическими антителами.

Фиг.60(а) показывает, что повышение дозы MEDI-545 в обработанных лунках повышенно нейтрализует действие ИФН по мере увеличения дозы антитела MEDI-546 (фиг.60б). Фиг.61-63 показывает, что ИФН , ИФН и ИФН , соответственно, нейтрализуются антителами, специфичными в отношении ИФН , ИФН и ИФН , что соответствует предположению.

Пример 21. Изменения уровней растворимых белков в сыворотке пациентов, больных волчанкой

Сыворотку отбирают у пациентов с СКВ (n=40) и CLE (n=5), у которых история болезни включает по меньшей мере 4 из 11 положительных критериев классификации ACR, и которые выраженно проявляют признаки заболевания на момент отбора образца. Девяносто пять процентов составляют женщины, средний возраст которых равен 41±15 лет ± стандартное отклонение. Семьдесят шесть процентов в настоящее время получают пероральные кортикостериоды в дозах, варьирующих от 1 мг/сутки до 30 мг/сутки преднизона, а 2 пациента с СКВ также получают внутривенно пульсовым введением стероиды. 59% получают по меньшей мере 1 активно модифицирующий болезнь лекарственный агент, отличный от кортикостероидов. Luminex xMAP технологию применяют для выявления изменений в 89 исследуемых образцах и по правилам Rules Based Medicine (см. в Интернете по домену «rulesbasedmedicine. com»). Результаты по каждому анализируемому соединению сравнивают со средним значением панели нормальной сыворотки человека (n=17) и значимость определяют, используя спаренный критерий Стьюдента. Фиг.74 показывает агенты, уровни которых достаточно (а) повышены или (б) понижены относительно средних значений в нормальной сыворотке (p величина 0,05). Существенные изменения уровней цитокинов, хемокинов, метаболических белков и других растворимых медиаторов выявляют в сыворотке пациентов, больных волчанкой.

Пример 22. Другой вариант анализа, анализа Panomics OuantiGenePlex, выверяет результаты исследования ИФН-индуцированной генной экспрессии

Анализ QuantiGenePlex в первую очередь проводят для оценки способности QuantiGenePlex обнаружить 22 ИФН-индуцируемых транскриптов в цельной крови после стимулирования с помощью ИФН 2b. 22 ИФН-индуцируемых транскрипта, обнаруженных с помощью указанного первоначального анализа QuantiGenePlex, отбирают, основываясь на их устойчивой повышенной регуляции у пациентов с СКВ, и показывают по x-оси графиков, показанных на фиг.75 и 76.

Стимулирование цельной крови проводят путем инкубирования свежей отобранной Na-EDTA цельной крови от 5 здоровых доноров с 20 МЕд/мл ИФН 2b в течение 4 ч. После инкубирования 2,5 мл простимулированной цельной крови добавляют в пробирки PAXgene, перемешивают и выдерживают ночь при комнатной температуре. После ночи инкубирования образцы замораживают при -80°C. Эти выполняемые вручную методики выбирают для подражания тем, которые используют во время клинических исследований.

PAXgene кровь анализируют для определения экспрессии уровней ИФН-индуцируемых транскриптов. Кровь в пробирках PAXgene (500 мкл) осаждают центрифугированием и затем лизируют в 139 мкл буфера по протоколу лизиса крови QuantiGenePlex PAXgene. Процессированную кровь каждого донора в повторах вносят в лунки и гибридизируют в течение ночи с множественным набором зондов для 22 ИФН-индуцируемых генов. Генную экспрессию оценивают на следующий день, используя прибор Luminex 100 с программным обеспечением BioRad BioPlex. Оценивают кратность изменений для каждого индивидуума, основанную на повышении сигнала, наблюдаемом между лунками, в которых была стимуляция ИФН, и лунками, в которых была стимуляция ФСБ. Фиг.75 показывает кратность изменения экспрессии каждого из 22 ИФН-индуцируемых генов после стимуляции с помощью каждого из 5 образцов цельной крови от здоровых добровольцев. Пунктирная линия показывает двухкратное изменение относительно контрольных образцов, которые стимулировали ФСБ.

Цельную кровь одного добровольца дополнительно стимулируют выше диапазона доз 0,2-200 МЕд/мл ИФН 2b чтобы определить, является ли повышенная регуляция ИФН-индуцируемых генов с применением ИФН 2b доза-зависимой и может ли она быть выявлена методом QuantiGenePlex. Для каждого из 22 транскриптов установлена доза-зависимая индукция. См. фиг.76, который представляет кратное изменение экспрессии для каждого из 22 транскриптов для каждой дозы ИФН 2b. Максимальная индукция транскрипта примерно в 100 раз установлена для генов RSAD2, IFIT3 и МХ1. Используя двухкратное превышение исходного уровня в качестве пограничной величины, 19/22 генов выявляют в образцах, обработанных 2 МЕд/мл ИФН, и 5/22 выявляют в образцах, обработанных 0,2 МЕд/мл ИФН. Экспрессия SIGLEC1, LY6E, SERPING1, OAS3 и IFI27 транскриптов слабо индуцируется стимулированием ИФН 2b. Такие низкие уровни индукции могут свидетельствовать о потере чувствительности анализа к указанным мишеням или о различиях в генной экспрессии между реальным заболеванием СКВ (от пациента с этим заболеванием указанная панель транскриптов была выбрана) и стимуляцией ex vivo одним подтипом ИФН - ИФН 2b. Прерывистая линия показывает двухкратное изменение относительно контрольных образцов, простимулированных ФСБ.

Затем анализ QuantiGenePlex используют для выявления уровней ИФН-индуцируемых транскриптов в цельной крови пациентов с СКВ. 20 из 22 зондов из фирменного набора QuantiGenePlex, представленных на фиг.75 и 76, удерживаются в анализе QuantiGenePlex, используемом для оценки этих данных.

Два зонда, HSXIAPAF1 и GIP3, замещают другими зондами, XAF1 и IFI6. Используя такую панель из 22 зондов, устанавливают исходную базовую подпись, основываясь на образцах цельной крови от десяти здоровых доноров (синий цвет в каждой панели). Исходную генную подпись, основанную на образцах цельной крови здоровых доноров, сравнивают с (1) генной подписью больного СКВ, у которого выявляемая активность ИФН в сыворотке, и (2) генной подписью больного СКВ, у которого нет выявляемой активности ИФН в сыворотке. Действие ИФН сыворотки определяют в образцах сыворотки больных СКВ, используя анализ, описанный в примере 20. Фиг.77а показывает сравнение генной подписи больного СКВ (красный цвет), у которого нет выявляемой активности в сыворотке ИФН (т.е. активность сывороточного ИФН<2,5 МЕд/мл), с базовым уровнем генной подписи (синий цвет). За исключением гена LAMP3, уровни всех транскриптов устанавливают в качестве повышенных в крови больного СКВ, у которого нет в сыворотке активности ИФН. Фиг.77б показывает сравнение генной подписи больного СКВ с высокими уровнями активности в сыворотке ИФН (красный цвет) относительно исходной генной подписи (синий цвет). Все транскрипты повышены по меньшей мере в 2 раза в крови пациента с высокой активностью ИФН в сыворотке, при максимальной индукции примерно в 80 раз для IFI27.

Данные, полученные методом QuantiGenePlex, затем оценивают на сопоставимость с данными, полученными методом Fluidigm Real-Time PCR. Каждый из методов, QuantiGenePlex и Fluidigm, используют для анализа и сравнения уровней транскрипции в сохраняемых в пробирках PAXgene образцах цельной крови от 16 пациентов, больных СКВ, участвующих в первой фазе клинического исследования (моноклональное антитело против ИФН ) относительно срединной смешанной генной оценки 10 здоровых доноров. Анализы Fluidigm проводят, используя смесь методов TaqMan генной экспрессии, включая 4 референсных контрольных гена, приготовленных с помощью набора TaqMan PreAmp Master Mix Kit (фирма Applied Biosystems). Динамические матрицы нагружают, используя контроллер NanoFlex 4-IFC (фирма Fluidigm Corp), и реакции ПНР реального времени проводят, используя систему ПЦР реального времени BioMark. Результаты анализируют, используя программное обеспечение BioMark Real-Time PCR Analysis. Величины дельта- дельта Ct (DDCt) подсчитывают, используя среднее значение 4 референсных генов (GAPDH, TFRC, b2М и 18S) и значение калиброванного образца. Результаты, полученные с применением образцов цельной крови от пациентов с СКВ, показывают высокую степень корреляции между методиками QuantiGenePlex и ПЦР реального времени по выявлению профилей генной экспрессии, связанных с заболеванием. Фиг.78 показывает (а) составную срединную и (б) средние кратные изменения всех генов в панелях, которые были подсчитаны и сопоставлены с помощью анализа корреляции Пирсона. Существенную корреляцию наблюдают между результатами QuantiGenePlex и Fluidigm при срединных (p=0,0002) и средних (p<0,0001) кратных изменениях при сравнении с панелью генов.

Данные, полученные методами QuantiGenePlex и ПЦР реального времени Fluidigm, затем сравнивают по способности выявлять изменения в уровнях транскрипции в образцах от пациентов с СКВ на протяжении курса лечения в клиническом исследовании. Для такого сравнения образцы от больных СКВ собирают непосредственно в пробирки PAXgene на «0» сутки (до дозирования) и многократно в разное время после введения одной дозы анти-ИФН моноклонального антитела или плацебо. Для каждого образца рассчитывают общее среднее кратное изменение по панели 22 генов и сравнивают с образцом от того же пациента, взятым до дозирования. Фиг.79а показывает изменения в генной подписи для пациентов, которых обрабатывали плацебо или антителом, используя технологию Fluidigm. Фиг.79б показывает изменения в генной подписи для пациентов, которых обрабатывали плацебо или антителом, используя методику QuantiGenePlex. У каждого субъекта, не обработанного плацебо, снижение ИФН генной подписи наблюдают в течение 24 ч после введения лекарственного средства, и оно согласуется между данными Fluidigm и QuantiGenePlex. Изменения в уровнях транскрипции после введения, выявленные методами QuantiGenePlex и Fluidigm, также в высокой степени схожи.